src/jalview/ws/jws2/JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.Annotation;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.AlignFrame;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  31 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  32
  33 import java.util.Iterator;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import compbio.data.msa.MsaWS;
  37 import compbio.data.sequence.Alignment;
  38 import compbio.data.sequence.Score;
  39 import compbio.metadata.Argument;
  40 import compbio.metadata.ChunkHolder;
  41 import compbio.metadata.JobStatus;
  42 import compbio.metadata.JobSubmissionException;
  43 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;
  44 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  45
  46 public abstract class JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker extends
  47         AbstractJabaCalcWorker
  48 {
  49
  50   @SuppressWarnings("unchecked")
  51   protected MsaWS msaservice;
  52
  53   protected Alignment msascoreset;
  54
  55   public JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  56           AlignmentViewPanel alignPanel)
  57   {
  58     super(alignViewport, alignPanel);
  59   }
  60
  61   public JabawsMsaInterfaceAlignCalcWorker(Jws2Instance service,
  62           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  63   {
  64     this(alignFrame.getCurrentView(), alignFrame.alignPanel);
  65     this.guiProgress = alignFrame;
  66     this.preset = preset;
  67     this.arguments = paramset;
  68     this.service = service;
  69     msaservice = (MsaWS) service.service;
  70
  71   }
  72
  73   @Override
  74   ChunkHolder pullExecStatistics(String rslt, long rpos)
  75   {
  76     return msaservice.pullExecStatistics(rslt, rpos);
  77   }
  78
  79   @Override
  80   boolean collectAnnotationResultsFor(String rslt)
  81           throws ResultNotAvailableException
  82   {
  83     msascoreset = msaservice.getResult(rslt);
  84     if (msascoreset != null)
  85     {
  86       return true;
  87     }
  88     return false;
  89   }
  90
  91   @Override
  92   boolean cancelJob(String rslt) throws Exception
  93   {
  94     return msaservice.cancelJob(rslt);
  95   }
  96
  97   @Override
  98   protected JobStatus getJobStatus(String rslt) throws Exception
  99   {
 100     return msaservice.getJobStatus(rslt);
 101   }
 102
 103   @Override
 104   boolean hasService()
 105   {
 106     return msaservice != null;
 107   }
 108
 109   @Override
 110   protected boolean isInteractiveUpdate()
 111   {
 112     return false; // this instanceof AAConClient;
 113   }
 114
 115   @Override
 116   protected String submitToService(
 117           List<compbio.data.sequence.FastaSequence> seqs)
 118           throws JobSubmissionException
 119   {
 120     String rslt;
 121     if (preset == null && arguments == null)
 122     {
 123       rslt = msaservice.align(seqs);
 124     }
 125     else
 126     {
 127       try
 128       {
 129         rslt = msaservice.customAlign(seqs, getJabaArguments());
 130       } catch (WrongParameterException x)
 131       {
 132         throw new JobSubmissionException(
 133                 MessageManager
 134                         .getString("exception.jobsubmission_invalid_params_set"),
 135                 x);
 136       }
 137     }
 138     return rslt;
 139   }
 140
 141   protected void createAnnotationRowsForScores(
 142           List<AlignmentAnnotation> ourAnnot, String calcId, int alWidth,
 143           Score scr)
 144   {
 145     // simple annotation row
 146     AlignmentAnnotation annotation = alignViewport.getAlignment()
 147             .findOrCreateAnnotation(scr.getMethod(), calcId, true, null,
 148                     null);
 149     if (alWidth == gapMap.length) // scr.getScores().size())
 150     {
 151       constructAnnotationFromScore(annotation, 0, alWidth, scr);
 152       ourAnnot.add(annotation);
 153     }
 154   }
 155
 156   protected AlignmentAnnotation createAnnotationRowsForScores(
 157           List<AlignmentAnnotation> ourAnnot, String typeName,
 158           String calcId, SequenceI dseq, int base, Score scr)
 159   {
 160     System.out.println("Creating annotation on dseq:" + dseq.getStart()
 161             + " base is " + base + " and length=" + dseq.getLength()
 162             + " == " + scr.getScores().size());
 163     // AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 164     // scr.getMethod(), typeName, new Annotation[]
 165     // {}, 0, -1, AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 166     // annotation.setCalcId(calcId);
 167     AlignmentAnnotation annotation = alignViewport.getAlignment()
 168             .findOrCreateAnnotation(typeName, calcId, false, dseq, null);
 169     constructAnnotationFromScore(annotation, 0, dseq.getLength(), scr);
 170     annotation.createSequenceMapping(dseq, base, false);
 171     annotation.adjustForAlignment();
 172     dseq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 173     ourAnnot.add(annotation);
 174     return annotation;
 175   }
 176
 177   private void constructAnnotationFromScore(AlignmentAnnotation annotation,
 178           int base, int alWidth, Score scr)
 179   {
 180     Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
 181     Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator();
 182     float m = 0f, x = 0f;
 183     for (int i = 0; vals.hasNext(); i++)
 184     {
 185       float val = vals.next().floatValue();
 186       if (i == 0)
 187       {
 188         m = val;
 189         x = val;
 190       }
 191       else
 192       {
 193         if (m > val)
 194         {
 195           m = val;
 196         }
 197         ;
 198         if (x < val)
 199         {
 200           x = val;
 201         }
 202       }
 203       // if we're at a gapped column then skip to next ungapped position
 204       if (gapMap != null && gapMap.length > 0)
 205       {
 206         while (!gapMap[i])
 207         {
 208           elm[i++] = new Annotation("", "", ' ', Float.NaN);
 209         }
 210       }
 211       elm[i] = new Annotation("", "" + val, ' ', val);
 212     }
 213
 214     annotation.annotations = elm;
 215     annotation.belowAlignment = true;
 216     if (x < 0)
 217     {
 218       x = 0;
 219     }
 220     x += (x - m) * 0.1;
 221     annotation.graphMax = x;
 222     annotation.graphMin = m;
 223     annotation.validateRangeAndDisplay();
 224   }
 225
 226 }