src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import java.util.List;
  24
  25 import javax.swing.JMenu;
  26
  27 import compbio.metadata.Argument;
  28
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  32 import jalview.gui.WsJobParameters;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  35 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  36 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  37
  38 /**
  39  * provides metadata for a jabaws2 service instance - resolves names, etc.
  40  *
  41  * @author JimP
  42  *
  43  */
  44 public abstract class Jws2Client extends jalview.ws.WSClient
  45 {
  46   protected AlignFrame alignFrame;
  47
  48   protected WsParamSetI preset;
  49
  50   protected List<Argument> paramset;
  51
  52   public Jws2Client(AlignFrame _alignFrame, WsParamSetI preset,
  53           List<Argument> arguments)
  54   {
  55     alignFrame = _alignFrame;
  56     this.preset = preset;
  57     if (preset != null)
  58     {
  59       if (!((preset instanceof JabaPreset) || preset instanceof JabaWsParamSet))
  60       {
  61         /*
  62          * { this.preset = ((JabaPreset) preset).p; } else if (preset instanceof
  63          * JabaWsParamSet) { List<Argument> newargs = new ArrayList<Argument>();
  64          * JabaWsParamSet pset = ((JabaWsParamSet) preset); for (Option opt :
  65          * pset.getjabaArguments()) { newargs.add(opt); } if (arguments != null
  66          * && arguments.size() > 0) { // merge arguments with preset's own
  67          * arguments. for (Argument opt : arguments) { newargs.add(opt); } }
  68          * paramset = newargs; } else {
  69          */
  70         throw new Error(
  71                 "Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets.");
  72       }
  73     }
  74     else
  75     {
  76       // just provided with a bunch of arguments
  77       this.paramset = arguments;
  78     }
  79   }
  80
  81   boolean processParams(Jws2Instance sh, boolean editParams)
  82   {
  83     return processParams(sh, editParams, false);
  84   }
  85
  86   protected boolean processParams(Jws2Instance sh, boolean editParams,
  87           boolean adjustingExisting)
  88   {
  89
  90     if (editParams)
  91     {
  92       if (sh.paramStore == null)
  93       {
  94         sh.paramStore = new JabaParamStore(sh,
  95                 Desktop.getUserParameterStore());
  96       }
  97       WsJobParameters jobParams = (preset == null && paramset != null && paramset
  98               .size() > 0) ? new WsJobParameters(null, sh, null, paramset)
  99               : new WsJobParameters(sh, preset);
 100       if (adjustingExisting)
 101       {
 102         jobParams.setName(MessageManager.getString("label.adjusting_parameters_for_calculation"));
 103       }
 104       if (!jobParams.showRunDialog())
 105       {
 106         return false;
 107       }
 108       WsParamSetI prset = jobParams.getPreset();
 109       if (prset == null)
 110       {
 111         paramset = jobParams.isServiceDefaults() ? null : JabaParamStore
 112                 .getJabafromJwsArgs(jobParams.getJobParams());
 113         this.preset = null;
 114       }
 115       else
 116       {
 117         this.preset = prset; // ((JabaPreset) prset).p;
 118         paramset = null; // no user supplied parameters.
 119       }
 120     }
 121     return true;
 122
 123   }
 124
 125   public Jws2Client()
 126   {
 127     // anonymous constructor - used for headless method calls only
 128   }
 129
 130   protected WebserviceInfo setWebService(Jws2Instance serv, boolean b)
 131   {
 132     // serviceHandle = serv;
 133     String serviceInstance = serv.action; // serv.service.getClass().getName();
 134     WebServiceName = serv.serviceType;
 135     WebServiceJobTitle = serv.getActionText();
 136     WsURL = serv.hosturl;
 137     if (!b)
 138     {
 139       return new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle, WebServiceJobTitle
 140               + " using service hosted at " + serv.hosturl + "\n"
 141               + (serv.description != null ? serv.description : ""));
 142     }
 143     return null;
 144   }
 145
 146   /*
 147    * Jws2Instance serviceHandle; (non-Javadoc)
 148    *
 149    * @see jalview.ws.WSMenuEntryProviderI#attachWSMenuEntry(javax.swing.JMenu,
 150    * jalview.gui.AlignFrame)
 151    *
 152    * @Override public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, AlignFrame
 153    * alignFrame) { if (serviceHandle==null) { throw new
 154    * Error("Implementation error: No service handle for this Jws2 service."); }
 155    * attachWSMenuEntry(wsmenu, serviceHandle, alignFrame); }
 156    */
 157   /**
 158    * add the menu item for a particular jws2 service instance
 159    *
 160    * @param wsmenu
 161    * @param service
 162    * @param alignFrame
 163    */
 164   abstract void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final Jws2Instance service,
 165           final AlignFrame alignFrame);
 166
 167 }