src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import java.util.List;
  21
  22 import javax.swing.JMenu;
  23
  24 import compbio.metadata.Argument;
  25
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.Desktop;
  28 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  29 import jalview.gui.WsJobParameters;
  30 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  31 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  32 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  33
  34 /**
  35  * provides metadata for a jabaws2 service instance - resolves names, etc.
  36  *
  37  * @author JimP
  38  *
  39  */
  40 public abstract class Jws2Client extends jalview.ws.WSClient
  41 {
  42   protected AlignFrame alignFrame;
  43
  44   protected WsParamSetI preset;
  45
  46   protected List<Argument> paramset;
  47
  48   public Jws2Client(AlignFrame _alignFrame,
  49           WsParamSetI preset, List<Argument> arguments)
  50   {
  51     alignFrame = _alignFrame;
  52     this.preset = preset;
  53     if (preset != null)
  54     {
  55       if (!((preset instanceof JabaPreset) || preset instanceof JabaWsParamSet))
  56       {
  57         /*
  58          * { this.preset = ((JabaPreset) preset).p; } else if (preset instanceof
  59          * JabaWsParamSet) { List<Argument> newargs = new ArrayList<Argument>();
  60          * JabaWsParamSet pset = ((JabaWsParamSet) preset); for (Option opt :
  61          * pset.getjabaArguments()) { newargs.add(opt); } if (arguments != null
  62          * && arguments.size() > 0) { // merge arguments with preset's own
  63          * arguments. for (Argument opt : arguments) { newargs.add(opt); } }
  64          * paramset = newargs; } else {
  65          */
  66         throw new Error(
  67                 "Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets.");
  68       }
  69     }
  70     else
  71     {
  72       // just provided with a bunch of arguments
  73       this.paramset = arguments;
  74     }
  75   }
  76
  77   boolean processParams(Jws2Instance sh, boolean editParams)
  78   {
  79     return processParams(sh, editParams, false);
  80   }
  81   protected boolean processParams(Jws2Instance sh, boolean editParams,
  82           boolean adjustingExisting)
  83   {
  84
  85     if (editParams)
  86     {
  87       if (sh.paramStore == null)
  88       {
  89         sh.paramStore = new JabaParamStore(sh,
  90                 Desktop.getUserParameterStore());
  91       }
  92       WsJobParameters jobParams = new WsJobParameters(sh, preset);
  93       if (adjustingExisting)
  94       {
  95         jobParams.setName("Adjusting parameters for existing Calculation");
  96       }
  97       if (!jobParams.showRunDialog())
  98       {
  99         return false;
 100       }
 101       WsParamSetI prset = jobParams.getPreset();
 102       if (prset == null)
 103       {
 104         paramset = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams
 105                 .getJobParams());
 106       }
 107       else
 108       {
 109         this.preset = prset; // ((JabaPreset) prset).p;
 110         paramset = null; // no user supplied parameters.
 111       }
 112     }
 113     return true;
 114
 115   }
 116
 117   public Jws2Client()
 118   {
 119     // anonymous constructor - used for headless method calls only
 120   }
 121
 122   protected WebserviceInfo setWebService(Jws2Instance serv, boolean b)
 123   {
 124     // serviceHandle = serv;
 125     String serviceInstance = serv.action; // serv.service.getClass().getName();
 126     WebServiceName = serv.serviceType;
 127     WebServiceJobTitle = serv.getActionText();
 128     WsURL = serv.hosturl;
 129     if (!b)
 130     {
 131       return new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle, WebServiceJobTitle
 132               + " using service hosted at " + serv.hosturl + "\n"
 133               + (serv.description != null ? serv.description : ""));
 134     }
 135     return null;
 136   }
 137
 138   /*
 139    * Jws2Instance serviceHandle; (non-Javadoc)
 140    *
 141    * @see jalview.ws.WSMenuEntryProviderI#attachWSMenuEntry(javax.swing.JMenu,
 142    * jalview.gui.AlignFrame)
 143    *
 144    * @Override public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, AlignFrame
 145    * alignFrame) { if (serviceHandle==null) { throw new
 146    * Error("Implementation error: No service handle for this Jws2 service."); }
 147    * attachWSMenuEntry(wsmenu, serviceHandle, alignFrame); }
 148    */
 149   /**
 150    * add the menu item for a particular jws2 service instance
 151    *
 152    * @param wsmenu
 153    * @param service
 154    * @param alignFrame
 155    */
 156   abstract void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final Jws2Instance service,
 157           final AlignFrame alignFrame);
 158
 159 }