src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  29 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  30 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  36 import java.beans.PropertyChangeListener;
  37 import java.beans.PropertyChangeSupport;
  38 import java.net.MalformedURLException;
  39 import java.net.URL;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Arrays;
  42 import java.util.HashMap;
  43 import java.util.HashSet;
  44 import java.util.Hashtable;
  45 import java.util.List;
  46 import java.util.Map;
  47 import java.util.Set;
  48 import java.util.StringTokenizer;
  49 import java.util.Vector;
  50
  51 import javax.swing.JMenu;
  52 import javax.swing.JMenuItem;
  53
  54 import compbio.ws.client.Services;
  55
  56 /**
  57  * discoverer for jws2 services. Follows the lightweight service discoverer
  58  * pattern (archetyped by EnfinEnvision2OneWay)
  59  *
  60  * @author JimP
  61  *
  62  */
  63 public class Jws2Discoverer implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  64 {
  65   public static final String COMPBIO_JABAWS = "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws";
  66
  67   /*
  68    * the .jalview_properties entry for JWS2 URLS
  69    */
  70   final static String JWS2HOSTURLS = "JWS2HOSTURLS";
  71
  72   /*
  73    * Singleton instance
  74    */
  75   private static Jws2Discoverer discoverer;
  76
  77   /*
  78    * Override for testing only
  79    */
  80   private static List<String> testUrls = null;
  81
  82   // preferred url has precedence over others
  83   private String preferredUrl;
  84
  85   private PropertyChangeSupport changeSupport = new PropertyChangeSupport(
  86           this);
  87
  88   Vector<String> invalidServiceUrls = null, urlsWithoutServices = null,
  89           validServiceUrls = null;
  90
  91   boolean running = false, aborted = false;
  92
  93   Thread oldthread = null;
  94
  95   /**
  96    * holds list of services.
  97    */
  98   protected Vector<Jws2Instance> services;
  99
 100   /**
 101    * Private constructor enforces use of singleton via getDiscoverer()
 102    */
 103   private Jws2Discoverer()
 104   {
 105   }
 106
 107   /**
 108    * change listeners are notified of "services" property changes
 109    *
 110    * @param listener
 111    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
 112    */
 113   public void addPropertyChangeListener(
 114           java.beans.PropertyChangeListener listener)
 115   {
 116     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
 117   }
 118
 119   /**
 120    *
 121    *
 122    * @param listener
 123    *          to be removed
 124    */
 125   public void removePropertyChangeListener(
 126           java.beans.PropertyChangeListener listener)
 127   {
 128     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * @return the aborted
 133    */
 134   public boolean isAborted()
 135   {
 136     return aborted;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * @param aborted
 141    *          the aborted to set
 142    */
 143   public void setAborted(boolean aborted)
 144   {
 145     this.aborted = aborted;
 146
 147   }
 148
 149   public void run()
 150   {
 151
 152     if (running && oldthread != null && oldthread.isAlive())
 153     {
 154       if (!aborted)
 155       {
 156         return;
 157       }
 158       while (running)
 159       {
 160         try
 161         {
 162           Cache.log
 163                   .debug("Waiting around for old discovery thread to finish.");
 164           // wait around until old discoverer dies
 165           Thread.sleep(100);
 166         } catch (Exception e)
 167         {
 168         }
 169       }
 170       Cache.log.debug("Old discovery thread has finished.");
 171     }
 172     running = true;
 173
 174     // first set up exclusion list if needed
 175     final Set<String> ignoredServices = new HashSet<String>();
 176     for (String ignored : Cache.getDefault("IGNORED_JABAWS_SERVICETYPES",
 177             "").split("\\|"))
 178     {
 179       ignoredServices.add(ignored);
 180     }
 181
 182     changeSupport.firePropertyChange("services", services, new Vector());
 183     oldthread = Thread.currentThread();
 184     try
 185     {
 186       Class foo = getClass().getClassLoader().loadClass(
 187               "compbio.ws.client.Jws2Client");
 188     } catch (ClassNotFoundException e)
 189     {
 190       System.err
 191               .println("Not enabling JABA Webservices : client jar is not available."
 192                       + "\nPlease check that your webstart JNLP file is up to date!");
 193       running = false;
 194       return;
 195     }
 196     // reinitialise records of good and bad service URLs
 197     if (services != null)
 198     {
 199       services.removeAllElements();
 200     }
 201     if (urlsWithoutServices != null)
 202     {
 203       urlsWithoutServices.removeAllElements();
 204     }
 205     if (invalidServiceUrls != null)
 206     {
 207       invalidServiceUrls.removeAllElements();
 208     }
 209     if (validServiceUrls != null)
 210     {
 211       validServiceUrls.removeAllElements();
 212     }
 213     ArrayList<String> svctypes = new ArrayList<String>();
 214
 215     List<JabaWsServerQuery> qrys = new ArrayList<JabaWsServerQuery>();
 216     for (final String jwsserver : getServiceUrls())
 217     {
 218       JabaWsServerQuery squery = new JabaWsServerQuery(this, jwsserver);
 219       if (svctypes.size() == 0)
 220       {
 221         // TODO: remove this ugly hack to get Canonical JABA service ordering
 222         // for all possible services
 223         for (Services sv : squery.JABAWS2SERVERS)
 224         {
 225           if (!ignoredServices.contains(sv.toString()))
 226           {
 227             svctypes.add(sv.toString());
 228           }
 229         }
 230
 231       }
 232       qrys.add(squery);
 233       new Thread(squery).start();
 234     }
 235     boolean finished = true;
 236     do
 237     {
 238       finished = true;
 239       try
 240       {
 241         Thread.sleep(100);
 242       } catch (Exception e)
 243       {
 244       }
 245       ;
 246       for (JabaWsServerQuery squery : qrys)
 247       {
 248         if (squery.isRunning())
 249         {
 250           finished = false;
 251         }
 252       }
 253       if (aborted)
 254       {
 255         Cache.log.debug("Aborting " + qrys.size()
 256                 + " JABAWS discovery threads.");
 257         for (JabaWsServerQuery squery : qrys)
 258         {
 259           squery.setQuit(true);
 260         }
 261       }
 262     } while (!aborted && !finished);
 263     if (!aborted)
 264     {
 265       // resort services according to order found in jabaws service list
 266       // also ensure servics for each host are ordered in same way.
 267
 268       if (services != null && services.size() > 0)
 269       {
 270         Jws2Instance[] svcs = new Jws2Instance[services.size()];
 271         int[] spos = new int[services.size()];
 272         int ipos = 0;
 273         List<String> svcUrls = getServiceUrls();
 274         for (Jws2Instance svc : services)
 275         {
 276           svcs[ipos] = svc;
 277           spos[ipos++] = 1000 * svcUrls.indexOf(svc.getHost()) + 1
 278                   + svctypes.indexOf(svc.serviceType);
 279         }
 280         jalview.util.QuickSort.sort(spos, svcs);
 281         services = new Vector<Jws2Instance>();
 282         for (Jws2Instance svc : svcs)
 283         {
 284           if (!ignoredServices.contains(svc.serviceType))
 285           {
 286             services.add(svc);
 287           }
 288         }
 289       }
 290     }
 291     oldthread = null;
 292     running = false;
 293     changeSupport.firePropertyChange("services", new Vector(), services);
 294   }
 295
 296   /**
 297    * record this service endpoint so we can use it
 298    *
 299    * @param jwsservers
 300    * @param srv
 301    * @param service2
 302    */
 303   synchronized void addService(String jwsservers, Jws2Instance service)
 304   {
 305     if (services == null)
 306     {
 307       services = new Vector<Jws2Instance>();
 308     }
 309     System.out.println("Discovered service: " + jwsservers + " "
 310             + service.toString());
 311     // Jws2Instance service = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 312     // service2);
 313
 314     services.add(service);
 315     // retrieve the presets and parameter set and cache now
 316     ParamDatastoreI pds = service.getParamStore();
 317     if (pds != null)
 318     {
 319       pds.getPresets();
 320     }
 321     service.hasParameters();
 322     if (validServiceUrls == null)
 323     {
 324       validServiceUrls = new Vector();
 325     }
 326     validServiceUrls.add(jwsservers);
 327   }
 328
 329   /**
 330    * attach all available web services to the appropriate submenu in the given
 331    * JMenu
 332    */
 333   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
 334   {
 335     // dynamically regenerate service list.
 336     populateWSMenuEntry(wsmenu, alignFrame, null);
 337   }
 338
 339   private boolean isRecalculable(String action)
 340   {
 341     return (action != null && action.equalsIgnoreCase("conservation"));
 342   }
 343
 344   private void populateWSMenuEntry(JMenu jws2al,
 345           final AlignFrame alignFrame, String typeFilter)
 346   {
 347     if (running || services == null || services.size() == 0)
 348     {
 349       return;
 350     }
 351     boolean byhost = Cache.getDefault("WSMENU_BYHOST", false), bytype = Cache
 352             .getDefault("WSMENU_BYTYPE", false);
 353     /**
 354      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 355      * for moment we keep them separate.
 356      */
 357     JMenu atpoint;
 358     List<Jws2Instance> enumerableServices = new ArrayList<Jws2Instance>();
 359     // jws2al.removeAll();
 360     Map<String, Jws2Instance> preferredHosts = new HashMap<String, Jws2Instance>();
 361     Map<String, List<Jws2Instance>> alternates = new HashMap<String, List<Jws2Instance>>();
 362     for (Jws2Instance service : services.toArray(new Jws2Instance[0]))
 363     {
 364       if (!isRecalculable(service.action))
 365       {
 366         // add 'one shot' services to be displayed using the classic menu
 367         // structure
 368         enumerableServices.add(service);
 369       }
 370       else
 371       {
 372         if (!preferredHosts.containsKey(service.serviceType))
 373         {
 374           Jws2Instance preferredInstance = getPreferredServiceFor(
 375                   alignFrame, service.serviceType);
 376           if (preferredInstance != null)
 377           {
 378             preferredHosts.put(service.serviceType, preferredInstance);
 379           }
 380           else
 381           {
 382             preferredHosts.put(service.serviceType, service);
 383           }
 384         }
 385         List<Jws2Instance> ph = alternates.get(service.serviceType);
 386         if (preferredHosts.get(service.serviceType) != service)
 387         {
 388           if (ph == null)
 389           {
 390             ph = new ArrayList<Jws2Instance>();
 391           }
 392           ph.add(service);
 393           alternates.put(service.serviceType, ph);
 394         }
 395       }
 396
 397     }
 398
 399     // create GUI element for classic services
 400     addEnumeratedServices(jws2al, alignFrame, enumerableServices);
 401     // and the instantaneous services
 402     for (final Jws2Instance service : preferredHosts.values())
 403     {
 404       atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(jws2al, service.action);
 405       JMenuItem hitm;
 406       if (atpoint.getItemCount() > 1)
 407       {
 408         // previous service of this type already present
 409         atpoint.addSeparator();
 410       }
 411       atpoint.add(hitm = new JMenuItem(service.getHost()));
 412       hitm.setForeground(Color.blue);
 413       hitm.addActionListener(new ActionListener()
 414       {
 415
 416         @Override
 417         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 418         {
 419           Desktop.showUrl(service.getHost());
 420         }
 421       });
 422       hitm.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(false,
 423               MessageManager.getString("label.open_jabaws_web_page")));
 424
 425       service.attachWSMenuEntry(atpoint, alignFrame);
 426       if (alternates.containsKey(service.serviceType))
 427       {
 428         atpoint.add(hitm = new JMenu(MessageManager
 429                 .getString("label.switch_server")));
 430         hitm.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(false,
 431                 MessageManager.getString("label.choose_jabaws_server")));
 432         for (final Jws2Instance sv : alternates.get(service.serviceType))
 433         {
 434           JMenuItem itm;
 435           hitm.add(itm = new JMenuItem(sv.getHost()));
 436           itm.setForeground(Color.blue);
 437           itm.addActionListener(new ActionListener()
 438           {
 439
 440             @Override
 441             public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 442             {
 443               new Thread(new Runnable()
 444               {
 445                 public void run()
 446                 {
 447                   setPreferredServiceFor(alignFrame, sv.serviceType,
 448                           sv.action, sv);
 449                   changeSupport.firePropertyChange("services",
 450                           new Vector(), services);
 451                 };
 452               }).start();
 453
 454             }
 455           });
 456         }
 457         /*
 458          * hitm.addActionListener(new ActionListener() {
 459          *
 460          * @Override public void actionPerformed(ActionEvent arg0) { new
 461          * Thread(new Runnable() {
 462          *
 463          * @Override public void run() { new SetPreferredServer(alignFrame,
 464          * service.serviceType, service.action); } }).start(); } });
 465          */
 466       }
 467     }
 468   }
 469
 470   /**
 471    * add services using the Java 2.5/2.6/2.7 system which optionally creates
 472    * submenus to index by host and service program type
 473    */
 474   private void addEnumeratedServices(final JMenu jws2al,
 475           final AlignFrame alignFrame, List<Jws2Instance> enumerableServices)
 476   {
 477     boolean byhost = Cache.getDefault("WSMENU_BYHOST", false), bytype = Cache
 478             .getDefault("WSMENU_BYTYPE", false);
 479     /**
 480      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 481      * for moment we keep them separate.
 482      */
 483     JMenu atpoint;
 484     MsaWSClient msacl = new MsaWSClient();
 485     List<String> hostLabels = new ArrayList<String>();
 486     Hashtable<String, String> lasthostFor = new Hashtable<String, String>();
 487     Hashtable<String, ArrayList<Jws2Instance>> hosts = new Hashtable<String, ArrayList<Jws2Instance>>();
 488     ArrayList<String> hostlist = new ArrayList<String>();
 489     for (Jws2Instance service : enumerableServices)
 490     {
 491       ArrayList<Jws2Instance> hostservices = hosts.get(service.getHost());
 492       if (hostservices == null)
 493       {
 494         hosts.put(service.getHost(),
 495                 hostservices = new ArrayList<Jws2Instance>());
 496         hostlist.add(service.getHost());
 497       }
 498       hostservices.add(service);
 499     }
 500     // now add hosts in order of the given array
 501     for (String host : hostlist)
 502     {
 503       Jws2Instance orderedsvcs[] = hosts.get(host).toArray(
 504               new Jws2Instance[1]);
 505       String sortbytype[] = new String[orderedsvcs.length];
 506       for (int i = 0; i < sortbytype.length; i++)
 507       {
 508         sortbytype[i] = orderedsvcs[i].serviceType;
 509       }
 510       jalview.util.QuickSort.sort(sortbytype, orderedsvcs);
 511       for (final Jws2Instance service : orderedsvcs)
 512       {
 513         atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(jws2al, service.action);
 514         String type = service.serviceType;
 515         if (byhost)
 516         {
 517           atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(atpoint, host);
 518           if (atpoint.getToolTipText() == null)
 519           {
 520             atpoint.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 521                     "label.services_at", new String[] { host }));
 522           }
 523         }
 524         if (bytype)
 525         {
 526           atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(atpoint, type);
 527           if (atpoint.getToolTipText() == null)
 528           {
 529             atpoint.setToolTipText(service.getActionText());
 530           }
 531         }
 532         if (!byhost
 533                 && !hostLabels.contains(host + service.serviceType
 534                         + service.getActionText()))
 535         // !hostLabels.contains(host + (bytype ?
 536         // service.serviceType+service.getActionText() : "")))
 537         {
 538           // add a marker indicating where this service is hosted
 539           // relies on services from the same host being listed in a
 540           // contiguous
 541           // group
 542           JMenuItem hitm;
 543           if (hostLabels.contains(host))
 544           {
 545             atpoint.addSeparator();
 546           }
 547           else
 548           {
 549             hostLabels.add(host);
 550           }
 551           if (lasthostFor.get(service.action) == null
 552                   || !lasthostFor.get(service.action).equals(host))
 553           {
 554             atpoint.add(hitm = new JMenuItem(host));
 555             hitm.setForeground(Color.blue);
 556             hitm.addActionListener(new ActionListener()
 557             {
 558
 559               @Override
 560               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 561               {
 562                 Desktop.showUrl(service.getHost());
 563               }
 564             });
 565             hitm.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 566                     MessageManager.getString("label.open_jabaws_web_page")));
 567             lasthostFor.put(service.action, host);
 568           }
 569           hostLabels.add(host + service.serviceType
 570                   + service.getActionText());
 571         }
 572
 573         service.attachWSMenuEntry(atpoint, alignFrame);
 574       }
 575     }
 576   }
 577
 578   public static void main(String[] args)
 579   {
 580     if (args.length > 0)
 581     {
 582       testUrls = new ArrayList<String>();
 583       for (String url : args)
 584       {
 585         testUrls.add(url);
 586       }
 587       ;
 588     }
 589     Thread runner = getDiscoverer().startDiscoverer(
 590             new PropertyChangeListener()
 591             {
 592
 593               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 594               {
 595                 if (getDiscoverer().services != null)
 596                 {
 597                   System.out.println("Changesupport: There are now "
 598                           + getDiscoverer().services.size() + " services");
 599                   int i = 1;
 600                   for (Jws2Instance instance : getDiscoverer().services)
 601                   {
 602                     System.out.println("Service " + i++ + " "
 603                             + instance.getClass() + "@"
 604                             + instance.getHost() + ": "
 605                             + instance.getActionText());
 606                   }
 607
 608                 }
 609               }
 610             });
 611     while (runner.isAlive())
 612     {
 613       try
 614       {
 615         Thread.sleep(50);
 616       } catch (InterruptedException e)
 617       {
 618       }
 619       ;
 620     }
 621     try
 622     {
 623       Thread.sleep(50);
 624     } catch (InterruptedException x)
 625     {
 626     }
 627   }
 628
 629   /**
 630    * Returns the singleton instance of this class.
 631    *
 632    * @return
 633    */
 634   public static Jws2Discoverer getDiscoverer()
 635   {
 636     if (discoverer == null)
 637     {
 638       discoverer = new Jws2Discoverer();
 639     }
 640     return discoverer;
 641   }
 642
 643   public boolean hasServices()
 644   {
 645     return !running && services != null && services.size() > 0;
 646   }
 647
 648   public boolean isRunning()
 649   {
 650     return running;
 651   }
 652
 653   public void setServiceUrls(List<String> wsUrls)
 654   {
 655     if (wsUrls != null && !wsUrls.isEmpty())
 656     {
 657       StringBuilder urls = new StringBuilder(128);
 658       String sep = "";
 659       for (String url : wsUrls)
 660       {
 661         urls.append(sep);
 662         urls.append(url);
 663         sep = ",";
 664       }
 665       Cache.setProperty(JWS2HOSTURLS, urls.toString());
 666     }
 667     else
 668     {
 669       Cache.removeProperty(JWS2HOSTURLS);
 670     }
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Returns web service URLs, in the order in which they should be tried (or an
 675    * empty list).
 676    *
 677    * @return
 678    */
 679   public List<String> getServiceUrls()
 680   {
 681     if (testUrls != null)
 682     {
 683       // return test urls, if there are any, instead of touching cache
 684       return testUrls;
 685     }
 686     List<String> urls = new ArrayList<String>();
 687
 688     if (this.preferredUrl != null)
 689     {
 690       urls.add(preferredUrl);
 691     }
 692
 693     String surls = Cache.getDefault(JWS2HOSTURLS, COMPBIO_JABAWS);
 694     try
 695     {
 696       StringTokenizer st = new StringTokenizer(surls, ",");
 697       while (st.hasMoreElements())
 698       {
 699         String url = null;
 700         try
 701         {
 702           url = st.nextToken();
 703           new URL(url);
 704           if (!urls.contains(url))
 705           {
 706             urls.add(url);
 707           }
 708           else
 709           {
 710             Cache.log.warn("Ignoring duplicate url " + url + " in "
 711                     + JWS2HOSTURLS + " list");
 712           }
 713         } catch (MalformedURLException ex)
 714         {
 715           Cache.log.warn("Problem whilst trying to make a URL from '"
 716                   + ((url != null) ? url : "<null>") + "'");
 717           Cache.log
 718                   .warn("This was probably due to a malformed comma separated list"
 719                           + " in the "
 720                           + JWS2HOSTURLS
 721                           + " entry of $(HOME)/.jalview_properties)");
 722           Cache.log.debug("Exception was ", ex);
 723         }
 724       }
 725     } catch (Exception ex)
 726     {
 727       Cache.log.warn("Error parsing comma separated list of urls in "
 728               + JWS2HOSTURLS + " preference.", ex);
 729     }
 730     return urls;
 731   }
 732
 733   public Vector<Jws2Instance> getServices()
 734   {
 735     return (services == null) ? new Vector<Jws2Instance>()
 736             : new Vector<Jws2Instance>(services);
 737   }
 738
 739   /**
 740    * test the given URL with the JabaWS test code
 741    *
 742    * @param foo
 743    * @return
 744    */
 745   public static boolean testServiceUrl(URL foo)
 746   {
 747     try
 748     {
 749       compbio.ws.client.WSTester
 750               .main(new String[] { "-h=" + foo.toString() });
 751     } catch (Exception e)
 752     {
 753       e.printStackTrace();
 754       return false;
 755     } catch (OutOfMemoryError e)
 756     {
 757       e.printStackTrace();
 758       return false;
 759     } catch (Error e)
 760     {
 761       e.printStackTrace();
 762       return false;
 763     }
 764
 765     return true;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Start a fresh discovery thread and notify the given object when we're
 770    * finished. Any known existing threads will be killed before this one is
 771    * started.
 772    *
 773    * @param changeSupport2
 774    * @return new thread
 775    */
 776   public Thread startDiscoverer(PropertyChangeListener changeSupport2)
 777   {
 778     if (isRunning())
 779     {
 780       setAborted(true);
 781     }
 782     addPropertyChangeListener(changeSupport2);
 783     Thread thr = new Thread(this);
 784     thr.start();
 785     return thr;
 786   }
 787
 788   /**
 789    * @return the invalidServiceUrls
 790    */
 791   public Vector<String> getInvalidServiceUrls()
 792   {
 793     return invalidServiceUrls;
 794   }
 795
 796   /**
 797    * @return the urlsWithoutServices
 798    */
 799   public Vector<String> getUrlsWithoutServices()
 800   {
 801     return urlsWithoutServices;
 802   }
 803
 804   /**
 805    * add an 'empty' JABA server to the list. Only servers not already in the
 806    * 'bad URL' list will be added to this list.
 807    *
 808    * @param jwsservers
 809    */
 810   public synchronized void addUrlwithnoservices(String jwsservers)
 811   {
 812     if (urlsWithoutServices == null)
 813     {
 814       urlsWithoutServices = new Vector<String>();
 815     }
 816
 817     if ((invalidServiceUrls == null || !invalidServiceUrls
 818             .contains(jwsservers))
 819             && !urlsWithoutServices.contains(jwsservers))
 820     {
 821       urlsWithoutServices.add(jwsservers);
 822     }
 823   }
 824
 825   /**
 826    * add a bad URL to the list
 827    *
 828    * @param jwsservers
 829    */
 830   public synchronized void addInvalidServiceUrl(String jwsservers)
 831   {
 832     if (invalidServiceUrls == null)
 833     {
 834       invalidServiceUrls = new Vector<String>();
 835     }
 836     if (!invalidServiceUrls.contains(jwsservers))
 837     {
 838       invalidServiceUrls.add(jwsservers);
 839     }
 840   }
 841
 842   /**
 843    *
 844    * @return a human readable report of any problems with the service URLs used
 845    *         for discovery
 846    */
 847   public String getErrorMessages()
 848   {
 849     if (!isRunning() && !isAborted())
 850     {
 851       StringBuffer ermsg = new StringBuffer();
 852       boolean list = false;
 853       if (getInvalidServiceUrls() != null
 854               && getInvalidServiceUrls().size() > 0)
 855       {
 856         ermsg.append(MessageManager.getString("warn.urls_not_contacted")
 857                 + ": \n");
 858         for (String svcurl : getInvalidServiceUrls())
 859         {
 860           if (list)
 861           {
 862             ermsg.append(", ");
 863           }
 864           list = true;
 865           ermsg.append(svcurl);
 866         }
 867         ermsg.append("\n\n");
 868       }
 869       list = false;
 870       if (getUrlsWithoutServices() != null
 871               && getUrlsWithoutServices().size() > 0)
 872       {
 873         ermsg.append(MessageManager.getString("warn.urls_no_jaba") + ": \n");
 874         for (String svcurl : getUrlsWithoutServices())
 875         {
 876           if (list)
 877           {
 878             ermsg.append(", ");
 879           }
 880           list = true;
 881           ermsg.append(svcurl);
 882         }
 883         ermsg.append("\n");
 884       }
 885       if (ermsg.length() > 1)
 886       {
 887         return ermsg.toString();
 888       }
 889
 890     }
 891     return null;
 892   }
 893
 894   public int getServerStatusFor(String url)
 895   {
 896     if (validServiceUrls != null && validServiceUrls.contains(url))
 897     {
 898       return 1;
 899     }
 900     if (urlsWithoutServices != null && urlsWithoutServices.contains(url))
 901     {
 902       return 0;
 903     }
 904     if (invalidServiceUrls != null && invalidServiceUrls.contains(url))
 905     {
 906       return -1;
 907     }
 908     return -2;
 909   }
 910
 911   /**
 912    * pick the user's preferred service based on a set of URLs (jaba server
 913    * locations) and service URIs (specifying version and service interface
 914    * class)
 915    *
 916    * @param serviceURL
 917    * @return null or best match for given uri/ls.
 918    */
 919   public Jws2Instance getPreferredServiceFor(String[] serviceURLs)
 920   {
 921     HashSet<String> urls = new HashSet<String>();
 922     urls.addAll(Arrays.asList(serviceURLs));
 923     Jws2Instance match = null;
 924     if (services != null)
 925     {
 926       for (Jws2Instance svc : services)
 927       {
 928         if (urls.contains(svc.getServiceTypeURI()))
 929         {
 930           if (match == null)
 931           {
 932             // for moment we always pick service from server ordered first in
 933             // user's preferences
 934             match = svc;
 935           }
 936           if (urls.contains(svc.getUri()))
 937           {
 938             // stop and return - we've matched type URI and URI for service
 939             // endpoint
 940             return svc;
 941           }
 942         }
 943       }
 944     }
 945     return match;
 946   }
 947
 948   Map<String, Map<String, String>> preferredServiceMap = new HashMap<String, Map<String, String>>();;
 949
 950   /**
 951    * get current preferred service of the given type, or global default
 952    *
 953    * @param af
 954    *          null or a specific alignFrame
 955    * @param serviceType
 956    *          Jws2Instance.serviceType for service
 957    * @return null if no service of this type is available, the preferred service
 958    *         for the serviceType and af if specified and if defined.
 959    */
 960   public Jws2Instance getPreferredServiceFor(AlignFrame af,
 961           String serviceType)
 962   {
 963     String serviceurl = null;
 964     synchronized (preferredServiceMap)
 965     {
 966       String afid = (af == null) ? "" : af.getViewport().getSequenceSetId();
 967       Map<String, String> prefmap = preferredServiceMap.get(afid);
 968       if (afid.length() > 0 && prefmap == null)
 969       {
 970         // recover global setting, if any
 971         prefmap = preferredServiceMap.get("");
 972       }
 973       if (prefmap != null)
 974       {
 975         serviceurl = prefmap.get(serviceType);
 976       }
 977
 978     }
 979     Jws2Instance response = null;
 980     for (Jws2Instance svc : services)
 981     {
 982       if (svc.serviceType.equals(serviceType))
 983       {
 984         if (serviceurl == null || serviceurl.equals(svc.getHost()))
 985         {
 986           response = svc;
 987           break;
 988         }
 989       }
 990     }
 991     return response;
 992   }
 993
 994   public void setPreferredServiceFor(AlignFrame af, String serviceType,
 995           String serviceAction, Jws2Instance selectedServer)
 996   {
 997     String afid = (af == null) ? "" : af.getViewport().getSequenceSetId();
 998     if (preferredServiceMap == null)
 999     {
1000       preferredServiceMap = new HashMap<String, Map<String, String>>();
1001     }
1002     Map<String, String> prefmap = preferredServiceMap.get(afid);
1003     if (prefmap == null)
1004     {
1005       prefmap = new HashMap<String, String>();
1006       preferredServiceMap.put(afid, prefmap);
1007     }
1008     prefmap.put(serviceType, selectedServer.getHost());
1009     prefmap.put(serviceAction, selectedServer.getHost());
1010   }
1011
1012   public void setPreferredServiceFor(String serviceType,
1013           String serviceAction, Jws2Instance selectedServer)
1014   {
1015     setPreferredServiceFor(null, serviceType, serviceAction, selectedServer);
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Set a URL to try before any others. For use with command-line parameter to
1020    * configure a local Jabaws installation without the need to add to property
1021    * files.
1022    *
1023    * @param value
1024    * @throws MalformedURLException
1025    */
1026   public void setPreferredUrl(String value) throws MalformedURLException
1027   {
1028     if (value != null && value.trim().length() > 0)
1029     {
1030       new URL(value);
1031       preferredUrl = value;
1032     }
1033   }
1034 }