src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  28 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  29 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  35 import java.beans.PropertyChangeListener;
  36 import java.net.URL;
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.HashMap;
  40 import java.util.HashSet;
  41 import java.util.Hashtable;
  42 import java.util.List;
  43 import java.util.Map;
  44 import java.util.Set;
  45 import java.util.StringTokenizer;
  46 import java.util.Vector;
  47
  48 import javax.swing.JMenu;
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50
  51 import compbio.ws.client.Services;
  52
  53 /**
  54  * discoverer for jws2 services. Follows the lightweight service discoverer
  55  * pattern (archetyped by EnfinEnvision2OneWay)
  56  *
  57  * @author JimP
  58  *
  59  */
  60 public class Jws2Discoverer implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  61 {
  62   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
  63           this);
  64
  65   /**
  66    * change listeners are notified of "services" property changes
  67    *
  68    * @param listener
  69    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  70    */
  71   public void addPropertyChangeListener(
  72           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  73   {
  74     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  75   }
  76
  77   /**
  78    *
  79    *
  80    * @param listener
  81    *          to be removed
  82    */
  83   public void removePropertyChangeListener(
  84           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  85   {
  86     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  87   }
  88
  89   boolean running = false, aborted = false;
  90
  91   /**
  92    * @return the aborted
  93    */
  94   public boolean isAborted()
  95   {
  96     return aborted;
  97   }
  98
  99   /**
 100    * @param aborted
 101    *          the aborted to set
 102    */
 103   public void setAborted(boolean aborted)
 104   {
 105     this.aborted = aborted;
 106   }
 107
 108   Thread oldthread = null;
 109
 110   public void run()
 111   {
 112
 113     if (running && oldthread != null && oldthread.isAlive())
 114     {
 115       if (!aborted)
 116       {
 117         return;
 118       }
 119       while (running)
 120       {
 121         try
 122         {
 123           Cache.log
 124                   .debug("Waiting around for old discovery thread to finish.");
 125           // wait around until old discoverer dies
 126           Thread.sleep(100);
 127         } catch (Exception e)
 128         {
 129         }
 130       }
 131       Cache.log.debug("Old discovery thread has finished.");
 132     }
 133     running = true;
 134
 135     // first set up exclusion list if needed
 136     final Set<String> ignoredServices = new HashSet<String>();
 137     for (String ignored : jalview.bin.Cache.getDefault(
 138             "IGNORED_JABAWS_SERVICETYPES", Services.JpredWS.toString())
 139             .split("\\|"))
 140     {
 141       ignoredServices.add(ignored);
 142     }
 143
 144     changeSupport.firePropertyChange("services", services, new Vector());
 145     oldthread = Thread.currentThread();
 146     try
 147     {
 148       Class foo = getClass().getClassLoader().loadClass(
 149               "compbio.ws.client.Jws2Client");
 150     } catch (ClassNotFoundException e)
 151     {
 152       System.err
 153               .println("Not enabling JABA Webservices : client jar is not available."
 154                       + "\nPlease check that your webstart JNLP file is up to date!");
 155       running = false;
 156       return;
 157     }
 158     // reinitialise records of good and bad service URLs
 159     if (services != null)
 160     {
 161       services.removeAllElements();
 162     }
 163     if (urlsWithoutServices != null)
 164     {
 165       urlsWithoutServices.removeAllElements();
 166     }
 167     if (invalidServiceUrls != null)
 168     {
 169       invalidServiceUrls.removeAllElements();
 170     }
 171     if (validServiceUrls != null)
 172     {
 173       validServiceUrls.removeAllElements();
 174     }
 175     ArrayList<String> svctypes = new ArrayList<String>();
 176
 177     List<JabaWsServerQuery> qrys = new ArrayList<JabaWsServerQuery>();
 178     for (final String jwsservers : getServiceUrls())
 179     {
 180       JabaWsServerQuery squery = new JabaWsServerQuery(this, jwsservers);
 181       if (svctypes.size() == 0)
 182       {
 183         // TODO: remove this ugly hack to get Canonical JABA service ordering
 184         // for all possible services
 185         for (Services sv : squery.JABAWS2SERVERS)
 186         {
 187           if (!ignoredServices.contains(sv.toString()))
 188           {
 189             svctypes.add(sv.toString());
 190           }
 191         }
 192
 193       }
 194       qrys.add(squery);
 195       new Thread(squery).start();
 196     }
 197     boolean finished = true;
 198     do
 199     {
 200       finished = true;
 201       try
 202       {
 203         Thread.sleep(100);
 204       } catch (Exception e)
 205       {
 206       }
 207       ;
 208       for (JabaWsServerQuery squery : qrys)
 209       {
 210         if (squery.isRunning())
 211         {
 212           finished = false;
 213         }
 214       }
 215       if (aborted)
 216       {
 217         Cache.log.debug("Aborting " + qrys.size()
 218                 + " JABAWS discovery threads.");
 219         for (JabaWsServerQuery squery : qrys)
 220         {
 221           squery.setQuit(true);
 222         }
 223       }
 224     } while (!aborted && !finished);
 225     if (!aborted)
 226     {
 227       // resort services according to order found in jabaws service list
 228       // also ensure servics for each host are ordered in same way.
 229
 230       if (services != null && services.size() > 0)
 231       {
 232         Jws2Instance[] svcs = new Jws2Instance[services.size()];
 233         int[] spos = new int[services.size()];
 234         int ipos = 0;
 235         Vector svcUrls = getServiceUrls();
 236         for (Jws2Instance svc : services)
 237         {
 238           svcs[ipos] = svc;
 239           spos[ipos++] = 1000 * svcUrls.indexOf(svc.getHost()) + 1
 240                   + svctypes.indexOf(svc.serviceType);
 241         }
 242         jalview.util.QuickSort.sort(spos, svcs);
 243         services = new Vector<Jws2Instance>();
 244         for (Jws2Instance svc : svcs)
 245         {
 246           if (!ignoredServices.contains(svc.serviceType))
 247           {
 248             services.add(svc);
 249           }
 250         }
 251       }
 252     }
 253     oldthread = null;
 254     running = false;
 255     changeSupport.firePropertyChange("services", new Vector(), services);
 256   }
 257
 258   /**
 259    * record this service endpoint so we can use it
 260    *
 261    * @param jwsservers
 262    * @param srv
 263    * @param service2
 264    */
 265   synchronized void addService(String jwsservers, Jws2Instance service)
 266   {
 267     if (services == null)
 268     {
 269       services = new Vector<Jws2Instance>();
 270     }
 271     System.out.println("Discovered service: " + jwsservers + " "
 272             + service.toString());
 273     // Jws2Instance service = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 274     // service2);
 275
 276     services.add(service);
 277     // retrieve the presets and parameter set and cache now
 278     ParamDatastoreI pds = service.getParamStore();
 279     if (pds != null)
 280     {
 281       pds.getPresets();
 282     }
 283     service.hasParameters();
 284     if (validServiceUrls == null)
 285     {
 286       validServiceUrls = new Vector();
 287     }
 288     validServiceUrls.add(jwsservers);
 289   }
 290
 291   /**
 292    * holds list of services.
 293    */
 294   protected Vector<Jws2Instance> services;
 295
 296   /**
 297    * attach all available web services to the appropriate submenu in the given
 298    * JMenu
 299    */
 300   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
 301   {
 302     // dynamically regenerate service list.
 303     populateWSMenuEntry(wsmenu, alignFrame, null);
 304   }
 305
 306   private boolean isRecalculable(String action)
 307   {
 308     return (action != null && action.equalsIgnoreCase("conservation"));
 309   }
 310
 311   private void populateWSMenuEntry(JMenu jws2al,
 312           final AlignFrame alignFrame, String typeFilter)
 313   {
 314     if (running || services == null || services.size() == 0)
 315     {
 316       return;
 317     }
 318     boolean byhost = Cache.getDefault("WSMENU_BYHOST", false), bytype = Cache
 319             .getDefault("WSMENU_BYTYPE", false);
 320     /**
 321      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 322      * for moment we keep them separate.
 323      */
 324     JMenu atpoint;
 325     List<Jws2Instance> enumerableServices = new ArrayList<Jws2Instance>();
 326     // jws2al.removeAll();
 327     Map<String, Jws2Instance> preferredHosts = new HashMap<String, Jws2Instance>();
 328     Map<String, List<Jws2Instance>> alternates = new HashMap<String, List<Jws2Instance>>();
 329     for (Jws2Instance service : services.toArray(new Jws2Instance[0]))
 330     {
 331       if (!isRecalculable(service.action))
 332       {
 333         // add 'one shot' services to be displayed using the classic menu
 334         // structure
 335         enumerableServices.add(service);
 336       }
 337       else
 338       {
 339         if (!preferredHosts.containsKey(service.serviceType))
 340         {
 341           Jws2Instance preferredInstance = getPreferredServiceFor(
 342                   alignFrame, service.serviceType);
 343           if (preferredInstance != null)
 344           {
 345             preferredHosts.put(service.serviceType, preferredInstance);
 346           }
 347           else
 348           {
 349             preferredHosts.put(service.serviceType, service);
 350           }
 351         }
 352         List<Jws2Instance> ph = alternates.get(service.serviceType);
 353         if (preferredHosts.get(service.serviceType) != service)
 354         {
 355           if (ph == null)
 356           {
 357             ph = new ArrayList<Jws2Instance>();
 358           }
 359           ph.add(service);
 360           alternates.put(service.serviceType, ph);
 361         }
 362       }
 363
 364     }
 365
 366     // create GUI element for classic services
 367     addEnumeratedServices(jws2al, alignFrame, enumerableServices);
 368     // and the instantaneous services
 369     for (final Jws2Instance service : preferredHosts.values())
 370     {
 371       atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(jws2al, service.action);
 372       JMenuItem hitm;
 373       if (atpoint.getItemCount() > 1)
 374       {
 375         // previous service of this type already present
 376         atpoint.addSeparator();
 377       }
 378       atpoint.add(hitm = new JMenuItem(service.getHost()));
 379       hitm.setForeground(Color.blue);
 380       hitm.addActionListener(new ActionListener()
 381       {
 382
 383         @Override
 384         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 385         {
 386           Desktop.showUrl(service.getHost());
 387         }
 388       });
 389       hitm.setToolTipText(JvSwingUtils
 390               .wrapTooltip("Opens the JABAWS server's homepage in web browser"));
 391
 392       service.attachWSMenuEntry(atpoint, alignFrame);
 393       if (alternates.containsKey(service.serviceType))
 394       {
 395         atpoint.add(hitm = new JMenu("Switch server"));
 396         hitm.setToolTipText(JvSwingUtils
 397                 .wrapTooltip("Choose a server for running this service"));
 398         for (final Jws2Instance sv : alternates.get(service.serviceType))
 399         {
 400           JMenuItem itm;
 401           hitm.add(itm = new JMenuItem(sv.getHost()));
 402           itm.setForeground(Color.blue);
 403           itm.addActionListener(new ActionListener()
 404           {
 405
 406             @Override
 407             public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 408             {
 409               new Thread(new Runnable()
 410               {
 411                 public void run()
 412                 {
 413                   setPreferredServiceFor(alignFrame, sv.serviceType,
 414                           sv.action, sv);
 415                   changeSupport.firePropertyChange("services",
 416                           new Vector(), services);
 417                 };
 418               }).start();
 419
 420             }
 421           });
 422         }
 423         /*
 424          * hitm.addActionListener(new ActionListener() {
 425          *
 426          * @Override public void actionPerformed(ActionEvent arg0) { new
 427          * Thread(new Runnable() {
 428          *
 429          * @Override public void run() { new SetPreferredServer(alignFrame,
 430          * service.serviceType, service.action); } }).start(); } });
 431          */
 432       }
 433     }
 434   }
 435
 436   /**
 437    * add services using the Java 2.5/2.6/2.7 system which optionally creates
 438    * submenus to index by host and service program type
 439    */
 440   private void addEnumeratedServices(final JMenu jws2al,
 441           final AlignFrame alignFrame, List<Jws2Instance> enumerableServices)
 442   {
 443     boolean byhost = Cache.getDefault("WSMENU_BYHOST", false), bytype = Cache
 444             .getDefault("WSMENU_BYTYPE", false);
 445     /**
 446      * eventually, JWS2 services will appear under the same align/etc submenus.
 447      * for moment we keep them separate.
 448      */
 449     JMenu atpoint;
 450     MsaWSClient msacl = new MsaWSClient();
 451     List<String> hostLabels = new ArrayList<String>();
 452     Hashtable<String, String> lasthostFor = new Hashtable<String, String>();
 453     Hashtable<String, ArrayList<Jws2Instance>> hosts = new Hashtable<String, ArrayList<Jws2Instance>>();
 454     ArrayList<String> hostlist = new ArrayList<String>();
 455     for (Jws2Instance service : enumerableServices)
 456     {
 457       ArrayList<Jws2Instance> hostservices = hosts.get(service.getHost());
 458       if (hostservices == null)
 459       {
 460         hosts.put(service.getHost(),
 461                 hostservices = new ArrayList<Jws2Instance>());
 462         hostlist.add(service.getHost());
 463       }
 464       hostservices.add(service);
 465     }
 466     // now add hosts in order of the given array
 467     for (String host : hostlist)
 468     {
 469       Jws2Instance orderedsvcs[] = hosts.get(host).toArray(
 470               new Jws2Instance[1]);
 471       String sortbytype[] = new String[orderedsvcs.length];
 472       for (int i = 0; i < sortbytype.length; i++)
 473       {
 474         sortbytype[i] = orderedsvcs[i].serviceType;
 475       }
 476       jalview.util.QuickSort.sort(sortbytype, orderedsvcs);
 477       for (final Jws2Instance service : orderedsvcs)
 478       {
 479         atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(jws2al, service.action);
 480         String type = service.serviceType;
 481         if (byhost)
 482         {
 483           atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(atpoint, host);
 484           if (atpoint.getToolTipText() == null)
 485           {
 486             atpoint.setToolTipText("Services at " + host);
 487           }
 488         }
 489         if (bytype)
 490         {
 491           atpoint = JvSwingUtils.findOrCreateMenu(atpoint, type);
 492           if (atpoint.getToolTipText() == null)
 493           {
 494             atpoint.setToolTipText(service.getActionText());
 495           }
 496         }
 497         if (!byhost
 498                 && !hostLabels.contains(host + service.serviceType
 499                         + service.getActionText()))
 500         // !hostLabels.contains(host + (bytype ?
 501         // service.serviceType+service.getActionText() : "")))
 502         {
 503           // add a marker indicating where this service is hosted
 504           // relies on services from the same host being listed in a
 505           // contiguous
 506           // group
 507           JMenuItem hitm;
 508           if (hostLabels.contains(host))
 509           {
 510             atpoint.addSeparator();
 511           }
 512           else
 513           {
 514             hostLabels.add(host);
 515           }
 516           if (lasthostFor.get(service.action) == null
 517                   || !lasthostFor.get(service.action).equals(host))
 518           {
 519             atpoint.add(hitm = new JMenuItem(host));
 520             hitm.setForeground(Color.blue);
 521             hitm.addActionListener(new ActionListener()
 522             {
 523
 524               @Override
 525               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 526               {
 527                 Desktop.showUrl(service.getHost());
 528               }
 529             });
 530             hitm.setToolTipText(JvSwingUtils
 531                     .wrapTooltip("Opens the JABAWS server's homepage in web browser"));
 532             lasthostFor.put(service.action, host);
 533           }
 534           hostLabels.add(host + service.serviceType
 535                   + service.getActionText());
 536         }
 537
 538         service.attachWSMenuEntry(atpoint, alignFrame);
 539       }
 540     }
 541   }
 542
 543   public static void main(String[] args)
 544   {
 545     if (args.length > 0)
 546     {
 547       testUrls = new Vector<String>();
 548       for (String url : args)
 549       {
 550         testUrls.add(url);
 551       }
 552       ;
 553     }
 554     Thread runner = getDiscoverer().startDiscoverer(
 555             new PropertyChangeListener()
 556             {
 557
 558               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 559               {
 560                 if (getDiscoverer().services != null)
 561                 {
 562                   System.out.println("Changesupport: There are now "
 563                           + getDiscoverer().services.size() + " services");
 564                   int i = 1;
 565                   for (Jws2Instance instance : getDiscoverer().services)
 566                   {
 567                     System.out.println("Service " + i++ + " "
 568                             + instance.getClass() + "@"
 569                             + instance.getHost() + ": "
 570                             + instance.getActionText());
 571                   }
 572
 573                 }
 574               }
 575             });
 576     while (runner.isAlive())
 577     {
 578       try
 579       {
 580         Thread.sleep(50);
 581       } catch (InterruptedException e)
 582       {
 583       }
 584       ;
 585     }
 586     try
 587     {
 588       Thread.sleep(50);
 589     } catch (InterruptedException x)
 590     {
 591     }
 592   }
 593
 594   private static Jws2Discoverer discoverer;
 595
 596   public static Jws2Discoverer getDiscoverer()
 597   {
 598     if (discoverer == null)
 599     {
 600       discoverer = new Jws2Discoverer();
 601     }
 602     return discoverer;
 603   }
 604
 605   public boolean hasServices()
 606   {
 607     // TODO Auto-generated method stub
 608     return !running && services != null && services.size() > 0;
 609   }
 610
 611   public boolean isRunning()
 612   {
 613     return running;
 614   }
 615
 616   /**
 617    * the jalview .properties entry for JWS2 URLS
 618    */
 619   final static String JWS2HOSTURLS = "JWS2HOSTURLS";
 620
 621   public static void setServiceUrls(Vector<String> urls)
 622   {
 623     if (urls != null)
 624     {
 625       StringBuffer urlbuffer = new StringBuffer();
 626       String sep = "";
 627       for (String url : urls)
 628       {
 629         urlbuffer.append(sep);
 630         urlbuffer.append(url);
 631         sep = ",";
 632       }
 633       Cache.setProperty(JWS2HOSTURLS, urlbuffer.toString());
 634     }
 635     else
 636     {
 637       Cache.removeProperty(JWS2HOSTURLS);
 638     }
 639   }
 640
 641   private static Vector<String> testUrls = null;
 642
 643   public static Vector<String> getServiceUrls()
 644   {
 645     if (testUrls != null)
 646     {
 647       // return test urls, if there are any, instead of touching cache
 648       return testUrls;
 649     }
 650     String surls = Cache.getDefault(JWS2HOSTURLS,
 651             "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws");
 652     Vector<String> urls = new Vector<String>();
 653     try
 654     {
 655       StringTokenizer st = new StringTokenizer(surls, ",");
 656       while (st.hasMoreElements())
 657       {
 658         String url = null;
 659         try
 660         {
 661           java.net.URL u = new java.net.URL(url = st.nextToken());
 662           if (!urls.contains(url))
 663           {
 664             urls.add(url);
 665           }
 666           else
 667           {
 668             jalview.bin.Cache.log.info("Ignoring duplicate url in "
 669                     + JWS2HOSTURLS + " list");
 670           }
 671         } catch (Exception ex)
 672         {
 673           jalview.bin.Cache.log
 674                   .warn("Problem whilst trying to make a URL from '"
 675                           + ((url != null) ? url : "<null>") + "'");
 676           jalview.bin.Cache.log
 677                   .warn("This was probably due to a malformed comma separated list"
 678                           + " in the "
 679                           + JWS2HOSTURLS
 680                           + " entry of $(HOME)/.jalview_properties)");
 681           jalview.bin.Cache.log.debug("Exception was ", ex);
 682         }
 683       }
 684     } catch (Exception ex)
 685     {
 686       jalview.bin.Cache.log.warn(
 687               "Error parsing comma separated list of urls in "
 688                       + JWS2HOSTURLS + " preference.", ex);
 689     }
 690     if (urls.size() >= 0)
 691     {
 692       return urls;
 693     }
 694     return null;
 695   }
 696
 697   public Vector<Jws2Instance> getServices()
 698   {
 699     return (services == null) ? new Vector<Jws2Instance>()
 700             : new Vector<Jws2Instance>(services);
 701   }
 702
 703   /**
 704    * test the given URL with the JabaWS test code
 705    *
 706    * @param foo
 707    * @return
 708    */
 709   public static boolean testServiceUrl(URL foo)
 710   {
 711     try
 712     {
 713       compbio.ws.client.WSTester.main(new String[]
 714       { "-h=" + foo.toString() });
 715     } catch (Exception e)
 716     {
 717       e.printStackTrace();
 718       return false;
 719     } catch (OutOfMemoryError e)
 720     {
 721       e.printStackTrace();
 722       return false;
 723     } catch (Error e)
 724     {
 725       e.printStackTrace();
 726       return false;
 727     }
 728
 729     return true;
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Start a fresh discovery thread and notify the given object when we're
 734    * finished. Any known existing threads will be killed before this one is
 735    * started.
 736    *
 737    * @param changeSupport2
 738    * @return new thread
 739    */
 740   public Thread startDiscoverer(PropertyChangeListener changeSupport2)
 741   {
 742     if (isRunning())
 743     {
 744       setAborted(true);
 745     }
 746     addPropertyChangeListener(changeSupport2);
 747     Thread thr = new Thread(this);
 748     thr.start();
 749     return thr;
 750   }
 751
 752   Vector<String> invalidServiceUrls = null, urlsWithoutServices = null,
 753           validServiceUrls = null;
 754
 755   /**
 756    * @return the invalidServiceUrls
 757    */
 758   public Vector<String> getInvalidServiceUrls()
 759   {
 760     return invalidServiceUrls;
 761   }
 762
 763   /**
 764    * @return the urlsWithoutServices
 765    */
 766   public Vector<String> getUrlsWithoutServices()
 767   {
 768     return urlsWithoutServices;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * add an 'empty' JABA server to the list. Only servers not already in the
 773    * 'bad URL' list will be added to this list.
 774    *
 775    * @param jwsservers
 776    */
 777   public synchronized void addUrlwithnoservices(String jwsservers)
 778   {
 779     if (urlsWithoutServices == null)
 780     {
 781       urlsWithoutServices = new Vector<String>();
 782     }
 783
 784     if ((invalidServiceUrls == null || !invalidServiceUrls
 785             .contains(jwsservers))
 786             && !urlsWithoutServices.contains(jwsservers))
 787     {
 788       urlsWithoutServices.add(jwsservers);
 789     }
 790   }
 791
 792   /**
 793    * add a bad URL to the list
 794    *
 795    * @param jwsservers
 796    */
 797   public synchronized void addInvalidServiceUrl(String jwsservers)
 798   {
 799     if (invalidServiceUrls == null)
 800     {
 801       invalidServiceUrls = new Vector<String>();
 802     }
 803     if (!invalidServiceUrls.contains(jwsservers))
 804     {
 805       invalidServiceUrls.add(jwsservers);
 806     }
 807   }
 808
 809   /**
 810    *
 811    * @return a human readable report of any problems with the service URLs used
 812    *         for discovery
 813    */
 814   public String getErrorMessages()
 815   {
 816     if (!isRunning() && !isAborted())
 817     {
 818       StringBuffer ermsg = new StringBuffer();
 819       boolean list = false;
 820       if (getInvalidServiceUrls() != null
 821               && getInvalidServiceUrls().size() > 0)
 822       {
 823         ermsg.append("URLs that could not be contacted: \n");
 824         for (String svcurl : getInvalidServiceUrls())
 825         {
 826           if (list)
 827           {
 828             ermsg.append(", ");
 829           }
 830           list = true;
 831           ermsg.append(svcurl);
 832         }
 833         ermsg.append("\n\n");
 834       }
 835       list = false;
 836       if (getUrlsWithoutServices() != null
 837               && getUrlsWithoutServices().size() > 0)
 838       {
 839         ermsg.append("URLs without any JABA Services : \n");
 840         for (String svcurl : getUrlsWithoutServices())
 841         {
 842           if (list)
 843           {
 844             ermsg.append(", ");
 845           }
 846           list = true;
 847           ermsg.append(svcurl);
 848         }
 849         ermsg.append("\n");
 850       }
 851       if (ermsg.length() > 1)
 852       {
 853         return ermsg.toString();
 854       }
 855
 856     }
 857     return null;
 858   }
 859
 860   public int getServerStatusFor(String url)
 861   {
 862     if (validServiceUrls != null && validServiceUrls.contains(url))
 863     {
 864       return 1;
 865     }
 866     if (urlsWithoutServices != null && urlsWithoutServices.contains(url))
 867       return 0;
 868     if (invalidServiceUrls != null && invalidServiceUrls.contains(url))
 869     {
 870       return -1;
 871     }
 872     return -2;
 873   }
 874
 875   /**
 876    * pick the user's preferred service based on a set of URLs (jaba server
 877    * locations) and service URIs (specifying version and service interface
 878    * class)
 879    *
 880    * @param serviceURL
 881    * @return null or best match for given uri/ls.
 882    */
 883   public Jws2Instance getPreferredServiceFor(String[] serviceURLs)
 884   {
 885     HashSet<String> urls = new HashSet<String>();
 886     urls.addAll(Arrays.asList(serviceURLs));
 887     Jws2Instance match = null;
 888     if (services != null)
 889     {
 890       for (Jws2Instance svc : services)
 891       {
 892         if (urls.contains(svc.getServiceTypeURI()))
 893         {
 894           if (match == null)
 895           {
 896             // for moment we always pick service from server ordered first in
 897             // user's preferences
 898             match = svc;
 899           }
 900           if (urls.contains(svc.getUri()))
 901           {
 902             // stop and return - we've matched type URI and URI for service
 903             // endpoint
 904             return svc;
 905           }
 906         }
 907       }
 908     }
 909     return match;
 910   }
 911
 912   Map<String, Map<String, String>> preferredServiceMap = new HashMap<String, Map<String, String>>();;
 913
 914   /**
 915    * get current preferred service of the given type, or global default
 916    *
 917    * @param af
 918    *          null or a specific alignFrame
 919    * @param serviceType
 920    *          Jws2Instance.serviceType for service
 921    * @return null if no service of this type is available, the preferred service
 922    *         for the serviceType and af if specified and if defined.
 923    */
 924   public Jws2Instance getPreferredServiceFor(AlignFrame af,
 925           String serviceType)
 926   {
 927     String serviceurl = null;
 928     synchronized (preferredServiceMap)
 929     {
 930       String afid = (af == null) ? "" : af.getViewport().getSequenceSetId();
 931       Map<String, String> prefmap = preferredServiceMap.get(afid);
 932       if (afid.length() > 0 && prefmap == null)
 933       {
 934         // recover global setting, if any
 935         prefmap = preferredServiceMap.get("");
 936       }
 937       if (prefmap != null)
 938       {
 939         serviceurl = prefmap.get(serviceType);
 940       }
 941
 942     }
 943     Jws2Instance response = null;
 944     for (Jws2Instance svc : services)
 945     {
 946       if (svc.serviceType.equals(serviceType))
 947       {
 948         if (serviceurl == null || serviceurl.equals(svc.getHost()))
 949         {
 950           response = svc;
 951           break;
 952         }
 953       }
 954     }
 955     return response;
 956   }
 957
 958   public void setPreferredServiceFor(AlignFrame af, String serviceType,
 959           String serviceAction, Jws2Instance selectedServer)
 960   {
 961     String afid = (af == null) ? "" : af.getViewport().getSequenceSetId();
 962     if (preferredServiceMap == null)
 963     {
 964       preferredServiceMap = new HashMap<String, Map<String, String>>();
 965     }
 966     Map<String, String> prefmap = preferredServiceMap.get(afid);
 967     if (prefmap == null)
 968     {
 969       prefmap = new HashMap<String, String>();
 970       preferredServiceMap.put(afid, prefmap);
 971     }
 972     prefmap.put(serviceType, selectedServer.getHost());
 973     prefmap.put(serviceAction, selectedServer.getHost());
 974   }
 975
 976   public void setPreferredServiceFor(String serviceType,
 977           String serviceAction, Jws2Instance selectedServer)
 978   {
 979     setPreferredServiceFor(null, serviceType, serviceAction, selectedServer);
 980   }
 981 }