src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.gui.Desktop;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  31 import jalview.ws.api.JalviewServiceEndpointProviderI;
  32 import jalview.ws.api.MultipleSequenceAlignmentI;
  33 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  34 import jalview.ws.gui.MsaWSThread;
  35 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  36 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  37 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  38
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.MouseAdapter;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JMenu;
  46 import javax.swing.JMenuItem;
  47 import javax.swing.ToolTipManager;
  48
  49 /**
  50  * MsaWSClient
  51  *
  52  * Instantiates web service menu items for multiple alignment services, and
  53  * holds logic for constructing a web service thread.
  54  *
  55  * TODO remove dependency on Jws2Client methods for creating AACon service UI
  56  * elements.
  57  *
  58  * @author Jim Procter et al
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class MsaWSClient extends Jws2Client implements WSMenuEntryProviderI
  62 {
  63   /**
  64    * server is a proxy class implementing the core methods for submitting,
  65    * monitoring and retrieving results from a multiple sequence alignment
  66    * service
  67    */
  68   MultipleSequenceAlignmentI server;
  69
  70   public MsaWSClient(ServiceWithParameters sh, String altitle,
  71           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  72           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  73           AlignFrame _alignFrame)
  74   {
  75     this(sh, null, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  76             seqdataset, _alignFrame);
  77     // TODO Auto-generated constructor stub
  78   }
  79
  80   public MsaWSClient(ServiceWithParameters sh, WsParamSetI preset,
  81           String altitle,
  82           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  83           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  84           AlignFrame _alignFrame)
  85   {
  86     this(sh, preset, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  87             seqdataset, _alignFrame);
  88     // TODO Auto-generated constructor stub
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
  93    * retrieved ServiceHandle
  94    *
  95    * @param sh
  96    *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
  97    * @param altitle
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    * @param msa
 100    *          DOCUMENT ME!
 101    * @param submitGaps
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    * @param preserveOrder
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    */
 106
 107   public MsaWSClient(ServiceWithParameters sh, WsParamSetI preset,
 108           List<ArgumentI> arguments, boolean editParams, String altitle,
 109           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
 110           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
 111           AlignFrame _alignFrame)
 112   {
 113     super(_alignFrame, preset, arguments);
 114     if (!processParams(sh, editParams))
 115     {
 116       return;
 117     }
 118
 119     if (!(sh instanceof JalviewServiceEndpointProviderI
 120             && ((JalviewServiceEndpointProviderI) sh)
 121                     .getEndpoint() instanceof MultipleSequenceAlignmentI))
 122     {
 123       // redundant at mo - but may change
 124       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 125               MessageManager.formatMessage(
 126                       "label.service_called_is_not_msa_service",
 127                       new String[]
 128                       { sh.getName() }),
 129               MessageManager.getString("label.internal_jalview_error"),
 130               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 131
 132       return;
 133     }
 134     serviceHandle = sh;
 135     server = (MultipleSequenceAlignmentI) ((JalviewServiceEndpointProviderI) sh)
 136             .getEndpoint();
 137     if ((wsInfo = setWebService(sh, false)) == null)
 138     {
 139       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 140               .formatMessage("label.msa_service_is_unknown", new String[]
 141               { sh.getName() }),
 142               MessageManager.getString("label.internal_jalview_error"),
 143               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 144
 145       return;
 146     }
 147
 148     startMsaWSClient(altitle, msa, submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 149
 150   }
 151
 152   public MsaWSClient()
 153   {
 154     super();
 155     // add a class reference to the list
 156   }
 157
 158   private void startMsaWSClient(String altitle, AlignmentView msa,
 159           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset)
 160   {
 161     // if (!locateWebService())
 162     // {
 163     // return;
 164     // }
 165
 166     wsInfo.setProgressText(((submitGaps) ? "Re-alignment" : "Alignment")
 167             + " of " + altitle + "\nJob details\n");
 168     String jobtitle = WebServiceName.toLowerCase();
 169     if (jobtitle.endsWith("alignment"))
 170     {
 171       if (submitGaps && (!jobtitle.endsWith("realignment")
 172               || jobtitle.indexOf("profile") == -1))
 173       {
 174         int pos = jobtitle.indexOf("alignment");
 175         jobtitle = WebServiceName.substring(0, pos) + "re-alignment of "
 176                 + altitle;
 177       }
 178       else
 179       {
 180         jobtitle = WebServiceName + " of " + altitle;
 181       }
 182     }
 183     else
 184     {
 185       jobtitle = WebServiceName + (submitGaps ? " re" : " ")
 186               + "alignment of " + altitle;
 187     }
 188
 189     MsaWSThread msathread = new MsaWSThread(server, preset, paramset, WsURL,
 190             wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa, submitGaps,
 191             preserveOrder, seqdataset);
 192     if (msathread.hasValidInput())
 193     {
 194       wsInfo.setthisService(msathread);
 195       wsInfo.setVisible(true);
 196       msathread.start();
 197     }
 198     else
 199     {
 200       JvOptionPane.showMessageDialog(alignFrame,
 201               MessageManager.getString("info.invalid_msa_input_mininfo"),
 202               MessageManager.getString("info.invalid_msa_notenough"),
 203               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 204       wsInfo.setVisible(false);
 205     }
 206   }
 207
 208   public static void main(String[] args)
 209   {
 210     System.out.println("A".matches("(-*[a-zA-Z]-*){1}[a-zA-Z-]*"));
 211   }
 212
 213   protected String getServiceActionKey()
 214   {
 215     return "MsaWS";
 216   }
 217
 218   protected String getServiceActionDescription()
 219   {
 220     return "Multiple Sequence Alignment";
 221   }
 222
 223   /**
 224    * look at ourselves and work out if we are a service that can take a profile
 225    * and align to it
 226    *
 227    * @return true if we can send gapped sequences to the alignment service
 228    */
 229   private boolean canSubmitGaps()
 230   {
 231     // TODO: query service or extract service handle props to check if we can
 232     // realign
 233     return (WebServiceName.indexOf("lustal") > -1); // cheat!
 234   }
 235
 236   @Override
 237   public void attachWSMenuEntry(JMenu rmsawsmenu,
 238           final Jws2Instance service, final AlignFrame alignFrame)
 239   {
 240     if (registerAAConWSInstance(rmsawsmenu, service, alignFrame))
 241     {
 242       // Alignment dependent analysis calculation WS gui
 243       return;
 244     }
 245     serviceHandle = service;
 246     setWebService(service, true); // headless
 247     attachWSMenuEntry(rmsawsmenu, alignFrame);
 248   }
 249
 250   @Override
 251   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, AlignFrame alignFrame)
 252   {
 253     boolean finished = true, submitGaps = false;
 254     /**
 255      * temp variables holding msa service submenu or root service menu
 256      */
 257     JMenu msawsmenu = wsmenu;
 258     JMenu rmsawsmenu = wsmenu;
 259     String svcname = WebServiceName;
 260     if (svcname.endsWith("WS"))
 261     {
 262       svcname = svcname.substring(0, svcname.length() - 2);
 263     }
 264     String calcName = svcname + " ";
 265     if (canSubmitGaps())
 266     {
 267       msawsmenu = new JMenu(svcname);
 268       rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 269       calcName = "";
 270     }
 271     boolean hasparams = serviceHandle.hasParameters();
 272     ServiceWithParameters service = (ServiceWithParameters) serviceHandle;
 273     do
 274     {
 275       String action = "Align ";
 276       if (submitGaps == true)
 277       {
 278         action = "Realign ";
 279         msawsmenu = new JMenu(MessageManager
 280                 .formatMessage("label.realign_with_params", new String[]
 281                 { svcname }));
 282         msawsmenu.setToolTipText(MessageManager
 283                 .getString("label.align_sequences_to_existing_alignment"));
 284         rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 285       }
 286       final boolean withGaps = submitGaps;
 287
 288       JMenuItem method = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 289               "label.calcname_with_default_settings", new String[]
 290               { calcName }));
 291       method.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 292               "label.action_with_default_settings", new String[]
 293               { action }));
 294
 295       method.addActionListener(new ActionListener()
 296       {
 297         @Override
 298         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 299         {
 300           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 301
 302           if (msa != null)
 303           {
 304             new MsaWSClient(service, alignFrame.getTitle(), msa, withGaps,
 305                     true,
 306                     alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 307                     alignFrame);
 308           }
 309
 310         }
 311       });
 312       msawsmenu.add(method);
 313       if (hasparams)
 314       {
 315         // only add these menu options if the service has user-modifiable
 316         // arguments
 317         method = new JMenuItem(
 318                 MessageManager.getString("label.edit_settings_and_run"));
 319         method.setToolTipText(MessageManager.getString(
 320                 "label.view_and_change_parameters_before_alignment"));
 321
 322         method.addActionListener(new ActionListener()
 323         {
 324           @Override
 325           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 326           {
 327             AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 328             if (msa != null)
 329             {
 330               new MsaWSClient(service, null, null, true,
 331                       alignFrame.getTitle(), msa, withGaps, true,
 332                       alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 333                       alignFrame);
 334             }
 335
 336           }
 337         });
 338         msawsmenu.add(method);
 339         List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 340         if (presets != null && presets.size() > 0)
 341         {
 342           JMenu presetlist = new JMenu(MessageManager.formatMessage(
 343                   "label.run_with_preset_params", new String[]
 344                   { calcName }));
 345
 346           final int showToolTipFor = ToolTipManager.sharedInstance()
 347                   .getDismissDelay();
 348           for (final WsParamSetI preset : presets)
 349           {
 350             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 351             final int QUICK_TOOLTIP = 1500;
 352             // JAL-1582 shorten tooltip display time in these menu items as
 353             // they can obscure other options
 354             methodR.addMouseListener(new MouseAdapter()
 355             {
 356               @Override
 357               public void mouseEntered(MouseEvent e)
 358               {
 359                 ToolTipManager.sharedInstance()
 360                         .setDismissDelay(QUICK_TOOLTIP);
 361               }
 362
 363               @Override
 364               public void mouseExited(MouseEvent e)
 365               {
 366                 ToolTipManager.sharedInstance()
 367                         .setDismissDelay(showToolTipFor);
 368               }
 369
 370             });
 371             String tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, "<strong>"
 372                     + (preset.isModifiable()
 373                             ? MessageManager.getString("label.user_preset")
 374                             : MessageManager
 375                                     .getString("label.service_preset"))
 376                     + "</strong><br/>" + preset.getDescription());
 377             methodR.setToolTipText(tooltip);
 378             methodR.addActionListener(new ActionListener()
 379             {
 380               @Override
 381               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 382               {
 383                 AlignmentView msa = alignFrame
 384                         .gatherSequencesForAlignment();
 385
 386                 if (msa != null)
 387                 {
 388                   MsaWSClient msac = new MsaWSClient(service, preset,
 389                           alignFrame.getTitle(), msa, false, true,
 390                           alignFrame.getViewport().getAlignment()
 391                                   .getDataset(),
 392                           alignFrame);
 393                 }
 394
 395               }
 396
 397             });
 398             presetlist.add(methodR);
 399           }
 400           msawsmenu.add(presetlist);
 401         }
 402       }
 403       if (!submitGaps && canSubmitGaps())
 404       {
 405         submitGaps = true;
 406         finished = false;
 407       }
 408       else
 409       {
 410         finished = true;
 411       }
 412     } while (!finished);
 413   }
 414 }