src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.gui.Desktop;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  31 import jalview.ws.api.JalviewServiceEndpointProviderI;
  32 import jalview.ws.api.MultipleSequenceAlignmentI;
  33 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  34 import jalview.ws.gui.MsaWSThread;
  35 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  36 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  37
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.MouseAdapter;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.util.List;
  43 import java.util.Locale;
  44
  45 import javax.swing.JMenu;
  46 import javax.swing.JMenuItem;
  47 import javax.swing.ToolTipManager;
  48
  49
  50 /**
  51  * MsaWSClient
  52  *
  53  * Instantiates web service menu items for multiple alignment services, and
  54  * holds logic for constructing a web service thread.
  55  *
  56  * TODO remove dependency on Jws2Client methods for creating AACon service UI
  57  * elements.
  58  *
  59  * @author Jim Procter et al
  60  * @version $Revision$
  61  */
  62 public class MsaWSClient extends Jws2Client implements WSMenuEntryProviderI
  63 {
  64   /**
  65    * server is a proxy class implementing the core methods for submitting,
  66    * monitoring and retrieving results from a multiple sequence alignment
  67    * service
  68    */
  69   MultipleSequenceAlignmentI server;
  70
  71   public MsaWSClient(ServiceWithParameters sh, String altitle,
  72           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  73           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  74           AlignFrame _alignFrame)
  75   {
  76     this(sh, null, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  77             seqdataset, _alignFrame);
  78     // TODO Auto-generated constructor stub
  79   }
  80
  81   public MsaWSClient(ServiceWithParameters sh, WsParamSetI preset,
  82           String altitle,
  83           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  84           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  85           AlignFrame _alignFrame)
  86   {
  87     this(sh, preset, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  88             seqdataset, _alignFrame);
  89     // TODO Auto-generated constructor stub
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
  94    * retrieved ServiceHandle
  95    *
  96    * @param sh
  97    *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
  98    * @param altitle
  99    *          DOCUMENT ME!
 100    * @param msa
 101    *          DOCUMENT ME!
 102    * @param submitGaps
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    * @param preserveOrder
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107
 108   public MsaWSClient(ServiceWithParameters sh, WsParamSetI preset,
 109           List<ArgumentI> arguments, boolean editParams, String altitle,
 110           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
 111           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
 112           AlignFrame _alignFrame)
 113   {
 114     super(_alignFrame, preset, arguments);
 115     processParams(sh, editParams).thenAccept((startJob) -> {
 116       if (!startJob)
 117         return;
 118
 119       if (!(sh instanceof JalviewServiceEndpointProviderI
 120               && ((JalviewServiceEndpointProviderI) sh)
 121                       .getEndpoint() instanceof MultipleSequenceAlignmentI))
 122       {
 123         // redundant at mo - but may change
 124         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 125                 MessageManager.formatMessage(
 126                         "label.service_called_is_not_msa_service",
 127                         new String[]
 128                         { sh.getName() }),
 129                 MessageManager.getString("label.internal_jalview_error"),
 130                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 131
 132         return;
 133       }
 134       serviceHandle = sh;
 135       server = (MultipleSequenceAlignmentI) ((JalviewServiceEndpointProviderI) sh)
 136               .getEndpoint();
 137       if ((wsInfo = setWebService(sh, false)) == null)
 138       {
 139         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(), MessageManager
 140                 .formatMessage("label.msa_service_is_unknown", new String[]
 141                 { sh.getName() }),
 142                 MessageManager.getString("label.internal_jalview_error"),
 143                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 144
 145         return;
 146       }
 147
 148       startMsaWSClient(altitle, msa, submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 149     });
 150
 151   }
 152
 153   public MsaWSClient()
 154   {
 155     super();
 156     // add a class reference to the list
 157   }
 158
 159   private void startMsaWSClient(String altitle, AlignmentView msa,
 160           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset)
 161   {
 162     // if (!locateWebService())
 163     // {
 164     // return;
 165     // }
 166
 167     wsInfo.setProgressText(((submitGaps) ? "Re-alignment" : "Alignment")
 168             + " of " + altitle + "\nJob details\n");
 169     String jobtitle = WebServiceName.toLowerCase(Locale.ROOT);
 170     if (jobtitle.endsWith("alignment"))
 171     {
 172       if (submitGaps && (!jobtitle.endsWith("realignment")
 173               || jobtitle.indexOf("profile") == -1))
 174       {
 175         int pos = jobtitle.indexOf("alignment");
 176         jobtitle = WebServiceName.substring(0, pos) + "re-alignment of "
 177                 + altitle;
 178       }
 179       else
 180       {
 181         jobtitle = WebServiceName + " of " + altitle;
 182       }
 183     }
 184     else
 185     {
 186       jobtitle = WebServiceName + (submitGaps ? " re" : " ")
 187               + "alignment of " + altitle;
 188     }
 189
 190     MsaWSThread msathread = new MsaWSThread(server, preset, paramset, WsURL,
 191             wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa, submitGaps,
 192             preserveOrder, seqdataset);
 193     if (msathread.hasValidInput())
 194     {
 195       wsInfo.setthisService(msathread);
 196       wsInfo.setVisible(true);
 197       msathread.start();
 198     }
 199     else
 200     {
 201       wsInfo.setVisible(false);
 202       JvOptionPane.showMessageDialog(alignFrame,
 203               MessageManager.getString("info.invalid_msa_input_mininfo"),
 204               MessageManager.getString("info.invalid_msa_notenough"),
 205               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 206     }
 207   }
 208
 209   protected String getServiceActionKey()
 210   {
 211     return "MsaWS";
 212   }
 213
 214   protected String getServiceActionDescription()
 215   {
 216     return "Multiple Sequence Alignment";
 217   }
 218
 219   /**
 220    * look at ourselves and work out if we are a service that can take a profile
 221    * and align to it
 222    *
 223    * @return true if we can send gapped sequences to the alignment service
 224    */
 225   private boolean canSubmitGaps()
 226   {
 227     // TODO: query service or extract service handle props to check if we can
 228     // realign
 229     return (WebServiceName.indexOf("lustal") > -1); // cheat!
 230   }
 231
 232   @Override
 233   public void attachWSMenuEntry(JMenu rmsawsmenu,
 234           final Jws2Instance service, final AlignFrame alignFrame)
 235   {
 236     if (registerAAConWSInstance(rmsawsmenu, service, alignFrame))
 237     {
 238       // Alignment dependent analysis calculation WS gui
 239       return;
 240     }
 241     serviceHandle = service;
 242     setWebService(service, true); // headless
 243     attachWSMenuEntry(rmsawsmenu, alignFrame);
 244   }
 245
 246   @Override
 247   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, AlignFrame alignFrame)
 248   {
 249     boolean finished = true, submitGaps = false;
 250     /**
 251      * temp variables holding msa service submenu or root service menu
 252      */
 253     JMenu msawsmenu = wsmenu;
 254     JMenu rmsawsmenu = wsmenu;
 255     String svcname = WebServiceName;
 256     if (svcname.endsWith("WS"))
 257     {
 258       svcname = svcname.substring(0, svcname.length() - 2);
 259     }
 260     String calcName = svcname + " ";
 261     if (canSubmitGaps())
 262     {
 263       msawsmenu = new JMenu(svcname);
 264       rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 265       calcName = "";
 266     }
 267     boolean hasparams = serviceHandle.hasParameters();
 268     ServiceWithParameters service = (ServiceWithParameters) serviceHandle;
 269     do
 270     {
 271       String action = "Align ";
 272       if (submitGaps == true)
 273       {
 274         action = "Realign ";
 275         msawsmenu = new JMenu(MessageManager
 276                 .formatMessage("label.realign_with_params", new String[]
 277                 { svcname }));
 278         msawsmenu.setToolTipText(MessageManager
 279                 .getString("label.align_sequences_to_existing_alignment"));
 280         rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 281       }
 282       final boolean withGaps = submitGaps;
 283
 284       JMenuItem method = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 285               "label.calcname_with_default_settings", new String[]
 286               { calcName }));
 287       method.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 288               "label.action_with_default_settings", new String[]
 289               { action }));
 290
 291       method.addActionListener(new ActionListener()
 292       {
 293         @Override
 294         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 295         {
 296           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 297
 298           if (msa != null)
 299           {
 300             new MsaWSClient(service, alignFrame.getTitle(), msa, withGaps,
 301                     true,
 302                     alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 303                     alignFrame);
 304           }
 305
 306         }
 307       });
 308       msawsmenu.add(method);
 309       if (hasparams)
 310       {
 311         // only add these menu options if the service has user-modifiable
 312         // arguments
 313         method = new JMenuItem(
 314                 MessageManager.getString("label.edit_settings_and_run"));
 315         method.setToolTipText(MessageManager.getString(
 316                 "label.view_and_change_parameters_before_alignment"));
 317
 318         method.addActionListener(new ActionListener()
 319         {
 320           @Override
 321           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 322           {
 323             AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 324             if (msa != null)
 325             {
 326               new MsaWSClient(service, null, null, true,
 327                       alignFrame.getTitle(), msa, withGaps, true,
 328                       alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 329                       alignFrame);
 330             }
 331
 332           }
 333         });
 334         msawsmenu.add(method);
 335         List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 336         if (presets != null && presets.size() > 0)
 337         {
 338           JMenu presetlist = new JMenu(MessageManager.formatMessage(
 339                   "label.run_with_preset_params", new String[]
 340                   { calcName }));
 341
 342           final int showToolTipFor = ToolTipManager.sharedInstance()
 343                   .getDismissDelay();
 344           for (final WsParamSetI preset : presets)
 345           {
 346             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 347             final int QUICK_TOOLTIP = 1500;
 348             // JAL-1582 shorten tooltip display time in these menu items as
 349             // they can obscure other options
 350             methodR.addMouseListener(new MouseAdapter()
 351             {
 352               @Override
 353               public void mouseEntered(MouseEvent e)
 354               {
 355                 ToolTipManager.sharedInstance()
 356                         .setDismissDelay(QUICK_TOOLTIP);
 357               }
 358
 359               @Override
 360               public void mouseExited(MouseEvent e)
 361               {
 362                 ToolTipManager.sharedInstance()
 363                         .setDismissDelay(showToolTipFor);
 364               }
 365
 366             });
 367             String tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, "<strong>"
 368                     + (preset.isModifiable()
 369                             ? MessageManager.getString("label.user_preset")
 370                             : MessageManager
 371                                     .getString("label.service_preset"))
 372                     + "</strong><br/>" + preset.getDescription());
 373             methodR.setToolTipText(tooltip);
 374             methodR.addActionListener(new ActionListener()
 375             {
 376               @Override
 377               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 378               {
 379                 AlignmentView msa = alignFrame
 380                         .gatherSequencesForAlignment();
 381
 382                 if (msa != null)
 383                 {
 384                   MsaWSClient msac = new MsaWSClient(service, preset,
 385                           alignFrame.getTitle(), msa, false, true,
 386                           alignFrame.getViewport().getAlignment()
 387                                   .getDataset(),
 388                           alignFrame);
 389                 }
 390
 391               }
 392
 393             });
 394             presetlist.add(methodR);
 395           }
 396           msawsmenu.add(presetlist);
 397         }
 398       }
 399       if (!submitGaps && canSubmitGaps())
 400       {
 401         submitGaps = true;
 402         finished = false;
 403       }
 404       else
 405       {
 406         finished = true;
 407       }
 408     } while (!finished);
 409   }
 410 }