src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.gui.Desktop;
  27 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  30 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  31
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.MouseAdapter;
  35 import java.awt.event.MouseEvent;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import javax.swing.JMenu;
  39 import javax.swing.JMenuItem;
  40 import javax.swing.JOptionPane;
  41 import javax.swing.ToolTipManager;
  42
  43 import compbio.data.msa.MsaWS;
  44 import compbio.metadata.Argument;
  45
  46 /**
  47  * DOCUMENT ME!
  48  *
  49  * @author $author$
  50  * @version $Revision$
  51  */
  52 public class MsaWSClient extends Jws2Client
  53 {
  54   /**
  55    * server is a WSDL2Java generated stub for an archetypal MsaWSI service.
  56    */
  57   MsaWS server;
  58
  59   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, String altitle,
  60           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  61           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  62           AlignFrame _alignFrame)
  63   {
  64     this(sh, null, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  65             seqdataset, _alignFrame);
  66     // TODO Auto-generated constructor stub
  67   }
  68
  69   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, WsParamSetI preset, String altitle,
  70           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  71           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  72           AlignFrame _alignFrame)
  73   {
  74     this(sh, preset, null, false, altitle, msa, submitGaps, preserveOrder,
  75             seqdataset, _alignFrame);
  76     // TODO Auto-generated constructor stub
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
  81    * retrieved ServiceHandle
  82    *
  83    * @param sh
  84    *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
  85    * @param altitle
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    * @param msa
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param submitGaps
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param preserveOrder
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    */
  94
  95   public MsaWSClient(Jws2Instance sh, WsParamSetI preset,
  96           List<Argument> arguments, boolean editParams, String altitle,
  97           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  98           boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset,
  99           AlignFrame _alignFrame)
 100   {
 101     super(_alignFrame, preset, arguments);
 102     if (!processParams(sh, editParams))
 103     {
 104       return;
 105     }
 106
 107     if (!(sh.service instanceof MsaWS))
 108     {
 109       // redundant at mo - but may change
 110       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 111               .formatMessage("label.service_called_is_not_msa_service",
 112                       new String[] { sh.serviceType }), MessageManager
 113               .getString("label.internal_jalview_error"),
 114               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 115
 116       return;
 117     }
 118     server = (MsaWS) sh.service;
 119     if ((wsInfo = setWebService(sh, false)) == null)
 120     {
 121       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 122               .formatMessage("label.msa_service_is_unknown",
 123                       new String[] { sh.serviceType }), MessageManager
 124               .getString("label.internal_jalview_error"),
 125               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 126
 127       return;
 128     }
 129
 130     startMsaWSClient(altitle, msa, submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 131
 132   }
 133
 134   public MsaWSClient()
 135   {
 136     super();
 137     // add a class reference to the list
 138   }
 139
 140   private void startMsaWSClient(String altitle, AlignmentView msa,
 141           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, AlignmentI seqdataset)
 142   {
 143     // if (!locateWebService())
 144     // {
 145     // return;
 146     // }
 147
 148     wsInfo.setProgressText(((submitGaps) ? "Re-alignment" : "Alignment")
 149             + " of " + altitle + "\nJob details\n");
 150     String jobtitle = WebServiceName.toLowerCase();
 151     if (jobtitle.endsWith("alignment"))
 152     {
 153       if (submitGaps
 154               && (!jobtitle.endsWith("realignment") || jobtitle
 155                       .indexOf("profile") == -1))
 156       {
 157         int pos = jobtitle.indexOf("alignment");
 158         jobtitle = WebServiceName.substring(0, pos) + "re-alignment of "
 159                 + altitle;
 160       }
 161       else
 162       {
 163         jobtitle = WebServiceName + " of " + altitle;
 164       }
 165     }
 166     else
 167     {
 168       jobtitle = WebServiceName + (submitGaps ? " re" : " ")
 169               + "alignment of " + altitle;
 170     }
 171
 172     MsaWSThread msathread = new MsaWSThread(server, preset, paramset,
 173             WsURL, wsInfo, alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa,
 174             submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
 175     if (msathread.hasValidInput())
 176     {
 177       wsInfo.setthisService(msathread);
 178       wsInfo.setVisible(true);
 179       msathread.start();
 180     }
 181     else
 182     {
 183       JOptionPane.showMessageDialog(alignFrame,
 184               MessageManager.getString("info.invalid_msa_input_mininfo"),
 185               MessageManager.getString("info.invalid_msa_notenough"),
 186               JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 187       wsInfo.setVisible(false);
 188     }
 189   }
 190
 191   public static void main(String[] args)
 192   {
 193     System.out.println("A".matches("(-*[a-zA-Z]-*){1}[a-zA-Z-]*"));
 194   }
 195
 196   protected String getServiceActionKey()
 197   {
 198     return "MsaWS";
 199   }
 200
 201   protected String getServiceActionDescription()
 202   {
 203     return "Multiple Sequence Alignment";
 204   }
 205
 206   /**
 207    * look at ourselves and work out if we are a service that can take a profile
 208    * and align to it
 209    *
 210    * @return true if we can send gapped sequences to the alignment service
 211    */
 212   private boolean canSubmitGaps()
 213   {
 214     // TODO: query service or extract service handle props to check if we can
 215     // realign
 216     return (WebServiceName.indexOf("lustal") > -1); // cheat!
 217   }
 218
 219   @Override
 220   public void attachWSMenuEntry(JMenu rmsawsmenu,
 221           final Jws2Instance service, final AlignFrame alignFrame)
 222   {
 223     if (registerAAConWSInstance(rmsawsmenu, service, alignFrame))
 224     {
 225       // Alignment dependent analysis calculation WS gui
 226       return;
 227     }
 228     setWebService(service, true); // headless
 229     boolean finished = true, submitGaps = false;
 230     JMenu msawsmenu = rmsawsmenu;
 231     String svcname = WebServiceName;
 232     if (svcname.endsWith("WS"))
 233     {
 234       svcname = svcname.substring(0, svcname.length() - 2);
 235     }
 236     String calcName = svcname + " ";
 237     if (canSubmitGaps())
 238     {
 239       msawsmenu = new JMenu(svcname);
 240       rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 241       calcName = "";
 242     }
 243     boolean hasparams = service.hasParameters();
 244     do
 245     {
 246       String action = "Align ";
 247       if (submitGaps == true)
 248       {
 249         action = "Realign ";
 250         msawsmenu = new JMenu(MessageManager.formatMessage(
 251                 "label.realign_with_params", new String[] { svcname }));
 252         msawsmenu.setToolTipText(MessageManager
 253                 .getString("label.align_sequences_to_existing_alignment"));
 254         rmsawsmenu.add(msawsmenu);
 255       }
 256       final boolean withGaps = submitGaps;
 257
 258       JMenuItem method = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 259               "label.calcname_with_default_settings",
 260               new String[] { calcName }));
 261       method.setToolTipText(MessageManager
 262               .formatMessage("label.action_with_default_settings",
 263                       new String[] { action }));
 264
 265       method.addActionListener(new ActionListener()
 266       {
 267         @Override
 268         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 269         {
 270           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 271
 272           if (msa != null)
 273           {
 274             new MsaWSClient(service, alignFrame.getTitle(), msa, withGaps,
 275                     true, alignFrame.getViewport().getAlignment()
 276                             .getDataset(), alignFrame);
 277           }
 278
 279         }
 280       });
 281       msawsmenu.add(method);
 282       if (hasparams)
 283       {
 284         // only add these menu options if the service has user-modifiable
 285         // arguments
 286         method = new JMenuItem(
 287                 MessageManager.getString("label.edit_settings_and_run"));
 288         method.setToolTipText(MessageManager
 289                 .getString("label.view_and_change_parameters_before_alignment"));
 290
 291         method.addActionListener(new ActionListener()
 292         {
 293           @Override
 294           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 295           {
 296             AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 297             if (msa != null)
 298             {
 299               new MsaWSClient(service, null, null, true, alignFrame
 300                       .getTitle(), msa, withGaps, true, alignFrame
 301                       .getViewport().getAlignment().getDataset(),
 302                       alignFrame);
 303             }
 304
 305           }
 306         });
 307         msawsmenu.add(method);
 308         List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 309         if (presets != null && presets.size() > 0)
 310         {
 311           JMenu presetlist = new JMenu(
 312                   MessageManager.formatMessage(
 313                           "label.run_with_preset_params",
 314                           new String[] { calcName }));
 315
 316           final int showToolTipFor = ToolTipManager.sharedInstance()
 317                   .getDismissDelay();
 318           for (final WsParamSetI preset : presets)
 319           {
 320             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 321             final int QUICK_TOOLTIP = 1500;
 322             // JAL-1582 shorten tooltip display time in these menu items as
 323             // they can obscure other options
 324             methodR.addMouseListener(new MouseAdapter()
 325             {
 326               @Override
 327               public void mouseEntered(MouseEvent e)
 328               {
 329                 ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(
 330                         QUICK_TOOLTIP);
 331               }
 332
 333               @Override
 334               public void mouseExited(MouseEvent e)
 335               {
 336                 ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(
 337                         showToolTipFor);
 338               }
 339
 340             });
 341             String tooltip = JvSwingUtils
 342                     .wrapTooltip(
 343                             true,
 344                             "<strong>"
 345                                     + (preset.isModifiable() ? MessageManager
 346                                             .getString("label.user_preset")
 347                                             : MessageManager
 348                                                     .getString("label.service_preset"))
 349                                     + "</strong><br/>"
 350                                     + preset.getDescription());
 351             methodR.setToolTipText(tooltip);
 352             methodR.addActionListener(new ActionListener()
 353             {
 354               @Override
 355               public void actionPerformed(ActionEvent e)
 356               {
 357                 AlignmentView msa = alignFrame
 358                         .gatherSequencesForAlignment();
 359
 360                 if (msa != null)
 361                 {
 362                   MsaWSClient msac = new MsaWSClient(service, preset,
 363                           alignFrame.getTitle(), msa, false, true,
 364                           alignFrame.getViewport().getAlignment()
 365                                   .getDataset(), alignFrame);
 366                 }
 367
 368               }
 369
 370             });
 371             presetlist.add(methodR);
 372           }
 373           msawsmenu.add(presetlist);
 374         }
 375       }
 376       if (!submitGaps && canSubmitGaps())
 377       {
 378         submitGaps = true;
 379         finished = false;
 380       }
 381       else
 382       {
 383         finished = true;
 384       }
 385     } while (!finished);
 386   }
 387 }