src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import compbio.data.msa.MsaWS;
  23 import compbio.data.sequence.AlignmentMetadata;
  24 import compbio.data.sequence.Program;
  25 import compbio.metadata.Argument;
  26 import compbio.metadata.ChunkHolder;
  27 import compbio.metadata.JobStatus;
  28 import compbio.metadata.Preset;
  29
  30 import jalview.analysis.*;
  31 import jalview.bin.*;
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.ws.AWsJob;
  35 import jalview.ws.WSClientI;
  36 import jalview.ws.JobStateSummary;
  37 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  38 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  39
  40 class MsaWSThread extends AWS2Thread implements WSClientI
  41 {
  42   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
  43
  44   // service
  45
  46   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence
  47
  48   // order
  49
  50   class MsaWSJob extends JWs2Job
  51   {
  52     long lastChunk = 0;
  53
  54     WsParamSetI preset = null;
  55
  56     List<Argument> arguments = null;
  57
  58     /**
  59      * input
  60      */
  61     ArrayList<compbio.data.sequence.FastaSequence> seqs = new ArrayList<compbio.data.sequence.FastaSequence>();
  62
  63     /**
  64      * output
  65      */
  66     compbio.data.sequence.Alignment alignment;
  67
  68     // set if the job didn't get run - then the input is simply returned to the
  69     // user
  70     private boolean returnInput = false;
  71
  72     /**
  73      * MsaWSJob
  74      *
  75      * @param jobNum
  76      *          int
  77      * @param jobId
  78      *          String
  79      */
  80     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
  81     {
  82       this.jobnum = jobNum;
  83       if (!prepareInput(inSeqs, 2))
  84       {
  85         submitted = true;
  86         subjobComplete = true;
  87         returnInput = true;
  88       }
  89
  90     }
  91
  92     Hashtable<String, Map> SeqNames = new Hashtable();
  93
  94     Vector<String[]> emptySeqs = new Vector();
  95
  96     /**
  97      * prepare input sequences for MsaWS service
  98      *
  99      * @param seqs
 100      *          jalview sequences to be prepared
 101      * @param minlen
 102      *          minimum number of residues required for this MsaWS service
 103      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
 104      */
 105     // TODO: return compbio.seqs list or nothing to indicate validity.
 106     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
 107     {
 108       int nseqs = 0;
 109       if (minlen < 0)
 110       {
 111         throw new Error(
 112                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");
 113       }
 114       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 115       {
 116         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 117         {
 118           nseqs++;
 119         }
 120       }
 121       boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs
 122       compbio.data.sequence.FastaSequence seq;
 123       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
 124       {
 125
 126         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
 127         // for
 128         // any
 129         // subjob
 130         SeqNames.put(newname,
 131                 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seqs[i]));
 132         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 133         {
 134           // make new input sequence with or without gaps
 135           seq = new compbio.data.sequence.FastaSequence(newname,
 136                   (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()
 137                           : AlignSeq.extractGaps(
 138                                   jalview.util.Comparison.GapChars,
 139                                   seqs[i].getSequenceAsString()));
 140           this.seqs.add(seq);
 141         }
 142         else
 143         {
 144           String empty = null;
 145           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
 146           {
 147             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq
 148                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
 149                             seqs[i].getSequenceAsString());
 150           }
 151           emptySeqs.add(new String[]
 152           { newname, empty });
 153         }
 154       }
 155       return valid;
 156     }
 157
 158     /**
 159      *
 160      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
 161      */
 162     public boolean hasResults()
 163     {
 164       if (subjobComplete
 165               && isFinished()
 166               && (alignment != null || (emptySeqs != null && emptySeqs
 167                       .size() > 0)))
 168       {
 169         return true;
 170       }
 171       return false;
 172     }
 173
 174     /**
 175      *
 176      * get the alignment including any empty sequences in the original order
 177      * with original ids. Caller must access the alignment.getMetadata() object
 178      * to annotate the final result passsed to the user.
 179      *
 180      * @return { SequenceI[], AlignmentOrder }
 181      */
 182     public Object[] getAlignment()
 183     {
 184       // is this a generic subjob or a Jws2 specific Object[] return signature
 185       if (hasResults())
 186       {
 187         SequenceI[] alseqs = null;
 188         char alseq_gapchar = '-';
 189         int alseq_l = 0;
 190         if (alignment.getSequences().size() > 0)
 191         {
 192           alseqs = new SequenceI[alignment.getSequences().size()];
 193           for (compbio.data.sequence.FastaSequence seq : alignment
 194                   .getSequences())
 195           {
 196             alseqs[alseq_l++] = new Sequence(seq.getId(), seq.getSequence());
 197           }
 198           alseq_gapchar = alignment.getMetadata().getGapchar();
 199
 200         }
 201         // add in the empty seqs.
 202         if (emptySeqs.size() > 0)
 203         {
 204           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];
 205           // get width
 206           int i, w = 0;
 207           if (alseq_l > 0)
 208           {
 209             for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)
 210             {
 211               if (w < alseqs[i].getLength())
 212               {
 213                 w = alseqs[i].getLength();
 214               }
 215               t_alseqs[i] = alseqs[i];
 216               alseqs[i] = null;
 217             }
 218           }
 219           // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.
 220           int ow = w, nw = w;
 221           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 222           {
 223             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 224             if (es != null && es[1] != null)
 225             {
 226               int sw = es[1].length();
 227               if (nw < sw)
 228               {
 229                 nw = sw;
 230               }
 231             }
 232           }
 233           // make a gapped string.
 234           StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);
 235           for (i = 0; i < nw; i++)
 236           {
 237             insbuff.append(alseq_gapchar);
 238           }
 239           if (ow < nw)
 240           {
 241             for (i = 0; i < alseq_l; i++)
 242             {
 243               int sw = t_alseqs[i].getLength();
 244               if (nw > sw)
 245               {
 246                 // pad at end
 247                 alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()
 248                         + insbuff.substring(0, sw - nw));
 249               }
 250             }
 251           }
 252           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 253           {
 254             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 255             if (es[1] == null)
 256             {
 257               t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],
 258                       insbuff.toString(), 1, 0);
 259             }
 260             else
 261             {
 262               if (es[1].length() < nw)
 263               {
 264                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
 265                         es[0],
 266                         es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),
 267                         1, 1 + es[1].length());
 268               }
 269               else
 270               {
 271                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
 272                         es[0], es[1]);
 273               }
 274             }
 275           }
 276           alseqs = t_alseqs;
 277         }
 278         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);
 279         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.
 280         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);
 281         // account for any missing sequences
 282         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);
 283         return new Object[]
 284         { alseqs, msaorder };
 285       }
 286       return null;
 287     }
 288
 289     /**
 290      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
 291      */
 292     void cancel()
 293     {
 294       cancelled = true;
 295       subjobComplete = true;
 296       alignment = null;
 297     }
 298
 299     /**
 300      *
 301      * @return boolean true if job can be submitted.
 302      */
 303     public boolean hasValidInput()
 304     {
 305       // TODO: get attributes for this MsaWS instance to check if it can do two
 306       // sequence alignment.
 307       if (seqs != null && seqs.size() >= 2) // two or more sequences is valid ?
 308       {
 309         return true;
 310       }
 311       return false;
 312     }
 313
 314     StringBuffer jobProgress = new StringBuffer();
 315
 316     public void setStatus(String string)
 317     {
 318       jobProgress.setLength(0);
 319       jobProgress.append(string);
 320     }
 321
 322     @Override
 323     public String getStatus()
 324     {
 325       return jobProgress.toString();
 326     }
 327
 328     @Override
 329     public boolean hasStatus()
 330     {
 331       return jobProgress != null;
 332     }
 333
 334     /**
 335      * @return the lastChunk
 336      */
 337     public long getLastChunk()
 338     {
 339       return lastChunk;
 340     }
 341
 342     /**
 343      * @param lastChunk
 344      *          the lastChunk to set
 345      */
 346     public void setLastChunk(long lastChunk)
 347     {
 348       this.lastChunk = lastChunk;
 349     }
 350
 351     String alignmentProgram = null;
 352
 353     public String getAlignmentProgram()
 354     {
 355       return alignmentProgram;
 356     }
 357
 358     public boolean hasArguments()
 359     {
 360       return (arguments != null && arguments.size() > 0)
 361               || (preset != null && preset instanceof JabaWsParamSet);
 362     }
 363
 364     public List<Argument> getJabaArguments()
 365     {
 366       List<Argument> newargs = new ArrayList<Argument>();
 367       if (preset != null && preset instanceof JabaWsParamSet)
 368       {
 369         newargs.addAll(((JabaWsParamSet) preset).getjabaArguments());
 370       }
 371       if (arguments != null && arguments.size() > 0)
 372       {
 373         newargs.addAll(arguments);
 374       }
 375       return newargs;
 376     }
 377
 378     /**
 379      * add a progess header to status string containing presets/args used
 380      */
 381     public void addInitialStatus()
 382     {
 383       if (preset != null)
 384       {
 385         jobProgress.append("Using "
 386                 + (preset instanceof JabaPreset ? "Server" : "User")
 387                 + "Preset: " + preset.getName());
 388         if (preset instanceof JabaWsParamSet)
 389         {
 390           for (Argument opt : ((JabaWsParamSet) preset).getjabaArguments())
 391           {
 392             jobProgress.append(opt.getName() + " " + opt.getDefaultValue()
 393                     + "\n");
 394           }
 395         }
 396       }
 397       if (arguments != null && arguments.size() > 0)
 398       {
 399         jobProgress.append("With custom parameters : \n");
 400         // merge arguments with preset's own arguments.
 401         for (Argument opt : arguments)
 402         {
 403           jobProgress.append(opt.getName() + " " + opt.getDefaultValue()
 404                   + "\n");
 405         }
 406       }
 407       jobProgress.append("\nJob Output:\n");
 408     }
 409
 410     public boolean isPresetJob()
 411     {
 412       return preset != null && preset instanceof JabaPreset;
 413     }
 414
 415     public Preset getServerPreset()
 416     {
 417       return (isPresetJob()) ? ((JabaPreset) preset).p : null;
 418     }
 419   }
 420
 421   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
 422
 423   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
 424
 425   // associated.
 426
 427   @SuppressWarnings("unchecked")
 428   MsaWS server = null;
 429
 430   /**
 431    * set basic options for this (group) of Msa jobs
 432    *
 433    * @param subgaps
 434    *          boolean
 435    * @param presorder
 436    *          boolean
 437    */
 438   MsaWSThread(MsaWS server, String wsUrl, WebserviceInfo wsinfo,
 439           jalview.gui.AlignFrame alFrame, AlignmentView alview,
 440           String wsname, boolean subgaps, boolean presorder)
 441   {
 442     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);
 443     this.server = server;
 444     this.submitGaps = subgaps;
 445     this.preserveOrder = presorder;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
 450    *
 451    * @param title
 452    *          String
 453    * @param _msa
 454    *          AlignmentView
 455    * @param subgaps
 456    *          boolean
 457    * @param presorder
 458    *          boolean
 459    * @param seqset
 460    *          Alignment
 461    */
 462   MsaWSThread(MsaWS server2, WsParamSetI preset, List<Argument> paramset,
 463           String wsUrl, WebserviceInfo wsinfo,
 464           jalview.gui.AlignFrame alFrame, String wsname, String title,
 465           AlignmentView _msa, boolean subgaps, boolean presorder,
 466           Alignment seqset)
 467   {
 468     this(server2, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);
 469     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
 470     alTitle = title;
 471     dataset = seqset;
 472
 473     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');
 474     if (conmsa != null)
 475     {
 476       int njobs = conmsa.length;
 477       jobs = new MsaWSJob[njobs];
 478       for (int j = 0; j < njobs; j++)
 479       {
 480         if (j != 0)
 481         {
 482           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);
 483         }
 484         else
 485         {
 486           jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);
 487         }
 488         ((MsaWSJob) jobs[j]).preset = preset;
 489         ((MsaWSJob) jobs[j]).arguments = paramset;
 490         ((MsaWSJob) jobs[j]).alignmentProgram = wsname;
 491         if (njobs > 0)
 492         {
 493           wsinfo.setProgressName("region " + jobs[j].getJobnum(),
 494                   jobs[j].getJobnum());
 495         }
 496         wsinfo.setProgressText(jobs[j].getJobnum(), OutputHeader);
 497       }
 498     }
 499   }
 500
 501   public boolean isCancellable()
 502   {
 503     return true;
 504   }
 505
 506   public void cancelJob()
 507   {
 508     if (!jobComplete && jobs != null)
 509     {
 510       boolean cancelled = true;
 511       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
 512       {
 513         if (jobs[job].isSubmitted() && !jobs[job].isSubjobComplete())
 514         {
 515           String cancelledMessage = "";
 516           try
 517           {
 518             boolean cancelledJob = server.cancelJob(jobs[job].getJobId());
 519             if (cancelledJob || true)
 520             {
 521               // CANCELLED_JOB
 522               // if the Jaba server indicates the job can't be cancelled, its
 523               // because its running on the server's local execution engine
 524               // so we just close the window anyway.
 525               cancelledMessage = "Job cancelled.";
 526               ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel(); // TODO: refactor to avoid this
 527                                                // ugliness -
 528               wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
 529                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 530             }
 531             else
 532             {
 533               // VALID UNSTOPPABLE JOB
 534               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
 535               cancelled = false;
 536               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
 537               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 538             }
 539           } catch (Exception exc)
 540           {
 541             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
 542                     + exc + "\n");
 543             Cache.log.warn(
 544                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].getJobId(),
 545                     exc);
 546           }
 547           wsInfo.setProgressText(jobs[job].getJobnum(), OutputHeader
 548                   + cancelledMessage + "\n");
 549         }
 550       }
 551       if (cancelled)
 552       {
 553         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 554         jobComplete = true;
 555       }
 556       this.interrupt(); // kick thread to update job states.
 557     }
 558     else
 559     {
 560       if (!jobComplete)
 561       {
 562         wsInfo.setProgressText(OutputHeader
 563                 + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
 564       }
 565     }
 566   }
 567
 568   public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
 569   {
 570     // TODO: investigate if we still need to cast here in J1.6
 571     MsaWSJob j = ((MsaWSJob) job);
 572     // this is standard code, but since the interface doesn't comprise of a
 573     // basic one that implements (getJobStatus, pullExecStatistics) we have to
 574     // repeat the code for all jw2s services.
 575     j.setjobStatus(server.getJobStatus(job.getJobId()));
 576     updateJobProgress(j);
 577   }
 578
 579   /**
 580    *
 581    * @param j
 582    * @return true if more job progress data was available
 583    * @throws Exception
 584    */
 585   protected boolean updateJobProgress(MsaWSJob j) throws Exception
 586   {
 587     StringBuffer response = j.jobProgress;
 588     long lastchunk = j.getLastChunk();
 589     boolean changed=false;
 590     do
 591     {
 592       j.setLastChunk(lastchunk);
 593       ChunkHolder chunk = server
 594               .pullExecStatistics(j.getJobId(), lastchunk);
 595       if (chunk != null)
 596       {
 597         changed=chunk.getChunk().length()>0;
 598         response.append(chunk.getChunk());
 599         lastchunk = chunk.getNextPosition();
 600       }
 601       ;
 602     } while (lastchunk >= 0 && j.getLastChunk() != lastchunk);
 603     return changed;
 604   }
 605
 606   public void StartJob(AWsJob job)
 607   {
 608     Exception lex = null;
 609     // boiler plate template
 610     if (!(job instanceof MsaWSJob))
 611     {
 612       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "
 613               + job.getClass());
 614     }
 615     MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;
 616     if (j.isSubmitted())
 617     {
 618       if (Cache.log.isDebugEnabled())
 619       {
 620         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "
 621                 + j.getJobId());
 622       }
 623       return;
 624     }
 625     // end boilerplate
 626
 627     if (j.seqs == null || j.seqs.size() == 0)
 628     {
 629       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
 630       j.setjobStatus(JobStatus.FINISHED);
 631       j.setStatus("Empty Alignment Job");
 632     }
 633     try
 634     {
 635       j.addInitialStatus(); // list the presets/parameters used for the job in
 636                             // status
 637       if (j.isPresetJob())
 638       {
 639         j.setJobId(server.presetAlign(j.seqs, j.getServerPreset()));
 640       }
 641       else if (j.hasArguments())
 642       {
 643         j.setJobId(server.customAlign(j.seqs,j.getJabaArguments()));
 644       }
 645       else
 646       {
 647         j.setJobId(server.align(j.seqs));
 648       }
 649
 650       if (j.getJobId() != null)
 651       {
 652         j.setSubmitted(true);
 653         j.setSubjobComplete(false);
 654         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
 655         return;
 656       }
 657       else
 658       {
 659         throw new Exception(
 660                 "Server at "
 661                         + WsUrl
 662                         + " returned null string for job id, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
 663       }
 664     } catch (compbio.metadata.UnsupportedRuntimeException _lex)
 665     {
 666       lex = _lex;
 667       wsInfo.appendProgressText("Job could not be run because the server doesn't support this program.\n"
 668               + _lex.getMessage());
 669       wsInfo.warnUser(_lex.getMessage(), "Service not supported!");
 670       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 671       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 672               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 673     } catch (compbio.metadata.LimitExceededException _lex)
 674     {
 675       lex = _lex;
 676       wsInfo.appendProgressText("Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n"
 677               + _lex.getMessage());
 678       wsInfo.warnUser(_lex.getMessage(), "Input is too big!");
 679       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 680       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 681     } catch (compbio.metadata.WrongParameterException _lex)
 682     {
 683       lex = _lex;
 684       wsInfo.warnUser(_lex.getMessage(), "Invalid job parameter set!");
 685       wsInfo.appendProgressText("Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n"
 686               + _lex.getMessage()
 687               + "\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service!\n");
 688       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 689       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 690     } catch (Error e)
 691     {
 692       // For unexpected errors
 693       System.err
 694               .println(WebServiceName
 695                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 696                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n");
 697       e.printStackTrace(System.err);
 698       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 699       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 700               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 701     } catch (Exception e)
 702     {
 703       // For unexpected errors
 704       System.err
 705               .println(WebServiceName
 706                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 707                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n");
 708       e.printStackTrace(System.err);
 709       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 710       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(),
 711               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 712     } finally
 713     {
 714       if (!j.isSubmitted())
 715       {
 716         // Boilerplate code here
 717         // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
 718
 719         j.setAllowedServerExceptions(0);
 720         wsInfo.appendProgressText(j.getJobnum(),
 721                 "Failed to submit sequences for alignment.\n"
 722                         + "Just close the window\n");
 723       }
 724     }
 725   }
 726
 727   public void parseResult()
 728   {
 729     int results = 0; // number of result sets received
 730     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
 731     try
 732     {
 733       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 734       {
 735         MsaWSJob msjob = ((MsaWSJob) jobs[j]);
 736         if (jobs[j].isFinished() && msjob.alignment == null)
 737         {
 738           boolean jpchanged=false,jpex=false;
 739           do {
 740             try
 741             {
 742               jpchanged = updateJobProgress(msjob);
 743               jpex=false;
 744             } catch (Exception e)
 745             {
 746
 747               Cache.log
 748                       .warn("Exception when retrieving remaining Job progress data for job "
 749                               + msjob.getJobId() + " on server " + WsUrl);
 750               e.printStackTrace();
 751               if (jpex) {
 752                 // give up polling after two consecutive exceptions
 753                 jpchanged=false;
 754               } else {
 755                 jpchanged=true;
 756               }
 757               // set flag remember that we've had an exception.
 758               jpex=true;
 759             }
 760             if (jpchanged)
 761             {
 762               try
 763               {
 764                 Thread.sleep(jpex ? 400 : 200); // wait a bit longer if we experienced an exception.
 765               } catch (Exception ex)
 766               {
 767               }
 768               ;
 769             }
 770           } while (jpchanged);
 771
 772           if (Cache.log.isDebugEnabled())
 773           {
 774             System.out.println("Job Execution file for job: "
 775                     + msjob.getJobId() + " on server " + WsUrl);
 776             System.out.println(msjob.getStatus());
 777             System.out.println("*** End of status");
 778
 779           }
 780           try
 781           {
 782             msjob.alignment = server.getResult(msjob.getJobId());
 783           } catch (compbio.metadata.ResultNotAvailableException e)
 784           {
 785             // job has failed for some reason - probably due to invalid
 786             // parameters
 787             Cache.log
 788                     .debug("Results not available for finished job - marking as broken job.",
 789                             e);
 790             msjob.setjobStatus(JobStatus.FAILED);
 791           } catch (Exception e)
 792           {
 793             Cache.log.error("Couldn't get Alignment for job.", e);
 794             // TODO: Increment count and retry ?
 795             msjob.setjobStatus(JobStatus.UNDEFINED);
 796           }
 797         }
 798         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
 799         if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
 800                 && jobs[j].hasResults())
 801         {
 802           results++;
 803           compbio.data.sequence.Alignment alignment = ((MsaWSJob) jobs[j]).alignment;
 804           if (alignment != null)
 805           {
 806             // server.close(jobs[j].getJobnum());
 807             // wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
 808             // "\nAlignment Object Method Notes\n");
 809             // wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
 810             // "Calculated with "+alignment.getMetadata().getProgram().toString());
 811             // JBPNote The returned files from a webservice could be
 812             // hidden behind icons in the monitor window that,
 813             // when clicked, pop up their corresponding data
 814           }
 815         }
 816       }
 817     } catch (Exception ex)
 818     {
 819
 820       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
 821               + alTitle, ex);
 822       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 823     }
 824     if (results > 0)
 825     {
 826       wsInfo.showResultsNewFrame
 827               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 828               {
 829                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 830                 {
 831                   displayResults(true);
 832                 }
 833               });
 834       wsInfo.mergeResults
 835               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 836               {
 837                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 838                 {
 839                   displayResults(false);
 840                 }
 841               });
 842       wsInfo.setResultsReady();
 843     }
 844     else
 845     {
 846       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 847       wsInfo.setFinishedNoResults();
 848     }
 849   }
 850
 851   void displayResults(boolean newFrame)
 852   {
 853     // view input or result data for each block
 854     Vector alorders = new Vector();
 855     SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];
 856     AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];
 857     String lastProgram = null;
 858     MsaWSJob msjob;
 859     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 860     {
 861       if (jobs[j].hasResults())
 862       {
 863         msjob = (MsaWSJob) jobs[j];
 864         Object[] res = msjob.getAlignment();
 865         lastProgram = msjob.getAlignmentProgram();
 866         alorders.add(res[1]);
 867         results[j] = (SequenceI[]) res[0];
 868         orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];
 869
 870         // SequenceI[] alignment = input.getUpdated
 871       }
 872       else
 873       {
 874         results[j] = null;
 875       }
 876     }
 877     Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());
 878     // trash references to original result data
 879     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 880     {
 881       results[j] = null;
 882       orders[j] = null;
 883     }
 884     SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];
 885     ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];
 886     Alignment al = new Alignment(alignment);
 887     // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes
 888     if (lastProgram != null)
 889     {
 890       al.setProperty("Alignment Program", lastProgram);
 891     }
 892     // accompanying each subjob
 893     if (dataset != null)
 894     {
 895       al.setDataset(dataset);
 896     }
 897
 898     propagateDatasetMappings(al);
 899     // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?
 900
 901     if (newFrame)
 902     {
 903       AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,
 904               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 905
 906       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.
 907       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);
 908       // update orders
 909       if (alorders.size() > 0)
 910       {
 911         if (alorders.size() == 1)
 912         {
 913           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",
 914                   (AlignmentOrder) alorders.get(0));
 915         }
 916         else
 917         {
 918           // construct a non-redundant ordering set
 919           Vector names = new Vector();
 920           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 921           {
 922             String orderName = new String(" Region " + i);
 923             int j = i + 1;
 924
 925             while (j < l)
 926             {
 927               if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))
 928                       .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))
 929               {
 930                 alorders.remove(j);
 931                 l--;
 932                 orderName += "," + j;
 933               }
 934               else
 935               {
 936                 j++;
 937               }
 938             }
 939
 940             if (i == 0 && j == 1)
 941             {
 942               names.add(new String(""));
 943             }
 944             else
 945             {
 946               names.add(orderName);
 947             }
 948           }
 949           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 950           {
 951             af.addSortByOrderMenuItem(
 952                     WebServiceName + ((String) names.get(i)) + " Ordering",
 953                     (AlignmentOrder) alorders.get(i));
 954           }
 955         }
 956       }
 957
 958       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 959               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 960
 961     }
 962     else
 963     {
 964       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");
 965       // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new
 966       // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can
 967       // be undone
 968     }
 969   }
 970
 971   public boolean canMergeResults()
 972   {
 973     return false;
 974   }
 975 }