src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import java.io.BufferedReader;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.io.Reader;
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.HashSet;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import compbio.metadata.*;
  28
  29 public class ParameterUtils
  30 {
  31   public static List<String> writeParameterSet(List<Option> optSet, String pseparator)
  32   {
  33     List<String> pset = new ArrayList<String>();
  34     for (Option o:optSet)
  35     {
  36       pset.add(o.toCommand(pseparator));
  37     }
  38     return pset;
  39   }
  40   /**
  41    * Converts options supplied via parameters file into {@code Option} objects
  42    * (Refactored from compbio.ws.client.Jws2Client)
  43    *
  44    * @param <T>
  45    *          web service type
  46    * @param params
  47    * @param options
  48    * @return List of Options of type T
  49    *
  50    */
  51 /*  @SuppressWarnings(value =
  52   { "true" })
  53   public static <T> List<Option<T>> processParameters(List<String> params,
  54           RunnerConfig<T> options, String pseparator)
  55   */
  56   public static List<Option> processParameters(List<String> params,
  57           RunnerConfig options, String pseparator)
  58   {
  59     List<Option> chosenOptions = new ArrayList<Option>();
  60     for (String param : params)
  61     {
  62       String oname = null;
  63       if (isParameter(param, pseparator))
  64       {
  65         oname = getParamName(param, pseparator);
  66       }
  67       else
  68       {
  69         oname = param;
  70       }
  71       Option o = options.getArgumentByOptionName(oname);
  72       if (o == null)
  73       {
  74         System.out.println("WARN ignoring unsuppoted parameter: " + oname);
  75         continue;
  76       }
  77       if (o instanceof Parameter)
  78       {
  79         o = copyParameter((Parameter) o);
  80       }
  81       else
  82       {
  83         o = copyOption(o);
  84       }
  85       {
  86         try
  87         {
  88           o.setDefaultValue(isParameter(param, pseparator) ? getParamValue(param, pseparator) : param);
  89         } catch (WrongParameterException e)
  90         {
  91           System.out.println("Problem setting value for the parameter: "
  92                   + param);
  93           e.printStackTrace();
  94         }
  95       }
  96       chosenOptions.add(o);
  97     }
  98     return chosenOptions;
  99   }
 100
 101
 102   static String getParamName(String fullName, String pseparator)
 103   {
 104     assert isParameter(fullName, pseparator);
 105     return fullName.substring(0, fullName.indexOf(pseparator));
 106   }
 107
 108   static String getParamValue(String fullName, String pseparator)
 109   {
 110     assert isParameter(fullName, pseparator);
 111     return fullName.substring(fullName.indexOf(pseparator) + 1);
 112   }
 113
 114   static boolean isParameter(String param, String pseparator)
 115   {
 116     return param.contains(pseparator);
 117   }
 118
 119   public static Option copyOption(Option option)
 120   {
 121     Option copy = new Option(option.getName(), option.getDescription());
 122     setOptionFrom(copy, option);
 123     return copy;
 124   }
 125
 126   public static void setOptionFrom(Option copy, Option option)
 127   {
 128     copy.setName(option.getName());
 129     copy.setDescription(option.getDescription());
 130     copy.setFurtherDetails(option.getFurtherDetails());
 131     copy.setRequired(option.isRequired());
 132     List<String> names = option.getOptionNames();
 133     if (names != null)
 134     {
 135       if (names.size() == 1)
 136       {
 137         HashSet<String> st = new HashSet();
 138         st.add(names.get(0));
 139         copy.setOptionNames(st);
 140       }
 141       else
 142       {
 143         copy.addOptionNames(names.toArray(new String[]
 144         {}));
 145       }
 146     }
 147     try
 148     {
 149       if (option.getDefaultValue() != null)
 150       {
 151         copy.setDefaultValue(option.getDefaultValue());
 152       }
 153     } catch (Exception ex)
 154     {
 155       ex.printStackTrace();
 156     }
 157   }
 158
 159   public static ValueConstrain copyValueConstrain(ValueConstrain vc)
 160   {
 161     try
 162     {
 163       ValueConstrain copy = new ValueConstrain();
 164       if (vc.getMax() != null)
 165       {
 166         copy.setMax(vc.getMax().toString());
 167       }
 168       if (vc.getMin() != null)
 169       {
 170         copy.setMin(vc.getMin().toString());
 171       }
 172       if (vc.getType() != null)
 173       {
 174         copy.setType(vc.getType());
 175       }
 176       return copy;
 177     } catch (Exception e)
 178     {
 179       e.printStackTrace();
 180       throw new Error(
 181               "Implementation error: could not copy ValueConstrain!");
 182     }
 183   }
 184
 185   public static Parameter copyParameter(Parameter parameter)
 186   {
 187     Parameter copy = new Parameter(parameter.getName(),
 188             parameter.getDescription());
 189     if (parameter.getValidValue() != null)
 190     {
 191       copy.setValidValue(copyValueConstrain(parameter.getValidValue()));
 192     }
 193     List<String> pv = parameter.getPossibleValues();
 194     if (pv != null)
 195     {
 196       copy.addPossibleValues(pv.toArray(new String[]
 197       {}));
 198     }
 199     setOptionFrom(copy, parameter);
 200     return copy;
 201   }
 202
 203 }