src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  29 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  30 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  31 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  32
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import javax.swing.JMenu;
  38 import javax.swing.JMenuItem;
  39
  40 /**
  41  * @author jprocter
  42  *
  43  */
  44 public class SequenceAnnotationWSClient extends Jws2Client
  45 {
  46   /**
  47    * initialise a client so its attachWSMenuEntry method can be called.
  48    */
  49   public SequenceAnnotationWSClient()
  50   {
  51     // TODO Auto-generated constructor stub
  52   }
  53
  54   public SequenceAnnotationWSClient(final Jws2Instance sh,
  55           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, boolean editParams)
  56   {
  57     super(alignFrame, preset, null);
  58     initSequenceAnnotationWSClient(sh, alignFrame, preset, editParams);
  59   }
  60
  61   // dan think. Do I need to change this method to run RNAalifold through the
  62   // GUI
  63
  64   public void initSequenceAnnotationWSClient(final Jws2Instance sh,
  65           AlignFrame alignFrame, WsParamSetI preset, boolean editParams)
  66   {
  67     // dan changed! dan test. comment out if conditional
  68     // if (alignFrame.getViewport().getAlignment().isNucleotide())
  69     // {
  70     // JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, sh.serviceType
  71     // + " can only be used\nfor amino acid alignments.",
  72     // "Wrong type of sequences!", JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  73     // return;
  74     //
  75     // }
  76     AlignAnalysisUIText aaui = sh.getAlignAnalysisUI();
  77     if (aaui != null)
  78     {
  79       Class clientClass = aaui.getClient();
  80
  81       // Build an AACon style client - take alignment, return annotation for
  82       // columns
  83
  84       List<AlignCalcWorkerI> clnts = alignFrame.getViewport()
  85               .getCalcManager().getRegisteredWorkersOfClass(clientClass);
  86       AbstractJabaCalcWorker worker;
  87       if (clnts == null || clnts.size() == 0)
  88       {
  89         if (!processParams(sh, editParams))
  90         {
  91           return;
  92         }
  93         try
  94         {
  95           worker = (AbstractJabaCalcWorker) (clientClass
  96                   .getConstructor(new Class[]
  97                   { Jws2Instance.class, AlignFrame.class, WsParamSetI.class,
  98                       List.class })
  99                   .newInstance(new Object[]
 100                   { sh, alignFrame, this.preset, paramset }));
 101         } catch (Exception x)
 102         {
 103           x.printStackTrace();
 104           throw new Error(
 105                   MessageManager.getString("error.implementation_error"),
 106                   x);
 107         }
 108         alignFrame.getViewport().getCalcManager().registerWorker(worker);
 109         alignFrame.getViewport().getCalcManager().startWorker(worker);
 110
 111       }
 112       else
 113       {
 114         worker = (AbstractJabaCalcWorker) clnts.get(0);
 115         if (editParams)
 116         {
 117           paramset = worker.getArguments();
 118           preset = worker.getPreset();
 119         }
 120
 121         if (!processParams(sh, editParams, true))
 122         {
 123           return;
 124         }
 125         // reinstate worker if it was blacklisted (might have happened due to
 126         // invalid parameters)
 127         alignFrame.getViewport().getCalcManager().enableWorker(worker);
 128         worker.updateParameters(this.preset, paramset);
 129       }
 130     }
 131     if (sh.action.toLowerCase().contains("disorder"))
 132     {
 133       // build IUPred style client. take sequences, returns annotation per
 134       // sequence.
 135       if (!processParams(sh, editParams))
 136       {
 137         return;
 138       }
 139
 140       alignFrame.getViewport().getCalcManager().startWorker(
 141               new AADisorderClient(sh, alignFrame, preset, paramset));
 142     }
 143   }
 144
 145   public SequenceAnnotationWSClient(AAConSettings fave,
 146           AlignFrame alignFrame, boolean b)
 147   {
 148     super(alignFrame, fave.getPreset(), fave.getJobArgset());
 149     initSequenceAnnotationWSClient(fave.getService(), alignFrame,
 150             fave.getPreset(), b);
 151   }
 152
 153   /*
 154    * (non-Javadoc)
 155    *
 156    * @see jalview.ws.jws2.Jws2Client#attachWSMenuEntry(javax.swing.JMenu,
 157    * jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance, jalview.gui.AlignFrame)
 158    */
 159   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final Jws2Instance service,
 160           final AlignFrame alignFrame)
 161   {
 162     if (registerAAConWSInstance(wsmenu, service, alignFrame))
 163     {
 164       // Alignment dependent analysis calculation WS gui
 165       return;
 166     }
 167     boolean hasparams = service.hasParameters();
 168     // Assume name ends in WS
 169     String calcName = service.serviceType.substring(0,
 170             service.serviceType.length() - 2);
 171
 172     JMenuItem annotservice = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 173             "label.calcname_with_default_settings", new String[]
 174             { calcName }));
 175     annotservice.addActionListener(new ActionListener()
 176     {
 177
 178       @Override
 179       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 180       {
 181         new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, false);
 182       }
 183     });
 184     wsmenu.add(annotservice);
 185     if (hasparams)
 186     {
 187       // only add these menu options if the service has user-modifiable
 188       // arguments
 189       annotservice = new JMenuItem(
 190               MessageManager.getString("label.edit_settings_and_run"));
 191       annotservice.setToolTipText(MessageManager.getString(
 192               "label.view_and_change_parameters_before_running_calculation"));
 193
 194       annotservice.addActionListener(new ActionListener()
 195       {
 196         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 197         {
 198           new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, null, true);
 199         }
 200       });
 201       wsmenu.add(annotservice);
 202       List<WsParamSetI> presets = service.getParamStore().getPresets();
 203       if (presets != null && presets.size() > 0)
 204       {
 205         JMenu presetlist = new JMenu(MessageManager
 206                 .formatMessage("label.run_with_preset", new String[]
 207                 { calcName }));
 208
 209         for (final WsParamSetI preset : presets)
 210         {
 211           final JMenuItem methodR = new JMenuItem(preset.getName());
 212           methodR.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true, "<strong>"
 213                   + (preset.isModifiable()
 214                           ? MessageManager.getString("label.user_preset")
 215                           : MessageManager
 216                                   .getString("label.service_preset"))
 217                   + "</strong><br/>" + preset.getDescription()));
 218           methodR.addActionListener(new ActionListener()
 219           {
 220             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221             {
 222               new SequenceAnnotationWSClient(service, alignFrame, preset,
 223                       false);
 224             }
 225
 226           });
 227           presetlist.add(methodR);
 228         }
 229         wsmenu.add(presetlist);
 230       }
 231
 232     }
 233     else
 234     {
 235       annotservice = new JMenuItem(
 236               MessageManager.getString("label.view_documentation"));
 237       if (service.docUrl != null)
 238       {
 239         annotservice.addActionListener(new ActionListener()
 240         {
 241
 242           @Override
 243           public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 244           {
 245             Desktop.instance.showUrl(service.docUrl);
 246           }
 247         });
 248         annotservice.setToolTipText(
 249                 JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager.formatMessage(
 250                         "label.view_service_doc_url", new String[]
 251                         { service.docUrl, service.docUrl })));
 252         wsmenu.add(annotservice);
 253       }
 254     }
 255   }
 256 }