src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  25 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  26 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  29 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import compbio.metadata.Argument;
  35 import compbio.metadata.Option;
  36
  37 /**
  38  * preferences for running AACon service
  39  *
  40  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  41  *         container ?
  42  */
  43 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  44 {
  45   Jws2Instance service;
  46
  47   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  48           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  49   {
  50     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  51     this.service = service;
  52   }
  53
  54   public Jws2Instance getService()
  55   {
  56     return service;
  57   }
  58
  59   public void setService(Jws2Instance service)
  60   {
  61     this.service = service;
  62     if (preset != null)
  63     {
  64       // migrate preset to new service
  65       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  66       {
  67         if (url.equals(service.getUri()))
  68         {
  69           return;
  70         }
  71       }
  72       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  73       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  74       {
  75         // easy - Presets are identical (we assume)
  76         preset = pr;
  77         return;
  78       }
  79       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  80       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  81       // need to compare parameters
  82       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  83       {
  84         if (!oldargs.remove(newparg))
  85         {
  86           newargs.add(newparg);
  87         }
  88       }
  89       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  90       {
  91         // exact match.
  92         preset = pr;
  93         return;
  94       }
  95       // Try even harder to migrate arguments.
  96       throw new Error(
  97               MessageManager
  98                       .getString("error.parameter_migration_not_implemented_yet"));
  99     }
 100   }
 101
 102   public List<Argument> getJobArgset()
 103   {
 104     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 105             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 106   }
 107
 108   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 109   {
 110     // TODO: test if parameters valid for service
 111     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 112             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 113   }
 114
 115   public String getWsParamFile()
 116   {
 117     List<Option> opts = null;
 118     if (jobArgset != null)
 119     {
 120       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 121     }
 122     else
 123     {
 124       if (preset != null)
 125       {
 126         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 127       }
 128     }
 129     if (opts == null || opts.size() == 0)
 130     {
 131       return "";
 132     }
 133     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 134     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 135     {
 136       pset.append(ps);
 137       pset.append("\n");
 138     }
 139     return pset.toString();
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public String getServiceURI()
 144   {
 145     return service.getServiceTypeURI();
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public String[] getServiceURLs()
 150   {
 151     return new String[] { service.getUri() };
 152   }
 153 }