src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.ws.jws2.dm;
  20
  21 import java.util.ArrayList;
  22 import java.util.List;
  23
  24 import compbio.metadata.Argument;
  25 import compbio.metadata.Option;
  26
  27 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  28 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  29 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  30 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  31 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  32 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  33
  34 /**
  35  * preferences for running AACon service
  36  *
  37  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  38  *         container ?
  39  */
  40 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  41 {
  42   Jws2Instance service;
  43
  44   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  45           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  46   {
  47     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  48     this.service = service;
  49   }
  50
  51   public Jws2Instance getService()
  52   {
  53     return service;
  54   }
  55
  56   public void setService(Jws2Instance service)
  57   {
  58     this.service = service;
  59     if (preset != null)
  60     {
  61       // migrate preset to new service
  62       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  63       {
  64         if (url.equals(service.getUri()))
  65         {
  66           return;
  67         }
  68       }
  69       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  70       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  71       {
  72         // easy - Presets are identical (we assume)
  73         preset = pr;
  74         return;
  75       }
  76       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  77       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  78       // need to compare parameters
  79       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  80       {
  81         if (!oldargs.remove(newparg))
  82         {
  83           newargs.add(newparg);
  84         }
  85       }
  86       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  87       {
  88         // exact match.
  89         preset = pr;
  90         return;
  91       }
  92       // Try even harder to migrate arguments.
  93       throw new Error("Parameter migration not implemented yet");
  94     }
  95   }
  96
  97   public List<Argument> getJobArgset()
  98   {
  99     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 100             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 101   }
 102
 103   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 104   {
 105     // TODO: test if parameters valid for service
 106     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 107             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 108   }
 109
 110   public String getWsParamFile()
 111   {
 112     List<Option> opts = null;
 113     if (jobArgset != null)
 114     {
 115       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 116     }
 117     else
 118     {
 119       if (preset != null)
 120       {
 121         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 122       }
 123     }
 124     if (opts == null || opts.size() == 0)
 125     {
 126       return "";
 127     }
 128     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 129     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 130     {
 131       pset.append(ps);
 132       pset.append("\n");
 133     }
 134     return pset.toString();
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public String getServiceURI()
 139   {
 140     return service.getServiceTypeURI();
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public String[] getServiceURLs()
 145   {
 146     return new String[]
 147     { service.getUri() };
 148   }
 149 }