src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 package jalview.ws.jws2.dm;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 import compbio.metadata.Argument;
   7 import compbio.metadata.Option;
   8 import compbio.metadata.Preset;
   9
  10 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  11 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  12 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  13 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  14 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  15 import jalview.ws.params.ParamManager;
  16 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  17
  18 /**
  19  * preferences for running AACon service
  20  *
  21  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  22  *         container ?
  23  */
  24 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  25 {
  26   Jws2Instance service;
  27
  28   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  29           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  30   {
  31     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  32     this.service = service;
  33   }
  34
  35   public Jws2Instance getService()
  36   {
  37     return service;
  38   }
  39
  40   public void setService(Jws2Instance service)
  41   {
  42     this.service = service;
  43     if (preset != null)
  44     {
  45       // migrate preset to new service
  46       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  47       {
  48         if (url.equals(service.getUri()))
  49         {
  50           return;
  51         }
  52       }
  53       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  54       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  55       {
  56         // easy - Presets are identical (we assume)
  57         preset = pr;
  58         return;
  59       }
  60       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  61       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  62       // need to compare parameters
  63       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  64       {
  65         if (!oldargs.remove(newparg))
  66         {
  67           newargs.add(newparg);
  68         }
  69       }
  70       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  71       {
  72         // exact match.
  73         preset = pr;
  74         return;
  75       }
  76       // Try even harder to migrate arguments.
  77       throw new Error("Parameter migration not implemented yet");
  78     }
  79   }
  80
  81   public List<Argument> getJobArgset()
  82   {
  83     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
  84             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
  85   }
  86
  87   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
  88   {
  89     // TODO: test if parameters valid for service
  90     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
  91             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
  92   }
  93
  94   public String getWsParamFile()
  95   {
  96     List<Option> opts = null;
  97     if (jobArgset != null)
  98     {
  99       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 100     }
 101     else
 102     {
 103       if (preset != null)
 104       {
 105         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 106       }
 107     }
 108     if (opts == null || opts.size() == 0)
 109     {
 110       return "";
 111     }
 112     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 113     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 114     {
 115       pset.append(ps);
 116       pset.append("\n");
 117     }
 118     return pset.toString();
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public String getServiceURI()
 123   {
 124     return service.getServiceTypeURI();
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public String[] getServiceURLs()
 129   {
 130     return new String[]
 131     { service.getUri() };
 132   }
 133 }