src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2.dm;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import compbio.metadata.Argument;
  24 import compbio.metadata.Option;
  25
  26 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  27 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  28 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  29 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  30 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  31 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  32
  33 /**
  34  * preferences for running AACon service
  35  *
  36  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  37  *         container ?
  38  */
  39 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  40 {
  41   Jws2Instance service;
  42
  43   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  44           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  45   {
  46     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  47     this.service = service;
  48   }
  49
  50   public Jws2Instance getService()
  51   {
  52     return service;
  53   }
  54
  55   public void setService(Jws2Instance service)
  56   {
  57     this.service = service;
  58     if (preset != null)
  59     {
  60       // migrate preset to new service
  61       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  62       {
  63         if (url.equals(service.getUri()))
  64         {
  65           return;
  66         }
  67       }
  68       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  69       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  70       {
  71         // easy - Presets are identical (we assume)
  72         preset = pr;
  73         return;
  74       }
  75       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  76       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  77       // need to compare parameters
  78       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  79       {
  80         if (!oldargs.remove(newparg))
  81         {
  82           newargs.add(newparg);
  83         }
  84       }
  85       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  86       {
  87         // exact match.
  88         preset = pr;
  89         return;
  90       }
  91       // Try even harder to migrate arguments.
  92       throw new Error("Parameter migration not implemented yet");
  93     }
  94   }
  95
  96   public List<Argument> getJobArgset()
  97   {
  98     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
  99             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 100   }
 101
 102   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 103   {
 104     // TODO: test if parameters valid for service
 105     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 106             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 107   }
 108
 109   public String getWsParamFile()
 110   {
 111     List<Option> opts = null;
 112     if (jobArgset != null)
 113     {
 114       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 115     }
 116     else
 117     {
 118       if (preset != null)
 119       {
 120         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 121       }
 122     }
 123     if (opts == null || opts.size() == 0)
 124     {
 125       return "";
 126     }
 127     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 128     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 129     {
 130       pset.append(ps);
 131       pset.append("\n");
 132     }
 133     return pset.toString();
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public String getServiceURI()
 138   {
 139     return service.getServiceTypeURI();
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public String[] getServiceURLs()
 144   {
 145     return new String[]
 146     { service.getUri() };
 147   }
 148 }