src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  25 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  26 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  29 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  30 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  31
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import compbio.metadata.Argument;
  36 import compbio.metadata.Option;
  37
  38 /**
  39  * preferences for running AACon service
  40  *
  41  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  42  *         container ?
  43  */
  44 public class AAConSettings extends AutoCalcSetting
  45 {
  46   Jws2Instance service;
  47
  48   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  49           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  50   {
  51     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  52     this.service = service;
  53   }
  54
  55   public Jws2Instance getService()
  56   {
  57     return service;
  58   }
  59
  60   public void setService(Jws2Instance service)
  61   {
  62     this.service = service;
  63     if (preset != null)
  64     {
  65       // migrate preset to new service
  66       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  67       {
  68         if (url.equals(service.getUri()))
  69         {
  70           return;
  71         }
  72       }
  73       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  74       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  75       {
  76         // easy - Presets are identical (we assume)
  77         preset = pr;
  78         return;
  79       }
  80       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<ArgumentI>(), newargs = new ArrayList<ArgumentI>();
  81       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  82       // need to compare parameters
  83       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  84       {
  85         if (!oldargs.remove(newparg))
  86         {
  87           newargs.add(newparg);
  88         }
  89       }
  90       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  91       {
  92         // exact match.
  93         preset = pr;
  94         return;
  95       }
  96       // Try even harder to migrate arguments.
  97       throw new Error(MessageManager.getString("error.parameter_migration_not_implemented_yet"));
  98     }
  99   }
 100
 101   public List<Argument> getJobArgset()
 102   {
 103     return jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 104             .getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 105   }
 106
 107   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 108   {
 109     // TODO: test if parameters valid for service
 110     this.jobArgset = jobArgset == null ? null : JabaParamStore
 111             .getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 112   }
 113
 114   public String getWsParamFile()
 115   {
 116     List<Option> opts = null;
 117     if (jobArgset != null)
 118     {
 119       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 120     }
 121     else
 122     {
 123       if (preset != null)
 124       {
 125         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 126       }
 127     }
 128     if (opts == null || opts.size() == 0)
 129     {
 130       return "";
 131     }
 132     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 133     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 134     {
 135       pset.append(ps);
 136       pset.append("\n");
 137     }
 138     return pset.toString();
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public String getServiceURI()
 143   {
 144     return service.getServiceTypeURI();
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public String[] getServiceURLs()
 149   {
 150     return new String[]
 151     { service.getUri() };
 152   }
 153 }