src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  25 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import compbio.metadata.Option;
  32
  33 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  34 {
  35   /**
  36    * raw jaba arguments.
  37    */
  38   List<Option> jabaArguments;
  39
  40   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  41
  42   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  43   {
  44     if (jobParams.size() > 0)
  45     {
  46       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  47       {
  48         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  49         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  50         // implementation error.
  51         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  52       }
  53       else
  54       {
  55         if (!allJaba(jobParams))
  56         {
  57           throw new Error(
  58                   MessageManager
  59                           .getString("error.cannot_create_jabaws_param_set"));
  60         }
  61         else
  62         {
  63           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  64         }
  65       }
  66     }
  67     name = storeSetName;
  68     description = descr;
  69     sourceFile = null;
  70     applicableUrls = null;
  71   }
  72
  73   public JabaWsParamSet()
  74   {
  75
  76   }
  77
  78   private boolean allJaba(List jobParams)
  79   {
  80
  81     boolean allJaba = true;
  82     for (Object jp : jobParams)
  83     {
  84       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  85       {
  86         allJaba &= true;
  87       }
  88       else
  89       {
  90         allJaba = false;
  91         break;
  92       }
  93     }
  94     return allJaba;
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public String getName()
  99   {
 100     return name;
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public String getDescription()
 105   {
 106     return description;
 107   }
 108
 109   /**
 110    * @param name
 111    *          the name to set
 112    */
 113   public void setName(String name)
 114   {
 115     this.name = name;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * @param description
 120    *          the description to set
 121    */
 122   public void setDescription(String description)
 123   {
 124     this.description = description;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * @param applicableUrls
 129    *          the applicableUrls to set
 130    */
 131   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 132   {
 133     this.applicableUrls = applicableUrls;
 134   }
 135
 136   /**
 137    * @param modifiable
 138    *          the modifiable to set
 139    */
 140   public void setModifiable(boolean modifiable)
 141   {
 142     this.modifiable = modifiable;
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public String[] getApplicableUrls()
 147   {
 148     return applicableUrls;
 149   }
 150
 151   @Override
 152   public String getSourceFile()
 153   {
 154     return sourceFile;
 155   }
 156
 157   @Override
 158   public void setSourceFile(String newfile)
 159   {
 160     sourceFile = newfile;
 161   }
 162
 163   boolean modifiable = true;
 164
 165   @Override
 166   public boolean isModifiable()
 167   {
 168     return modifiable;
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public List<ArgumentI> getArguments()
 173   {
 174     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 179   {
 180     if (!allJaba(args))
 181     {
 182       throw new Error(
 183               MessageManager
 184                       .getString("error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set"));
 185     }
 186     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 187     for (ArgumentI rg : args)
 188     {
 189       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 190     }
 191   }
 192
 193   public List<Option> getjabaArguments()
 194   {
 195     return jabaArguments;
 196   }
 197
 198   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 199   {
 200     jabaArguments = args;
 201   }
 202
 203 }