src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.ws.jws2.dm;
  20
  21 import java.util.ArrayList;
  22 import java.util.List;
  23
  24 import compbio.metadata.Option;
  25
  26 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  27 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  28 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  29
  30 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  31 {
  32   /**
  33    * raw jaba arguments.
  34    */
  35   List<Option> jabaArguments;
  36
  37   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  38
  39   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  40   {
  41     if (jobParams.size() > 0)
  42     {
  43       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  44       {
  45         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  46         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  47         // implementation error.
  48         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  49       }
  50       else
  51       {
  52         if (!allJaba(jobParams))
  53         {
  54           throw new Error(
  55                   "Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters");
  56         }
  57         else
  58         {
  59           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  60         }
  61       }
  62     }
  63     name = storeSetName;
  64     description = descr;
  65     sourceFile = null;
  66     applicableUrls = null;
  67   }
  68
  69   public JabaWsParamSet()
  70   {
  71
  72   }
  73
  74   private boolean allJaba(List jobParams)
  75   {
  76
  77     boolean allJaba = true;
  78     for (Object jp : jobParams)
  79     {
  80       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  81       {
  82         allJaba &= true;
  83       }
  84       else
  85       {
  86         allJaba = false;
  87         break;
  88       }
  89     }
  90     return allJaba;
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public String getName()
  95   {
  96     return name;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String getDescription()
 101   {
 102     return description;
 103   }
 104
 105   /**
 106    * @param name
 107    *          the name to set
 108    */
 109   public void setName(String name)
 110   {
 111     this.name = name;
 112   }
 113
 114   /**
 115    * @param description
 116    *          the description to set
 117    */
 118   public void setDescription(String description)
 119   {
 120     this.description = description;
 121   }
 122
 123   /**
 124    * @param applicableUrls
 125    *          the applicableUrls to set
 126    */
 127   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 128   {
 129     this.applicableUrls = applicableUrls;
 130   }
 131
 132   /**
 133    * @param modifiable
 134    *          the modifiable to set
 135    */
 136   public void setModifiable(boolean modifiable)
 137   {
 138     this.modifiable = modifiable;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public String[] getApplicableUrls()
 143   {
 144     return applicableUrls;
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public String getSourceFile()
 149   {
 150     return sourceFile;
 151   }
 152
 153   @Override
 154   public void setSourceFile(String newfile)
 155   {
 156     sourceFile = newfile;
 157   }
 158
 159   boolean modifiable = true;
 160
 161   @Override
 162   public boolean isModifiable()
 163   {
 164     return modifiable;
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public List<ArgumentI> getArguments()
 169   {
 170     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 171   }
 172
 173   @Override
 174   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 175   {
 176     if (!allJaba(args))
 177     {
 178       throw new Error(
 179               "Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments");
 180     }
 181     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 182     for (ArgumentI rg : args)
 183     {
 184       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 185     }
 186   }
 187
 188   public List<Option> getjabaArguments()
 189   {
 190     return jabaArguments;
 191   }
 192
 193   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 194   {
 195     jabaArguments = args;
 196   }
 197
 198 }