src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

   1 /*
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  25 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import compbio.metadata.Option;
  32
  33 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  34 {
  35   /**
  36    * raw jaba arguments.
  37    */
  38   List<Option> jabaArguments;
  39
  40   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  41
  42   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  43   {
  44     if (jobParams.size() > 0)
  45     {
  46       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  47       {
  48         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  49         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  50         // implementation error.
  51         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  52       }
  53       else
  54       {
  55         if (!allJaba(jobParams))
  56         {
  57           throw new Error(MessageManager
  58                   .getString("error.cannot_create_jabaws_param_set"));
  59         }
  60         else
  61         {
  62           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  63         }
  64       }
  65     }
  66     name = storeSetName;
  67     description = descr;
  68     sourceFile = null;
  69     applicableUrls = null;
  70   }
  71
  72   public JabaWsParamSet()
  73   {
  74
  75   }
  76
  77   private boolean allJaba(List jobParams)
  78   {
  79
  80     boolean allJaba = true;
  81     for (Object jp : jobParams)
  82     {
  83       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  84       {
  85         allJaba &= true;
  86       }
  87       else
  88       {
  89         allJaba = false;
  90         break;
  91       }
  92     }
  93     return allJaba;
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public String getName()
  98   {
  99     return name;
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public String getDescription()
 104   {
 105     return description;
 106   }
 107
 108   /**
 109    * @param name
 110    *          the name to set
 111    */
 112   public void setName(String name)
 113   {
 114     this.name = name;
 115   }
 116
 117   /**
 118    * @param description
 119    *          the description to set
 120    */
 121   public void setDescription(String description)
 122   {
 123     this.description = description;
 124   }
 125
 126   /**
 127    * @param applicableUrls
 128    *          the applicableUrls to set
 129    */
 130   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 131   {
 132     this.applicableUrls = applicableUrls;
 133   }
 134
 135   /**
 136    * @param modifiable
 137    *          the modifiable to set
 138    */
 139   public void setModifiable(boolean modifiable)
 140   {
 141     this.modifiable = modifiable;
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public String[] getApplicableUrls()
 146   {
 147     return applicableUrls;
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public String getSourceFile()
 152   {
 153     return sourceFile;
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public void setSourceFile(String newfile)
 158   {
 159     sourceFile = newfile;
 160   }
 161
 162   boolean modifiable = true;
 163
 164   @Override
 165   public boolean isModifiable()
 166   {
 167     return modifiable;
 168   }
 169
 170   @Override
 171   public List<ArgumentI> getArguments()
 172   {
 173     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 174   }
 175
 176   @Override
 177   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 178   {
 179     if (!allJaba(args))
 180     {
 181       throw new Error(MessageManager
 182               .getString("error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set"));
 183     }
 184     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 185     for (ArgumentI rg : args)
 186     {
 187       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 188     }
 189   }
 190
 191   public List<Option> getjabaArguments()
 192   {
 193     return jabaArguments;
 194   }
 195
 196   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 197   {
 198     jabaArguments = args;
 199   }
 200
 201 }