src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2.dm;
  19
  20 import java.io.BufferedReader;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.io.Reader;
  23 import java.io.Writer;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import compbio.metadata.Argument;
  28 import compbio.metadata.Option;
  29
  30 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  31 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  32 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  33 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  34 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  35
  36 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  37 {
  38   /**
  39    * raw jaba arguments.
  40    */
  41   List<Option> jabaArguments;
  42
  43   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  44
  45   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  46   {
  47     if (jobParams.size() > 0)
  48     {
  49       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  50       {
  51         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  52         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  53         // implementation error.
  54         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  55       }
  56       else
  57       {
  58         if (!allJaba(jobParams))
  59         {
  60           throw new Error(
  61                   "Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters");
  62         }
  63         else
  64         {
  65           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  66         }
  67       }
  68     }
  69     name = storeSetName;
  70     description = descr;
  71     sourceFile = null;
  72     applicableUrls = null;
  73   }
  74
  75   public JabaWsParamSet()
  76   {
  77
  78   }
  79
  80   private boolean allJaba(List jobParams)
  81   {
  82
  83     boolean allJaba = true;
  84     for (Object jp : jobParams)
  85     {
  86       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  87       {
  88         allJaba &= true;
  89       }
  90       else
  91       {
  92         allJaba = false;
  93         break;
  94       }
  95     }
  96     return allJaba;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String getName()
 101   {
 102     return name;
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public String getDescription()
 107   {
 108     return description;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * @param name
 113    *          the name to set
 114    */
 115   public void setName(String name)
 116   {
 117     this.name = name;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * @param description
 122    *          the description to set
 123    */
 124   public void setDescription(String description)
 125   {
 126     this.description = description;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * @param applicableUrls
 131    *          the applicableUrls to set
 132    */
 133   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 134   {
 135     this.applicableUrls = applicableUrls;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * @param modifiable
 140    *          the modifiable to set
 141    */
 142   public void setModifiable(boolean modifiable)
 143   {
 144     this.modifiable = modifiable;
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public String[] getApplicableUrls()
 149   {
 150     return applicableUrls;
 151   }
 152
 153   @Override
 154   public String getSourceFile()
 155   {
 156     return sourceFile;
 157   }
 158
 159   @Override
 160   public void setSourceFile(String newfile)
 161   {
 162     sourceFile = newfile;
 163   }
 164
 165   boolean modifiable = true;
 166
 167   @Override
 168   public boolean isModifiable()
 169   {
 170     return modifiable;
 171   }
 172
 173   @Override
 174   public List<ArgumentI> getArguments()
 175   {
 176     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 177   }
 178
 179   @Override
 180   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 181   {
 182     if (!allJaba(args))
 183     {
 184       throw new Error(
 185               "Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments");
 186     }
 187     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 188     for (ArgumentI rg : args)
 189     {
 190       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 191     }
 192   }
 193
 194   public List<Option> getjabaArguments()
 195   {
 196     return jabaArguments;
 197   }
 198
 199   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 200   {
 201     jabaArguments = args;
 202   }
 203
 204 }