src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2.dm;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import compbio.metadata.Option;
  24
  25 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  26 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  27 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  28
  29 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  30 {
  31   /**
  32    * raw jaba arguments.
  33    */
  34   List<Option> jabaArguments;
  35
  36   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  37
  38   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  39   {
  40     if (jobParams.size() > 0)
  41     {
  42       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  43       {
  44         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  45         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  46         // implementation error.
  47         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  48       }
  49       else
  50       {
  51         if (!allJaba(jobParams))
  52         {
  53           throw new Error(
  54                   "Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters");
  55         }
  56         else
  57         {
  58           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  59         }
  60       }
  61     }
  62     name = storeSetName;
  63     description = descr;
  64     sourceFile = null;
  65     applicableUrls = null;
  66   }
  67
  68   public JabaWsParamSet()
  69   {
  70
  71   }
  72
  73   private boolean allJaba(List jobParams)
  74   {
  75
  76     boolean allJaba = true;
  77     for (Object jp : jobParams)
  78     {
  79       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  80       {
  81         allJaba &= true;
  82       }
  83       else
  84       {
  85         allJaba = false;
  86         break;
  87       }
  88     }
  89     return allJaba;
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public String getName()
  94   {
  95     return name;
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public String getDescription()
 100   {
 101     return description;
 102   }
 103
 104   /**
 105    * @param name
 106    *          the name to set
 107    */
 108   public void setName(String name)
 109   {
 110     this.name = name;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * @param description
 115    *          the description to set
 116    */
 117   public void setDescription(String description)
 118   {
 119     this.description = description;
 120   }
 121
 122   /**
 123    * @param applicableUrls
 124    *          the applicableUrls to set
 125    */
 126   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 127   {
 128     this.applicableUrls = applicableUrls;
 129   }
 130
 131   /**
 132    * @param modifiable
 133    *          the modifiable to set
 134    */
 135   public void setModifiable(boolean modifiable)
 136   {
 137     this.modifiable = modifiable;
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public String[] getApplicableUrls()
 142   {
 143     return applicableUrls;
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public String getSourceFile()
 148   {
 149     return sourceFile;
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public void setSourceFile(String newfile)
 154   {
 155     sourceFile = newfile;
 156   }
 157
 158   boolean modifiable = true;
 159
 160   @Override
 161   public boolean isModifiable()
 162   {
 163     return modifiable;
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public List<ArgumentI> getArguments()
 168   {
 169     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 174   {
 175     if (!allJaba(args))
 176     {
 177       throw new Error(
 178               "Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments");
 179     }
 180     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 181     for (ArgumentI rg : args)
 182     {
 183       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 184     }
 185   }
 186
 187   public List<Option> getjabaArguments()
 188   {
 189     return jabaArguments;
 190   }
 191
 192   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 193   {
 194     jabaArguments = args;
 195   }
 196
 197 }