src/jalview/ws/jws2/jabaws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Set;
  34 import java.util.TreeSet;
  35
  36 import compbio.data.sequence.Score;
  37
  38 public class AAConClient extends JabawsAnnotationInstance
  39 {
  40   // configuration for factory
  41   public static String getServiceActionText()
  42   {
  43     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  44   }
  45
  46
  47
  48   private static String CALC_ID = "jabaws2.AACon";
  49
  50   public static AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUIText()
  51   {
  52     return new AlignAnalysisUIText(
  53             compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  54             AAConClient.class, CALC_ID, false, true, true, true,
  55             true, 2, MessageManager.getString("label.aacon_calculations"),
  56             MessageManager.getString("tooltip.aacon_calculations"),
  57             MessageManager.getString("label.aacon_settings"),
  58             MessageManager.getString("tooltip.aacon_settings"));
  59   }
  60
  61   // instance
  62   public AAConClient(Jws2Instance handle)
  63   {
  64     super(handle);
  65   }
  66
  67   @Override
  68   List<AlignmentAnnotation> annotationFromScoreManager(AlignmentI seqs,
  69           Map<String, FeatureColourI> featureColours,
  70           Map<String, FeatureMatcherSetI> featureFilters)
  71   {
  72     return aacons_annotation(seqs.getWidth(), seqs, null);
  73   }
  74
  75   private List<AlignmentAnnotation> aacons_annotation(int alWidth,
  76           AlignmentI alignViewport, boolean[] gapMap)
  77   {
  78     Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  79     ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<>();
  80     for (String score : scoremap.keySet())
  81     {
  82       Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  83       for (Score scr : scores)
  84       {
  85         if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  86         {
  87           /**
  88            * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  89            * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  90            * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng :
  91            * scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for (int i
  92            * = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new Annotation("", "", '
  93            * ', val); } } annotation.annotations = elm;
  94            * annotation.validateRangeAndDisplay();
  95            */
  96         }
  97         else
  98         {
  99           createAnnotationRowsForScores(alignViewport, null, ourAnnot,
 100                   getCalcId(),
 101                   scr.getScores().size(), scr);
 102         }
 103       }
 104     }
 105     return ourAnnot;
 106   }
 107
 108 }