src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  26 import jalview.ws.jws2.MsaWSClient;
  27 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
  28 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  29
  30 import java.io.Closeable;
  31
  32 import javax.swing.JMenu;
  33
  34 import compbio.data.msa.JABAService;
  35 import compbio.data.msa.MsaWS;
  36 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  37 import compbio.metadata.PresetManager;
  38 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  39
  40 public class Jws2Instance
  41 {
  42   public String hosturl;
  43
  44   public String serviceType;
  45
  46   public String action;
  47
  48   public JABAService service;
  49
  50   public String description;
  51
  52   public String docUrl;
  53
  54   /**
  55    *
  56    * @param hosturl
  57    *          Service endpoint
  58    * @param serviceType
  59    *          Category for this service's analysis
  60    * @param action
  61    *          text describing their action that service performs (eg 'aligning',
  62    *          'analysing')
  63    * @param description
  64    *          Description from JABAWS registry
  65    * @param service
  66    *          JABAWS registry ID for service
  67    */
  68   public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, String action,
  69           String description, JABAService service)
  70   {
  71     super();
  72     this.hosturl = hosturl;
  73     this.serviceType = serviceType;
  74     this.service = service;
  75     this.action = action;
  76     this.description = description;
  77     int p = description.indexOf("MORE INFORMATION:");
  78     if (p > -1)
  79     {
  80       docUrl = description.substring(description.indexOf("http", p)).trim();
  81       if (docUrl.indexOf('\n') > -1)
  82       {
  83         docUrl = docUrl.substring(0, docUrl.indexOf("\n")).trim();
  84       }
  85
  86     }
  87   }
  88
  89   PresetManager presets = null;
  90
  91   public JabaParamStore paramStore = null;
  92
  93   /**
  94    * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it calls
  95    * the service to get the preset set)
  96    *
  97    * @return service presets or null if exceptions were raised.
  98    */
  99   public PresetManager getPresets()
 100   {
 101     if (presets == null)
 102     {
 103       try
 104       {
 105         if (service instanceof MsaWS<?>)
 106         {
 107           presets = ((MsaWS) service).getPresets();
 108
 109         }
 110         if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 111         {
 112           presets = ((SequenceAnnotation) service).getPresets();
 113         }
 114       } catch (Exception ex)
 115       {
 116         System.err.println("Exception when retrieving presets for service "
 117                 + serviceType + " at " + hosturl);
 118       }
 119     }
 120     return presets;
 121   }
 122
 123   public String getHost()
 124   {
 125     return hosturl;
 126     /*
 127      * try { URL serviceurl = new URL(hosturl); if (serviceurl.getPort()!=80) {
 128      * return serviceurl.getHost()+":"+serviceurl.getPort(); } return
 129      * serviceurl.getHost(); } catch (Exception e) {
 130      * System.err.println("Failed to parse service URL '" + hosturl +
 131      * "' as a valid URL!"); } return null;
 132      */
 133   }
 134
 135   /**
 136    * @return short description of what the service will do
 137    */
 138   public String getActionText()
 139   {
 140     return action + " with " + serviceType;
 141   }
 142
 143   /**
 144    * non-thread safe - blocks whilst accessing service to get complete set of
 145    * available options and parameters
 146    *
 147    * @return
 148    */
 149   public RunnerConfig getRunnerConfig()
 150   {
 151     if (service instanceof MsaWS<?>)
 152     {
 153       return ((MsaWS) service).getRunnerOptions();
 154     }
 155     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 156     {
 157       return ((SequenceAnnotation) service).getRunnerOptions();
 158     }
 159     throw new Error(
 160             "Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type "
 161                     + serviceType + " (" + service.getClass() + ")");
 162   }
 163
 164   @Override
 165   protected void finalize() throws Throwable
 166   {
 167     if (service != null)
 168     {
 169       try
 170       {
 171         Closeable svc = (Closeable) service;
 172         service = null;
 173         svc.close();
 174       } catch (Exception e)
 175       {
 176       }
 177       ;
 178     }
 179     super.finalize();
 180   }
 181
 182   public ParamDatastoreI getParamStore()
 183   {
 184     if (paramStore == null)
 185     {
 186       try
 187       {
 188         paramStore = new JabaParamStore(this,
 189                 (Desktop.instance != null ? Desktop.getUserParameterStore()
 190                         : null));
 191       } catch (Exception ex)
 192       {
 193         System.err.println("Unexpected exception creating JabaParamStore.");
 194         ex.printStackTrace();
 195       }
 196
 197     }
 198     return paramStore;
 199   }
 200
 201   public String getUri()
 202   {
 203     // this is only valid for Jaba 1.0 - this formula might have to change!
 204     return hosturl
 205             + (hosturl.lastIndexOf("/") == (hosturl.length() - 1) ? ""
 206                     : "/") + serviceType;
 207   }
 208
 209   private boolean hasParams = false, lookedForParams = false;
 210
 211   public boolean hasParameters()
 212   {
 213     if (!lookedForParams)
 214     {
 215       lookedForParams = true;
 216       try
 217       {
 218         hasParams = (getRunnerConfig().getArguments().size() > 0);
 219       } catch (Exception e)
 220       {
 221
 222       }
 223     }
 224     return hasParams;
 225   }
 226
 227   public void attachWSMenuEntry(JMenu atpoint, AlignFrame alignFrame)
 228   {
 229     if (service instanceof MsaWS<?>)
 230     {
 231       new MsaWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 232     }
 233     else if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 234     {
 235       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this,
 236               alignFrame);
 237     }
 238   }
 239
 240   public String getServiceTypeURI()
 241   {
 242     return "java:" + serviceType;
 243   }
 244
 245   jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText aaui;
 246
 247   public jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUI()
 248   {
 249     return aaui;
 250   }
 251 }