src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

   1 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
   2
   3 import jalview.gui.AlignFrame;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
   6 import jalview.ws.jws2.MsaWSClient;
   7 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9
  10 import java.io.Closeable;
  11
  12 import javax.swing.JMenu;
  13
  14 import compbio.data.msa.JABAService;
  15 import compbio.data.msa.MsaWS;
  16 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  17 import compbio.metadata.PresetManager;
  18 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  19
  20 public class Jws2Instance
  21 {
  22   public String hosturl;
  23
  24   public String serviceType;
  25   public String action;
  26   public JABAService service;
  27   public String description;
  28
  29   public Jws2Instance(String hosturl, String serviceType, String action, String description,
  30           JABAService service)
  31   {
  32     super();
  33     this.hosturl = hosturl;
  34     this.serviceType = serviceType;
  35     this.service = service;
  36     this.action=action;
  37     this.description = description;
  38
  39   }
  40
  41   PresetManager presets = null;
  42
  43   public JabaParamStore paramStore = null;
  44
  45   /**
  46    * non thread safe - gets the presets for this service (blocks whilst it calls
  47    * the service to get the preset set)
  48    *
  49    * @return service presets or null if exceptions were raised.
  50    */
  51   public PresetManager getPresets()
  52   {
  53     if (presets == null)
  54     {
  55       try
  56       {
  57         if (service instanceof MsaWS<?>)
  58         {
  59           presets = ((MsaWS) service).getPresets();
  60
  61         }
  62         if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
  63         {
  64           presets = ((SequenceAnnotation) service).getPresets();
  65         }
  66       } catch (Exception ex)
  67       {
  68         System.err.println("Exception when retrieving presets for service "
  69                 + serviceType + " at " + hosturl);
  70       }
  71     }
  72     return presets;
  73   }
  74
  75   public String getHost()
  76   {
  77     return hosturl;
  78     /*
  79      * try { URL serviceurl = new URL(hosturl); if (serviceurl.getPort()!=80) {
  80      * return serviceurl.getHost()+":"+serviceurl.getPort(); } return
  81      * serviceurl.getHost(); } catch (Exception e) {
  82      * System.err.println("Failed to parse service URL '" + hosturl +
  83      * "' as a valid URL!"); } return null;
  84      */
  85   }
  86
  87   /**
  88    * @return short description of what the service will do
  89    */
  90   public String getActionText()
  91   {
  92     return action+" with " + serviceType;
  93   }
  94
  95   /**
  96    * non-thread safe - blocks whilst accessing service to get complete set of
  97    * available options and parameters
  98    *
  99    * @return
 100    */
 101   public RunnerConfig getRunnerConfig()
 102   {
 103     if (service instanceof MsaWS<?>)
 104     {
 105       return ((MsaWS) service).getRunnerOptions();
 106     }
 107     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>)
 108     {
 109       return ((SequenceAnnotation) service).getRunnerOptions();
 110     }
 111     throw new Error("Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type "+serviceType+" ("+service.getClass()+")");
 112   }
 113
 114   @Override
 115   protected void finalize() throws Throwable
 116   {
 117     if (service != null)
 118     {
 119       try
 120       {
 121         Closeable svc = (Closeable) service;
 122         service = null;
 123         svc.close();
 124       } catch (Exception e)
 125       {
 126       }
 127       ;
 128     }
 129     super.finalize();
 130   }
 131
 132   public ParamDatastoreI getParamStore()
 133   {
 134     if (paramStore == null)
 135     {
 136       try
 137       {
 138         paramStore = new JabaParamStore(this,
 139                 (Desktop.instance != null ? Desktop.getUserParameterStore()
 140                         : null));
 141       } catch (Exception ex)
 142       {
 143       }
 144
 145     }
 146     return paramStore;
 147   }
 148
 149   public String getUri()
 150   {
 151     // this is only valid for Jaba 1.0 - this formula might have to change!
 152     return hosturl
 153             + (hosturl.lastIndexOf("/") == (hosturl.length() - 1) ? ""
 154                     : "/") + serviceType;
 155   }
 156
 157   private boolean hasParams = false, lookedForParams = false;
 158
 159   public boolean hasParameters()
 160   {
 161     if (!lookedForParams)
 162     {
 163       lookedForParams = true;
 164       try
 165       {
 166         hasParams = (getRunnerConfig().getArguments().size() > 0);
 167       } catch (Exception e)
 168       {
 169
 170       }
 171     }
 172     return hasParams;
 173   }
 174
 175   public void attachWSMenuEntry(JMenu atpoint, AlignFrame alignFrame)
 176   {
 177     if (service instanceof MsaWS<?>)
 178     {
 179       new MsaWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 180     } else
 181     if (service instanceof SequenceAnnotation<?>){
 182       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(atpoint, this, alignFrame);
 183     }
 184   }
 185 }