src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.ws.jws2.AAConClient;
  24 import jalview.ws.jws2.JPred301Client;
  25 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  26 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  27
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.HashSet;
  30
  31 import compbio.data.msa.JABAService;
  32
  33 public class Jws2InstanceFactory
  34 {
  35   private static HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  36
  37   private static HashSet<String> ignoreGUI;
  38
  39   private static String category_rewrite(String cat_name)
  40   {
  41     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction")) ? "Secondary Structure Prediction"
  42             : cat_name;
  43   }
  44
  45   private static void init()
  46   {
  47     if (aaConGUI == null)
  48     {
  49       aaConGUI = new HashMap<String, AlignAnalysisUIText>();
  50       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  51               AAConClient.getAlignAnalysisUITest());
  52       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  53               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUITest());
  54       // disable the JPred301 client in jalview ...
  55       ignoreGUI = new HashSet<String>();
  56       ignoreGUI.add(compbio.ws.client.Services.JpredWS.toString());
  57       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.JpredWS.toString(),
  58               JPred301Client.getAlignAnalysisUITest());
  59     }
  60   }
  61
  62   /**
  63    * exclusion list to avoid creating GUI elements for services we don't fully
  64    * support
  65    *
  66    * @param serviceType
  67    * @return
  68    */
  69   public static boolean ignoreService(String serviceType)
  70   {
  71     init();
  72     return (ignoreGUI.contains(serviceType.toString()));
  73   }
  74
  75   /**
  76    * construct a service instance and configure it with any additional
  77    * properties needed so Jalview can access it correctly
  78    *
  79    * @param jwsservers
  80    * @param serviceType
  81    * @param name
  82    * @param description
  83    * @param service
  84    * @return
  85    */
  86   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  87           String serviceType, String name, String description,
  88           JABAService service)
  89   {
  90     init();
  91     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType,
  92             category_rewrite(name), description, service);
  93     svc.aaui = aaConGUI.get(serviceType.toString());
  94     return svc;
  95   }
  96
  97 }