src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import java.util.HashMap;
  24
  25 import compbio.data.msa.JABAService;
  26
  27 import jalview.ws.jws2.AAConClient;
  28 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  29 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  30
  31 public class Jws2InstanceFactory
  32 {
  33   private static HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  34
  35   private static String category_rewrite(String cat_name)
  36   {
  37     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction")) ? "Secondary Structure Prediction"
  38             : cat_name;
  39   }
  40
  41   private static void init()
  42   {
  43     if (aaConGUI == null)
  44     {
  45       aaConGUI = new HashMap<String, AlignAnalysisUIText>();
  46       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  47               AAConClient.getAlignAnalysisUITest());
  48       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  49               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUITest());
  50     }
  51   }
  52
  53   /**
  54    * construct a service instance and configure it with any additional
  55    * properties needed so Jalview can access it correctly
  56    *
  57    * @param jwsservers
  58    * @param serviceType
  59    * @param name
  60    * @param description
  61    * @param service
  62    * @return
  63    */
  64   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  65           String serviceType, String name, String description,
  66           JABAService service)
  67   {
  68     init();
  69     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType,
  70             category_rewrite(name), description, service);
  71
  72     svc.aaui = aaConGUI.get(serviceType.toString());
  73     return svc;
  74   }
  75
  76 }