src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import java.util.HashMap;
  24
  25 import compbio.data.msa.JABAService;
  26 import jalview.ws.jws2.AAConClient;
  27 import jalview.ws.jws2.JPred301Client;
  28 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  29 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  30
  31 public class Jws2InstanceFactory
  32 {
  33   private static HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  34
  35   private static String category_rewrite(String cat_name)
  36   {
  37     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction")) ? "Secondary Structure Prediction"
  38             : cat_name;
  39   }
  40
  41   private static void init()
  42   {
  43     if (aaConGUI == null)
  44     {
  45       aaConGUI = new HashMap<String, AlignAnalysisUIText>();
  46       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  47               AAConClient.getAlignAnalysisUITest());
  48       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  49               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUITest());
  50       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.JpredWS.toString(),
  51               JPred301Client.getAlignAnalysisUITest());
  52     }
  53   }
  54
  55   /**
  56    * construct a service instance and configure it with any additional
  57    * properties needed so Jalview can access it correctly
  58    *
  59    * @param jwsservers
  60    * @param serviceType
  61    * @param name
  62    * @param description
  63    * @param service
  64    * @return
  65    */
  66   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  67           String serviceType, String name, String description,
  68           JABAService service)
  69   {
  70     init();
  71     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType,
  72             category_rewrite(name), description, service);
  73
  74     svc.aaui = aaConGUI.get(serviceType.toString());
  75     return svc;
  76   }
  77
  78 }