src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
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  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.ws.rest;
  19
  20 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  21
  22 public interface AlignmentProcessor {
  23   /**
  24    * prepare the context alignment for this input
  25    * @param al - alignment to be processed
  26    * @return al or a new alignment with appropriate attributes/order for input
  27    */
  28   public AlignmentI prepareAlignment(AlignmentI al);
  29 }