src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.rest;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21 import jalview.io.packed.DataProvider.JvDataType;
  22 import jalview.ws.rest.params.Alignment;
  23 import jalview.ws.rest.params.AnnotationFile;
  24 import jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector;
  25
  26 import java.net.URL;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.NoSuchElementException;
  33 import java.util.StringTokenizer;
  34 import java.util.regex.Matcher;
  35 import java.util.regex.Pattern;
  36
  37 public class RestServiceDescription
  38 {
  39   /**
  40    * create a new rest service description ready to be configured
  41    */
  42   public RestServiceDescription()
  43   {
  44
  45   }
  46
  47   /**
  48    * @param details
  49    * @param postUrl
  50    * @param urlSuffix
  51    * @param inputParams
  52    * @param hseparable
  53    * @param vseparable
  54    * @param gapCharacter
  55    */
  56   public RestServiceDescription(String action, String description,
  57           String name, String postUrl, String urlSuffix,
  58           Map<String, InputType> inputParams, boolean hseparable,
  59           boolean vseparable, char gapCharacter)
  60   {
  61     super();
  62     this.details = new UIinfo();
  63     details.Action = action == null ? "" : action;
  64     details.description = description == null ? "" : description;
  65     details.Name = name == null ? "" : name;
  66     this.postUrl = postUrl == null ? "" : postUrl;
  67     this.urlSuffix = urlSuffix == null ? "" : urlSuffix;
  68     if (inputParams != null)
  69     {
  70       this.inputParams = inputParams;
  71     }
  72     this.hseparable = hseparable;
  73     this.vseparable = vseparable;
  74     this.gapCharacter = gapCharacter;
  75   }
  76
  77   public boolean equals(Object o)
  78   {
  79     if (o == null || !(o instanceof RestServiceDescription))
  80     {
  81       return false;
  82     }
  83     RestServiceDescription other = (RestServiceDescription) o;
  84     boolean diff = (gapCharacter != other.gapCharacter);
  85     diff |= vseparable != other.vseparable;
  86     diff |= hseparable != other.hseparable;
  87     diff |= !(urlSuffix.equals(other.urlSuffix));
  88     // TODO - robust diff that includes constants and reordering of URL
  89     // diff |= !(postUrl.equals(other.postUrl));
  90     // diff |= !inputParams.equals(other.inputParams);
  91     diff |= !details.Name.equals(other.details.Name);
  92     diff |= !details.Action.equals(other.details.Action);
  93     diff |= !details.description.equals(other.details.description);
  94     return !diff;
  95   }
  96
  97   /**
  98    * Service UI Info { Action, Specific Name of Service, Brief Description }
  99    */
 100
 101   public class UIinfo
 102   {
 103     public String getAction()
 104     {
 105       return Action;
 106     }
 107
 108     public void setAction(String action)
 109     {
 110       Action = action;
 111     }
 112
 113     public String getName()
 114     {
 115       return Name;
 116     }
 117
 118     public void setName(String name)
 119     {
 120       Name = name;
 121     }
 122
 123     public String getDescription()
 124     {
 125       return description;
 126     }
 127
 128     public void setDescription(String description)
 129     {
 130       this.description = description;
 131     }
 132
 133     String Action;
 134
 135     String Name;
 136
 137     String description;
 138   }
 139
 140   public UIinfo details = new UIinfo();
 141
 142   public String getAction()
 143   {
 144     return details.getAction();
 145   }
 146
 147   public void setAction(String action)
 148   {
 149     details.setAction(action);
 150   }
 151
 152   public String getName()
 153   {
 154     return details.getName();
 155   }
 156
 157   public void setName(String name)
 158   {
 159     details.setName(name);
 160   }
 161
 162   public String getDescription()
 163   {
 164     return details.getDescription();
 165   }
 166
 167   public void setDescription(String description)
 168   {
 169     details.setDescription(description);
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Service base URL
 174    */
 175   String postUrl;
 176
 177   public String getPostUrl()
 178   {
 179     return postUrl;
 180   }
 181
 182   public void setPostUrl(String postUrl)
 183   {
 184     this.postUrl = postUrl;
 185   }
 186
 187   public String getUrlSuffix()
 188   {
 189     return urlSuffix;
 190   }
 191
 192   public void setUrlSuffix(String urlSuffix)
 193   {
 194     this.urlSuffix = urlSuffix;
 195   }
 196
 197   public Map<String, InputType> getInputParams()
 198   {
 199     return inputParams;
 200   }
 201
 202   public void setInputParams(Map<String, InputType> inputParams)
 203   {
 204     this.inputParams = inputParams;
 205   }
 206
 207   public void setHseparable(boolean hseparable)
 208   {
 209     this.hseparable = hseparable;
 210   }
 211
 212   public void setVseparable(boolean vseparable)
 213   {
 214     this.vseparable = vseparable;
 215   }
 216
 217   public void setGapCharacter(char gapCharacter)
 218   {
 219     this.gapCharacter = gapCharacter;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * suffix that should be added to any url used if it does not already end in
 224    * the suffix.
 225    */
 226   String urlSuffix;
 227
 228   /**
 229    * input info given as key/value pairs - mapped to post arguments
 230    */
 231   Map<String, InputType> inputParams = new HashMap<String, InputType>();
 232
 233   /**
 234    * assigns the given inputType it to its corresponding input parameter token
 235    * it.token
 236    *
 237    * @param it
 238    */
 239   public void setInputParam(InputType it)
 240   {
 241     inputParams.put(it.token, it);
 242   }
 243
 244   /**
 245    * remove the given input type it from the set of service input parameters.
 246    *
 247    * @param it
 248    */
 249   public void removeInputParam(InputType it)
 250   {
 251     inputParams.remove(it.token);
 252   }
 253
 254   /**
 255    * service requests alignment data
 256    */
 257   boolean aligndata;
 258
 259   /**
 260    * service requests alignment and/or seuqence annotationo data
 261    */
 262   boolean annotdata;
 263
 264   /**
 265    * service requests partitions defined over input (alignment) data
 266    */
 267   boolean partitiondata;
 268
 269   /**
 270    * process ths input data and set the appropriate shorthand flags describing
 271    * the input the service wants
 272    */
 273   public void setInvolvesFlags()
 274   {
 275     aligndata = inputInvolves(Alignment.class);
 276     annotdata = inputInvolves(AnnotationFile.class);
 277     partitiondata = inputInvolves(SeqGroupIndexVector.class);
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Service return info { alignment, annotation file (loaded back on to
 282    * alignment), tree (loaded back on to alignment), sequence annotation -
 283    * loaded back on to alignment), text report, pdb structures with sequence
 284    * mapping )
 285    *
 286    */
 287
 288   /**
 289    * Start with bare minimum: input is alignment + groups on alignment
 290    *
 291    * @author JimP
 292    *
 293    */
 294
 295   private String invalidMessage = null;
 296
 297   /**
 298    * parse the given linkString of the form '<label>|<url>|separator
 299    * char[|optional sequence separator char]' into parts. url may contain a
 300    * string $SEQUENCEIDS<=optional regex=>$ where <=optional regex=> must be of
 301    * the form =/<perl style regex>/=$ or $SEQUENCES<=optional regex=>$ or
 302    * $SEQUENCES<=optional regex=>$.
 303    *
 304    * @param link
 305    */
 306   public RestServiceDescription(String link)
 307   {
 308     StringBuffer warnings = new StringBuffer();
 309     if (!configureFromEncodedString(link, warnings))
 310     {
 311       if (warnings.length() > 0)
 312       {
 313         invalidMessage = warnings.toString();
 314       }
 315     }
 316   }
 317
 318   public RestServiceDescription(RestServiceDescription toedit)
 319   {
 320     // Rather then do the above, we cheat and use our human readable
 321     // serialization code to clone everything
 322     this(toedit.toString());
 323     /**
 324      * if (toedit == null) { return; } /** urlSuffix = toedit.urlSuffix; postUrl
 325      * = toedit.postUrl; hseparable = toedit.hseparable; vseparable =
 326      * toedit.vseparable; gapCharacter = toedit.gapCharacter; details = new
 327      * RestServiceDescription.UIinfo(); details.Action = toedit.details.Action;
 328      * details.description = toedit.details.description; details.Name =
 329      * toedit.details.Name; for (InputType itype: toedit.inputParams.values()) {
 330      * inputParams.put(itype.token, itype.clone());
 331      *
 332      * }
 333      */
 334     // TODO Implement copy constructor NOW*/
 335   }
 336
 337   /**
 338    * @return the invalidMessage
 339    */
 340   public String getInvalidMessage()
 341   {
 342     return invalidMessage;
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Check if URL string was parsed properly.
 347    *
 348    * @return boolean - if false then <code>getInvalidMessage</code> returns an
 349    *         error message
 350    */
 351   public boolean isValid()
 352   {
 353     return invalidMessage == null;
 354   }
 355
 356   private static boolean debug = false;
 357
 358   /**
 359    * parse the string into a list
 360    *
 361    * @param list
 362    * @param separator
 363    * @return elements separated by separator
 364    */
 365   public static String[] separatorListToArray(String list, String separator)
 366   {
 367     int seplen = separator.length();
 368     if (list == null || list.equals("") || list.equals(separator))
 369       return null;
 370     java.util.ArrayList<String> jv = new ArrayList<String>();
 371     int cp = 0, pos, escape;
 372     boolean wasescaped = false, wasquoted = false;
 373     String lstitem = null;
 374     while ((pos = list.indexOf(separator, cp)) >= cp)
 375     {
 376
 377       escape = (pos > 0 && list.charAt(pos - 1) == '\\') ? -1 : 0;
 378       if (wasescaped || wasquoted)
 379       {
 380         // append to previous pos
 381         jv.set(jv.size() - 1,
 382                 lstitem = lstitem + separator
 383                         + list.substring(cp, pos + escape));
 384
 385       }
 386       else
 387       {
 388         jv.add(lstitem = list.substring(cp, pos + escape));
 389       }
 390       cp = pos + seplen;
 391       wasescaped = escape == -1;
 392       if (!wasescaped)
 393       {
 394         // last separator may be in an unmatched quote
 395         if (java.util.regex.Pattern.matches("('[^']*')*[^']*'", lstitem))
 396         {
 397           wasquoted = true;
 398         }
 399       }
 400
 401     }
 402     if (cp < list.length())
 403     {
 404       String c = list.substring(cp);
 405       if (wasescaped || wasquoted)
 406       {
 407         // append final separator
 408         jv.set(jv.size() - 1, lstitem + separator + c);
 409       }
 410       else
 411       {
 412         if (!c.equals(separator))
 413         {
 414           jv.add(c);
 415         }
 416       }
 417     }
 418     if (jv.size() > 0)
 419     {
 420       String[] v = jv.toArray(new String[jv.size()]);
 421       jv.clear();
 422       if (debug)
 423       {
 424         System.err.println("Array from '" + separator
 425                 + "' separated List:\n" + v.length);
 426         for (int i = 0; i < v.length; i++)
 427         {
 428           System.err.println("item " + i + " '" + v[i] + "'");
 429         }
 430       }
 431       return v;
 432     }
 433     if (debug)
 434     {
 435       System.err.println("Empty Array from '" + separator
 436               + "' separated List");
 437     }
 438     return null;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * concatenate the list with separator
 443    *
 444    * @param list
 445    * @param separator
 446    * @return concatenated string
 447    */
 448   public static String arrayToSeparatorList(String[] list, String separator)
 449   {
 450     StringBuffer v = new StringBuffer();
 451     if (list != null && list.length > 0)
 452     {
 453       for (int i = 0, iSize = list.length; i < iSize; i++)
 454       {
 455         if (list[i] != null)
 456         {
 457           if (v.length() > 0)
 458           {
 459             v.append(separator);
 460           }
 461           // TODO - escape any separator values in list[i]
 462           v.append(list[i]);
 463         }
 464       }
 465       if (debug)
 466       {
 467         System.err.println("Returning '" + separator
 468                 + "' separated List:\n");
 469         System.err.println(v);
 470       }
 471       return v.toString();
 472     }
 473     if (debug)
 474     {
 475       System.err.println("Returning empty '" + separator
 476               + "' separated List\n");
 477     }
 478     return "" + separator;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * parse a string containing a list of service properties and configure the
 483    * service description
 484    *
 485    * @param propList
 486    *          param warnings a StringBuffer that any warnings about invalid
 487    *          content will be appended to.
 488    */
 489   private boolean configureFromServiceInputProperties(String propList,
 490           StringBuffer warnings)
 491   {
 492     String[] props = separatorListToArray(propList, ",");
 493     if (props == null)
 494     {
 495       return true;
 496     }
 497     ;
 498     boolean valid = true;
 499     String val = null;
 500     int l = warnings.length();
 501     int i;
 502     for (String prop : props)
 503     {
 504       if ((i = prop.indexOf("=")) > -1)
 505       {
 506         val = prop.substring(i + 1);
 507         if (val.startsWith("\'") && val.endsWith("\'"))
 508         {
 509           val = val.substring(1, val.length() - 1);
 510         }
 511         prop = prop.substring(0, i);
 512       }
 513
 514       if (prop.equals("hseparable"))
 515       {
 516         hseparable = true;
 517       }
 518       if (prop.equals("vseparable"))
 519       {
 520         vseparable = true;
 521       }
 522       if (prop.equals("gapCharacter"))
 523       {
 524         if (val == null || val.length() == 0 || val.length() > 1)
 525         {
 526           valid = false;
 527           warnings.append((warnings.length() > 0 ? "\n" : "")
 528                   + ("Invalid service property: gapCharacter=' ' (single character) - was given '"
 529                           + val + "'"));
 530         }
 531         else
 532         {
 533           gapCharacter = val.charAt(0);
 534         }
 535       }
 536       if (prop.equals("returns"))
 537       {
 538         _configureOutputFormatFrom(val, warnings);
 539       }
 540     }
 541     // return true if valid is true and warning buffer was not appended to.
 542     return valid && (l == warnings.length());
 543   }
 544
 545   private String _genOutputFormatString()
 546   {
 547     String buff = "";
 548     if (resultData == null)
 549     {
 550       return "";
 551     }
 552     for (JvDataType type : resultData)
 553     {
 554       if (buff.length() > 0)
 555       {
 556         buff += ";";
 557       }
 558       buff += type.toString();
 559     }
 560     return buff;
 561   }
 562
 563   private void _configureOutputFormatFrom(String outstring,
 564           StringBuffer warnings)
 565   {
 566     if (outstring.indexOf(";") == -1)
 567     {
 568       // we add a token, for simplicity
 569       outstring = outstring + ";";
 570     }
 571     StringTokenizer st = new StringTokenizer(outstring, ";");
 572     String tok = "";
 573     resultData = new ArrayList<JvDataType>();
 574     while (st.hasMoreTokens())
 575     {
 576       try
 577       {
 578         resultData.add(JvDataType.valueOf(tok = st.nextToken()));
 579       } catch (NoSuchElementException x)
 580       {
 581         warnings.append("Invalid result type: '" + tok
 582                 + "' (must be one of: ");
 583         String sep = "";
 584         for (JvDataType vl : JvDataType.values())
 585         {
 586           warnings.append(sep);
 587           warnings.append(vl.toString());
 588           sep = " ,";
 589         }
 590         warnings.append(" separated by semi-colons)\n");
 591       }
 592     }
 593   }
 594
 595   private String getServiceIOProperties()
 596   {
 597     ArrayList<String> vls = new ArrayList<String>();
 598     if (isHseparable())
 599     {
 600       vls.add("hseparable");
 601     }
 602     ;
 603     if (isVseparable())
 604     {
 605       vls.add("vseparable");
 606     }
 607     ;
 608     vls.add(new String("gapCharacter='" + gapCharacter + "'"));
 609     vls.add(new String("returns='" + _genOutputFormatString() + "'"));
 610     return arrayToSeparatorList(vls.toArray(new String[0]), ",");
 611   }
 612
 613   public String toString()
 614   {
 615     StringBuffer result = new StringBuffer();
 616     result.append("|");
 617     result.append(details.Name);
 618     result.append('|');
 619     result.append(details.Action);
 620     result.append('|');
 621     if (details.description != null)
 622     {
 623       result.append(details.description);
 624     }
 625     ;
 626     // list job input flags
 627     result.append('|');
 628     result.append(getServiceIOProperties());
 629     // list any additional cgi parameters needed for result retrieval
 630     if (urlSuffix != null && urlSuffix.length() > 0)
 631     {
 632       result.append('|');
 633       result.append(urlSuffix);
 634     }
 635     result.append('|');
 636     result.append(getInputParamEncodedUrl());
 637     return result.toString();
 638   }
 639
 640   /**
 641    * processes a service encoded as a string (as generated by
 642    * RestServiceDescription.toString()) Note - this will only use the first
 643    * service definition encountered in the string to configure the service.
 644    *
 645    * @param encoding
 646    * @param warnings
 647    *          - where warning messages are reported.
 648    * @return true if configuration was parsed successfully.
 649    */
 650   public boolean configureFromEncodedString(String encoding,
 651           StringBuffer warnings)
 652   {
 653     String[] list = separatorListToArray(encoding, "|");
 654
 655     int nextpos = parseServiceList(list, warnings, 0);
 656     if (nextpos > 0)
 657     {
 658       return true;
 659     }
 660     return false;
 661   }
 662
 663   /**
 664    * processes the given list from position p, attempting to configure the
 665    * service from it. Service lists are formed by concatenating individual
 666    * stringified services. The first character of a stringified service is '|',
 667    * enabling this, and the parser will ignore empty fields in a '|' separated
 668    * list when they fall outside a service definition.
 669    *
 670    * @param list
 671    * @param warnings
 672    * @param p
 673    * @return
 674    */
 675   protected int parseServiceList(String[] list, StringBuffer warnings, int p)
 676   {
 677     boolean invalid = false;
 678     // look for the first non-empty position - expect it to be service name
 679     while (list[p] != null && list[p].trim().length() == 0)
 680     {
 681       p++;
 682     }
 683     details.Name = list[p];
 684     details.Action = list[p + 1];
 685     details.description = list[p + 2];
 686     invalid |= !configureFromServiceInputProperties(list[p + 3], warnings);
 687     if (list.length - p > 5 && list[p + 5] != null
 688             && list[p + 5].trim().length() > 5)
 689     {
 690       urlSuffix = list[p + 4];
 691       invalid |= !configureFromInputParamEncodedUrl(list[p + 5], warnings);
 692       p += 6;
 693     }
 694     else
 695     {
 696       if (list.length - p > 4 && list[p + 4] != null
 697               && list[p + 4].trim().length() > 5)
 698       {
 699         urlSuffix = null;
 700         invalid |= !configureFromInputParamEncodedUrl(list[p + 4], warnings);
 701         p += 5;
 702       }
 703     }
 704     return invalid ? -1 : p;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * @return string representation of the input parameters, their type and
 709    *         constraints, appended to the service's base submission URL
 710    */
 711   private String getInputParamEncodedUrl()
 712   {
 713     StringBuffer url = new StringBuffer();
 714     if (postUrl == null || postUrl.length() < 5)
 715     {
 716       return "";
 717     }
 718
 719     url.append(postUrl);
 720     char appendChar = (postUrl.indexOf("?") > -1) ? '&' : '?';
 721     boolean consts = true;
 722     do
 723     {
 724       for (Map.Entry<String, InputType> param : inputParams.entrySet())
 725       {
 726         List<String> vals = param.getValue().getURLEncodedParameter();
 727         if (param.getValue().isConstant())
 728         {
 729           if (consts)
 730           {
 731             url.append(appendChar);
 732             appendChar = '&';
 733             url.append(param.getValue().token);
 734             if (vals.size() == 1)
 735             {
 736               url.append("=");
 737               url.append(vals.get(0));
 738             }
 739           }
 740         }
 741         else
 742         {
 743           if (!consts)
 744           {
 745             url.append(appendChar);
 746             appendChar = '&';
 747             url.append(param.getValue().token);
 748             url.append("=");
 749             // write parameter set as $TOKENPREFIX:csv list of params$ for this
 750             // input param
 751             url.append("$");
 752             url.append(param.getValue().getURLtokenPrefix());
 753             url.append(":");
 754             url.append(arrayToSeparatorList(vals.toArray(new String[0]),
 755                     ","));
 756             url.append("$");
 757           }
 758         }
 759
 760       }
 761       // toggle consts and repeat until !consts is false:
 762     } while (!(consts = !consts));
 763     return url.toString();
 764   }
 765
 766   /**
 767    * parse the service URL and input parameters from the given encoded URL
 768    * string and configure the RestServiceDescription from it.
 769    *
 770    * @param ipurl
 771    * @param warnings
 772    *          where any warnings
 773    * @return true if URL parsed correctly. false means the configuration failed.
 774    */
 775   private boolean configureFromInputParamEncodedUrl(String ipurl,
 776           StringBuffer warnings)
 777   {
 778     boolean valid = true;
 779     int lastp = 0;
 780     String url = new String();
 781     Matcher prms = Pattern.compile("([?&])([A-Za-z0-9_]+)=\\$([^$]+)\\$")
 782             .matcher(ipurl);
 783     Map<String, InputType> iparams = new Hashtable<String, InputType>();
 784     InputType jinput;
 785     while (prms.find())
 786     {
 787       if (lastp < prms.start(0))
 788       {
 789         url += ipurl.substring(lastp, prms.start(0));
 790         lastp = prms.end(0) + 1;
 791       }
 792       String sep = prms.group(1);
 793       String tok = prms.group(2);
 794       String iprm = prms.group(3);
 795       int colon = iprm.indexOf(":");
 796       String iprmparams = "";
 797       if (colon > -1)
 798       {
 799         iprmparams = iprm.substring(colon + 1);
 800         iprm = iprm.substring(0, colon);
 801       }
 802       valid = parseTypeString(prms.group(0), tok, iprm, iprmparams,
 803               iparams, warnings);
 804     }
 805     if (valid)
 806     {
 807       try
 808       {
 809         URL u = new URL(url);
 810         postUrl = url;
 811         inputParams = iparams;
 812       } catch (Exception e)
 813       {
 814         warnings.append("Failed to parse '" + url + "' as a URL.\n");
 815         valid = false;
 816       }
 817     }
 818     return valid;
 819   }
 820
 821   public static Class[] getInputTypes()
 822   {
 823     // TODO - find a better way of maintaining this classlist
 824     return new Class[]
 825     { jalview.ws.rest.params.Alignment.class,
 826         jalview.ws.rest.params.AnnotationFile.class,
 827         SeqGroupIndexVector.class,
 828         jalview.ws.rest.params.SeqIdVector.class,
 829         jalview.ws.rest.params.SeqVector.class,
 830         jalview.ws.rest.params.Tree.class };
 831   }
 832
 833   public static boolean parseTypeString(String fullstring, String tok,
 834           String iprm, String iprmparams, Map<String, InputType> iparams,
 835           StringBuffer warnings)
 836   {
 837     boolean valid = true;
 838     InputType jinput;
 839     for (Class type : getInputTypes())
 840     {
 841       try
 842       {
 843         jinput = (InputType) (type.getConstructor().newInstance(null));
 844         if (iprm.equalsIgnoreCase(jinput.getURLtokenPrefix()))
 845         {
 846           ArrayList<String> al = new ArrayList<String>();
 847           for (String prprm : separatorListToArray(iprmparams, ","))
 848           {
 849             // hack to ensure that strings like "sep=','" containing unescaped
 850             // commas as values are concatenated
 851             al.add(prprm.trim());
 852           }
 853           if (!jinput.configureFromURLtokenString(al, warnings))
 854           {
 855             valid = false;
 856             warnings.append("Failed to parse '" + fullstring + "' as a "
 857                     + jinput.getURLtokenPrefix() + " input tag.\n");
 858           }
 859           else
 860           {
 861             jinput.token = tok;
 862             iparams.put(tok, jinput);
 863             valid = true;
 864           }
 865           break;
 866         }
 867
 868       } catch (Throwable thr)
 869       {
 870       }
 871       ;
 872     }
 873     return valid;
 874   }
 875
 876   /**
 877    * covenience method to generate the id and sequence string vector from a set
 878    * of seuqences using each sequence's getName() and getSequenceAsString()
 879    * method
 880    *
 881    * @param seqs
 882    * @return String[][] {{sequence ids},{sequence strings}}
 883    */
 884   public static String[][] formStrings(SequenceI[] seqs)
 885   {
 886     String[][] idset = new String[2][seqs.length];
 887     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 888     {
 889       idset[0][i] = seqs[i].getName();
 890       idset[1][i] = seqs[i].getSequenceAsString();
 891     }
 892     return idset;
 893   }
 894
 895   /**
 896    * can this service be run on the visible portion of an alignment regardless
 897    * of hidden boundaries ?
 898    */
 899   boolean hseparable = false;
 900
 901   boolean vseparable = false;
 902
 903   public boolean isHseparable()
 904   {
 905     return hseparable;
 906   }
 907
 908   /**
 909    *
 910    * @return
 911    */
 912   public boolean isVseparable()
 913   {
 914     return vseparable;
 915   }
 916
 917   /**
 918    * search the input types for an instance of the given class
 919    *
 920    * @param <validInput.inputType> class1
 921    * @return
 922    */
 923   public boolean inputInvolves(Class<?> class1)
 924   {
 925     assert (InputType.class.isAssignableFrom(class1));
 926     for (InputType val : inputParams.values())
 927     {
 928       if (class1.isAssignableFrom(val.getClass()))
 929       {
 930         return true;
 931       }
 932     }
 933     return false;
 934   }
 935
 936   char gapCharacter = '-';
 937
 938   /**
 939    *
 940    * @return the preferred gap character for alignments input/output by this
 941    *         service
 942    */
 943   public char getGapCharacter()
 944   {
 945     return gapCharacter;
 946   }
 947
 948   public String getDecoratedResultUrl(String jobId)
 949   {
 950     // TODO: correctly write ?/& appropriate to result URL format.
 951     return jobId + urlSuffix;
 952   }
 953
 954   private List<JvDataType> resultData = new ArrayList<JvDataType>();
 955
 956   /**
 957    *
 958    *
 959    * TODO: Extend to optionally specify relative/absolute url where data of this
 960    * type can be retrieved from
 961    *
 962    * @param dt
 963    */
 964   public void addResultDatatype(JvDataType dt)
 965   {
 966     if (resultData == null)
 967     {
 968       resultData = new ArrayList<JvDataType>();
 969     }
 970     resultData.add(dt);
 971   }
 972
 973   public boolean removeRsultDatatype(JvDataType dt)
 974   {
 975     if (resultData != null)
 976     {
 977       return resultData.remove(dt);
 978     }
 979     return false;
 980   }
 981
 982   public List<JvDataType> getResultDataTypes()
 983   {
 984     return resultData;
 985   }
 986
 987   /**
 988    * parse a concatenated list of rest service descriptions into an array
 989    *
 990    * @param services
 991    * @return zero or more services.
 992    * @throws exceptions
 993    *           if the services are improperly encoded.
 994    */
 995   public static List<RestServiceDescription> parseDescriptions(
 996           String services) throws Exception
 997   {
 998     String[] list = separatorListToArray(services, "|");
 999     List<RestServiceDescription> svcparsed = new ArrayList<RestServiceDescription>();
1000     int p = 0, lastp = 0;
1001     StringBuffer warnings = new StringBuffer();
1002     do
1003     {
1004       RestServiceDescription rsd = new RestServiceDescription();
1005       p = rsd.parseServiceList(list, warnings, lastp = p);
1006       if (p > lastp && rsd.isValid())
1007       {
1008         svcparsed.add(rsd);
1009       }
1010       else
1011       {
1012         throw new Exception(
1013                 "Failed to parse user defined RSBS services from :"
1014                         + services
1015                         + "\nFirst error was encountered at token " + lastp
1016                         + " starting " + list[lastp] + ":\n"
1017                         + rsd.getInvalidMessage());
1018       }
1019     } while (p < lastp && p < list.length - 1);
1020     return svcparsed;
1021   }
1022
1023 }