src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest.params;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.ws.params.OptionI;
  25 import jalview.ws.params.simple.Option;
  26 import jalview.ws.rest.InputType;
  27 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
  28 import jalview.ws.rest.RestJob;
  29
  30 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Arrays;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  36 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  37
  38 /**
  39  * format a jalview annotation file for input to a rest service.
  40  *
  41  * @author JimP
  42  *
  43  */
  44 public class AnnotationFile extends InputType
  45 {
  46   public AnnotationFile()
  47   {
  48     super(new Class[]
  49     { AlignmentI.class });
  50   }
  51
  52   /**
  53    * standard jalview annotation file
  54    */
  55   final String JVANNOT = "JalviewAnnotation";
  56
  57   /**
  58    * export annotation row as simple csv
  59    */
  60   final String CSVANNOT = "CsvAnnotationRow";
  61
  62   /**
  63    * format of annotation file
  64    */
  65   String format = JVANNOT;
  66
  67   // TODO verify annotation file format enumeration
  68   @Override
  69   public ContentBody formatForInput(RestJob rj)
  70           throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  71   {
  72     AlignmentI al = rj.getAlignmentForInput(token, molType.MIX);
  73     if (format.equals(JVANNOT))
  74     {
  75       return new StringBody(
  76               new jalview.io.AnnotationFile()
  77                       .printAnnotationsForAlignment(al));
  78     }
  79     else
  80     {
  81       if (!format.equals(CSVANNOT))
  82       {
  83         throw new UnsupportedEncodingException(
  84                 "Unrecognised format for exporting Annotation (" + format
  85                         + ")");
  86       }
  87       return new StringBody(
  88               new jalview.io.AnnotationFile().printCSVAnnotations(al
  89                       .getAlignmentAnnotation()));
  90     }
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public List<String> getURLEncodedParameter()
  95   {
  96     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  97     super.addBaseParams(prms);
  98     prms.add("format='" + format + "'");
  99     return prms;
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public String getURLtokenPrefix()
 104   {
 105     return "ALANNOTATION";
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public boolean configureProperty(String tok, String val,
 110           StringBuffer warnings)
 111   {
 112
 113     if (tok.startsWith("format"))
 114     {
 115       for (String fmt : new String[]
 116       { CSVANNOT, JVANNOT })
 117       {
 118         if (val.equalsIgnoreCase(fmt))
 119         {
 120           format = fmt;
 121           return true;
 122         }
 123       }
 124       warnings.append("Invalid annotation file format '" + val
 125               + "'. Must be one of (");
 126       for (String fmt : new String[]
 127       { CSVANNOT, JVANNOT })
 128       {
 129         warnings.append(" " + fmt);
 130       }
 131       warnings.append(")\n");
 132     }
 133     return false;
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public List<OptionI> getOptions()
 138   {
 139     // TODO - consider disregarding base options here.
 140     List<OptionI> lst = getBaseOptions();
 141     lst.add(new Option("format", "Alignment annotation upload format",
 142             true, JVANNOT, format, Arrays.asList(new String[]
 143             { JVANNOT, CSVANNOT }), null));
 144     return lst;
 145   }
 146 }