src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest.params;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.ws.params.OptionI;
  26 import jalview.ws.params.simple.Option;
  27 import jalview.ws.rest.InputType;
  28 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
  29 import jalview.ws.rest.RestJob;
  30
  31 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Arrays;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  37 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  38
  39 /**
  40  * input a list of sequence IDs separated by some separator
  41  *
  42  * @author JimP
  43  *
  44  */
  45 public class SeqIdVector extends InputType
  46 {
  47   public SeqIdVector()
  48   {
  49     super(new Class[] { AlignmentI.class });
  50   }
  51
  52   /**
  53    * separator for list of sequence IDs - default is ','
  54    */
  55   String sep = ",";
  56
  57   molType type;
  58
  59   @Override
  60   public ContentBody formatForInput(RestJob rj)
  61           throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  62   {
  63     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  64     boolean list = false;
  65     for (SequenceI seq : rj.getSequencesForInput(token, type))
  66     {
  67       if (list)
  68       {
  69         idvector.append(sep);
  70       }
  71       idvector.append(seq.getName());
  72     }
  73     return new StringBody(idvector.toString());
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public List<String> getURLEncodedParameter()
  78   {
  79     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  80     super.addBaseParams(prms);
  81     prms.add("sep='" + sep + "'");
  82     if (type != null)
  83     {
  84       prms.add("type='" + type + "'");
  85     }
  86     return prms;
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public String getURLtokenPrefix()
  91   {
  92     return "SEQIDS";
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public boolean configureProperty(String tok, String val,
  97           StringBuffer warnings)
  98   {
  99     if (tok.startsWith("sep"))
 100     {
 101       sep = val;
 102       return true;
 103     }
 104     if (tok.startsWith("type"))
 105     {
 106       try
 107       {
 108         type = molType.valueOf(val);
 109         return true;
 110       } catch (Exception x)
 111       {
 112         warnings.append("Invalid molecule type '" + val
 113                 + "'. Must be one of (");
 114         for (molType v : molType.values())
 115         {
 116           warnings.append(" " + v);
 117         }
 118         warnings.append(")\n");
 119       }
 120     }
 121     return false;
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public List<OptionI> getOptions()
 126   {
 127     List<OptionI> lst = getBaseOptions();
 128     lst.add(new Option("sep",
 129             "Separator character between elements of vector", true, ",",
 130             sep, Arrays.asList(new String[] { " ", ",", ";", "\t", "|" }),
 131             null));
 132     lst.add(createMolTypeOption("type", "Sequence type", false, type, null));
 133     return lst;
 134   }
 135 }