src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest.params;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.ws.params.OptionI;
  26 import jalview.ws.params.simple.Option;
  27 import jalview.ws.rest.InputType;
  28 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
  29 import jalview.ws.rest.RestJob;
  30
  31 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Arrays;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  37 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  38
  39 /**
  40  * input a list of sequences separated by some separator
  41  *
  42  * @author JimP
  43  *
  44  */
  45 public class SeqVector extends InputType
  46 {
  47   String sep;
  48
  49   molType type;
  50
  51   public SeqVector()
  52   {
  53     super(new Class[] { AlignmentI.class });
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public ContentBody formatForInput(RestJob rj)
  58           throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  59   {
  60     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  61     boolean list = false;
  62     for (SequenceI seq : rj.getSequencesForInput(token, type))
  63     {
  64       if (list)
  65       {
  66         idvector.append(sep);
  67       }
  68       idvector.append(seq.getSequence());
  69     }
  70     return new StringBody(idvector.toString());
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public List<String> getURLEncodedParameter()
  75   {
  76     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  77     super.addBaseParams(prms);
  78     prms.add("sep='" + sep + "'");
  79     if (type != null)
  80     {
  81       prms.add("type='" + type + "'");
  82     }
  83     return prms;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public String getURLtokenPrefix()
  88   {
  89     return "SEQS";
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public boolean configureProperty(String tok, String val,
  94           StringBuffer warnings)
  95   {
  96
  97     if (tok.startsWith("sep"))
  98     {
  99       sep = val;
 100       return true;
 101     }
 102     if (tok.startsWith("type"))
 103     {
 104       try
 105       {
 106         type = molType.valueOf(val);
 107         return true;
 108       } catch (Exception x)
 109       {
 110         warnings.append("Invalid molecule type '" + val
 111                 + "'. Must be one of (");
 112         for (molType v : molType.values())
 113         {
 114           warnings.append(" " + v);
 115         }
 116         warnings.append(")\n");
 117       }
 118     }
 119     return false;
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public List<OptionI> getOptions()
 124   {
 125     List<OptionI> lst = getBaseOptions();
 126     lst.add(new Option("sep",
 127             "Separator character between elements of vector", true, ",",
 128             sep, Arrays.asList(new String[] { " ", ",", ";", "\t", "|" }),
 129             null));
 130     lst.add(createMolTypeOption("type", "Sequence type", false, type,
 131             molType.MIX));
 132
 133     return lst;
 134   }
 135
 136 }