src/jalview/ws/rest/params/Tree.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.ws.rest.params;
  19
  20 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  21 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  22 import jalview.ws.params.OptionI;
  23 import jalview.ws.rest.InputType;
  24 import jalview.ws.rest.RestJob;
  25 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
  26 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
  27
  28 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  33
  34 /**
  35  * format a tree for input to a rest service
  36  * @author JimP
  37  *
  38  */
  39 public class Tree extends InputType {
  40   public Tree()
  41   {
  42     super(new Class[] { jalview.analysis.NJTree.class} );
  43   }
  44
  45   // TODO specify modifiers for tree output format
  46   @Override
  47   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException
  48   {
  49     // TODO: implement tree inputType
  50     /*rj.getTreeForInput(token);
  51     return new StringBody(new ) */
  52     throw new Error("Tree InputType not yet implemented");
  53     //return null;
  54   }
  55   public String getURLtokenPrefix()
  56   {
  57     return "NEWICK";
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public List<String> getURLEncodedParameter()
  62   {
  63     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  64     super.addBaseParams(prms);
  65     return prms;
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public boolean configureProperty(String tok, String val,
  70           StringBuffer warnings)
  71   {
  72     return true;
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public List<OptionI> getOptions()
  77   {
  78     return getBaseOptions();
  79   }
  80
  81 }