src/jalview/ws/rest/params/Tree.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   5 import jalview.ws.params.OptionI;
   6 import jalview.ws.rest.InputType;
   7 import jalview.ws.rest.RestJob;
   8 import jalview.ws.rest.RestServiceDescription;
   9 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
  10
  11 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  16
  17 /**
  18  * format a tree for input to a rest service
  19  * @author JimP
  20  *
  21  */
  22 public class Tree extends InputType {
  23   public Tree()
  24   {
  25     super(new Class[] { jalview.analysis.NJTree.class} );
  26   }
  27
  28   // TODO specify modifiers for tree output format
  29   @Override
  30   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException
  31   {
  32     // TODO: implement tree inputType
  33     /*rj.getTreeForInput(token);
  34     return new StringBody(new ) */
  35     throw new Error("Tree InputType not yet implemented");
  36     //return null;
  37   }
  38   public String getURLtokenPrefix()
  39   {
  40     return "NEWICK";
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public List<String> getURLEncodedParameter()
  45   {
  46     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
  47     super.addBaseParams(prms);
  48     return prms;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public boolean configureProperty(String tok, String val,
  53           StringBuffer warnings)
  54   {
  55     return true;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public List<OptionI> getOptions()
  60   {
  61     return getBaseOptions();
  62   }
  63
  64 }