src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaParamSet.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Collections;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   9 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  10 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
  11 import jalview.ws.params.simple.DoubleParameter;
  12 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
  13 import jalview.ws.params.simple.StringParameter;
  14 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.Parameter;
  15 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  16
  17 public class SlivkaParamSet implements WsParamSetI
  18 {
  19   private SlivkaService service;
  20
  21   private List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  22
  23   SlivkaParamSet(SlivkaService service)
  24   {
  25     this.service = service;
  26     for (Parameter param : service.getParameters())
  27     {
  28       Object defaultValue = param.getDefault() instanceof List
  29           ? ((List<?>) param.getDefault()).get(0)
  30           : param.getDefault();
  31       if (param instanceof Parameter.FlagParameter)
  32       {
  33         args.add(new BooleanOption(param.getId(), param.getDescription(),
  34             param.getName(), param.isRequired(), (Boolean) defaultValue, null));
  35       }
  36       else if (param instanceof Parameter.TextParameter)
  37       {
  38         args.add(new StringParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  39             param.isRequired(), (String) defaultValue, (String) defaultValue));
  40       }
  41       else if (param instanceof Parameter.IntegerParameter)
  42       {
  43         Integer min = ((Parameter.IntegerParameter) param).getMin();
  44         Integer max = ((Parameter.IntegerParameter) param).getMax();
  45         Integer defVal = defaultValue != null
  46             ? ((Number) defaultValue).intValue()
  47             : null;
  48         args.add(new IntegerParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  49             param.isRequired(), defVal, (min == null) ? Integer.MIN_VALUE : min,
  50             (max == null) ? Integer.MAX_VALUE : max));
  51       }
  52       else if (param instanceof Parameter.DecimalParameter)
  53       {
  54         Double min = ((Parameter.DecimalParameter) param).getMin();
  55         Double max = ((Parameter.DecimalParameter) param).getMax();
  56         Double defVal = defaultValue != null
  57             ? ((Number) defaultValue).doubleValue()
  58             : null;
  59         args.add(new DoubleParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  60             param.isRequired(), defVal, (min == null) ? -Double.MAX_VALUE : min,
  61             (max == null) ? Double.MAX_VALUE : max));
  62       }
  63       else if (param instanceof Parameter.ChoiceParameter)
  64       {
  65         List<String> choices = ((Parameter.ChoiceParameter) param)
  66             .getChoices();
  67         if (param.isArray())
  68         {
  69           int i = 0;
  70           List<?> selected = param.getDefault() != null
  71               ? (List<?>) param.getDefault()
  72               : Collections.EMPTY_LIST;
  73           for (String choice : choices)
  74           {
  75             args.add(new BooleanOption(
  76                 String.format("%s$%d", param.getId(), i++),
  77                 param.getDescription(), choice, param.isRequired(),
  78                 selected.contains(choice), choice, null));
  79           }
  80         }
  81         else
  82         {
  83           args.add(new StringParameter(
  84               param.getId(), param.getDescription(),
  85               param.isRequired(), (String) param.getDefault(),
  86               (String) defaultValue, choices, choices));
  87         }
  88       }
  89       else if (param instanceof Parameter.FileParameter)
  90       {
  91         // skip: files are provided from sequences
  92       }
  93       else
  94       {
  95         String defaultVal = param.getDefault() != null
  96             ? param.getDefault().toString()
  97             : null;
  98         args.add(new StringParameter(param.getId(), param.getDescription(),
  99             param.isRequired(), defaultVal, defaultVal));
 100       }
 101     }
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public String getName()
 106   {
 107     return "Default";
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public String getDescription()
 112   {
 113     return service.getDescription();
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public String[] getApplicableUrls()
 118   {
 119     return new String[] { service.getUrl().toString() };
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public String getSourceFile()
 124   {
 125     return null;
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public void setSourceFile(String newfile)
 130   {
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public boolean isModifiable()
 135   {
 136     return true;
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public List<ArgumentI> getArguments()
 141   {
 142     return args;
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 147   {
 148     throw new RuntimeException();
 149   }
 150
 151 }