src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaWSDiscoverer.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   4 import jalview.gui.AlignFrame;
   5 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
   6 import jalview.ws.jws2.MsaWSClient;
   7
   8 import java.awt.event.ActionEvent;
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.net.URISyntaxException;
  11
  12 import javax.swing.JMenu;
  13 import javax.swing.JMenuItem;
  14
  15 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaClient;
  16
  17 public class SlivkaWSDiscoverer
  18   implements Runnable, WSMenuEntryProviderI
  19 {
  20   private static SlivkaWSDiscoverer instance = null;
  21   private SlivkaClient client;
  22   private ClustaloWS clustalo;
  23
  24   private SlivkaWSDiscoverer() {
  25     try
  26     {
  27       client = new SlivkaClient("gjb-www-1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk", 3203);
  28     } catch (URISyntaxException e)
  29     {
  30       throw new RuntimeException(e);
  31     }
  32     clustalo = new ClustaloWS(client);
  33   }
  34
  35   public static SlivkaWSDiscoverer getInstance()
  36   {
  37     if (instance == null) {
  38                 instance = new SlivkaWSDiscoverer();
  39         }
  40     return instance;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public void attachWSMenuEntry(JMenu wsmenu, final AlignFrame alignFrame)
  45   {
  46     JMenu submenu = new JMenu("Slivka");
  47
  48     JMenuItem noParamMenuItem = new JMenuItem("ClustalO with defaults");
  49     noParamMenuItem.addActionListener((ActionEvent e) -> {
  50       AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
  51       if (msa != null)
  52       {
  53         new MsaWSClient(
  54             clustalo, alignFrame.getTitle(), msa, false, true,
  55             alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(),
  56             alignFrame);
  57       }
  58     });
  59     submenu.add(noParamMenuItem);
  60
  61     JMenuItem parametrisedMenuItem = new JMenuItem("ClustalO with custom parameters");
  62     parametrisedMenuItem.addActionListener((ActionEvent evt) -> {
  63       AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
  64       if (msa != null)
  65       {
  66         try
  67         {
  68           SlivkaParamSet paramSet = new SlivkaParamSet(clustalo.getService());
  69           new MsaWSClient(
  70               clustalo, paramSet, null, true, alignFrame.getTitle(), msa, false, true,
  71               alignFrame.getViewport().getAlignment().getDataset(), alignFrame
  72           );
  73         } catch (IOException e)
  74         {
  75           e.printStackTrace();
  76         }
  77       }
  78     });
  79     submenu.add(parametrisedMenuItem);
  80
  81     wsmenu.add(submenu);
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public void run()
  86   {
  87
  88   }
  89 }