src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaWSInstance.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import jalview.gui.WebserviceInfo;
   4 import jalview.ws.api.JalviewServiceEndpointProviderI;
   5 import jalview.ws.api.JalviewWebServiceI;
   6 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
   7 import jalview.ws.gui.WsJob;
   8 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   9 import jalview.ws.params.ParamManager;
  10
  11 import java.io.IOError;
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.util.EnumMap;
  14
  15 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.FormValidationException;
  16 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.JobState;
  17 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaClient;
  18 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  19 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.ValidationException;
  20
  21 public abstract class SlivkaWSInstance extends ServiceWithParameters
  22     implements JalviewServiceEndpointProviderI, JalviewWebServiceI
  23 {
  24   protected final SlivkaClient client;
  25
  26   protected final SlivkaService service;
  27
  28   protected SlivkaDatastore store = null;
  29
  30   protected static final EnumMap<JobState, WsJob.JobState> stateMap = new EnumMap<>(JobState.class);
  31   {
  32     stateMap.put(JobState.PENDING, WsJob.JobState.QUEUED);
  33     stateMap.put(JobState.QUEUED, WsJob.JobState.QUEUED);
  34     stateMap.put(JobState.RUNNING, WsJob.JobState.RUNNING);
  35     stateMap.put(JobState.COMPLETED, WsJob.JobState.FINISHED);
  36     stateMap.put(JobState.FAILED, WsJob.JobState.FAILED);
  37     stateMap.put(JobState.ERROR, WsJob.JobState.SERVERERROR);
  38     stateMap.put(JobState.UNKNOWN, WsJob.JobState.UNKNOWN);
  39   }
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  41   public SlivkaWSInstance(SlivkaClient client, SlivkaService service, String action)
  42   {
  43     super(service.getName(), action, service.getLabel(), "Slivka", client.getUrl().toString());
  44     this.client = client;
  45     this.service = service;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public final void updateStatus(WsJob job)
  50   {
  51     try
  52     {
  53       job.setState(stateMap.get(client.getJobState(job.getJobId())));
  54     } catch (IOException e)
  55     {
  56       throw new IOError(e);
  57     }
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public final boolean updateJobProgress(WsJob job)
  62   {
  63     return false;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public final boolean handleSubmitError(Throwable _lex, WsJob j, WebserviceInfo wsInfo)
  68   {
  69     if (_lex instanceof FormValidationException)
  70     {
  71       FormValidationException formError = (FormValidationException) _lex;
  72       String[] messages = new String[formError.getErrors().size()];
  73       int i = 0;
  74       for (ValidationException e : formError.getErrors())
  75       {
  76         messages[i++] = String.format("%s: %s,", e.getField().getName(), e.getMessage());
  77       }
  78       j.setState(WsJob.JobState.INVALID);
  79       j.setStatus(String.join(", ", messages));
  80       return true;
  81     }
  82     return false;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public final boolean handleCollectionException(Exception e, WsJob msjob, WebserviceInfo wsInfo)
  87   {
  88     // TODO
  89     return false;
  90   }
  91
  92   final SlivkaService getService()
  93   {
  94     return service;
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public final Object getEndpoint()
  99   {
 100     return this;
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public final void initParamStore(ParamManager userParameterStore)
 105   {
 106     if (store == null)
 107     {
 108       try
 109       {
 110         store = new SlivkaDatastore(service);
 111       } catch (IOException e)
 112       {
 113         throw new IOError(e);
 114       }
 115     }
 116   }
 117
 118   @Override
 119   public boolean hasParameters()
 120   {
 121     return true;
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public final ParamDatastoreI getParamStore()
 126   {
 127     if (store == null)
 128     {
 129       initParamStore(null);
 130     }
 131     return store;
 132   }
 133
 134 }