src/jalview/ws/uimodel/PDBSummaryListModel.java

   1 package jalview.ws.uimodel;
   2
   3 import javax.swing.DefaultListModel;
   4
   5 import org.json.simple.JSONObject;
   6
   7
   8 @SuppressWarnings(
   9 { "serial", "rawtypes" })
  10 public class PDBSummaryListModel extends DefaultListModel
  11 {
  12   private String pdbId;
  13
  14   private String summary;
  15
  16   private JSONObject rawJson;
  17
  18   private int width = 480;
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  20
  21   public PDBSummaryListModel(JSONObject doc)
  22   {
  23     this.rawJson = doc;
  24     StringBuilder summary = new StringBuilder();
  25     if (doc.get("molecule_type") != null)
  26     {
  27       String moleculeType = doc.get("molecule_type").toString();
  28       if (moleculeType.equalsIgnoreCase("protein"))
  29       {
  30         summary.append("<img src=\""
  31                 + getClass().getResource("/images/protein.png").toString()
  32                 + "\">");
  33       }
  34       if (moleculeType.equalsIgnoreCase("dna"))
  35       {
  36         summary.append("<img src=\""
  37                 + getClass().getResource("/images/dna.png").toString()
  38                 + "\">");
  39       }
  40       if (moleculeType.equalsIgnoreCase("rna"))
  41       {
  42         summary.append("<img src=\""
  43                 + getClass().getResource("/images/dna.png").toString()
  44                 + "\">");
  45       }
  46       if (moleculeType.equalsIgnoreCase("sugar"))
  47       {
  48         summary.append("<img src=\""
  49                 + getClass().getResource("/images/sugar.png").toString()
  50                 + "\">");
  51       }
  52     }
  53     this.pdbId = doc.get("pdb_id").toString();
  54     summary.append("PDB ID: ").append(pdbId);
  55
  56
  57     if (doc.get("molecule_name") != null)
  58     {
  59       summary.append(" | Molecule Name: ").append(doc.get("molecule_name"));
  60     }
  61     if (doc.get("gene_name") != null)
  62     {
  63       summary.append(" | Gene Name: ").append(doc.get("gene_name"));
  64     }
  65     if (doc.get("genus") != null)
  66     {
  67       summary.append(" | Genus: ").append(doc.get("genus"));
  68     }
  69     if (doc.get("title") != null)
  70     {
  71       summary.append(" | Title: ").append(doc.get("title"));
  72     }
  73     this.summary = summary.toString();
  74   }
  75
  76   public String getPdbId()
  77   {
  78     return pdbId;
  79   }
  80
  81   public void setPdbId(String pdbId)
  82   {
  83     this.pdbId = pdbId;
  84   }
  85
  86   public String getSummary()
  87   {
  88     return summary;
  89   }
  90
  91   public void setSummary(String summary)
  92   {
  93     this.summary = summary;
  94   }
  95
  96   public JSONObject getRawJson()
  97   {
  98     return rawJson;
  99   }
 100
 101   public void setRawJson(JSONObject rawJson)
 102   {
 103     this.rawJson = rawJson;
 104   }
 105
 106   public String toString()
 107   {
 108     StringBuilder html = new StringBuilder();
 109     html.append("<html><div style=\"width:" + width
 110             + "; word-wrap: break-word; border-bottom-style: dotted;\"> ");
 111     html.append(summary);
 112     html.append("</div></html>");
 113     return html.toString();
 114   }
 115 }