src/jalview/ws2/actions/annotation/AlignCalcWorkerAdapter.java

   1 package jalview.ws2.actions.annotation;
   2
   3 import java.util.Collections;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.concurrent.CopyOnWriteArrayList;
   6
   7 import jalview.api.AlignViewportI;
   8 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
   9 import jalview.api.PollableAlignCalcWorkerI;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.workers.AlignCalcWorker;
  13 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  14 import jalview.ws2.actions.api.TaskEventListener;
  15 import jalview.ws2.actions.api.TaskI;
  16 import jalview.ws2.api.Credentials;
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  18 public class AlignCalcWorkerAdapter extends AlignCalcWorker implements PollableAlignCalcWorkerI
  19 {
  20   private final AnnotationAction action;
  21
  22   private final List<ArgumentI> args;
  23
  24   private final Credentials credentials;
  25
  26   private TaskI<AnnotationResult> currentTask = null;
  27
  28   private TaskEventListener<AnnotationResult> internalTaskListener = new TaskEventListener<>()
  29   {
  30     @Override
  31     public void taskCompleted(TaskI source, AnnotationResult result)
  32     {
  33       updateOurAnnots(result.getAnnotations());
  34     }
  35   };
  36
  37   // task event listeners managed by this worker, passed to each creates task
  38   private List<TaskEventListener<AnnotationResult>> taskListeners = new CopyOnWriteArrayList<>();
  39   {
  40     taskListeners.add(internalTaskListener);
  41   }
  42
  43   public AlignCalcWorkerAdapter(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel, AnnotationAction action,
  44       List<ArgumentI> args, Credentials credentials)
  45   {
  46     super(alignViewport, alignPanel);
  47     this.action = action;
  48     this.args = args;
  49     this.credentials = credentials;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public void updateAnnotation()
  54   {
  55
  56   }
  57
  58   private void updateOurAnnots(List<AlignmentAnnotation> newAnnots)
  59   {
  60     List<AlignmentAnnotation> oldAnnots = ourAnnots != null ? ourAnnots : List.of();
  61     AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  62     for (AlignmentAnnotation annotation : oldAnnots)
  63       if (!newAnnots.contains(annotation))
  64         alignment.deleteAnnotation(annotation);
  65     for (AlignmentAnnotation annotation : newAnnots)
  66       alignment.validateAnnotation(annotation);
  67     ap.adjustAnnotationHeight();
  68     ourAnnots = Collections.synchronizedList(newAnnots);
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public synchronized void startUp() throws Throwable
  73   {
  74     if (alignViewport.isClosed())
  75     {
  76       calcMan.disableWorker(this);
  77       abortAndDestroy();
  78       throw new IllegalStateException("Starting calculation for closed viewport");
  79     }
  80     currentTask = action.createTask(alignViewport, args, credentials);
  81     for (var listener : taskListeners)
  82       currentTask.addTaskEventListener(listener);
  83     currentTask.init();
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public boolean poll() throws Throwable
  88   {
  89     return currentTask.poll();
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public synchronized void cancel()
  94   {
  95     try
  96     {
  97       currentTask.cancel();
  98     } finally
  99     {
 100       for (var listener : taskListeners)
 101         currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 102     }
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public synchronized void done()
 107   {
 108     try
 109     {
 110       currentTask.complete();
 111     } catch (Exception e)
 112     {
 113     } finally
 114     {
 115       for (var listener : taskListeners)
 116         currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 117     }
 118   }
 119
 120   public void addTaskEventListener(TaskEventListener<AnnotationResult> listener)
 121   {
 122     taskListeners.add(listener);
 123     if (currentTask != null)
 124       currentTask.addTaskEventListener(listener);
 125   }
 126
 127   public void removeTaskEventListener(TaskEventListener<AnnotationResult> listener)
 128   {
 129     taskListeners.remove(listener);
 130     if (currentTask != null)
 131       currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 132   }
 133 }