src/jalview/ws2/client/ebi/JobDispatcherWSDiscoverer.java

   1 package jalview.ws2.client.ebi;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.net.MalformedURLException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.net.URL;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import jalview.bin.Console;
  10 import jalview.ws.params.ParamManager;
  11 import jalview.ws2.actions.NullAction;
  12 import jalview.ws2.actions.api.ActionI;
  13 import jalview.ws2.api.WebService;
  14 import jalview.ws2.client.api.AbstractWebServiceDiscoverer;
  15 import uk.ac.dundee.compbio.hmmerclient.PhmmerClient;
  16
  17 public final class JobDispatcherWSDiscoverer extends AbstractWebServiceDiscoverer
  18 {
  19
  20   private static final URL DEFAULT_URL;
  21   static
  22   {
  23     try
  24     {
  25       DEFAULT_URL = new URL("https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/hmmer3_phmmer/");
  26     } catch (MalformedURLException e)
  27     {
  28       throw new ExceptionInInitializerError(e);
  29     }
  30   }
  31
  32   private static JobDispatcherWSDiscoverer instance = null;
  33   private static ParamManager paramManager = null;
  34
  35   private JobDispatcherWSDiscoverer() {}
  36
  37   public static JobDispatcherWSDiscoverer getInstance() {
  38     if (instance == null)
  39       instance = new JobDispatcherWSDiscoverer();
  40     return instance;
  41   }
  42
  43   public static void setParamManager(ParamManager manager)
  44   {
  45     paramManager = manager;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public int getStatusForUrl(URL url)
  50   {
  51     try
  52     {
  53       return new PhmmerClient(url).testEndpoint() ? STATUS_OK : STATUS_INVALID;
  54     } catch (URISyntaxException e)
  55     {
  56       Console.error(e.getMessage());
  57       return STATUS_INVALID;
  58     }
  59   }
  60
  61   @Override
  62   protected String getUrlsPropertyKey()
  63   {
  64     return null;
  65   }
  66
  67   @Override
  68   protected URL getDefaultUrl()
  69   {
  70     return DEFAULT_URL;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   protected List<WebService<?>> fetchServices(URL url) throws IOException
  75   {
  76     PhmmerClient client;
  77     try {
  78       client = new PhmmerClient(url);
  79     }
  80     catch (URISyntaxException e) {
  81       throw new MalformedURLException(e.getMessage());
  82     }
  83     if (!client.testEndpoint())
  84       throw new IOException(
  85               "unable to reach dispatcher server at " + url);
  86     // TODO change once a concrete action is implemented
  87     var wsBuilder = WebService.<NullAction> newBuilder();
  88     wsBuilder.url(url);
  89     wsBuilder.clientName("job dispatcher");
  90     wsBuilder.category("Database search");
  91     wsBuilder.name("pHMMER");
  92     wsBuilder.description("Hmmer3 phmmer is used to search one or more query sequences against a sequence database.");
  93     wsBuilder.interactive(false);
  94     wsBuilder.paramDatastore(ParamStores.newPhmmerDatastore(url, paramManager));
  95     wsBuilder.actionClass(NullAction.class);
  96     var webService = wsBuilder.build();
  97
  98     var actionBuilder = NullAction.newBuilder();
  99     actionBuilder.webService(webService);
 100     actionBuilder.name("");
 101     webService.addAction(actionBuilder.build());
 102
 103     return List.of(webService);
 104   }
 105
 106 }