src/jalview/ws2/client/ebi/JobDispatcherWSDiscoverer.java

   1 package jalview.ws2.client.ebi;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.net.MalformedURLException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.net.URL;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import jalview.bin.Console;
  10 import jalview.ws.params.ParamManager;
  11 import jalview.ws2.actions.NullAction;
  12 import jalview.ws2.actions.api.ActionI;
  13 import jalview.ws2.actions.hmmer.PhmmerAction;
  14 import jalview.ws2.api.WebService;
  15 import jalview.ws2.client.api.AbstractWebServiceDiscoverer;
  16 import uk.ac.dundee.compbio.hmmerclient.PhmmerClient;
  17
  18 public final class JobDispatcherWSDiscoverer extends AbstractWebServiceDiscoverer
  19 {
  20
  21   private static final URL DEFAULT_URL;
  22   static
  23   {
  24     try
  25     {
  26       DEFAULT_URL = new URL("https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/hmmer3_phmmer/");
  27     } catch (MalformedURLException e)
  28     {
  29       throw new ExceptionInInitializerError(e);
  30     }
  31   }
  32
  33   private static JobDispatcherWSDiscoverer instance = null;
  34   private static ParamManager paramManager = null;
  35
  36   private JobDispatcherWSDiscoverer() {}
  37
  38   public static JobDispatcherWSDiscoverer getInstance() {
  39     if (instance == null)
  40       instance = new JobDispatcherWSDiscoverer();
  41     return instance;
  42   }
  43
  44   public static void setParamManager(ParamManager manager)
  45   {
  46     paramManager = manager;
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public int getStatusForUrl(URL url)
  51   {
  52     try
  53     {
  54       return new PhmmerClient(url).testEndpoint() ? STATUS_OK : STATUS_INVALID;
  55     } catch (URISyntaxException e)
  56     {
  57       Console.error(e.getMessage());
  58       return STATUS_INVALID;
  59     }
  60   }
  61
  62   @Override
  63   protected String getUrlsPropertyKey()
  64   {
  65     return null;
  66   }
  67
  68   @Override
  69   protected URL getDefaultUrl()
  70   {
  71     return DEFAULT_URL;
  72   }
  73
  74   @Override
  75   protected List<WebService<?>> fetchServices(URL url) throws IOException
  76   {
  77     PhmmerClient phmmerClient;
  78     try {
  79       phmmerClient = new PhmmerClient(url);
  80     }
  81     catch (URISyntaxException e) {
  82       throw new MalformedURLException(e.getMessage());
  83     }
  84     if (!phmmerClient.testEndpoint())
  85       throw new IOException(
  86               "unable to reach dispatcher server at " + url);
  87     var wsBuilder = WebService.<PhmmerAction> newBuilder();
  88     wsBuilder.url(url);
  89     wsBuilder.clientName("job dispatcher");
  90     wsBuilder.category("Database search");
  91     wsBuilder.name("pHMMER");
  92     wsBuilder.description("Hmmer3 phmmer is used to search one or more query sequences against a sequence database.");
  93     wsBuilder.interactive(false);
  94     wsBuilder.paramDatastore(ParamStores.newPhmmerDatastore(url, paramManager));
  95     wsBuilder.actionClass(PhmmerAction.class);
  96     var webService = wsBuilder.build();
  97
  98     var client = new PhmmerWSClient(phmmerClient);
  99     var actionBuilder = PhmmerAction.newBuilder(client);
 100     actionBuilder.webService(webService);
 101     actionBuilder.name("");
 102     webService.addAction(actionBuilder.build());
 103
 104     return List.of(webService);
 105   }
 106
 107 }