src/jalview/ws2/gui/SearchServiceGuiHandler.java

   1 package jalview.ws2.gui;
   2
   3 import java.util.List;
   4
   5 import javax.swing.SwingUtilities;
   6
   7 import jalview.bin.Console;
   8 import jalview.datamodel.Alignment;
   9 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.gui.AlignFrame;
  12 import jalview.gui.Desktop;
  13 import jalview.gui.JvOptionPane;
  14 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  15 import jalview.util.ArrayUtils;
  16 import jalview.util.MessageManager;
  17 import jalview.ws2.actions.api.ActionI;
  18 import jalview.ws2.actions.api.JobI;
  19 import jalview.ws2.actions.api.TaskEventListener;
  20 import jalview.ws2.actions.api.TaskI;
  21 import jalview.ws2.api.JobStatus;
  22 import jalview.ws2.api.WebService;
  23 import jalview.ws2.helpers.WSClientTaskWrapper;
  24
  25 import static java.lang.String.format;
  26
  27 class SearchServiceGuiHandler implements TaskEventListener<AlignmentI>
  28 {
  29   private final AlignFrame parentFrame;
  30
  31   private final ActionI<?> action;
  32
  33   private final WebService<?> service;
  34
  35   private WebserviceInfo infoPanel;
  36
  37   private JobI[] jobs = new JobI[0];
  38
  39   private int[] tabs = new int[0];
  40
  41   private int[] logOffset = new int[0];
  42
  43   private int[] errLogOffset = new int[0];
  44
  45   public SearchServiceGuiHandler(ActionI<?> action, AlignFrame parentFrame)
  46   {
  47     this.parentFrame = parentFrame;
  48     this.action = action;
  49     this.service = action.getWebService();
  50     var info = String.format("%s search using service at %s%n%s",
  51             service.getName(), service.getUrl(), service.getDescription());
  52     this.infoPanel = new WebserviceInfo(service.getName(), info, false);
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public void taskStarted(TaskI<AlignmentI> source,
  57           List<? extends JobI> subJobs)
  58   {
  59     Console.debug(format("task %s#%x started with %d sub-jobs",
  60             service.getName(), source.getUid(), subJobs.size()));
  61     jobs = subJobs.toArray(new JobI[subJobs.size()]);
  62     tabs = new int[subJobs.size()];
  63     logOffset = new int[subJobs.size()];
  64     errLogOffset = new int[subJobs.size()];
  65     for (int i = 0; i < subJobs.size(); i++)
  66     {
  67       JobI job = jobs[i];
  68       int tabIndex = infoPanel.addJobPane();
  69       tabs[i] = tabIndex;
  70       infoPanel.setProgressName(format("region %d", i), tabIndex);
  71       infoPanel.setProgressText(tabIndex, "Job details:\n");
  72       // jobs should not have states other than invalid or ready at this point
  73       if (job.getStatus() == JobStatus.INVALID)
  74         infoPanel.setStatus(tabIndex, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);
  75       else if (job.getStatus() == JobStatus.READY)
  76         infoPanel.setStatus(tabIndex, WebserviceInfo.STATE_QUEUING);
  77     }
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public void taskStatusChanged(TaskI<AlignmentI> source, JobStatus status)
  82   {
  83     Console.debug(format("task %s#%x status changed to %s",
  84             service.getName(), source.getUid(), status));
  85     switch (status)
  86     {
  87     case INVALID:
  88       infoPanel.setVisible(false);
  89       JvOptionPane.showMessageDialog(parentFrame,
  90               MessageManager.getString("info.invalid_search_input"),
  91               MessageManager.getString("info.invalid_search_input"),
  92               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
  93       break;
  94     case READY:
  95       infoPanel.setthisService(new WSClientTaskWrapper(source));
  96       infoPanel.setVisible(true);
  97       // intentional no break
  98     case SUBMITTED:
  99     case QUEUED:
 100       infoPanel.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);
 101       break;
 102     case RUNNING:
 103     case UNKNOWN: // unsure what to do with unknown
 104       infoPanel.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 105       break;
 106     case COMPLETED:
 107       infoPanel.setProgressBar(
 108               MessageManager.getString("status.collecting_job_results"),
 109               jobs[0].getInternalId());
 110       infoPanel.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);
 111       break;
 112     case FAILED:
 113       infoPanel.removeProgressBar(jobs[0].getInternalId());
 114       infoPanel.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 115       break;
 116     case CANCELLED:
 117       infoPanel.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 118       break;
 119     case SERVER_ERROR:
 120       infoPanel.removeProgressBar(jobs[0].getInternalId());
 121       infoPanel.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 122       break;
 123     }
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void taskCompleted(TaskI<AlignmentI> source, AlignmentI result)
 128   {
 129     Console.debug(format("task %s#%x completed", service.getName(),
 130             source.getUid()));
 131     SwingUtilities.invokeLater(
 132             () -> infoPanel.removeProgressBar(jobs[0].getInternalId()));
 133     if (result == null)
 134     {
 135       SwingUtilities.invokeLater(infoPanel::setFinishedNoResults);
 136       return;
 137     }
 138     infoPanel.showResultsNewFrame.addActionListener(evt -> {
 139       // copy alignment for each frame to have its own instance
 140       var alnCpy = new Alignment(result);
 141       alnCpy.setGapCharacter(result.getGapCharacter());
 142       alnCpy.setDataset(result.getDataset());
 143       for (AlignmentAnnotation annotation : result.getAlignmentAnnotation())
 144         alnCpy.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(annotation));
 145       if (result.hasSeqrep())
 146       {
 147         int idx = result.findIndex(result.getSeqrep());
 148         if (idx >= 0)
 149           alnCpy.setSeqrep(alnCpy.getSequenceAt(idx));
 150       }
 151       displayResultsNewFrame(alnCpy);
 152     });
 153     SwingUtilities.invokeLater(infoPanel::setResultsReady);
 154   }
 155
 156   private void displayResultsNewFrame(AlignmentI aln)
 157   {
 158     AlignFrame frame = new AlignFrame(aln, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 159             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 160     frame.getFeatureRenderer().transferSettings(
 161             parentFrame.getFeatureRenderer().getSettings());
 162     var actionName = action.getName() != null ? action.getName() : "Search";
 163     var title = String.format("%s %s of %s", service.getName(), actionName,
 164             parentFrame.getTitle());
 165     Desktop.addInternalFrame(frame, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 166             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public void taskException(TaskI<AlignmentI> source, Exception e)
 171   {
 172     Console.error(format("Task %s#%x raised an exception.",
 173             service.getName(), source.getUid()), e);
 174     infoPanel.appendProgressText(e.getMessage());
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public void subJobStatusChanged(TaskI<AlignmentI> source, JobI job,
 179           JobStatus status)
 180   {
 181     Console.debug(format("sub-job %x status changed to %s",
 182             job.getInternalId(), status));
 183     int i = ArrayUtils.indexOf(jobs, job);
 184     assert i >= 0 : "job does not exist";
 185     if (i < 0)
 186       // safeguard that should not happen irl
 187       return;
 188     int wsStatus;
 189     switch (status)
 190     {
 191     case INVALID:
 192     case COMPLETED:
 193       wsStatus = WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK;
 194       break;
 195     case READY:
 196     case SUBMITTED:
 197     case QUEUED:
 198       wsStatus = WebserviceInfo.STATE_QUEUING;
 199       break;
 200     case RUNNING:
 201     case UNKNOWN:
 202       wsStatus = WebserviceInfo.STATE_RUNNING;
 203       break;
 204     case FAILED:
 205       wsStatus = WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR;
 206       break;
 207     case CANCELLED:
 208       wsStatus = WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK;
 209       break;
 210     case SERVER_ERROR:
 211       wsStatus = WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR;
 212       break;
 213     default:
 214       throw new AssertionError("Non-exhaustive switch statement");
 215     }
 216     infoPanel.setStatus(tabs[i], wsStatus);
 217   }
 218
 219   @Override
 220   public void subJobLogChanged(TaskI<AlignmentI> source, JobI job,
 221           String log)
 222   {
 223     int i = ArrayUtils.indexOf(jobs, job);
 224     assert i >= 0 : "job does not exist";
 225     if (i < 0)
 226       // safeguard that should never happen
 227       return;
 228     infoPanel.appendProgressText(tabs[i], log.substring(logOffset[i]));
 229   }
 230
 231   @Override
 232   public void subJobErrorLogChanged(TaskI<AlignmentI> source, JobI job,
 233           String log)
 234   {
 235     int i = ArrayUtils.indexOf(jobs, job);
 236     assert i >= 0 : "job does not exist";
 237     if (i < 0)
 238       // safeguard that should never happen
 239       return;
 240     infoPanel.appendProgressText(tabs[i], log.substring(errLogOffset[i]));
 241   }
 242 }