src/jalview/ws2/operations/AlignmentOperation.java

   1 package jalview.ws2.operations;
   2
   3 import static java.lang.String.format;
   4
   5 import java.awt.event.MouseAdapter;
   6 import java.awt.event.MouseEvent;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.util.ArrayList;
   9 import java.util.Collections;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Hashtable;
  12 import java.util.LinkedHashMap;
  13 import java.util.List;
  14 import java.util.Map;
  15 import java.util.Objects;
  16 import java.util.concurrent.CompletionStage;
  17
  18 import javax.swing.JMenu;
  19 import javax.swing.JMenuItem;
  20 import javax.swing.ToolTipManager;
  21
  22 import jalview.analysis.AlignSeq;
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.gui.AlignFrame;
  35 import jalview.gui.AlignViewport;
  36 import jalview.gui.Desktop;
  37 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  38 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  39 import jalview.gui.WsJobParameters;
  40 import jalview.util.MathUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  43 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  44 import jalview.ws2.MenuEntryProviderI;
  45 import jalview.ws2.ResultSupplier;
  46 import jalview.ws2.WSJob;
  47 import jalview.ws2.WSJobStatus;
  48 import jalview.ws2.WebServiceExecutor;
  49 import jalview.ws2.WebServiceI;
  50 import jalview.ws2.WebServiceInfoUpdater;
  51 import jalview.ws2.WebServiceWorkerI;
  52 import jalview.ws2.utils.WSJobList;
  53
  54 /**
  55  *
  56  * @author mmwarowny
  57  *
  58  */
  59 public class AlignmentOperation implements Operation
  60 {
  61   final WebServiceI service;
  62
  63   final ResultSupplier<AlignmentI> supplier;
  64
  65   public AlignmentOperation(WebServiceI service,
  66           ResultSupplier<AlignmentI> supplier)
  67   {
  68     this.service = service;
  69     this.supplier = supplier;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public String getName()
  74   {
  75     return service.getName();
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public String getTypeName()
  80   {
  81     return "Multiple Sequence Alignment";
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public String getHostName()
  86   {
  87     return service.getHostName();
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public int getMinSequences()
  92   {
  93     return 2;
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public int getMaxSequences()
  98   {
  99     return Integer.MAX_VALUE;
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public boolean isProteinOperation()
 104   {
 105     return true;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public boolean isNucleotideOperation()
 110   {
 111     return true;
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public boolean canSubmitGaps()
 116   {
 117     // hack copied from original jabaws code, don't blame me
 118     return service.getName().contains("lustal");
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public boolean isInteractive()
 123   {
 124     return false;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public MenuEntryProviderI getMenuBuilder()
 129   {
 130     return this::buildMenu;
 131   }
 132
 133   protected void buildMenu(JMenu parent, AlignFrame frame)
 134   {
 135     if (canSubmitGaps())
 136     {
 137       var alignSubmenu = new JMenu(service.getName());
 138       buildMenu(alignSubmenu, frame, false);
 139       parent.add(alignSubmenu);
 140       var realignSubmenu = new JMenu(MessageManager.formatMessage(
 141               "label.realign_with_params", service.getName()));
 142       realignSubmenu.setToolTipText(MessageManager
 143               .getString("label.align_sequences_to_existing_alignment"));
 144       buildMenu(realignSubmenu, frame, true);
 145       parent.add(realignSubmenu);
 146     }
 147     else
 148     {
 149       buildMenu(parent, frame, false);
 150     }
 151   }
 152
 153   protected void buildMenu(JMenu parent, AlignFrame frame,
 154           boolean submitGaps)
 155   {
 156     final String action = submitGaps ? "Align" : "Realign";
 157     final var calcName = service.getName();
 158
 159     String title = frame.getTitle();
 160     WebServiceExecutor executor = frame.getViewport().getWSExecutor();
 161     {
 162       var item = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 163               "label.calcname_with_default_settings", calcName));
 164       item.setToolTipText(MessageManager
 165               .formatMessage("label.action_with_default_settings", action));
 166       item.addActionListener((event) -> {
 167         final AlignmentView msa = frame.gatherSequencesForAlignment();
 168         final AlignViewport viewport = frame.getViewport();
 169         final AlignmentI alignment = frame.getViewport().getAlignment();
 170         if (msa != null)
 171         {
 172           WebServiceWorkerI worker = new AlignmentWorker(msa,
 173               Collections.emptyList(), title, submitGaps, true,
 174               alignment, viewport);
 175           executor.submit(worker);
 176         }
 177       });
 178       parent.add(item);
 179     }
 180
 181     if (service.hasParameters())
 182     {
 183       var item = new JMenuItem(
 184               MessageManager.getString("label.edit_settings_and_run"));
 185       item.setToolTipText(MessageManager.getString(
 186               "label.view_and_change_parameters_before_alignment"));
 187       item.addActionListener((event) -> {
 188         final AlignmentView msa = frame.gatherSequencesForAlignment();
 189         final AlignViewport viewport = frame.getViewport();
 190         final AlignmentI alignment = frame.getViewport().getAlignment();
 191         if (msa != null)
 192         {
 193           openEditParamsDialog(service, null, null)
 194               .thenAcceptAsync((arguments) -> {
 195                 if (arguments != null)
 196                 {
 197                   WebServiceWorkerI worker = new AlignmentWorker(msa,
 198                       arguments, title, submitGaps, true, alignment,
 199                       viewport);
 200                   executor.submit(worker);
 201                 }
 202               });
 203         }
 204       });
 205       parent.add(item);
 206     }
 207
 208     var presets = service.getParamStore().getPresets();
 209     if (presets != null && presets.size() > 0)
 210     {
 211       final var presetList = new JMenu(MessageManager
 212               .formatMessage("label.run_with_preset_params", calcName));
 213       final var showToolTipFor = ToolTipManager.sharedInstance()
 214               .getDismissDelay();
 215       for (final var preset : presets)
 216       {
 217         var item = new JMenuItem(preset.getName());
 218         final int QUICK_TOOLTIP = 1500;
 219         item.addMouseListener(new MouseAdapter()
 220         {
 221           @Override
 222           public void mouseEntered(MouseEvent e)
 223           {
 224             ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(QUICK_TOOLTIP);
 225           }
 226
 227           @Override
 228           public void mouseExited(MouseEvent e)
 229           {
 230             ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(showToolTipFor);
 231           }
 232         });
 233         String tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 234                 format("<strong>%s</strong><br/>%s",
 235                         MessageManager.getString(
 236                                 preset.isModifiable() ? "label.user_preset"
 237                                         : "label.service_preset"),
 238                         preset.getDescription()));
 239         item.setToolTipText(tooltip);
 240         item.addActionListener((event) -> {
 241           final AlignmentView msa = frame.gatherSequencesForAlignment();
 242           final AlignViewport viewport = frame.getViewport();
 243           final AlignmentI alignment = frame.getViewport().getAlignment();
 244           if (msa != null)
 245           {
 246             WebServiceWorkerI worker = new AlignmentWorker(msa,
 247                 preset.getArguments(), title, submitGaps, true,
 248                 alignment, viewport);
 249             executor.submit(worker);
 250           }
 251         });
 252         presetList.add(item);
 253       }
 254       parent.add(presetList);
 255     }
 256   }
 257
 258   private CompletionStage<List<ArgumentI>> openEditParamsDialog(
 259           WebServiceI service, WsParamSetI preset,
 260           List<ArgumentI> arguments)
 261   {
 262     WsJobParameters jobParams;
 263     if (preset == null && arguments != null && arguments.size() > 0)
 264       jobParams = new WsJobParameters(service.getParamStore(), preset,
 265               arguments);
 266     else
 267       jobParams = new WsJobParameters(service.getParamStore(), preset,
 268               null);
 269     var stage = jobParams.showRunDialog();
 270     return stage.thenApply((startJob) -> {
 271       if (startJob)
 272       {
 273         if (jobParams.getPreset() == null)
 274         {
 275           return jobParams.getJobParams();
 276         }
 277         else
 278         {
 279           return jobParams.getPreset().getArguments();
 280         }
 281       }
 282       else
 283       {
 284         return null;
 285       }
 286     });
 287   }
 288
 289   /**
 290    * Implementation of the web service worker performing multiple sequence
 291    * alignment.
 292    *
 293    * @author mmwarowny
 294    *
 295    */
 296   private class AlignmentWorker implements WebServiceWorkerI
 297   {
 298
 299     private long uid = MathUtils.getUID();
 300
 301     private final AlignmentView msa;
 302
 303     private final AlignmentI dataset;
 304
 305     private final List<AlignedCodonFrame> codonFrame = new ArrayList<>();
 306
 307     private List<ArgumentI> args = Collections.emptyList();
 308
 309     private String alnTitle = "";
 310
 311     private boolean submitGaps = false;
 312
 313     private boolean preserveOrder = false;
 314
 315     private char gapCharacter;
 316
 317     private WSJobList jobs = new WSJobList();
 318
 319     private Map<Long, JobInput> inputs = new LinkedHashMap<>();
 320
 321     private WebserviceInfo wsInfo;
 322
 323     private Map<Long, Integer> exceptionCount = new HashMap<>();
 324
 325     private final int MAX_RETRY = 5;
 326
 327     AlignmentWorker(AlignmentView msa, List<ArgumentI> args,
 328             String alnTitle, boolean submitGaps, boolean preserveOrder,
 329             AlignmentI alignment, AlignViewport viewport)
 330     {
 331       this.msa = msa;
 332       this.dataset = alignment.getDataset();
 333       List<AlignedCodonFrame> cf = Objects.requireNonNullElse(
 334               alignment.getCodonFrames(), Collections.emptyList());
 335       this.codonFrame.addAll(cf);
 336       this.args = args;
 337       this.alnTitle = alnTitle;
 338       this.submitGaps = submitGaps;
 339       this.preserveOrder = preserveOrder;
 340       this.gapCharacter = viewport.getGapCharacter();
 341
 342       String panelInfo = String.format("%s using service hosted at %s%n%s",
 343               service.getName(), service.getHostName(),
 344               Objects.requireNonNullElse(service.getDescription(), ""));
 345       wsInfo = new WebserviceInfo(service.getName(), panelInfo, false);
 346     }
 347
 348     @Override
 349     public long getUID()
 350     {
 351       return uid;
 352     }
 353
 354     @Override
 355     public WebServiceI getWebService()
 356     {
 357       return service;
 358     }
 359
 360     @Override
 361     public List<WSJob> getJobs()
 362     {
 363       return Collections.unmodifiableList(jobs);
 364     }
 365
 366     @Override
 367     public void startJobs() throws IOException
 368     {
 369       Cache.log.info(format("Starting new %s job.", service.getName()));
 370       String outputHeader = String.format("%s of %s%nJob details%n",
 371               submitGaps ? "Re-alignment" : "Alignment", alnTitle);
 372       SequenceI[][] conmsa = msa.getVisibleContigs('-');
 373       if (conmsa == null)
 374       {
 375         return;
 376       }
 377       WebServiceInfoUpdater updater = new WebServiceInfoUpdater(wsInfo);
 378       updater.setOutputHeader(outputHeader);
 379       int numValid = 0;
 380       for (int i = 0; i < conmsa.length; i++)
 381       {
 382         JobInput input = JobInput.create(conmsa[i], 2, submitGaps);
 383         WSJob job = new WSJob(service.getProviderName(), service.getName(),
 384                 service.getHostName());
 385         job.setJobNum(wsInfo.addJobPane());
 386         if (conmsa.length > 1)
 387         {
 388           wsInfo.setProgressName(String.format("region %d", i),
 389                   job.getJobNum());
 390         }
 391         wsInfo.setProgressText(job.getJobNum(), outputHeader);
 392         job.addPropertyChangeListener(updater);
 393         inputs.put(job.getUid(), input);
 394         jobs.add(job);
 395         if (input.isInputValid())
 396         {
 397           int count;
 398           String jobId = null;
 399           do
 400           {
 401             count = exceptionCount.getOrDefault(job.getUid(), MAX_RETRY);
 402             try
 403             {
 404               jobId = service.submit(input.inputSequences, args);
 405               Cache.log.debug((format("Job %s submitted", job)));
 406               exceptionCount.remove(job.getUid());
 407             } catch (IOException e)
 408             {
 409               exceptionCount.put(job.getUid(), --count);
 410             }
 411           } while (jobId == null && count > 0);
 412           if (jobId != null)
 413           {
 414             job.setJobId(jobId);
 415             job.setStatus(WSJobStatus.SUBMITTED);
 416             numValid++;
 417           }
 418           else
 419           {
 420             job.setStatus(WSJobStatus.SERVER_ERROR);
 421           }
 422         }
 423         else
 424         {
 425           job.setStatus(WSJobStatus.INVALID);
 426           job.setErrorLog(
 427                   MessageManager.getString("label.empty_alignment_job"));
 428         }
 429       }
 430       if (numValid > 0)
 431       {
 432         // wsInfo.setThisService() should happen here
 433         wsInfo.setVisible(true);
 434       }
 435       else
 436       {
 437         wsInfo.setVisible(false);
 438         // TODO show notification dialog.
 439         // JvOptionPane.showMessageDialog(frame,
 440         // MessageManager.getString("info.invalid_msa_input_mininfo"),
 441         // MessageManager.getString("info.invalid_msa_notenough"),
 442         // JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 443       }
 444     }
 445
 446     @Override
 447     public boolean pollJobs()
 448     {
 449       boolean done = true;
 450       for (WSJob job : getJobs())
 451       {
 452         if (!job.getStatus().isDone() && !job.getStatus().isFailed())
 453         {
 454           Cache.log.debug(format("Polling job %s.", job));
 455           try
 456           {
 457             service.updateProgress(job);
 458             exceptionCount.remove(job.getUid());
 459           } catch (IOException e)
 460           {
 461             Cache.log.error(format("Polling job %s failed.", job), e);
 462             wsInfo.appendProgressText(job.getJobNum(),
 463                     MessageManager.formatMessage("info.server_exception",
 464                             service.getName(), e.getMessage()));
 465             int count = exceptionCount.getOrDefault(job.getUid(),
 466                     MAX_RETRY);
 467             if (--count <= 0)
 468             {
 469               job.setStatus(WSJobStatus.SERVER_ERROR);
 470               Cache.log.warn(format(
 471                       "Attempts limit exceeded. Droping job %s.", job));
 472             }
 473             exceptionCount.put(job.getUid(), count);
 474           } catch (OutOfMemoryError e)
 475           {
 476             job.setStatus(WSJobStatus.BROKEN);
 477             Cache.log.error(
 478                     format("Out of memory when retrieving job %s", job), e);
 479           }
 480           Cache.log.debug(
 481                   format("Job %s status is %s", job, job.getStatus()));
 482         }
 483         done &= job.getStatus().isDone() || job.getStatus().isFailed();
 484       }
 485       updateWSInfoGlobalStatus();
 486       return done;
 487     }
 488
 489     private void updateWSInfoGlobalStatus()
 490     {
 491       if (jobs.countRunning() > 0)
 492       {
 493         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 494       }
 495       else if (jobs.countQueuing() > 0
 496               || jobs.countSubmitted() < jobs.size())
 497       {
 498         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);
 499       }
 500       else
 501       {
 502         if (jobs.countSuccessful() > 0)
 503         {
 504           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);
 505         }
 506         else if (jobs.countCancelled() > 0)
 507         {
 508           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 509         }
 510         else if (jobs.countFailed() > 0)
 511         {
 512           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 513         }
 514       }
 515     }
 516
 517     @Override
 518     public void done()
 519     {
 520       long progbarId = MathUtils.getUID();
 521       wsInfo.setProgressBar(
 522               MessageManager.getString("status.collecting_job_results"),
 523               progbarId);
 524       Map<Long, AlignmentI> results = new LinkedHashMap<>();
 525       for (WSJob job : getJobs())
 526       {
 527         if (job.getStatus().isFailed())
 528           continue;
 529         try
 530         {
 531           AlignmentI alignment = supplier.getResult(job);
 532           if (alignment != null)
 533           {
 534             results.put(job.getUid(), alignment);
 535           }
 536         } catch (Exception e)
 537         {
 538           if (!service.handleCollectionError(job, e))
 539           {
 540             Cache.log.error("Couldn't get alignment for job.", e);
 541             // TODO: Increment exception count and retry.
 542             job.setStatus(WSJobStatus.SERVER_ERROR);
 543           }
 544         }
 545       }
 546       updateWSInfoGlobalStatus();
 547       if (results.size() > 0)
 548       {
 549         OutputWrapper out = prepareOutput(results);
 550         wsInfo.showResultsNewFrame.addActionListener(evt -> displayNewFrame(
 551                 new Alignment(out.aln), out.alorders, out.hidden));
 552         wsInfo.setResultsReady();
 553       }
 554       else
 555       {
 556         wsInfo.setFinishedNoResults();
 557       }
 558       wsInfo.removeProgressBar(progbarId);
 559     }
 560
 561     private class OutputWrapper
 562     {
 563       AlignmentI aln;
 564
 565       List<AlignmentOrder> alorders;
 566
 567       HiddenColumns hidden;
 568
 569       OutputWrapper(AlignmentI aln, List<AlignmentOrder> alorders,
 570               HiddenColumns hidden)
 571       {
 572         this.aln = aln;
 573         this.alorders = alorders;
 574         this.hidden = hidden;
 575       }
 576     }
 577
 578     private OutputWrapper prepareOutput(Map<Long, AlignmentI> alignments)
 579     {
 580       List<AlignmentOrder> alorders = new ArrayList<>();
 581       SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.size()][];
 582       AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.size()];
 583       for (int i = 0; i < jobs.size(); i++)
 584       {
 585         WSJob job = jobs.get(i);
 586         AlignmentI aln = alignments.get(job.getUid());
 587         if (aln != null) // equivalent of job.hasResults()
 588         {
 589           /* Get the alignment including any empty sequences in the original
 590            * order with original ids. */
 591           JobInput input = inputs.get(job.getUid());
 592           char gapChar = aln.getGapCharacter();
 593           List<SequenceI> emptySeqs = input.emptySequences;
 594           List<SequenceI> alnSeqs = aln.getSequences();
 595           // find the width of the longest sequence
 596           int width = 0;
 597           for (var seq : alnSeqs)
 598             width = Integer.max(width, seq.getLength());
 599           for (var emptySeq : emptySeqs)
 600             width = Integer.max(width, emptySeq.getLength());
 601           // pad shorter sequences with gaps
 602           String gapSeq = String.join("",
 603                   Collections.nCopies(width, Character.toString(gapChar)));
 604           List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>(
 605                   alnSeqs.size() + emptySeqs.size());
 606           seqs.addAll(alnSeqs);
 607           seqs.addAll(emptySeqs);
 608           for (var seq : seqs)
 609           {
 610             if (seq.getLength() < width)
 611               seq.setSequence(seq.getSequenceAsString()
 612                       + gapSeq.substring(seq.getLength()));
 613           }
 614           SequenceI[] result = seqs.toArray(new SequenceI[0]);
 615           AlignmentOrder msaOrder = new AlignmentOrder(result);
 616           AlignmentSorter.recoverOrder(result);
 617           // temporary workaround for deuniquify
 618           @SuppressWarnings({ "rawtypes", "unchecked" })
 619           Hashtable names = new Hashtable(input.sequenceNames);
 620           // FIXME first call to deuniquify alters original alignment
 621           SeqsetUtils.deuniquify(names, result);
 622           alorders.add(msaOrder);
 623           results[i] = result;
 624           orders[i] = msaOrder;
 625         }
 626         else
 627         {
 628           results[i] = null;
 629         }
 630       }
 631
 632       Object[] newView = msa.getUpdatedView(results, orders, gapCharacter);
 633       // free references to original data
 634       for (int i = 0; i < jobs.size(); i++)
 635       {
 636         results[i] = null;
 637         orders[i] = null;
 638       }
 639       SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newView[0];
 640       HiddenColumns hidden = (HiddenColumns) newView[1];
 641       Alignment aln = new Alignment(alignment);
 642       aln.setProperty("Alignment Program", service.getName());
 643       if (dataset != null)
 644         aln.setDataset(dataset);
 645
 646       propagateDatasetMappings(aln);
 647       return new OutputWrapper(aln, alorders, hidden);
 648       // displayNewFrame(aln, alorders, hidden);
 649     }
 650
 651     /*
 652      * conserves dataset references to sequence objects returned from web
 653      * services. propagate codon frame data to alignment.
 654      */
 655     private void propagateDatasetMappings(Alignment aln)
 656     {
 657       if (codonFrame != null)
 658       {
 659         SequenceI[] alignment = aln.getSequencesArray();
 660         for (SequenceI seq : alignment)
 661         {
 662           for (AlignedCodonFrame acf : codonFrame)
 663           {
 664             if (acf != null && acf.involvesSequence(seq))
 665             {
 666               aln.addCodonFrame(acf);
 667               break;
 668             }
 669           }
 670         }
 671       }
 672     }
 673
 674     private void displayNewFrame(AlignmentI aln,
 675             List<AlignmentOrder> alorders, HiddenColumns hidden)
 676     {
 677       AlignFrame frame = new AlignFrame(aln, hidden,
 678               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 679       // TODO store feature renderer settings in worker object
 680       // frame.getFeatureRenderer().transferSettings(featureSettings);
 681       var regions = sortOrders(alorders);
 682       if (alorders.size() == 1)
 683       {
 684         frame.addSortByOrderMenuItem(
 685                 format("%s Ordering", service.getName()), alorders.get(0));
 686       }
 687       else
 688       {
 689         for (int i = 0; i < alorders.size(); i++)
 690         {
 691           final int j = i;
 692           Iterable<String> iter = () -> regions.get(j).stream()
 693                   .map(it -> Integer.toString(it)).iterator();
 694           var orderName = format("%s Region %s Ordering", service.getName(),
 695                   String.join(",", iter));
 696           frame.addSortByOrderMenuItem(orderName, alorders.get(i));
 697         }
 698       }
 699
 700       /* TODO
 701        * If alignment was requested from one half of a SplitFrame, show in a
 702        * SplitFrame with the other pane similarly aligned.
 703        */
 704
 705       Desktop.addInternalFrame(frame, alnTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 706               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 707     }
 708
 709     private List<List<Integer>> sortOrders(List<?> alorders)
 710     {
 711       List<List<Integer>> regions = new ArrayList<>();
 712       for (int i = 0; i < alorders.size(); i++)
 713       {
 714         List<Integer> regs = new ArrayList<>();
 715         regs.add(i);
 716         int j = i + 1;
 717         while (j < alorders.size())
 718         {
 719           if (alorders.get(i).equals(alorders.get(j)))
 720           {
 721             alorders.remove(j);
 722             regs.add(j);
 723           }
 724           else
 725           {
 726             j++;
 727           }
 728         }
 729         regions.add(regs);
 730       }
 731       return regions;
 732     }
 733   }
 734
 735   private static class JobInput
 736   {
 737     final List<SequenceI> inputSequences;
 738
 739     final List<SequenceI> emptySequences;
 740
 741     @SuppressWarnings("rawtypes")
 742     final Map<String, ? extends Map> sequenceNames;
 743
 744     private JobInput(int numSequences, List<SequenceI> inputSequences,
 745             List<SequenceI> emptySequences,
 746             @SuppressWarnings("rawtypes") Map<String, ? extends Map> names)
 747     {
 748       this.inputSequences = Collections.unmodifiableList(inputSequences);
 749       this.emptySequences = Collections.unmodifiableList(emptySequences);
 750       this.sequenceNames = names;
 751     }
 752
 753     boolean isInputValid()
 754     {
 755       return inputSequences.size() >= 2;
 756     }
 757
 758     static JobInput create(SequenceI[] sequences, int minLength,
 759             boolean submitGaps)
 760     {
 761       assert minLength >= 0 : MessageManager.getString(
 762               "error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero");
 763       int numSeq = 0;
 764       for (SequenceI seq : sequences)
 765       {
 766         if (seq.getEnd() - seq.getStart() >= minLength)
 767         {
 768           numSeq++;
 769         }
 770       }
 771
 772       List<SequenceI> inputSequences = new ArrayList<>();
 773       List<SequenceI> emptySequences = new ArrayList<>();
 774       @SuppressWarnings("rawtypes")
 775       Map<String, Hashtable> names = new LinkedHashMap<>();
 776       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
 777       {
 778         SequenceI seq = sequences[i];
 779         String newName = SeqsetUtils.unique_name(i);
 780         @SuppressWarnings("rawtypes")
 781         Hashtable hash = SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seq);
 782         names.put(newName, hash);
 783         if (numSeq > 1 && seq.getEnd() - seq.getStart() >= minLength)
 784         {
 785           String seqString = seq.getSequenceAsString();
 786           if (!submitGaps)
 787           {
 788             seqString = AlignSeq.extractGaps(
 789                     jalview.util.Comparison.GapChars, seqString);
 790           }
 791           inputSequences.add(new Sequence(newName, seqString));
 792         }
 793         else
 794         {
 795           String seqString = "";
 796           if (seq.getEnd() >= seq.getStart())  // true if gaps only
 797           {
 798             seqString = seq.getSequenceAsString();
 799             if (!submitGaps)
 800             {
 801               seqString = AlignSeq.extractGaps(
 802                       jalview.util.Comparison.GapChars, seqString);
 803             }
 804           }
 805           emptySequences.add(new Sequence(newName, seqString));
 806         }
 807       }
 808
 809       return new JobInput(numSeq, inputSequences, emptySequences, names);
 810     }
 811   }
 812
 813 }