src/jalview/ws2/operations/AnnotationOperation.java

   1 package jalview.ws2.operations;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.concurrent.CompletionStage;
   7
   8 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
   9 import javax.swing.JMenu;
  10 import javax.swing.JMenuItem;
  11 import javax.swing.event.MenuEvent;
  12 import javax.swing.event.MenuListener;
  13
  14 import jalview.api.AlignCalcManagerI2;
  15 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  17 import jalview.gui.AlignFrame;
  18 import jalview.gui.AlignViewport;
  19 import jalview.gui.WsJobParameters;
  20 import jalview.io.FeaturesFile;
  21 import jalview.util.Format;
  22 import jalview.util.MessageManager;
  23 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  24 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  25 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  26 import jalview.ws2.MenuEntryProviderI;
  27 import jalview.ws2.ResultSupplier;
  28 import jalview.ws2.PollingTaskExecutor;
  29 import jalview.ws2.WebServiceI;
  30 import jalview.ws2.gui.AnnotationMenuBuilder;
  31
  32 /**
  33  *
  34  * @author mmwarowny
  35  *
  36  */
  37 public class AnnotationOperation implements Operation
  38 {
  39   final WebServiceI service;
  40
  41   final String typeName;
  42
  43   final ResultSupplier<List<AlignmentAnnotation>> annotationSupplier;
  44
  45   final ResultSupplier<FeaturesFile> featuresSupplier;
  46
  47   boolean alignmentAnalysis = false;
  48
  49   boolean interactive = false;
  50
  51   /*
  52    * Is it fine to get rid of AlignAnalysisUIText?
  53    */
  54
  55   public AnnotationOperation(WebServiceI service,
  56       ResultSupplier<List<AlignmentAnnotation>> annotSupplier,
  57       ResultSupplier<FeaturesFile> featSupplier, String operationName)
  58   {
  59     this.service = service;
  60     this.annotationSupplier = annotSupplier;
  61     this.featuresSupplier = featSupplier;
  62     this.typeName = operationName;
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public String getName()
  67   {
  68     return service.getName();
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getDescription()
  73   {
  74     return service.getDescription();
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public String getTypeName()
  79   {
  80     return typeName;
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public String getHostName()
  85   {
  86     return service.getHostName();
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public boolean hasParameters()
  91   {
  92     return service.hasParameters();
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public ParamDatastoreI getParamStore()
  97   {
  98     return service.getParamStore();
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public int getMinSequences()
 103   {
 104     return 0;
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public int getMaxSequences()
 109   {
 110     return Integer.MAX_VALUE;
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public boolean canSubmitGaps()
 115   {
 116     return false;
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public boolean isProteinOperation()
 121   {
 122     return true;
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public boolean isNucleotideOperation()
 127   {
 128     return true;
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public boolean isInteractive()
 133   {
 134     return interactive;
 135   }
 136
 137   public void setInteractive(boolean value)
 138   {
 139     this.interactive = value;
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public boolean isAlignmentAnalysis()
 144   {
 145     return alignmentAnalysis;
 146   }
 147
 148   public void setAlignmentAnalysis(boolean value)
 149   {
 150     this.alignmentAnalysis = value;
 151   }
 152
 153   @Override
 154   public boolean getFilterNonStandardSymbols()
 155   {
 156     return false;
 157   }
 158
 159   @Override
 160   public boolean getNeedsAlignedSequences()
 161   {
 162     return false;
 163   }
 164
 165   @Override
 166   public MenuEntryProviderI getMenuBuilder()
 167   {
 168     return new AnnotationMenuBuilder(this);
 169   }
 170
 171
 172   private CompletionStage<List<ArgumentI>> openEditParamsDialog(
 173       WebServiceI service, WsParamSetI preset, List<ArgumentI> arguments)
 174   {
 175     WsJobParameters jobParams;
 176     if (preset == null && arguments != null && arguments.size() > 0)
 177       jobParams = new WsJobParameters(service.getParamStore(), preset,
 178           arguments);
 179     else
 180       jobParams = new WsJobParameters(service.getParamStore(), preset,
 181           null);
 182     if (preset != null)
 183     {
 184       jobParams.setName(MessageManager.getString(
 185           "label.adjusting_parameters_for_calculation"));
 186     }
 187     var stage = jobParams.showRunDialog();
 188     return stage.thenApply((startJob) -> {
 189       if (startJob)
 190       {
 191         if (jobParams.getPreset() == null)
 192           return jobParams.getJobParams();
 193         else
 194           return jobParams.getPreset().getArguments();
 195       }
 196       else
 197       {
 198         return null;
 199       }
 200     });
 201   }
 202
 203 }