src/jalview/ws2/operations/AnnotationOperation.java

   1 package jalview.ws2.operations;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.concurrent.CompletionStage;
   7
   8 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
   9 import javax.swing.JMenu;
  10 import javax.swing.JMenuItem;
  11 import javax.swing.event.MenuEvent;
  12 import javax.swing.event.MenuListener;
  13
  14 import jalview.api.AlignCalcManagerI2;
  15 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  17 import jalview.gui.AlignFrame;
  18 import jalview.gui.AlignViewport;
  19 import jalview.gui.WsJobParameters;
  20 import jalview.io.FeaturesFile;
  21 import jalview.util.Format;
  22 import jalview.util.MessageManager;
  23 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  24 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  25 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  26 import jalview.ws2.MenuEntryProviderI;
  27 import jalview.ws2.ResultSupplier;
  28 import jalview.ws2.PollingTaskExecutor;
  29 import jalview.ws2.WebServiceI;
  30 import jalview.ws2.gui.AnnotationMenuBuilder;
  31
  32 /**
  33  *
  34  * @author mmwarowny
  35  *
  36  */
  37 public class AnnotationOperation implements Operation
  38 {
  39   final WebServiceI service;
  40
  41   final String typeName;
  42
  43   final ResultSupplier<List<AlignmentAnnotation>> annotationSupplier;
  44
  45   final ResultSupplier<FeaturesFile> featuresSupplier;
  46
  47   boolean alignmentAnalysis = false;
  48
  49   boolean interactive = false;
  50
  51   private boolean isProtOperation = true;
  52
  53   private boolean isNucOperation = true;
  54
  55   /*
  56    * Is it fine to get rid of AlignAnalysisUIText?
  57    */
  58
  59   public AnnotationOperation(WebServiceI service,
  60       ResultSupplier<List<AlignmentAnnotation>> annotSupplier,
  61       ResultSupplier<FeaturesFile> featSupplier, String operationName)
  62   {
  63     this.service = service;
  64     this.annotationSupplier = annotSupplier;
  65     this.featuresSupplier = featSupplier;
  66     this.typeName = operationName;
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public String getName()
  71   {
  72     return service.getName();
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public String getDescription()
  77   {
  78     return service.getDescription();
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public String getTypeName()
  83   {
  84     return typeName;
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public String getHostName()
  89   {
  90     return service.getHostName();
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public boolean hasParameters()
  95   {
  96     return service.hasParameters();
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public ParamDatastoreI getParamStore()
 101   {
 102     return service.getParamStore();
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public int getMinSequences()
 107   {
 108     return 0;
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public int getMaxSequences()
 113   {
 114     return Integer.MAX_VALUE;
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public boolean canSubmitGaps()
 119   {
 120     return false;
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public boolean isProteinOperation()
 125   {
 126     return isProtOperation;
 127   }
 128
 129   public void setProteinOperation(boolean value)
 130   {
 131     isProtOperation = value;
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public boolean isNucleotideOperation()
 136   {
 137     return isNucOperation;
 138   }
 139
 140   public void setNucleotideOperation(boolean value)
 141   {
 142     isNucOperation = value;
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public boolean isInteractive()
 147   {
 148     return interactive;
 149   }
 150
 151   public void setInteractive(boolean value)
 152   {
 153     this.interactive = value;
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public boolean isAlignmentAnalysis()
 158   {
 159     return alignmentAnalysis;
 160   }
 161
 162   public void setAlignmentAnalysis(boolean value)
 163   {
 164     this.alignmentAnalysis = value;
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public boolean getFilterNonStandardSymbols()
 169   {
 170     return false;
 171   }
 172
 173   @Override
 174   public boolean getNeedsAlignedSequences()
 175   {
 176     return false;
 177   }
 178
 179   @Override
 180   public MenuEntryProviderI getMenuBuilder()
 181   {
 182     return new AnnotationMenuBuilder(this);
 183   }
 184
 185 }