src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java

   1 //
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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.math.BigInteger;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  19 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  20
  21
  22 /**
  23  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  24  *
  25  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  26  *
  27  * &lt;pre&gt;
  28  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  29  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  30  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  31  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  32  *         &amp;lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  33  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  34  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  35  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  36  *                 &amp;lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  37  *                 &amp;lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  38  *                 &amp;lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  39  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  40  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  41  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  42  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  43  *         &amp;lt;element name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  44  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  45  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  46  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  47  *                 &amp;lt;sequence&amp;gt;
  48  *                   &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
  49  *                 &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  50  *                 &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  51  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  52  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  53  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  54  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  55  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  56  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  57  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  58  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  59  * &lt;/pre&gt;
  60  *
  61  *
  62  */
  63 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  64 @XmlType(name = "", propOrder = {
  65     "alcodon",
  66     "alcodMap"
  67 })
  68 @XmlRootElement(name = "AlcodonFrame")
  69 public class AlcodonFrame {
  70
  71     protected List<AlcodonFrame.Alcodon> alcodon;
  72     protected List<AlcodonFrame.AlcodMap> alcodMap;
  73
  74     /**
  75      * Gets the value of the alcodon property.
  76      *
  77      * &lt;p&gt;
  78      * This accessor method returns a reference to the live list,
  79      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  80      * returned list will be present inside the JAXB object.
  81      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodon property.
  82      *
  83      * &lt;p&gt;
  84      * For example, to add a new item, do as follows:
  85      * &lt;pre&gt;
  86      *    getAlcodon().add(newItem);
  87      * &lt;/pre&gt;
  88      *
  89      *
  90      * &lt;p&gt;
  91      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  92      * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
  93      *
  94      *
  95      */
  96     public List<AlcodonFrame.Alcodon> getAlcodon() {
  97         if (alcodon == null) {
  98             alcodon = new ArrayList<AlcodonFrame.Alcodon>();
  99         }
 100         return this.alcodon;
 101     }
 102
 103     /**
 104      * Gets the value of the alcodMap property.
 105      *
 106      * &lt;p&gt;
 107      * This accessor method returns a reference to the live list,
 108      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 109      * returned list will be present inside the JAXB object.
 110      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodMap property.
 111      *
 112      * &lt;p&gt;
 113      * For example, to add a new item, do as follows:
 114      * &lt;pre&gt;
 115      *    getAlcodMap().add(newItem);
 116      * &lt;/pre&gt;
 117      *
 118      *
 119      * &lt;p&gt;
 120      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 121      * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
 122      *
 123      *
 124      */
 125     public List<AlcodonFrame.AlcodMap> getAlcodMap() {
 126         if (alcodMap == null) {
 127             alcodMap = new ArrayList<AlcodonFrame.AlcodMap>();
 128         }
 129         return this.alcodMap;
 130     }
 131
 132
 133     /**
 134      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 135      *
 136      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 137      *
 138      * &lt;pre&gt;
 139      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 140      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 141      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 142      *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
 143      *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
 144      *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
 145      *       &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 146      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 147      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 148      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 149      * &lt;/pre&gt;
 150      *
 151      *
 152      */
 153     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 154     @XmlType(name = "", propOrder = {
 155         "mapping"
 156     })
 157     public static class AlcodMap {
 158
 159         @XmlElement(name = "Mapping", required = true)
 160         protected Mapping mapping;
 161         @XmlAttribute(name = "dnasq", required = true)
 162         protected String dnasq;
 163
 164         /**
 165          *
 166          *                                                                              a Mapping entry and an associated protein sequence
 167          *
 168          *
 169          * @return
 170          *     possible object is
 171          *     {@link Mapping }
 172          *
 173          */
 174         public Mapping getMapping() {
 175             return mapping;
 176         }
 177
 178         /**
 179          * Sets the value of the mapping property.
 180          *
 181          * @param value
 182          *     allowed object is
 183          *     {@link Mapping }
 184          *
 185          */
 186         public void setMapping(Mapping value) {
 187             this.mapping = value;
 188         }
 189
 190         /**
 191          * Gets the value of the dnasq property.
 192          *
 193          * @return
 194          *     possible object is
 195          *     {@link String }
 196          *
 197          */
 198         public String getDnasq() {
 199             return dnasq;
 200         }
 201
 202         /**
 203          * Sets the value of the dnasq property.
 204          *
 205          * @param value
 206          *     allowed object is
 207          *     {@link String }
 208          *
 209          */
 210         public void setDnasq(String value) {
 211             this.dnasq = value;
 212         }
 213
 214     }
 215
 216
 217     /**
 218      *
 219      *                                                          specifies a series of aligned codons from an associated DNA sequence alignment that when translated correspond to columns of a peptide alignment.
 220      *                                                          Element may have either all pos1,2,3 attributes specified, or none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
 221      *
 222      *
 223      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 224      *
 225      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 226      *
 227      * &lt;pre&gt;
 228      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 229      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 230      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 231      *       &amp;lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 232      *       &amp;lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 233      *       &amp;lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 234      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 235      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 236      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 237      * &lt;/pre&gt;
 238      *
 239      *
 240      */
 241     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 242     @XmlType(name = "")
 243     public static class Alcodon {
 244
 245         @XmlAttribute(name = "pos1")
 246         protected BigInteger pos1;
 247         @XmlAttribute(name = "pos2")
 248         protected BigInteger pos2;
 249         @XmlAttribute(name = "pos3")
 250         protected BigInteger pos3;
 251
 252         /**
 253          * Gets the value of the pos1 property.
 254          *
 255          * @return
 256          *     possible object is
 257          *     {@link BigInteger }
 258          *
 259          */
 260         public BigInteger getPos1() {
 261             return pos1;
 262         }
 263
 264         /**
 265          * Sets the value of the pos1 property.
 266          *
 267          * @param value
 268          *     allowed object is
 269          *     {@link BigInteger }
 270          *
 271          */
 272         public void setPos1(BigInteger value) {
 273             this.pos1 = value;
 274         }
 275
 276         /**
 277          * Gets the value of the pos2 property.
 278          *
 279          * @return
 280          *     possible object is
 281          *     {@link BigInteger }
 282          *
 283          */
 284         public BigInteger getPos2() {
 285             return pos2;
 286         }
 287
 288         /**
 289          * Sets the value of the pos2 property.
 290          *
 291          * @param value
 292          *     allowed object is
 293          *     {@link BigInteger }
 294          *
 295          */
 296         public void setPos2(BigInteger value) {
 297             this.pos2 = value;
 298         }
 299
 300         /**
 301          * Gets the value of the pos3 property.
 302          *
 303          * @return
 304          *     possible object is
 305          *     {@link BigInteger }
 306          *
 307          */
 308         public BigInteger getPos3() {
 309             return pos3;
 310         }
 311
 312         /**
 313          * Sets the value of the pos3 property.
 314          *
 315          * @param value
 316          *     allowed object is
 317          *     {@link BigInteger }
 318          *
 319          */
 320         public void setPos3(BigInteger value) {
 321             this.pos3 = value;
 322         }
 323
 324     }
 325
 326 }