src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlID;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  20 import javax.xml.bind.annotation.adapters.CollapsedStringAdapter;
  21 import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlJavaTypeAdapter;
  22 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  23
  24 /**
  25  * <p>
  26  * Java class for JalviewModel complex type.
  27  *
  28  * <p>
  29  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  30  * this class.
  31  *
  32  * <pre>
  33  * &lt;complexType name="JalviewModel">
  34  *   &lt;complexContent>
  35  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  36  *       &lt;sequence>
  37  *         &lt;element name="creationDate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}dateTime"/>
  38  *         &lt;element name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  39  *         &lt;element name="vamsasModel" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}VAMSAS"/>
  40  *         &lt;sequence>
  41  *           &lt;element name="JSeq" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  42  *             &lt;complexType>
  43  *               &lt;complexContent>
  44  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  45  *                   &lt;sequence>
  46  *                     &lt;element name="features" type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  47  *                     &lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  48  *                       &lt;complexType>
  49  *                         &lt;complexContent>
  50  *                           &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
  51  *                             &lt;sequence>
  52  *                               &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  53  *                                 &lt;complexType>
  54  *                                   &lt;simpleContent>
  55  *                                     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  56  *                                       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
  57  *                                       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  58  *                                       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  59  *                                       &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  60  *                                       &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  61  *                                       &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  62  *                                       &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  63  *                                     &lt;/extension>
  64  *                                   &lt;/simpleContent>
  65  *                                 &lt;/complexType>
  66  *                               &lt;/element>
  67  *                             &lt;/sequence>
  68  *                           &lt;/extension>
  69  *                         &lt;/complexContent>
  70  *                       &lt;/complexType>
  71  *                     &lt;/element>
  72  *                     &lt;element name="hiddenSequences" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  73  *                     &lt;element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  74  *                       &lt;complexType>
  75  *                         &lt;complexContent>
  76  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  77  *                             &lt;sequence>
  78  *                               &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
  79  *                                 &lt;complexType>
  80  *                                   &lt;complexContent>
  81  *                                     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  82  *                                       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  83  *                                       &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  84  *                                       &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  85  *                                       &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  86  *                                     &lt;/restriction>
  87  *                                   &lt;/complexContent>
  88  *                                 &lt;/complexType>
  89  *                               &lt;/element>
  90  *                             &lt;/sequence>
  91  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
  92  *                             &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
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  95  *                             &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
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  97  *                         &lt;/complexContent>
  98  *                       &lt;/complexType>
  99  *                     &lt;/element>
 100  *                   &lt;/sequence>
 101  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 102  *                   &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 103  *                   &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 104  *                   &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
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 108  *               &lt;/complexContent>
 109  *             &lt;/complexType>
 110  *           &lt;/element>
 111  *           &lt;element name="JGroup" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 112  *             &lt;complexType>
 113  *               &lt;complexContent>
 114  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 115  *                   &lt;sequence>
 116  *                     &lt;element name="seq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
 117  *                     &lt;element name="annotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
 118  *                   &lt;/sequence>
 119  *                   &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 120  *                   &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 121  *                   &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 122  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
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 124  *                   &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
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 127  *                   &lt;attribute name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 128  *                   &lt;attribute name="colourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
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 130  *                   &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 131  *                   &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 132  *                   &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 133  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 134  *                   &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 135  *                   &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 136  *                   &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 137  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 138  *                 &lt;/restriction>
 139  *               &lt;/complexContent>
 140  *             &lt;/complexType>
 141  *           &lt;/element>
 142  *           &lt;element name="Viewport" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 143  *             &lt;complexType>
 144  *               &lt;complexContent>
 145  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 146  *                   &lt;sequence>
 147  *                     &lt;element name="AnnotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
 148  *                     &lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 149  *                       &lt;complexType>
 150  *                         &lt;complexContent>
 151  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 152  *                             &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 153  *                             &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 154  *                           &lt;/restriction>
 155  *                         &lt;/complexContent>
 156  *                       &lt;/complexType>
 157  *                     &lt;/element>
 158  *                     &lt;element name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 159  *                       &lt;complexType>
 160  *                         &lt;complexContent>
 161  *                           &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
 162  *                             &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 163  *                             &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 164  *                             &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 165  *                           &lt;/extension>
 166  *                         &lt;/complexContent>
 167  *                       &lt;/complexType>
 168  *                     &lt;/element>
 169  *                     &lt;element name="overview" minOccurs="0">
 170  *                       &lt;complexType>
 171  *                         &lt;complexContent>
 172  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 173  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 174  *                             &lt;attribute name="showHidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 175  *                             &lt;attribute name="residueColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 176  *                             &lt;attribute name="gapColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 177  *                             &lt;attribute name="hiddenColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 178  *                             &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 179  *                           &lt;/restriction>
 180  *                         &lt;/complexContent>
 181  *                       &lt;/complexType>
 182  *                     &lt;/element>
 183  *                   &lt;/sequence>
 184  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 185  *                   &lt;attribute name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 186  *                   &lt;attribute name="pidSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 187  *                   &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 188  *                   &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 189  *                   &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 190  *                   &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
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 193  *                   &lt;attribute name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 194  *                   &lt;attribute name="showColourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 195  *                   &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 196  *                   &lt;attribute name="showBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
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 198  *                   &lt;attribute name="renderGaps" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 199  *                   &lt;attribute name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
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 203  *                   &lt;attribute name="followSelection" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 204  *                   &lt;attribute name="showAnnotation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 205  *                   &lt;attribute name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 206  *                   &lt;attribute name="showGroupConservation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 207  *                   &lt;attribute name="showGroupConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 208  *                   &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 209  *                   &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 210  *                   &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 211  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 212  *                   &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 213  *                   &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 214  *                   &lt;attribute name="charWidth" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
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 216  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
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 218  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 219  *                   &lt;attribute name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 220  *                   &lt;attribute name="viewName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 221  *                   &lt;attribute name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 222  *                   &lt;attribute name="gatheredViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 223  *                   &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 224  *                   &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
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 226  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
 227  *                   &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 228  *                   &lt;attribute name="showComplementFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 229  *                   &lt;attribute name="showComplementFeaturesOnTop" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 230  *                 &lt;/restriction>
 231  *               &lt;/complexContent>
 232  *             &lt;/complexType>
 233  *           &lt;/element>
 234  *           &lt;element name="UserColours" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 235  *             &lt;complexType>
 236  *               &lt;complexContent>
 237  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 238  *                   &lt;sequence>
 239  *                     &lt;element name="UserColourScheme" type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
 240  *                   &lt;/sequence>
 241  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 242  *                 &lt;/restriction>
 243  *               &lt;/complexContent>
 244  *             &lt;/complexType>
 245  *           &lt;/element>
 246  *           &lt;element name="tree" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 247  *             &lt;complexType>
 248  *               &lt;complexContent>
 249  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 250  *                   &lt;sequence minOccurs="0">
 251  *                     &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
 252  *                     &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
 253  *                   &lt;/sequence>
 254  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 255  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 256  *                   &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 257  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 258  *                   &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 259  *                   &lt;attribute name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 260  *                   &lt;attribute name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 261  *                   &lt;attribute name="markUnlinked" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 262  *                   &lt;attribute name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 263  *                   &lt;attribute name="currentTree" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 264  *                   &lt;attribute name="columnWise" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 265  *                   &lt;attribute name="columnReference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 266  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
 267  *                   &lt;attribute name="linkToAllViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 268  *                 &lt;/restriction>
 269  *               &lt;/complexContent>
 270  *             &lt;/complexType>
 271  *           &lt;/element>
 272  *           &lt;element name="PcaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 273  *             &lt;complexType>
 274  *               &lt;complexContent>
 275  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 276  *                   &lt;sequence>
 277  *                     &lt;element name="sequencePoint" maxOccurs="unbounded">
 278  *                       &lt;complexType>
 279  *                         &lt;complexContent>
 280  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 281  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
 282  *                             &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 283  *                           &lt;/restriction>
 284  *                         &lt;/complexContent>
 285  *                       &lt;/complexType>
 286  *                     &lt;/element>
 287  *                     &lt;element name="axis" maxOccurs="3" minOccurs="3">
 288  *                       &lt;complexType>
 289  *                         &lt;complexContent>
 290  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 291  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
 292  *                           &lt;/restriction>
 293  *                         &lt;/complexContent>
 294  *                       &lt;/complexType>
 295  *                     &lt;/element>
 296  *                     &lt;element name="seqPointMin">
 297  *                       &lt;complexType>
 298  *                         &lt;complexContent>
 299  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 300  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
 301  *                           &lt;/restriction>
 302  *                         &lt;/complexContent>
 303  *                       &lt;/complexType>
 304  *                     &lt;/element>
 305  *                     &lt;element name="seqPointMax">
 306  *                       &lt;complexType>
 307  *                         &lt;complexContent>
 308  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 309  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
 310  *                           &lt;/restriction>
 311  *                         &lt;/complexContent>
 312  *                       &lt;/complexType>
 313  *                     &lt;/element>
 314  *                     &lt;element name="pcaData" type="{www.jalview.org}PcaDataType"/>
 315  *                   &lt;/sequence>
 316  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
 317  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 318  *                   &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 319  *                   &lt;attribute name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 320  *                   &lt;attribute name="xDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 321  *                   &lt;attribute name="yDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 322  *                   &lt;attribute name="zDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 323  *                   &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 324  *                   &lt;attribute name="scaleFactor" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 325  *                   &lt;attribute name="showLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 326  *                   &lt;attribute name="linkToAllViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 327  *                 &lt;/restriction>
 328  *               &lt;/complexContent>
 329  *             &lt;/complexType>
 330  *           &lt;/element>
 331  *           &lt;element name="FeatureSettings" minOccurs="0">
 332  *             &lt;complexType>
 333  *               &lt;complexContent>
 334  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 335  *                   &lt;sequence>
 336  *                     &lt;element name="setting" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 337  *                       &lt;complexType>
 338  *                         &lt;complexContent>
 339  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 340  *                             &lt;sequence>
 341  *                               &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 342  *                               &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 343  *                             &lt;/sequence>
 344  *                             &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 345  *                             &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 346  *                             &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 347  *                             &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 348  *                             &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 349  *                             &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 350  *                             &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 351  *                             &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 352  *                             &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 353  *                             &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 354  *                             &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 355  *                             &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 356  *                           &lt;/restriction>
 357  *                         &lt;/complexContent>
 358  *                       &lt;/complexType>
 359  *                     &lt;/element>
 360  *                     &lt;element name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 361  *                       &lt;complexType>
 362  *                         &lt;complexContent>
 363  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 364  *                             &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 365  *                             &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 366  *                           &lt;/restriction>
 367  *                         &lt;/complexContent>
 368  *                       &lt;/complexType>
 369  *                     &lt;/element>
 370  *                   &lt;/sequence>
 371  *                 &lt;/restriction>
 372  *               &lt;/complexContent>
 373  *             &lt;/complexType>
 374  *           &lt;/element>
 375  *         &lt;/sequence>
 376  *       &lt;/sequence>
 377  *     &lt;/restriction>
 378  *   &lt;/complexContent>
 379  * &lt;/complexType>
 380  * </pre>
 381  *
 382  *
 383  */
 384 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 385 @XmlType(
 386   name = "JalviewModel",
 387   namespace = "www.jalview.org",
 388   propOrder =
 389   { "creationDate", "version", "vamsasModel", "jSeq", "jGroup", "viewport",
 390       "userColours", "tree", "pcaViewer", "featureSettings" })
 391 public class JalviewModel
 392 {
 393
 394   @XmlElement(required = true)
 395   @XmlSchemaType(name = "dateTime")
 396   protected XMLGregorianCalendar creationDate;
 397
 398   @XmlElement(required = true)
 399   protected String version;
 400
 401   @XmlElement(required = true)
 402   protected VAMSAS vamsasModel;
 403
 404   @XmlElement(name = "JSeq")
 405   protected List<JalviewModel.JSeq> jSeq;
 406
 407   @XmlElement(name = "JGroup")
 408   protected List<JalviewModel.JGroup> jGroup;
 409
 410   @XmlElement(name = "Viewport")
 411   protected List<JalviewModel.Viewport> viewport;
 412
 413   @XmlElement(name = "UserColours")
 414   protected List<JalviewModel.UserColours> userColours;
 415
 416   protected List<JalviewModel.Tree> tree;
 417
 418   @XmlElement(name = "PcaViewer")
 419   protected List<JalviewModel.PcaViewer> pcaViewer;
 420
 421   @XmlElement(name = "FeatureSettings")
 422   protected JalviewModel.FeatureSettings featureSettings;
 423
 424   /**
 425    * Gets the value of the creationDate property.
 426    *
 427    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
 428    *
 429    */
 430   public XMLGregorianCalendar getCreationDate()
 431   {
 432     return creationDate;
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Sets the value of the creationDate property.
 437    *
 438    * @param value
 439    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
 440    *
 441    */
 442   public void setCreationDate(XMLGregorianCalendar value)
 443   {
 444     this.creationDate = value;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Gets the value of the version property.
 449    *
 450    * @return possible object is {@link String }
 451    *
 452    */
 453   public String getVersion()
 454   {
 455     return version;
 456   }
 457
 458   /**
 459    * Sets the value of the version property.
 460    *
 461    * @param value
 462    *          allowed object is {@link String }
 463    *
 464    */
 465   public void setVersion(String value)
 466   {
 467     this.version = value;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Gets the value of the vamsasModel property.
 472    *
 473    * @return possible object is {@link VAMSAS }
 474    *
 475    */
 476   public VAMSAS getVamsasModel()
 477   {
 478     return vamsasModel;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Sets the value of the vamsasModel property.
 483    *
 484    * @param value
 485    *          allowed object is {@link VAMSAS }
 486    *
 487    */
 488   public void setVamsasModel(VAMSAS value)
 489   {
 490     this.vamsasModel = value;
 491   }
 492
 493   /**
 494    * Gets the value of the jSeq property.
 495    *
 496    * <p>
 497    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 498    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 499    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 500    * for the jSeq property.
 501    *
 502    * <p>
 503    * For example, to add a new item, do as follows:
 504    *
 505    * <pre>
 506    * getJSeq().add(newItem);
 507    * </pre>
 508    *
 509    *
 510    * <p>
 511    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 512    * {@link JalviewModel.JSeq }
 513    *
 514    *
 515    */
 516   public List<JalviewModel.JSeq> getJSeq()
 517   {
 518     if (jSeq == null)
 519     {
 520       jSeq = new ArrayList<JalviewModel.JSeq>();
 521     }
 522     return this.jSeq;
 523   }
 524
 525   /**
 526    * Gets the value of the jGroup property.
 527    *
 528    * <p>
 529    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 530    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 531    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 532    * for the jGroup property.
 533    *
 534    * <p>
 535    * For example, to add a new item, do as follows:
 536    *
 537    * <pre>
 538    * getJGroup().add(newItem);
 539    * </pre>
 540    *
 541    *
 542    * <p>
 543    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 544    * {@link JalviewModel.JGroup }
 545    *
 546    *
 547    */
 548   public List<JalviewModel.JGroup> getJGroup()
 549   {
 550     if (jGroup == null)
 551     {
 552       jGroup = new ArrayList<JalviewModel.JGroup>();
 553     }
 554     return this.jGroup;
 555   }
 556
 557   /**
 558    * Gets the value of the viewport property.
 559    *
 560    * <p>
 561    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 562    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 563    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 564    * for the viewport property.
 565    *
 566    * <p>
 567    * For example, to add a new item, do as follows:
 568    *
 569    * <pre>
 570    * getViewport().add(newItem);
 571    * </pre>
 572    *
 573    *
 574    * <p>
 575    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 576    * {@link JalviewModel.Viewport }
 577    *
 578    *
 579    */
 580   public List<JalviewModel.Viewport> getViewport()
 581   {
 582     if (viewport == null)
 583     {
 584       viewport = new ArrayList<JalviewModel.Viewport>();
 585     }
 586     return this.viewport;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * Gets the value of the userColours property.
 591    *
 592    * <p>
 593    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 594    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 595    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 596    * for the userColours property.
 597    *
 598    * <p>
 599    * For example, to add a new item, do as follows:
 600    *
 601    * <pre>
 602    * getUserColours().add(newItem);
 603    * </pre>
 604    *
 605    *
 606    * <p>
 607    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 608    * {@link JalviewModel.UserColours }
 609    *
 610    *
 611    */
 612   public List<JalviewModel.UserColours> getUserColours()
 613   {
 614     if (userColours == null)
 615     {
 616       userColours = new ArrayList<JalviewModel.UserColours>();
 617     }
 618     return this.userColours;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Gets the value of the tree property.
 623    *
 624    * <p>
 625    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 626    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 627    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 628    * for the tree property.
 629    *
 630    * <p>
 631    * For example, to add a new item, do as follows:
 632    *
 633    * <pre>
 634    * getTree().add(newItem);
 635    * </pre>
 636    *
 637    *
 638    * <p>
 639    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 640    * {@link JalviewModel.Tree }
 641    *
 642    *
 643    */
 644   public List<JalviewModel.Tree> getTree()
 645   {
 646     if (tree == null)
 647     {
 648       tree = new ArrayList<JalviewModel.Tree>();
 649     }
 650     return this.tree;
 651   }
 652
 653   /**
 654    * Gets the value of the pcaViewer property.
 655    *
 656    * <p>
 657    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 658    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 659    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 660    * for the pcaViewer property.
 661    *
 662    * <p>
 663    * For example, to add a new item, do as follows:
 664    *
 665    * <pre>
 666    * getPcaViewer().add(newItem);
 667    * </pre>
 668    *
 669    *
 670    * <p>
 671    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 672    * {@link JalviewModel.PcaViewer }
 673    *
 674    *
 675    */
 676   public List<JalviewModel.PcaViewer> getPcaViewer()
 677   {
 678     if (pcaViewer == null)
 679     {
 680       pcaViewer = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer>();
 681     }
 682     return this.pcaViewer;
 683   }
 684
 685   /**
 686    * Gets the value of the featureSettings property.
 687    *
 688    * @return possible object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
 689    *
 690    */
 691   public JalviewModel.FeatureSettings getFeatureSettings()
 692   {
 693     return featureSettings;
 694   }
 695
 696   /**
 697    * Sets the value of the featureSettings property.
 698    *
 699    * @param value
 700    *          allowed object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
 701    *
 702    */
 703   public void setFeatureSettings(JalviewModel.FeatureSettings value)
 704   {
 705     this.featureSettings = value;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * <p>
 710    * Java class for anonymous complex type.
 711    *
 712    * <p>
 713    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 714    * within this class.
 715    *
 716    * <pre>
 717    * &lt;complexType>
 718    *   &lt;complexContent>
 719    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 720    *       &lt;sequence>
 721    *         &lt;element name="setting" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 722    *           &lt;complexType>
 723    *             &lt;complexContent>
 724    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 725    *                 &lt;sequence>
 726    *                   &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 727    *                   &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 728    *                 &lt;/sequence>
 729    *                 &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 730    *                 &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 731    *                 &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 732    *                 &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 733    *                 &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 734    *                 &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 735    *                 &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 736    *                 &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 737    *                 &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 738    *                 &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 739    *                 &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 740    *                 &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 741    *               &lt;/restriction>
 742    *             &lt;/complexContent>
 743    *           &lt;/complexType>
 744    *         &lt;/element>
 745    *         &lt;element name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 746    *           &lt;complexType>
 747    *             &lt;complexContent>
 748    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 749    *                 &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 750    *                 &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 751    *               &lt;/restriction>
 752    *             &lt;/complexContent>
 753    *           &lt;/complexType>
 754    *         &lt;/element>
 755    *       &lt;/sequence>
 756    *     &lt;/restriction>
 757    *   &lt;/complexContent>
 758    * &lt;/complexType>
 759    * </pre>
 760    *
 761    *
 762    */
 763   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 764   @XmlType(name = "", propOrder = { "setting", "group" })
 765   public static class FeatureSettings
 766   {
 767
 768     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 769     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> setting;
 770
 771     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 772     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> group;
 773
 774     /**
 775      * Gets the value of the setting property.
 776      *
 777      * <p>
 778      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 779      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 780      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 781      * <CODE>set</CODE> method for the setting property.
 782      *
 783      * <p>
 784      * For example, to add a new item, do as follows:
 785      *
 786      * <pre>
 787      * getSetting().add(newItem);
 788      * </pre>
 789      *
 790      *
 791      * <p>
 792      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 793      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
 794      *
 795      *
 796      */
 797     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> getSetting()
 798     {
 799       if (setting == null)
 800       {
 801         setting = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Setting>();
 802       }
 803       return this.setting;
 804     }
 805
 806     /**
 807      * Gets the value of the group property.
 808      *
 809      * <p>
 810      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 811      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 812      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 813      * <CODE>set</CODE> method for the group property.
 814      *
 815      * <p>
 816      * For example, to add a new item, do as follows:
 817      *
 818      * <pre>
 819      * getGroup().add(newItem);
 820      * </pre>
 821      *
 822      *
 823      * <p>
 824      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 825      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
 826      *
 827      *
 828      */
 829     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> getGroup()
 830     {
 831       if (group == null)
 832       {
 833         group = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Group>();
 834       }
 835       return this.group;
 836     }
 837
 838     /**
 839      * <p>
 840      * Java class for anonymous complex type.
 841      *
 842      * <p>
 843      * The following schema fragment specifies the expected content contained
 844      * within this class.
 845      *
 846      * <pre>
 847      * &lt;complexType>
 848      *   &lt;complexContent>
 849      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 850      *       &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 851      *       &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 852      *     &lt;/restriction>
 853      *   &lt;/complexContent>
 854      * &lt;/complexType>
 855      * </pre>
 856      *
 857      *
 858      */
 859     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 860     @XmlType(name = "")
 861     public static class Group
 862     {
 863
 864       @XmlAttribute(name = "name", required = true)
 865       protected String name;
 866
 867       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
 868       protected boolean display;
 869
 870       /**
 871        * Gets the value of the name property.
 872        *
 873        * @return possible object is {@link String }
 874        *
 875        */
 876       public String getName()
 877       {
 878         return name;
 879       }
 880
 881       /**
 882        * Sets the value of the name property.
 883        *
 884        * @param value
 885        *          allowed object is {@link String }
 886        *
 887        */
 888       public void setName(String value)
 889       {
 890         this.name = value;
 891       }
 892
 893       /**
 894        * Gets the value of the display property.
 895        *
 896        */
 897       public boolean isDisplay()
 898       {
 899         return display;
 900       }
 901
 902       /**
 903        * Sets the value of the display property.
 904        *
 905        */
 906       public void setDisplay(boolean value)
 907       {
 908         this.display = value;
 909       }
 910
 911     }
 912
 913     /**
 914      * <p>
 915      * Java class for anonymous complex type.
 916      *
 917      * <p>
 918      * The following schema fragment specifies the expected content contained
 919      * within this class.
 920      *
 921      * <pre>
 922      * &lt;complexType>
 923      *   &lt;complexContent>
 924      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 925      *       &lt;sequence>
 926      *         &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 927      *         &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 928      *       &lt;/sequence>
 929      *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 930      *       &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 931      *       &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 932      *       &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 933      *       &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 934      *       &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 935      *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 936      *       &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 937      *       &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 938      *       &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 939      *       &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 940      *       &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 941      *     &lt;/restriction>
 942      *   &lt;/complexContent>
 943      * &lt;/complexType>
 944      * </pre>
 945      *
 946      *
 947      */
 948     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 949     @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName", "matcherSet" })
 950     public static class Setting
 951     {
 952
 953       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 954       protected List<String> attributeName;
 955
 956       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 957       protected FeatureMatcherSet matcherSet;
 958
 959       @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 960       protected String type;
 961
 962       @XmlAttribute(name = "colour", required = true)
 963       protected int colour;
 964
 965       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
 966       protected boolean display;
 967
 968       @XmlAttribute(name = "order")
 969       protected Float order;
 970
 971       @XmlAttribute(name = "mincolour")
 972       protected Integer mincolour;
 973
 974       @XmlAttribute(name = "noValueColour")
 975       protected NoValueColour noValueColour;
 976
 977       @XmlAttribute(name = "threshold")
 978       protected Float threshold;
 979
 980       @XmlAttribute(name = "threshstate")
 981       protected Integer threshstate;
 982
 983       @XmlAttribute(name = "max")
 984       protected Float max;
 985
 986       @XmlAttribute(name = "min")
 987       protected Float min;
 988
 989       @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
 990       protected Boolean colourByLabel;
 991
 992       @XmlAttribute(name = "autoScale")
 993       protected Boolean autoScale;
 994
 995       /**
 996        * Gets the value of the attributeName property.
 997        *
 998        * <p>
 999        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1000        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1001        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1002        * <CODE>set</CODE> method for the attributeName property.
1003        *
1004        * <p>
1005        * For example, to add a new item, do as follows:
1006        *
1007        * <pre>
1008        * getAttributeName().add(newItem);
1009        * </pre>
1010        *
1011        *
1012        * <p>
1013        * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String
1014        * }
1015        *
1016        *
1017        */
1018       public List<String> getAttributeName()
1019       {
1020         if (attributeName == null)
1021         {
1022           attributeName = new ArrayList<String>();
1023         }
1024         return this.attributeName;
1025       }
1026
1027       /**
1028        * Gets the value of the matcherSet property.
1029        *
1030        * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
1031        *
1032        */
1033       public FeatureMatcherSet getMatcherSet()
1034       {
1035         return matcherSet;
1036       }
1037
1038       /**
1039        * Sets the value of the matcherSet property.
1040        *
1041        * @param value
1042        *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
1043        *
1044        */
1045       public void setMatcherSet(FeatureMatcherSet value)
1046       {
1047         this.matcherSet = value;
1048       }
1049
1050       /**
1051        * Gets the value of the type property.
1052        *
1053        * @return possible object is {@link String }
1054        *
1055        */
1056       public String getType()
1057       {
1058         return type;
1059       }
1060
1061       /**
1062        * Sets the value of the type property.
1063        *
1064        * @param value
1065        *          allowed object is {@link String }
1066        *
1067        */
1068       public void setType(String value)
1069       {
1070         this.type = value;
1071       }
1072
1073       /**
1074        * Gets the value of the colour property.
1075        *
1076        */
1077       public int getColour()
1078       {
1079         return colour;
1080       }
1081
1082       /**
1083        * Sets the value of the colour property.
1084        *
1085        */
1086       public void setColour(int value)
1087       {
1088         this.colour = value;
1089       }
1090
1091       /**
1092        * Gets the value of the display property.
1093        *
1094        */
1095       public boolean isDisplay()
1096       {
1097         return display;
1098       }
1099
1100       /**
1101        * Sets the value of the display property.
1102        *
1103        */
1104       public void setDisplay(boolean value)
1105       {
1106         this.display = value;
1107       }
1108
1109       /**
1110        * Gets the value of the order property.
1111        *
1112        * @return possible object is {@link Float }
1113        *
1114        */
1115       public Float getOrder()
1116       {
1117         return order;
1118       }
1119
1120       /**
1121        * Sets the value of the order property.
1122        *
1123        * @param value
1124        *          allowed object is {@link Float }
1125        *
1126        */
1127       public void setOrder(Float value)
1128       {
1129         this.order = value;
1130       }
1131
1132       /**
1133        * Gets the value of the mincolour property.
1134        *
1135        * @return possible object is {@link Integer }
1136        *
1137        */
1138       public Integer getMincolour()
1139       {
1140         return mincolour;
1141       }
1142
1143       /**
1144        * Sets the value of the mincolour property.
1145        *
1146        * @param value
1147        *          allowed object is {@link Integer }
1148        *
1149        */
1150       public void setMincolour(Integer value)
1151       {
1152         this.mincolour = value;
1153       }
1154
1155       /**
1156        * Gets the value of the noValueColour property.
1157        *
1158        * @return possible object is {@link NoValueColour }
1159        *
1160        */
1161       public NoValueColour getNoValueColour()
1162       {
1163         if (noValueColour == null)
1164         {
1165           return NoValueColour.MIN;
1166         }
1167         else
1168         {
1169           return noValueColour;
1170         }
1171       }
1172
1173       /**
1174        * Sets the value of the noValueColour property.
1175        *
1176        * @param value
1177        *          allowed object is {@link NoValueColour }
1178        *
1179        */
1180       public void setNoValueColour(NoValueColour value)
1181       {
1182         this.noValueColour = value;
1183       }
1184
1185       /**
1186        * Gets the value of the threshold property.
1187        *
1188        * @return possible object is {@link Float }
1189        *
1190        */
1191       public Float getThreshold()
1192       {
1193         return threshold;
1194       }
1195
1196       /**
1197        * Sets the value of the threshold property.
1198        *
1199        * @param value
1200        *          allowed object is {@link Float }
1201        *
1202        */
1203       public void setThreshold(Float value)
1204       {
1205         this.threshold = value;
1206       }
1207
1208       /**
1209        * Gets the value of the threshstate property.
1210        *
1211        * @return possible object is {@link Integer }
1212        *
1213        */
1214       public Integer getThreshstate()
1215       {
1216         return threshstate;
1217       }
1218
1219       /**
1220        * Sets the value of the threshstate property.
1221        *
1222        * @param value
1223        *          allowed object is {@link Integer }
1224        *
1225        */
1226       public void setThreshstate(Integer value)
1227       {
1228         this.threshstate = value;
1229       }
1230
1231       /**
1232        * Gets the value of the max property.
1233        *
1234        * @return possible object is {@link Float }
1235        *
1236        */
1237       public Float getMax()
1238       {
1239         return max;
1240       }
1241
1242       /**
1243        * Sets the value of the max property.
1244        *
1245        * @param value
1246        *          allowed object is {@link Float }
1247        *
1248        */
1249       public void setMax(Float value)
1250       {
1251         this.max = value;
1252       }
1253
1254       /**
1255        * Gets the value of the min property.
1256        *
1257        * @return possible object is {@link Float }
1258        *
1259        */
1260       public Float getMin()
1261       {
1262         return min;
1263       }
1264
1265       /**
1266        * Sets the value of the min property.
1267        *
1268        * @param value
1269        *          allowed object is {@link Float }
1270        *
1271        */
1272       public void setMin(Float value)
1273       {
1274         this.min = value;
1275       }
1276
1277       /**
1278        * Gets the value of the colourByLabel property.
1279        *
1280        * @return possible object is {@link Boolean }
1281        *
1282        */
1283       public Boolean isColourByLabel()
1284       {
1285         return colourByLabel;
1286       }
1287
1288       /**
1289        * Sets the value of the colourByLabel property.
1290        *
1291        * @param value
1292        *          allowed object is {@link Boolean }
1293        *
1294        */
1295       public void setColourByLabel(Boolean value)
1296       {
1297         this.colourByLabel = value;
1298       }
1299
1300       /**
1301        * Gets the value of the autoScale property.
1302        *
1303        * @return possible object is {@link Boolean }
1304        *
1305        */
1306       public Boolean isAutoScale()
1307       {
1308         return autoScale;
1309       }
1310
1311       /**
1312        * Sets the value of the autoScale property.
1313        *
1314        * @param value
1315        *          allowed object is {@link Boolean }
1316        *
1317        */
1318       public void setAutoScale(Boolean value)
1319       {
1320         this.autoScale = value;
1321       }
1322
1323     }
1324
1325   }
1326
1327   /**
1328    * <p>
1329    * Java class for anonymous complex type.
1330    *
1331    * <p>
1332    * The following schema fragment specifies the expected content contained
1333    * within this class.
1334    *
1335    * <pre>
1336    * &lt;complexType>
1337    *   &lt;complexContent>
1338    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1339    *       &lt;sequence>
1340    *         &lt;element name="seq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
1341    *         &lt;element name="annotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
1342    *       &lt;/sequence>
1343    *       &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1344    *       &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1345    *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1346    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1347    *       &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1348    *       &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1349    *       &lt;attribute name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1350    *       &lt;attribute name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1351    *       &lt;attribute name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1352    *       &lt;attribute name="colourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1353    *       &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1354    *       &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1355    *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1356    *       &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1357    *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1358    *       &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1359    *       &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1360    *       &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1361    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1362    *     &lt;/restriction>
1363    *   &lt;/complexContent>
1364    * &lt;/complexType>
1365    * </pre>
1366    *
1367    *
1368    */
1369   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1370   @XmlType(name = "", propOrder = { "seq", "annotationColours" })
1371   public static class JGroup
1372   {
1373
1374     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
1375     protected List<String> seq;
1376
1377     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1378     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
1379
1380     @XmlAttribute(name = "start")
1381     protected Integer start;
1382
1383     @XmlAttribute(name = "end")
1384     protected Integer end;
1385
1386     @XmlAttribute(name = "name")
1387     protected String name;
1388
1389     @XmlAttribute(name = "colour")
1390     protected String colour;
1391
1392     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
1393     protected Integer consThreshold;
1394
1395     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
1396     protected Integer pidThreshold;
1397
1398     @XmlAttribute(name = "outlineColour")
1399     protected Integer outlineColour;
1400
1401     @XmlAttribute(name = "displayBoxes")
1402     protected Boolean displayBoxes;
1403
1404     @XmlAttribute(name = "displayText")
1405     protected Boolean displayText;
1406
1407     @XmlAttribute(name = "colourText")
1408     protected Boolean colourText;
1409
1410     @XmlAttribute(name = "textCol1")
1411     protected Integer textCol1;
1412
1413     @XmlAttribute(name = "textCol2")
1414     protected Integer textCol2;
1415
1416     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
1417     protected Integer textColThreshold;
1418
1419     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
1420     protected Boolean showUnconserved;
1421
1422     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
1423     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
1424
1425     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
1426     protected Boolean showConsensusHistogram;
1427
1428     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
1429     protected Boolean showSequenceLogo;
1430
1431     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
1432     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
1433
1434     @XmlAttribute(name = "id")
1435     protected String id;
1436
1437     /**
1438      * Gets the value of the seq property.
1439      *
1440      * <p>
1441      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1442      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1443      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1444      * <CODE>set</CODE> method for the seq property.
1445      *
1446      * <p>
1447      * For example, to add a new item, do as follows:
1448      *
1449      * <pre>
1450      * getSeq().add(newItem);
1451      * </pre>
1452      *
1453      *
1454      * <p>
1455      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
1456      *
1457      *
1458      */
1459     public List<String> getSeq()
1460     {
1461       if (seq == null)
1462       {
1463         seq = new ArrayList<String>();
1464       }
1465       return this.seq;
1466     }
1467
1468     /**
1469      * Gets the value of the annotationColours property.
1470      *
1471      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
1472      *
1473      */
1474     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
1475     {
1476       return annotationColours;
1477     }
1478
1479     /**
1480      * Sets the value of the annotationColours property.
1481      *
1482      * @param value
1483      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
1484      *
1485      */
1486     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
1487     {
1488       this.annotationColours = value;
1489     }
1490
1491     /**
1492      * Gets the value of the start property.
1493      *
1494      * @return possible object is {@link Integer }
1495      *
1496      */
1497     public Integer getStart()
1498     {
1499       return start;
1500     }
1501
1502     /**
1503      * Sets the value of the start property.
1504      *
1505      * @param value
1506      *          allowed object is {@link Integer }
1507      *
1508      */
1509     public void setStart(Integer value)
1510     {
1511       this.start = value;
1512     }
1513
1514     /**
1515      * Gets the value of the end property.
1516      *
1517      * @return possible object is {@link Integer }
1518      *
1519      */
1520     public Integer getEnd()
1521     {
1522       return end;
1523     }
1524
1525     /**
1526      * Sets the value of the end property.
1527      *
1528      * @param value
1529      *          allowed object is {@link Integer }
1530      *
1531      */
1532     public void setEnd(Integer value)
1533     {
1534       this.end = value;
1535     }
1536
1537     /**
1538      * Gets the value of the name property.
1539      *
1540      * @return possible object is {@link String }
1541      *
1542      */
1543     public String getName()
1544     {
1545       return name;
1546     }
1547
1548     /**
1549      * Sets the value of the name property.
1550      *
1551      * @param value
1552      *          allowed object is {@link String }
1553      *
1554      */
1555     public void setName(String value)
1556     {
1557       this.name = value;
1558     }
1559
1560     /**
1561      * Gets the value of the colour property.
1562      *
1563      * @return possible object is {@link String }
1564      *
1565      */
1566     public String getColour()
1567     {
1568       return colour;
1569     }
1570
1571     /**
1572      * Sets the value of the colour property.
1573      *
1574      * @param value
1575      *          allowed object is {@link String }
1576      *
1577      */
1578     public void setColour(String value)
1579     {
1580       this.colour = value;
1581     }
1582
1583     /**
1584      * Gets the value of the consThreshold property.
1585      *
1586      * @return possible object is {@link Integer }
1587      *
1588      */
1589     public Integer getConsThreshold()
1590     {
1591       return consThreshold;
1592     }
1593
1594     /**
1595      * Sets the value of the consThreshold property.
1596      *
1597      * @param value
1598      *          allowed object is {@link Integer }
1599      *
1600      */
1601     public void setConsThreshold(Integer value)
1602     {
1603       this.consThreshold = value;
1604     }
1605
1606     /**
1607      * Gets the value of the pidThreshold property.
1608      *
1609      * @return possible object is {@link Integer }
1610      *
1611      */
1612     public Integer getPidThreshold()
1613     {
1614       return pidThreshold;
1615     }
1616
1617     /**
1618      * Sets the value of the pidThreshold property.
1619      *
1620      * @param value
1621      *          allowed object is {@link Integer }
1622      *
1623      */
1624     public void setPidThreshold(Integer value)
1625     {
1626       this.pidThreshold = value;
1627     }
1628
1629     /**
1630      * Gets the value of the outlineColour property.
1631      *
1632      * @return possible object is {@link Integer }
1633      *
1634      */
1635     public Integer getOutlineColour()
1636     {
1637       return outlineColour;
1638     }
1639
1640     /**
1641      * Sets the value of the outlineColour property.
1642      *
1643      * @param value
1644      *          allowed object is {@link Integer }
1645      *
1646      */
1647     public void setOutlineColour(Integer value)
1648     {
1649       this.outlineColour = value;
1650     }
1651
1652     /**
1653      * Gets the value of the displayBoxes property.
1654      *
1655      * @return possible object is {@link Boolean }
1656      *
1657      */
1658     public Boolean isDisplayBoxes()
1659     {
1660       return displayBoxes;
1661     }
1662
1663     /**
1664      * Sets the value of the displayBoxes property.
1665      *
1666      * @param value
1667      *          allowed object is {@link Boolean }
1668      *
1669      */
1670     public void setDisplayBoxes(Boolean value)
1671     {
1672       this.displayBoxes = value;
1673     }
1674
1675     /**
1676      * Gets the value of the displayText property.
1677      *
1678      * @return possible object is {@link Boolean }
1679      *
1680      */
1681     public Boolean isDisplayText()
1682     {
1683       return displayText;
1684     }
1685
1686     /**
1687      * Sets the value of the displayText property.
1688      *
1689      * @param value
1690      *          allowed object is {@link Boolean }
1691      *
1692      */
1693     public void setDisplayText(Boolean value)
1694     {
1695       this.displayText = value;
1696     }
1697
1698     /**
1699      * Gets the value of the colourText property.
1700      *
1701      * @return possible object is {@link Boolean }
1702      *
1703      */
1704     public Boolean isColourText()
1705     {
1706       return colourText;
1707     }
1708
1709     /**
1710      * Sets the value of the colourText property.
1711      *
1712      * @param value
1713      *          allowed object is {@link Boolean }
1714      *
1715      */
1716     public void setColourText(Boolean value)
1717     {
1718       this.colourText = value;
1719     }
1720
1721     /**
1722      * Gets the value of the textCol1 property.
1723      *
1724      * @return possible object is {@link Integer }
1725      *
1726      */
1727     public Integer getTextCol1()
1728     {
1729       return textCol1;
1730     }
1731
1732     /**
1733      * Sets the value of the textCol1 property.
1734      *
1735      * @param value
1736      *          allowed object is {@link Integer }
1737      *
1738      */
1739     public void setTextCol1(Integer value)
1740     {
1741       this.textCol1 = value;
1742     }
1743
1744     /**
1745      * Gets the value of the textCol2 property.
1746      *
1747      * @return possible object is {@link Integer }
1748      *
1749      */
1750     public Integer getTextCol2()
1751     {
1752       return textCol2;
1753     }
1754
1755     /**
1756      * Sets the value of the textCol2 property.
1757      *
1758      * @param value
1759      *          allowed object is {@link Integer }
1760      *
1761      */
1762     public void setTextCol2(Integer value)
1763     {
1764       this.textCol2 = value;
1765     }
1766
1767     /**
1768      * Gets the value of the textColThreshold property.
1769      *
1770      * @return possible object is {@link Integer }
1771      *
1772      */
1773     public Integer getTextColThreshold()
1774     {
1775       return textColThreshold;
1776     }
1777
1778     /**
1779      * Sets the value of the textColThreshold property.
1780      *
1781      * @param value
1782      *          allowed object is {@link Integer }
1783      *
1784      */
1785     public void setTextColThreshold(Integer value)
1786     {
1787       this.textColThreshold = value;
1788     }
1789
1790     /**
1791      * Gets the value of the showUnconserved property.
1792      *
1793      * @return possible object is {@link Boolean }
1794      *
1795      */
1796     public Boolean isShowUnconserved()
1797     {
1798       return showUnconserved;
1799     }
1800
1801     /**
1802      * Sets the value of the showUnconserved property.
1803      *
1804      * @param value
1805      *          allowed object is {@link Boolean }
1806      *
1807      */
1808     public void setShowUnconserved(Boolean value)
1809     {
1810       this.showUnconserved = value;
1811     }
1812
1813     /**
1814      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1815      *
1816      * @return possible object is {@link Boolean }
1817      *
1818      */
1819     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1820     {
1821       if (ignoreGapsinConsensus == null)
1822       {
1823         return true;
1824       }
1825       else
1826       {
1827         return ignoreGapsinConsensus;
1828       }
1829     }
1830
1831     /**
1832      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1833      *
1834      * @param value
1835      *          allowed object is {@link Boolean }
1836      *
1837      */
1838     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
1839     {
1840       this.ignoreGapsinConsensus = value;
1841     }
1842
1843     /**
1844      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
1845      *
1846      * @return possible object is {@link Boolean }
1847      *
1848      */
1849     public boolean isShowConsensusHistogram()
1850     {
1851       if (showConsensusHistogram == null)
1852       {
1853         return true;
1854       }
1855       else
1856       {
1857         return showConsensusHistogram;
1858       }
1859     }
1860
1861     /**
1862      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
1863      *
1864      * @param value
1865      *          allowed object is {@link Boolean }
1866      *
1867      */
1868     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
1869     {
1870       this.showConsensusHistogram = value;
1871     }
1872
1873     /**
1874      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
1875      *
1876      * @return possible object is {@link Boolean }
1877      *
1878      */
1879     public boolean isShowSequenceLogo()
1880     {
1881       if (showSequenceLogo == null)
1882       {
1883         return false;
1884       }
1885       else
1886       {
1887         return showSequenceLogo;
1888       }
1889     }
1890
1891     /**
1892      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
1893      *
1894      * @param value
1895      *          allowed object is {@link Boolean }
1896      *
1897      */
1898     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
1899     {
1900       this.showSequenceLogo = value;
1901     }
1902
1903     /**
1904      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1905      *
1906      * @return possible object is {@link Boolean }
1907      *
1908      */
1909     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1910     {
1911       if (normaliseSequenceLogo == null)
1912       {
1913         return false;
1914       }
1915       else
1916       {
1917         return normaliseSequenceLogo;
1918       }
1919     }
1920
1921     /**
1922      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1923      *
1924      * @param value
1925      *          allowed object is {@link Boolean }
1926      *
1927      */
1928     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
1929     {
1930       this.normaliseSequenceLogo = value;
1931     }
1932
1933     /**
1934      * Gets the value of the id property.
1935      *
1936      * @return possible object is {@link String }
1937      *
1938      */
1939     public String getId()
1940     {
1941       return id;
1942     }
1943
1944     /**
1945      * Sets the value of the id property.
1946      *
1947      * @param value
1948      *          allowed object is {@link String }
1949      *
1950      */
1951     public void setId(String value)
1952     {
1953       this.id = value;
1954     }
1955
1956   }
1957
1958   /**
1959    * <p>
1960    * Java class for anonymous complex type.
1961    *
1962    * <p>
1963    * The following schema fragment specifies the expected content contained
1964    * within this class.
1965    *
1966    * <pre>
1967    * &lt;complexType>
1968    *   &lt;complexContent>
1969    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1970    *       &lt;sequence>
1971    *         &lt;element name="features" type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
1972    *         &lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1973    *           &lt;complexType>
1974    *             &lt;complexContent>
1975    *               &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
1976    *                 &lt;sequence>
1977    *                   &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1978    *                     &lt;complexType>
1979    *                       &lt;simpleContent>
1980    *                         &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
1981    *                           &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
1982    *                           &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1983    *                           &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1984    *                           &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
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1987    *                           &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1988    *                         &lt;/extension>
1989    *                       &lt;/simpleContent>
1990    *                     &lt;/complexType>
1991    *                   &lt;/element>
1992    *                 &lt;/sequence>
1993    *               &lt;/extension>
1994    *             &lt;/complexContent>
1995    *           &lt;/complexType>
1996    *         &lt;/element>
1997    *         &lt;element name="hiddenSequences" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
1998    *         &lt;element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1999    *           &lt;complexType>
2000    *             &lt;complexContent>
2001    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2002    *                 &lt;sequence>
2003    *                   &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
2004    *                     &lt;complexType>
2005    *                       &lt;complexContent>
2006    *                         &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2007    *                           &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2008    *                           &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
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2011    *                         &lt;/restriction>
2012    *                       &lt;/complexContent>
2013    *                     &lt;/complexType>
2014    *                   &lt;/element>
2015    *                 &lt;/sequence>
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2021    *               &lt;/restriction>
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2023    *           &lt;/complexType>
2024    *         &lt;/element>
2025    *       &lt;/sequence>
2026    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2027    *       &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2028    *       &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2029    *       &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2030    *       &lt;attribute name="hidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2031    *       &lt;attribute name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2032    *     &lt;/restriction>
2033    *   &lt;/complexContent>
2034    * &lt;/complexType>
2035    * </pre>
2036    *
2037    *
2038    */
2039   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2040   @XmlType(
2041     name = "",
2042     propOrder =
2043     { "features", "pdbids", "hiddenSequences", "rnaViewer" })
2044   public static class JSeq
2045   {
2046
2047     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2048     protected List<Feature> features;
2049
2050     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2051     protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> pdbids;
2052
2053     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", type = Integer.class)
2054     protected List<Integer> hiddenSequences;
2055
2056     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2057     protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> rnaViewer;
2058
2059     @XmlAttribute(name = "colour")
2060     protected Integer colour;
2061
2062     @XmlAttribute(name = "start", required = true)
2063     protected int start;
2064
2065     @XmlAttribute(name = "end", required = true)
2066     protected int end;
2067
2068     @XmlAttribute(name = "id", required = true)
2069     protected String id;
2070
2071     @XmlAttribute(name = "hidden")
2072     protected Boolean hidden;
2073
2074     @XmlAttribute(name = "viewreference")
2075     protected Boolean viewreference;
2076
2077     /**
2078      * Gets the value of the features property.
2079      *
2080      * <p>
2081      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2082      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2083      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2084      * <CODE>set</CODE> method for the features property.
2085      *
2086      * <p>
2087      * For example, to add a new item, do as follows:
2088      *
2089      * <pre>
2090      * getFeatures().add(newItem);
2091      * </pre>
2092      *
2093      *
2094      * <p>
2095      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Feature }
2096      *
2097      *
2098      */
2099     public List<Feature> getFeatures()
2100     {
2101       if (features == null)
2102       {
2103         features = new ArrayList<Feature>();
2104       }
2105       return this.features;
2106     }
2107
2108     /**
2109      * Gets the value of the pdbids property.
2110      *
2111      * <p>
2112      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2113      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2114      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2115      * <CODE>set</CODE> method for the pdbids property.
2116      *
2117      * <p>
2118      * For example, to add a new item, do as follows:
2119      *
2120      * <pre>
2121      * getPdbids().add(newItem);
2122      * </pre>
2123      *
2124      *
2125      * <p>
2126      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2127      * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
2128      *
2129      *
2130      */
2131     public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> getPdbids()
2132     {
2133       if (pdbids == null)
2134       {
2135         pdbids = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids>();
2136       }
2137       return this.pdbids;
2138     }
2139
2140     /**
2141      * Gets the value of the hiddenSequences property.
2142      *
2143      * <p>
2144      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2145      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2146      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2147      * <CODE>set</CODE> method for the hiddenSequences property.
2148      *
2149      * <p>
2150      * For example, to add a new item, do as follows:
2151      *
2152      * <pre>
2153      * getHiddenSequences().add(newItem);
2154      * </pre>
2155      *
2156      *
2157      * <p>
2158      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
2159      *
2160      *
2161      */
2162     public List<Integer> getHiddenSequences()
2163     {
2164       if (hiddenSequences == null)
2165       {
2166         hiddenSequences = new ArrayList<Integer>();
2167       }
2168       return this.hiddenSequences;
2169     }
2170
2171     /**
2172      * Gets the value of the rnaViewer property.
2173      *
2174      * <p>
2175      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2176      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2177      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2178      * <CODE>set</CODE> method for the rnaViewer property.
2179      *
2180      * <p>
2181      * For example, to add a new item, do as follows:
2182      *
2183      * <pre>
2184      * getRnaViewer().add(newItem);
2185      * </pre>
2186      *
2187      *
2188      * <p>
2189      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2190      * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
2191      *
2192      *
2193      */
2194     public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> getRnaViewer()
2195     {
2196       if (rnaViewer == null)
2197       {
2198         rnaViewer = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer>();
2199       }
2200       return this.rnaViewer;
2201     }
2202
2203     /**
2204      * Gets the value of the colour property.
2205      *
2206      * @return possible object is {@link Integer }
2207      *
2208      */
2209     public Integer getColour()
2210     {
2211       return colour;
2212     }
2213
2214     /**
2215      * Sets the value of the colour property.
2216      *
2217      * @param value
2218      *          allowed object is {@link Integer }
2219      *
2220      */
2221     public void setColour(Integer value)
2222     {
2223       this.colour = value;
2224     }
2225
2226     /**
2227      * Gets the value of the start property.
2228      *
2229      */
2230     public int getStart()
2231     {
2232       return start;
2233     }
2234
2235     /**
2236      * Sets the value of the start property.
2237      *
2238      */
2239     public void setStart(int value)
2240     {
2241       this.start = value;
2242     }
2243
2244     /**
2245      * Gets the value of the end property.
2246      *
2247      */
2248     public int getEnd()
2249     {
2250       return end;
2251     }
2252
2253     /**
2254      * Sets the value of the end property.
2255      *
2256      */
2257     public void setEnd(int value)
2258     {
2259       this.end = value;
2260     }
2261
2262     /**
2263      * Gets the value of the id property.
2264      *
2265      * @return possible object is {@link String }
2266      *
2267      */
2268     public String getId()
2269     {
2270       return id;
2271     }
2272
2273     /**
2274      * Sets the value of the id property.
2275      *
2276      * @param value
2277      *          allowed object is {@link String }
2278      *
2279      */
2280     public void setId(String value)
2281     {
2282       this.id = value;
2283     }
2284
2285     /**
2286      * Gets the value of the hidden property.
2287      *
2288      * @return possible object is {@link Boolean }
2289      *
2290      */
2291     public Boolean isHidden()
2292     {
2293       return hidden;
2294     }
2295
2296     /**
2297      * Sets the value of the hidden property.
2298      *
2299      * @param value
2300      *          allowed object is {@link Boolean }
2301      *
2302      */
2303     public void setHidden(Boolean value)
2304     {
2305       this.hidden = value;
2306     }
2307
2308     /**
2309      * Gets the value of the viewreference property.
2310      *
2311      * @return possible object is {@link Boolean }
2312      *
2313      */
2314     public Boolean isViewreference()
2315     {
2316       return viewreference;
2317     }
2318
2319     /**
2320      * Sets the value of the viewreference property.
2321      *
2322      * @param value
2323      *          allowed object is {@link Boolean }
2324      *
2325      */
2326     public void setViewreference(Boolean value)
2327     {
2328       this.viewreference = value;
2329     }
2330
2331     /**
2332      * <p>
2333      * Java class for anonymous complex type.
2334      *
2335      * <p>
2336      * The following schema fragment specifies the expected content contained
2337      * within this class.
2338      *
2339      * <pre>
2340      * &lt;complexType>
2341      *   &lt;complexContent>
2342      *     &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
2343      *       &lt;sequence>
2344      *         &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
2345      *           &lt;complexType>
2346      *             &lt;simpleContent>
2347      *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
2348      *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2349      *                 &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2350      *                 &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2351      *                 &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2352      *                 &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
2353      *                 &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2354      *                 &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2355      *               &lt;/extension>
2356      *             &lt;/simpleContent>
2357      *           &lt;/complexType>
2358      *         &lt;/element>
2359      *       &lt;/sequence>
2360      *     &lt;/extension>
2361      *   &lt;/complexContent>
2362      * &lt;/complexType>
2363      * </pre>
2364      *
2365      *
2366      */
2367     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2368     @XmlType(name = "", propOrder = { "structureState" })
2369     public static class Pdbids extends Pdbentry
2370     {
2371
2372       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2373       protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> structureState;
2374
2375       /**
2376        * Gets the value of the structureState property.
2377        *
2378        * <p>
2379        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2380        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2381        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2382        * <CODE>set</CODE> method for the structureState property.
2383        *
2384        * <p>
2385        * For example, to add a new item, do as follows:
2386        *
2387        * <pre>
2388        * getStructureState().add(newItem);
2389        * </pre>
2390        *
2391        *
2392        * <p>
2393        * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2394        * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
2395        *
2396        *
2397        */
2398       public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> getStructureState()
2399       {
2400         if (structureState == null)
2401         {
2402           structureState = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState>();
2403         }
2404         return this.structureState;
2405       }
2406
2407       /**
2408        * <p>
2409        * Java class for anonymous complex type.
2410        *
2411        * <p>
2412        * The following schema fragment specifies the expected content contained
2413        * within this class.
2414        *
2415        * <pre>
2416        * &lt;complexType>
2417        *   &lt;simpleContent>
2418        *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
2419        *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2420        *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2421        *       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2422        *       &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2423        *       &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
2424        *       &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2425        *       &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2426        *     &lt;/extension>
2427        *   &lt;/simpleContent>
2428        * &lt;/complexType>
2429        * </pre>
2430        *
2431        *
2432        */
2433       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2434       @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
2435       public static class StructureState
2436       {
2437
2438         @XmlValue
2439         protected String value;
2440
2441         @XmlAttribute(name = "visible")
2442         protected Boolean visible;
2443
2444         @XmlAttribute(name = "viewId")
2445         protected String viewId;
2446
2447         @XmlAttribute(name = "alignwithAlignPanel")
2448         protected Boolean alignwithAlignPanel;
2449
2450         @XmlAttribute(name = "colourwithAlignPanel")
2451         protected Boolean colourwithAlignPanel;
2452
2453         @XmlAttribute(name = "colourByJmol")
2454         protected Boolean colourByJmol;
2455
2456         @XmlAttribute(name = "type")
2457         protected String type;
2458
2459         @XmlAttribute(name = "width")
2460         protected Integer width;
2461
2462         @XmlAttribute(name = "height")
2463         protected Integer height;
2464
2465         @XmlAttribute(name = "xpos")
2466         protected Integer xpos;
2467
2468         @XmlAttribute(name = "ypos")
2469         protected Integer ypos;
2470
2471         /**
2472          * Gets the value of the value property.
2473          *
2474          * @return possible object is {@link String }
2475          *
2476          */
2477         public String getValue()
2478         {
2479           return value;
2480         }
2481
2482         /**
2483          * Sets the value of the value property.
2484          *
2485          * @param value
2486          *          allowed object is {@link String }
2487          *
2488          */
2489         public void setValue(String value)
2490         {
2491           this.value = value;
2492         }
2493
2494         /**
2495          * Gets the value of the visible property.
2496          *
2497          * @return possible object is {@link Boolean }
2498          *
2499          */
2500         public Boolean isVisible()
2501         {
2502           return visible;
2503         }
2504
2505         /**
2506          * Sets the value of the visible property.
2507          *
2508          * @param value
2509          *          allowed object is {@link Boolean }
2510          *
2511          */
2512         public void setVisible(Boolean value)
2513         {
2514           this.visible = value;
2515         }
2516
2517         /**
2518          * Gets the value of the viewId property.
2519          *
2520          * @return possible object is {@link String }
2521          *
2522          */
2523         public String getViewId()
2524         {
2525           return viewId;
2526         }
2527
2528         /**
2529          * Sets the value of the viewId property.
2530          *
2531          * @param value
2532          *          allowed object is {@link String }
2533          *
2534          */
2535         public void setViewId(String value)
2536         {
2537           this.viewId = value;
2538         }
2539
2540         /**
2541          * Gets the value of the alignwithAlignPanel property.
2542          *
2543          * @return possible object is {@link Boolean }
2544          *
2545          */
2546         public boolean isAlignwithAlignPanel()
2547         {
2548           if (alignwithAlignPanel == null)
2549           {
2550             return true;
2551           }
2552           else
2553           {
2554             return alignwithAlignPanel;
2555           }
2556         }
2557
2558         /**
2559          * Sets the value of the alignwithAlignPanel property.
2560          *
2561          * @param value
2562          *          allowed object is {@link Boolean }
2563          *
2564          */
2565         public void setAlignwithAlignPanel(Boolean value)
2566         {
2567           this.alignwithAlignPanel = value;
2568         }
2569
2570         /**
2571          * Gets the value of the colourwithAlignPanel property.
2572          *
2573          * @return possible object is {@link Boolean }
2574          *
2575          */
2576         public boolean isColourwithAlignPanel()
2577         {
2578           if (colourwithAlignPanel == null)
2579           {
2580             return false;
2581           }
2582           else
2583           {
2584             return colourwithAlignPanel;
2585           }
2586         }
2587
2588         /**
2589          * Sets the value of the colourwithAlignPanel property.
2590          *
2591          * @param value
2592          *          allowed object is {@link Boolean }
2593          *
2594          */
2595         public void setColourwithAlignPanel(Boolean value)
2596         {
2597           this.colourwithAlignPanel = value;
2598         }
2599
2600         /**
2601          * Gets the value of the colourByJmol property.
2602          *
2603          * @return possible object is {@link Boolean }
2604          *
2605          */
2606         public boolean isColourByJmol()
2607         {
2608           if (colourByJmol == null)
2609           {
2610             return true;
2611           }
2612           else
2613           {
2614             return colourByJmol;
2615           }
2616         }
2617
2618         /**
2619          * Sets the value of the colourByJmol property.
2620          *
2621          * @param value
2622          *          allowed object is {@link Boolean }
2623          *
2624          */
2625         public void setColourByJmol(Boolean value)
2626         {
2627           this.colourByJmol = value;
2628         }
2629
2630         /**
2631          * Gets the value of the type property.
2632          *
2633          * @return possible object is {@link String }
2634          *
2635          */
2636         public String getType()
2637         {
2638           return type;
2639         }
2640
2641         /**
2642          * Sets the value of the type property.
2643          *
2644          * @param value
2645          *          allowed object is {@link String }
2646          *
2647          */
2648         public void setType(String value)
2649         {
2650           this.type = value;
2651         }
2652
2653         /**
2654          * Gets the value of the width property.
2655          *
2656          * @return possible object is {@link Integer }
2657          *
2658          */
2659         public Integer getWidth()
2660         {
2661           return width;
2662         }
2663
2664         /**
2665          * Sets the value of the width property.
2666          *
2667          * @param value
2668          *          allowed object is {@link Integer }
2669          *
2670          */
2671         public void setWidth(Integer value)
2672         {
2673           this.width = value;
2674         }
2675
2676         /**
2677          * Gets the value of the height property.
2678          *
2679          * @return possible object is {@link Integer }
2680          *
2681          */
2682         public Integer getHeight()
2683         {
2684           return height;
2685         }
2686
2687         /**
2688          * Sets the value of the height property.
2689          *
2690          * @param value
2691          *          allowed object is {@link Integer }
2692          *
2693          */
2694         public void setHeight(Integer value)
2695         {
2696           this.height = value;
2697         }
2698
2699         /**
2700          * Gets the value of the xpos property.
2701          *
2702          * @return possible object is {@link Integer }
2703          *
2704          */
2705         public Integer getXpos()
2706         {
2707           return xpos;
2708         }
2709
2710         /**
2711          * Sets the value of the xpos property.
2712          *
2713          * @param value
2714          *          allowed object is {@link Integer }
2715          *
2716          */
2717         public void setXpos(Integer value)
2718         {
2719           this.xpos = value;
2720         }
2721
2722         /**
2723          * Gets the value of the ypos property.
2724          *
2725          * @return possible object is {@link Integer }
2726          *
2727          */
2728         public Integer getYpos()
2729         {
2730           return ypos;
2731         }
2732
2733         /**
2734          * Sets the value of the ypos property.
2735          *
2736          * @param value
2737          *          allowed object is {@link Integer }
2738          *
2739          */
2740         public void setYpos(Integer value)
2741         {
2742           this.ypos = value;
2743         }
2744
2745       }
2746
2747     }
2748
2749     /**
2750      * <p>
2751      * Java class for anonymous complex type.
2752      *
2753      * <p>
2754      * The following schema fragment specifies the expected content contained
2755      * within this class.
2756      *
2757      * <pre>
2758      * &lt;complexType>
2759      *   &lt;complexContent>
2760      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2761      *       &lt;sequence>
2762      *         &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
2763      *           &lt;complexType>
2764      *             &lt;complexContent>
2765      *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2766      *                 &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2767      *                 &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2768      *                 &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2769      *                 &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2770      *               &lt;/restriction>
2771      *             &lt;/complexContent>
2772      *           &lt;/complexType>
2773      *         &lt;/element>
2774      *       &lt;/sequence>
2775      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2776      *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2777      *       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2778      *       &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2779      *       &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2780      *     &lt;/restriction>
2781      *   &lt;/complexContent>
2782      * &lt;/complexType>
2783      * </pre>
2784      *
2785      *
2786      */
2787     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2788     @XmlType(name = "", propOrder = { "secondaryStructure" })
2789     public static class RnaViewer
2790     {
2791
2792       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
2793       protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> secondaryStructure;
2794
2795       @XmlAttribute(name = "title")
2796       protected String title;
2797
2798       @XmlAttribute(name = "viewId")
2799       protected String viewId;
2800
2801       @XmlAttribute(name = "dividerLocation")
2802       protected Integer dividerLocation;
2803
2804       @XmlAttribute(name = "selectedRna")
2805       protected Integer selectedRna;
2806
2807       @XmlAttribute(name = "width")
2808       protected Integer width;
2809
2810       @XmlAttribute(name = "height")
2811       protected Integer height;
2812
2813       @XmlAttribute(name = "xpos")
2814       protected Integer xpos;
2815
2816       @XmlAttribute(name = "ypos")
2817       protected Integer ypos;
2818
2819       /**
2820        * Gets the value of the secondaryStructure property.
2821        *
2822        * <p>
2823        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2824        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2825        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2826        * <CODE>set</CODE> method for the secondaryStructure property.
2827        *
2828        * <p>
2829        * For example, to add a new item, do as follows:
2830        *
2831        * <pre>
2832        * getSecondaryStructure().add(newItem);
2833        * </pre>
2834        *
2835        *
2836        * <p>
2837        * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2838        * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
2839        *
2840        *
2841        */
2842       public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> getSecondaryStructure()
2843       {
2844         if (secondaryStructure == null)
2845         {
2846           secondaryStructure = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure>();
2847         }
2848         return this.secondaryStructure;
2849       }
2850
2851       /**
2852        * Gets the value of the title property.
2853        *
2854        * @return possible object is {@link String }
2855        *
2856        */
2857       public String getTitle()
2858       {
2859         return title;
2860       }
2861
2862       /**
2863        * Sets the value of the title property.
2864        *
2865        * @param value
2866        *          allowed object is {@link String }
2867        *
2868        */
2869       public void setTitle(String value)
2870       {
2871         this.title = value;
2872       }
2873
2874       /**
2875        * Gets the value of the viewId property.
2876        *
2877        * @return possible object is {@link String }
2878        *
2879        */
2880       public String getViewId()
2881       {
2882         return viewId;
2883       }
2884
2885       /**
2886        * Sets the value of the viewId property.
2887        *
2888        * @param value
2889        *          allowed object is {@link String }
2890        *
2891        */
2892       public void setViewId(String value)
2893       {
2894         this.viewId = value;
2895       }
2896
2897       /**
2898        * Gets the value of the dividerLocation property.
2899        *
2900        * @return possible object is {@link Integer }
2901        *
2902        */
2903       public Integer getDividerLocation()
2904       {
2905         return dividerLocation;
2906       }
2907
2908       /**
2909        * Sets the value of the dividerLocation property.
2910        *
2911        * @param value
2912        *          allowed object is {@link Integer }
2913        *
2914        */
2915       public void setDividerLocation(Integer value)
2916       {
2917         this.dividerLocation = value;
2918       }
2919
2920       /**
2921        * Gets the value of the selectedRna property.
2922        *
2923        * @return possible object is {@link Integer }
2924        *
2925        */
2926       public Integer getSelectedRna()
2927       {
2928         return selectedRna;
2929       }
2930
2931       /**
2932        * Sets the value of the selectedRna property.
2933        *
2934        * @param value
2935        *          allowed object is {@link Integer }
2936        *
2937        */
2938       public void setSelectedRna(Integer value)
2939       {
2940         this.selectedRna = value;
2941       }
2942
2943       /**
2944        * Gets the value of the width property.
2945        *
2946        * @return possible object is {@link Integer }
2947        *
2948        */
2949       public Integer getWidth()
2950       {
2951         return width;
2952       }
2953
2954       /**
2955        * Sets the value of the width property.
2956        *
2957        * @param value
2958        *          allowed object is {@link Integer }
2959        *
2960        */
2961       public void setWidth(Integer value)
2962       {
2963         this.width = value;
2964       }
2965
2966       /**
2967        * Gets the value of the height property.
2968        *
2969        * @return possible object is {@link Integer }
2970        *
2971        */
2972       public Integer getHeight()
2973       {
2974         return height;
2975       }
2976
2977       /**
2978        * Sets the value of the height property.
2979        *
2980        * @param value
2981        *          allowed object is {@link Integer }
2982        *
2983        */
2984       public void setHeight(Integer value)
2985       {
2986         this.height = value;
2987       }
2988
2989       /**
2990        * Gets the value of the xpos property.
2991        *
2992        * @return possible object is {@link Integer }
2993        *
2994        */
2995       public Integer getXpos()
2996       {
2997         return xpos;
2998       }
2999
3000       /**
3001        * Sets the value of the xpos property.
3002        *
3003        * @param value
3004        *          allowed object is {@link Integer }
3005        *
3006        */
3007       public void setXpos(Integer value)
3008       {
3009         this.xpos = value;
3010       }
3011
3012       /**
3013        * Gets the value of the ypos property.
3014        *
3015        * @return possible object is {@link Integer }
3016        *
3017        */
3018       public Integer getYpos()
3019       {
3020         return ypos;
3021       }
3022
3023       /**
3024        * Sets the value of the ypos property.
3025        *
3026        * @param value
3027        *          allowed object is {@link Integer }
3028        *
3029        */
3030       public void setYpos(Integer value)
3031       {
3032         this.ypos = value;
3033       }
3034
3035       /**
3036        * <p>
3037        * Java class for anonymous complex type.
3038        *
3039        * <p>
3040        * The following schema fragment specifies the expected content contained
3041        * within this class.
3042        *
3043        * <pre>
3044        * &lt;complexType>
3045        *   &lt;complexContent>
3046        *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3047        *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3048        *       &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3049        *       &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3050        *       &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3051        *     &lt;/restriction>
3052        *   &lt;/complexContent>
3053        * &lt;/complexType>
3054        * </pre>
3055        *
3056        *
3057        */
3058       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3059       @XmlType(name = "")
3060       public static class SecondaryStructure
3061       {
3062
3063         @XmlAttribute(name = "title")
3064         protected String title;
3065
3066         @XmlAttribute(name = "annotationId", required = true)
3067         protected String annotationId;
3068
3069         @XmlAttribute(name = "gapped")
3070         protected Boolean gapped;
3071
3072         @XmlAttribute(name = "viewerState")
3073         protected String viewerState;
3074
3075         /**
3076          * Gets the value of the title property.
3077          *
3078          * @return possible object is {@link String }
3079          *
3080          */
3081         public String getTitle()
3082         {
3083           return title;
3084         }
3085
3086         /**
3087          * Sets the value of the title property.
3088          *
3089          * @param value
3090          *          allowed object is {@link String }
3091          *
3092          */
3093         public void setTitle(String value)
3094         {
3095           this.title = value;
3096         }
3097
3098         /**
3099          * Gets the value of the annotationId property.
3100          *
3101          * @return possible object is {@link String }
3102          *
3103          */
3104         public String getAnnotationId()
3105         {
3106           return annotationId;
3107         }
3108
3109         /**
3110          * Sets the value of the annotationId property.
3111          *
3112          * @param value
3113          *          allowed object is {@link String }
3114          *
3115          */
3116         public void setAnnotationId(String value)
3117         {
3118           this.annotationId = value;
3119         }
3120
3121         /**
3122          * Gets the value of the gapped property.
3123          *
3124          * @return possible object is {@link Boolean }
3125          *
3126          */
3127         public Boolean isGapped()
3128         {
3129           return gapped;
3130         }
3131
3132         /**
3133          * Sets the value of the gapped property.
3134          *
3135          * @param value
3136          *          allowed object is {@link Boolean }
3137          *
3138          */
3139         public void setGapped(Boolean value)
3140         {
3141           this.gapped = value;
3142         }
3143
3144         /**
3145          * Gets the value of the viewerState property.
3146          *
3147          * @return possible object is {@link String }
3148          *
3149          */
3150         public String getViewerState()
3151         {
3152           return viewerState;
3153         }
3154
3155         /**
3156          * Sets the value of the viewerState property.
3157          *
3158          * @param value
3159          *          allowed object is {@link String }
3160          *
3161          */
3162         public void setViewerState(String value)
3163         {
3164           this.viewerState = value;
3165         }
3166
3167       }
3168
3169     }
3170
3171   }
3172
3173   /**
3174    * <p>
3175    * Java class for anonymous complex type.
3176    *
3177    * <p>
3178    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3179    * within this class.
3180    *
3181    * <pre>
3182    * &lt;complexType>
3183    *   &lt;complexContent>
3184    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3185    *       &lt;sequence>
3186    *         &lt;element name="sequencePoint" maxOccurs="unbounded">
3187    *           &lt;complexType>
3188    *             &lt;complexContent>
3189    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3190    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
3191    *                 &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3192    *               &lt;/restriction>
3193    *             &lt;/complexContent>
3194    *           &lt;/complexType>
3195    *         &lt;/element>
3196    *         &lt;element name="axis" maxOccurs="3" minOccurs="3">
3197    *           &lt;complexType>
3198    *             &lt;complexContent>
3199    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3200    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
3201    *               &lt;/restriction>
3202    *             &lt;/complexContent>
3203    *           &lt;/complexType>
3204    *         &lt;/element>
3205    *         &lt;element name="seqPointMin">
3206    *           &lt;complexType>
3207    *             &lt;complexContent>
3208    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3209    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
3210    *               &lt;/restriction>
3211    *             &lt;/complexContent>
3212    *           &lt;/complexType>
3213    *         &lt;/element>
3214    *         &lt;element name="seqPointMax">
3215    *           &lt;complexType>
3216    *             &lt;complexContent>
3217    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3218    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
3219    *               &lt;/restriction>
3220    *             &lt;/complexContent>
3221    *           &lt;/complexType>
3222    *         &lt;/element>
3223    *         &lt;element name="pcaData" type="{www.jalview.org}PcaDataType"/>
3224    *       &lt;/sequence>
3225    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
3226    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
3227    *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3228    *       &lt;attribute name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3229    *       &lt;attribute name="xDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3230    *       &lt;attribute name="yDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3231    *       &lt;attribute name="zDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3232    *       &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3233    *       &lt;attribute name="scaleFactor" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
3234    *       &lt;attribute name="showLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3235    *       &lt;attribute name="linkToAllViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3236    *     &lt;/restriction>
3237    *   &lt;/complexContent>
3238    * &lt;/complexType>
3239    * </pre>
3240    *
3241    *
3242    */
3243   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3244   @XmlType(
3245     name = "",
3246     propOrder =
3247     { "sequencePoint", "axis", "seqPointMin", "seqPointMax", "pcaData" })
3248   public static class PcaViewer
3249   {
3250
3251     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3252     protected List<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint> sequencePoint;
3253
3254     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3255     protected List<JalviewModel.PcaViewer.Axis> axis;
3256
3257     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3258     protected JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin seqPointMin;
3259
3260     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3261     protected JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax seqPointMax;
3262
3263     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3264     protected PcaDataType pcaData;
3265
3266     @XmlAttribute(name = "title")
3267     protected String title;
3268
3269     @XmlAttribute(name = "scoreModelName")
3270     protected String scoreModelName;
3271
3272     @XmlAttribute(name = "xDim")
3273     protected Integer xDim;
3274
3275     @XmlAttribute(name = "yDim")
3276     protected Integer yDim;
3277
3278     @XmlAttribute(name = "zDim")
3279     protected Integer zDim;
3280
3281     @XmlAttribute(name = "bgColour")
3282     protected Integer bgColour;
3283
3284     @XmlAttribute(name = "scaleFactor")
3285     protected Float scaleFactor;
3286
3287     @XmlAttribute(name = "showLabels")
3288     protected Boolean showLabels;
3289
3290     @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
3291     protected Boolean linkToAllViews;
3292
3293     @XmlAttribute(name = "includeGaps")
3294     protected Boolean includeGaps;
3295
3296     @XmlAttribute(name = "matchGaps")
3297     protected Boolean matchGaps;
3298
3299     @XmlAttribute(name = "includeGappedColumns")
3300     protected Boolean includeGappedColumns;
3301
3302     @XmlAttribute(name = "denominateByShortestLength")
3303     protected Boolean denominateByShortestLength;
3304
3305     @XmlAttribute(name = "width")
3306     protected Integer width;
3307
3308     @XmlAttribute(name = "height")
3309     protected Integer height;
3310
3311     @XmlAttribute(name = "xpos")
3312     protected Integer xpos;
3313
3314     @XmlAttribute(name = "ypos")
3315     protected Integer ypos;
3316
3317     /**
3318      * Gets the value of the sequencePoint property.
3319      *
3320      * <p>
3321      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
3322      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3323      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3324      * <CODE>set</CODE> method for the sequencePoint property.
3325      *
3326      * <p>
3327      * For example, to add a new item, do as follows:
3328      *
3329      * <pre>
3330      * getSequencePoint().add(newItem);
3331      * </pre>
3332      *
3333      *
3334      * <p>
3335      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
3336      * {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
3337      *
3338      *
3339      */
3340     public List<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint> getSequencePoint()
3341     {
3342       if (sequencePoint == null)
3343       {
3344         sequencePoint = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint>();
3345       }
3346       return this.sequencePoint;
3347     }
3348
3349     /**
3350      * Gets the value of the axis property.
3351      *
3352      * <p>
3353      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
3354      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3355      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3356      * <CODE>set</CODE> method for the axis property.
3357      *
3358      * <p>
3359      * For example, to add a new item, do as follows:
3360      *
3361      * <pre>
3362      * getAxis().add(newItem);
3363      * </pre>
3364      *
3365      *
3366      * <p>
3367      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
3368      * {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
3369      *
3370      *
3371      */
3372     public List<JalviewModel.PcaViewer.Axis> getAxis()
3373     {
3374       if (axis == null)
3375       {
3376         axis = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer.Axis>();
3377       }
3378       return this.axis;
3379     }
3380
3381     /**
3382      * Gets the value of the seqPointMin property.
3383      *
3384      * @return possible object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
3385      *
3386      */
3387     public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin getSeqPointMin()
3388     {
3389       return seqPointMin;
3390     }
3391
3392     /**
3393      * Sets the value of the seqPointMin property.
3394      *
3395      * @param value
3396      *          allowed object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
3397      *
3398      */
3399     public void setSeqPointMin(JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin value)
3400     {
3401       this.seqPointMin = value;
3402     }
3403
3404     /**
3405      * Gets the value of the seqPointMax property.
3406      *
3407      * @return possible object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
3408      *
3409      */
3410     public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax getSeqPointMax()
3411     {
3412       return seqPointMax;
3413     }
3414
3415     /**
3416      * Sets the value of the seqPointMax property.
3417      *
3418      * @param value
3419      *          allowed object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
3420      *
3421      */
3422     public void setSeqPointMax(JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax value)
3423     {
3424       this.seqPointMax = value;
3425     }
3426
3427     /**
3428      * Gets the value of the pcaData property.
3429      *
3430      * @return possible object is {@link PcaDataType }
3431      *
3432      */
3433     public PcaDataType getPcaData()
3434     {
3435       return pcaData;
3436     }
3437
3438     /**
3439      * Sets the value of the pcaData property.
3440      *
3441      * @param value
3442      *          allowed object is {@link PcaDataType }
3443      *
3444      */
3445     public void setPcaData(PcaDataType value)
3446     {
3447       this.pcaData = value;
3448     }
3449
3450     /**
3451      * Gets the value of the title property.
3452      *
3453      * @return possible object is {@link String }
3454      *
3455      */
3456     public String getTitle()
3457     {
3458       return title;
3459     }
3460
3461     /**
3462      * Sets the value of the title property.
3463      *
3464      * @param value
3465      *          allowed object is {@link String }
3466      *
3467      */
3468     public void setTitle(String value)
3469     {
3470       this.title = value;
3471     }
3472
3473     /**
3474      * Gets the value of the scoreModelName property.
3475      *
3476      * @return possible object is {@link String }
3477      *
3478      */
3479     public String getScoreModelName()
3480     {
3481       return scoreModelName;
3482     }
3483
3484     /**
3485      * Sets the value of the scoreModelName property.
3486      *
3487      * @param value
3488      *          allowed object is {@link String }
3489      *
3490      */
3491     public void setScoreModelName(String value)
3492     {
3493       this.scoreModelName = value;
3494     }
3495
3496     /**
3497      * Gets the value of the xDim property.
3498      *
3499      * @return possible object is {@link Integer }
3500      *
3501      */
3502     public Integer getXDim()
3503     {
3504       return xDim;
3505     }
3506
3507     /**
3508      * Sets the value of the xDim property.
3509      *
3510      * @param value
3511      *          allowed object is {@link Integer }
3512      *
3513      */
3514     public void setXDim(Integer value)
3515     {
3516       this.xDim = value;
3517     }
3518
3519     /**
3520      * Gets the value of the yDim property.
3521      *
3522      * @return possible object is {@link Integer }
3523      *
3524      */
3525     public Integer getYDim()
3526     {
3527       return yDim;
3528     }
3529
3530     /**
3531      * Sets the value of the yDim property.
3532      *
3533      * @param value
3534      *          allowed object is {@link Integer }
3535      *
3536      */
3537     public void setYDim(Integer value)
3538     {
3539       this.yDim = value;
3540     }
3541
3542     /**
3543      * Gets the value of the zDim property.
3544      *
3545      * @return possible object is {@link Integer }
3546      *
3547      */
3548     public Integer getZDim()
3549     {
3550       return zDim;
3551     }
3552
3553     /**
3554      * Sets the value of the zDim property.
3555      *
3556      * @param value
3557      *          allowed object is {@link Integer }
3558      *
3559      */
3560     public void setZDim(Integer value)
3561     {
3562       this.zDim = value;
3563     }
3564
3565     /**
3566      * Gets the value of the bgColour property.
3567      *
3568      * @return possible object is {@link Integer }
3569      *
3570      */
3571     public Integer getBgColour()
3572     {
3573       return bgColour;
3574     }
3575
3576     /**
3577      * Sets the value of the bgColour property.
3578      *
3579      * @param value
3580      *          allowed object is {@link Integer }
3581      *
3582      */
3583     public void setBgColour(Integer value)
3584     {
3585       this.bgColour = value;
3586     }
3587
3588     /**
3589      * Gets the value of the scaleFactor property.
3590      *
3591      * @return possible object is {@link Float }
3592      *
3593      */
3594     public Float getScaleFactor()
3595     {
3596       return scaleFactor;
3597     }
3598
3599     /**
3600      * Sets the value of the scaleFactor property.
3601      *
3602      * @param value
3603      *          allowed object is {@link Float }
3604      *
3605      */
3606     public void setScaleFactor(Float value)
3607     {
3608       this.scaleFactor = value;
3609     }
3610
3611     /**
3612      * Gets the value of the showLabels property.
3613      *
3614      * @return possible object is {@link Boolean }
3615      *
3616      */
3617     public Boolean isShowLabels()
3618     {
3619       return showLabels;
3620     }
3621
3622     /**
3623      * Sets the value of the showLabels property.
3624      *
3625      * @param value
3626      *          allowed object is {@link Boolean }
3627      *
3628      */
3629     public void setShowLabels(Boolean value)
3630     {
3631       this.showLabels = value;
3632     }
3633
3634     /**
3635      * Gets the value of the linkToAllViews property.
3636      *
3637      * @return possible object is {@link Boolean }
3638      *
3639      */
3640     public Boolean isLinkToAllViews()
3641     {
3642       return linkToAllViews;
3643     }
3644
3645     /**
3646      * Sets the value of the linkToAllViews property.
3647      *
3648      * @param value
3649      *          allowed object is {@link Boolean }
3650      *
3651      */
3652     public void setLinkToAllViews(Boolean value)
3653     {
3654       this.linkToAllViews = value;
3655     }
3656
3657     /**
3658      * Gets the value of the includeGaps property.
3659      *
3660      * @return possible object is {@link Boolean }
3661      *
3662      */
3663     public Boolean isIncludeGaps()
3664     {
3665       return includeGaps;
3666     }
3667
3668     /**
3669      * Sets the value of the includeGaps property.
3670      *
3671      * @param value
3672      *          allowed object is {@link Boolean }
3673      *
3674      */
3675     public void setIncludeGaps(Boolean value)
3676     {
3677       this.includeGaps = value;
3678     }
3679
3680     /**
3681      * Gets the value of the matchGaps property.
3682      *
3683      * @return possible object is {@link Boolean }
3684      *
3685      */
3686     public Boolean isMatchGaps()
3687     {
3688       return matchGaps;
3689     }
3690
3691     /**
3692      * Sets the value of the matchGaps property.
3693      *
3694      * @param value
3695      *          allowed object is {@link Boolean }
3696      *
3697      */
3698     public void setMatchGaps(Boolean value)
3699     {
3700       this.matchGaps = value;
3701     }
3702
3703     /**
3704      * Gets the value of the includeGappedColumns property.
3705      *
3706      * @return possible object is {@link Boolean }
3707      *
3708      */
3709     public Boolean isIncludeGappedColumns()
3710     {
3711       return includeGappedColumns;
3712     }
3713
3714     /**
3715      * Sets the value of the includeGappedColumns property.
3716      *
3717      * @param value
3718      *          allowed object is {@link Boolean }
3719      *
3720      */
3721     public void setIncludeGappedColumns(Boolean value)
3722     {
3723       this.includeGappedColumns = value;
3724     }
3725
3726     /**
3727      * Gets the value of the denominateByShortestLength property.
3728      *
3729      * @return possible object is {@link Boolean }
3730      *
3731      */
3732     public Boolean isDenominateByShortestLength()
3733     {
3734       return denominateByShortestLength;
3735     }
3736
3737     /**
3738      * Sets the value of the denominateByShortestLength property.
3739      *
3740      * @param value
3741      *          allowed object is {@link Boolean }
3742      *
3743      */
3744     public void setDenominateByShortestLength(Boolean value)
3745     {
3746       this.denominateByShortestLength = value;
3747     }
3748
3749     /**
3750      * Gets the value of the width property.
3751      *
3752      * @return possible object is {@link Integer }
3753      *
3754      */
3755     public Integer getWidth()
3756     {
3757       return width;
3758     }
3759
3760     /**
3761      * Sets the value of the width property.
3762      *
3763      * @param value
3764      *          allowed object is {@link Integer }
3765      *
3766      */
3767     public void setWidth(Integer value)
3768     {
3769       this.width = value;
3770     }
3771
3772     /**
3773      * Gets the value of the height property.
3774      *
3775      * @return possible object is {@link Integer }
3776      *
3777      */
3778     public Integer getHeight()
3779     {
3780       return height;
3781     }
3782
3783     /**
3784      * Sets the value of the height property.
3785      *
3786      * @param value
3787      *          allowed object is {@link Integer }
3788      *
3789      */
3790     public void setHeight(Integer value)
3791     {
3792       this.height = value;
3793     }
3794
3795     /**
3796      * Gets the value of the xpos property.
3797      *
3798      * @return possible object is {@link Integer }
3799      *
3800      */
3801     public Integer getXpos()
3802     {
3803       return xpos;
3804     }
3805
3806     /**
3807      * Sets the value of the xpos property.
3808      *
3809      * @param value
3810      *          allowed object is {@link Integer }
3811      *
3812      */
3813     public void setXpos(Integer value)
3814     {
3815       this.xpos = value;
3816     }
3817
3818     /**
3819      * Gets the value of the ypos property.
3820      *
3821      * @return possible object is {@link Integer }
3822      *
3823      */
3824     public Integer getYpos()
3825     {
3826       return ypos;
3827     }
3828
3829     /**
3830      * Sets the value of the ypos property.
3831      *
3832      * @param value
3833      *          allowed object is {@link Integer }
3834      *
3835      */
3836     public void setYpos(Integer value)
3837     {
3838       this.ypos = value;
3839     }
3840
3841     /**
3842      * <p>
3843      * Java class for anonymous complex type.
3844      *
3845      * <p>
3846      * The following schema fragment specifies the expected content contained
3847      * within this class.
3848      *
3849      * <pre>
3850      * &lt;complexType>
3851      *   &lt;complexContent>
3852      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3853      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
3854      *     &lt;/restriction>
3855      *   &lt;/complexContent>
3856      * &lt;/complexType>
3857      * </pre>
3858      *
3859      *
3860      */
3861     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3862     @XmlType(name = "")
3863     public static class Axis
3864     {
3865
3866       @XmlAttribute(name = "xPos")
3867       protected Float xPos;
3868
3869       @XmlAttribute(name = "yPos")
3870       protected Float yPos;
3871
3872       @XmlAttribute(name = "zPos")
3873       protected Float zPos;
3874
3875       /**
3876        * Gets the value of the xPos property.
3877        *
3878        * @return possible object is {@link Float }
3879        *
3880        */
3881       public Float getXPos()
3882       {
3883         return xPos;
3884       }
3885
3886       /**
3887        * Sets the value of the xPos property.
3888        *
3889        * @param value
3890        *          allowed object is {@link Float }
3891        *
3892        */
3893       public void setXPos(Float value)
3894       {
3895         this.xPos = value;
3896       }
3897
3898       /**
3899        * Gets the value of the yPos property.
3900        *
3901        * @return possible object is {@link Float }
3902        *
3903        */
3904       public Float getYPos()
3905       {
3906         return yPos;
3907       }
3908
3909       /**
3910        * Sets the value of the yPos property.
3911        *
3912        * @param value
3913        *          allowed object is {@link Float }
3914        *
3915        */
3916       public void setYPos(Float value)
3917       {
3918         this.yPos = value;
3919       }
3920
3921       /**
3922        * Gets the value of the zPos property.
3923        *
3924        * @return possible object is {@link Float }
3925        *
3926        */
3927       public Float getZPos()
3928       {
3929         return zPos;
3930       }
3931
3932       /**
3933        * Sets the value of the zPos property.
3934        *
3935        * @param value
3936        *          allowed object is {@link Float }
3937        *
3938        */
3939       public void setZPos(Float value)
3940       {
3941         this.zPos = value;
3942       }
3943
3944     }
3945
3946     /**
3947      * <p>
3948      * Java class for anonymous complex type.
3949      *
3950      * <p>
3951      * The following schema fragment specifies the expected content contained
3952      * within this class.
3953      *
3954      * <pre>
3955      * &lt;complexType>
3956      *   &lt;complexContent>
3957      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3958      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
3959      *     &lt;/restriction>
3960      *   &lt;/complexContent>
3961      * &lt;/complexType>
3962      * </pre>
3963      *
3964      *
3965      */
3966     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3967     @XmlType(name = "")
3968     public static class SeqPointMax
3969     {
3970
3971       @XmlAttribute(name = "xPos")
3972       protected Float xPos;
3973
3974       @XmlAttribute(name = "yPos")
3975       protected Float yPos;
3976
3977       @XmlAttribute(name = "zPos")
3978       protected Float zPos;
3979
3980       /**
3981        * Gets the value of the xPos property.
3982        *
3983        * @return possible object is {@link Float }
3984        *
3985        */
3986       public Float getXPos()
3987       {
3988         return xPos;
3989       }
3990
3991       /**
3992        * Sets the value of the xPos property.
3993        *
3994        * @param value
3995        *          allowed object is {@link Float }
3996        *
3997        */
3998       public void setXPos(Float value)
3999       {
4000         this.xPos = value;
4001       }
4002
4003       /**
4004        * Gets the value of the yPos property.
4005        *
4006        * @return possible object is {@link Float }
4007        *
4008        */
4009       public Float getYPos()
4010       {
4011         return yPos;
4012       }
4013
4014       /**
4015        * Sets the value of the yPos property.
4016        *
4017        * @param value
4018        *          allowed object is {@link Float }
4019        *
4020        */
4021       public void setYPos(Float value)
4022       {
4023         this.yPos = value;
4024       }
4025
4026       /**
4027        * Gets the value of the zPos property.
4028        *
4029        * @return possible object is {@link Float }
4030        *
4031        */
4032       public Float getZPos()
4033       {
4034         return zPos;
4035       }
4036
4037       /**
4038        * Sets the value of the zPos property.
4039        *
4040        * @param value
4041        *          allowed object is {@link Float }
4042        *
4043        */
4044       public void setZPos(Float value)
4045       {
4046         this.zPos = value;
4047       }
4048
4049     }
4050
4051     /**
4052      * <p>
4053      * Java class for anonymous complex type.
4054      *
4055      * <p>
4056      * The following schema fragment specifies the expected content contained
4057      * within this class.
4058      *
4059      * <pre>
4060      * &lt;complexType>
4061      *   &lt;complexContent>
4062      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4063      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
4064      *     &lt;/restriction>
4065      *   &lt;/complexContent>
4066      * &lt;/complexType>
4067      * </pre>
4068      *
4069      *
4070      */
4071     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4072     @XmlType(name = "")
4073     public static class SeqPointMin
4074     {
4075
4076       @XmlAttribute(name = "xPos")
4077       protected Float xPos;
4078
4079       @XmlAttribute(name = "yPos")
4080       protected Float yPos;
4081
4082       @XmlAttribute(name = "zPos")
4083       protected Float zPos;
4084
4085       /**
4086        * Gets the value of the xPos property.
4087        *
4088        * @return possible object is {@link Float }
4089        *
4090        */
4091       public Float getXPos()
4092       {
4093         return xPos;
4094       }
4095
4096       /**
4097        * Sets the value of the xPos property.
4098        *
4099        * @param value
4100        *          allowed object is {@link Float }
4101        *
4102        */
4103       public void setXPos(Float value)
4104       {
4105         this.xPos = value;
4106       }
4107
4108       /**
4109        * Gets the value of the yPos property.
4110        *
4111        * @return possible object is {@link Float }
4112        *
4113        */
4114       public Float getYPos()
4115       {
4116         return yPos;
4117       }
4118
4119       /**
4120        * Sets the value of the yPos property.
4121        *
4122        * @param value
4123        *          allowed object is {@link Float }
4124        *
4125        */
4126       public void setYPos(Float value)
4127       {
4128         this.yPos = value;
4129       }
4130
4131       /**
4132        * Gets the value of the zPos property.
4133        *
4134        * @return possible object is {@link Float }
4135        *
4136        */
4137       public Float getZPos()
4138       {
4139         return zPos;
4140       }
4141
4142       /**
4143        * Sets the value of the zPos property.
4144        *
4145        * @param value
4146        *          allowed object is {@link Float }
4147        *
4148        */
4149       public void setZPos(Float value)
4150       {
4151         this.zPos = value;
4152       }
4153
4154     }
4155
4156     /**
4157      * <p>
4158      * Java class for anonymous complex type.
4159      *
4160      * <p>
4161      * The following schema fragment specifies the expected content contained
4162      * within this class.
4163      *
4164      * <pre>
4165      * &lt;complexType>
4166      *   &lt;complexContent>
4167      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4168      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
4169      *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4170      *     &lt;/restriction>
4171      *   &lt;/complexContent>
4172      * &lt;/complexType>
4173      * </pre>
4174      *
4175      *
4176      */
4177     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4178     @XmlType(name = "")
4179     public static class SequencePoint
4180     {
4181
4182       @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
4183       protected String sequenceRef;
4184
4185       @XmlAttribute(name = "xPos")
4186       protected Float xPos;
4187
4188       @XmlAttribute(name = "yPos")
4189       protected Float yPos;
4190
4191       @XmlAttribute(name = "zPos")
4192       protected Float zPos;
4193
4194       /**
4195        * Gets the value of the sequenceRef property.
4196        *
4197        * @return possible object is {@link String }
4198        *
4199        */
4200       public String getSequenceRef()
4201       {
4202         return sequenceRef;
4203       }
4204
4205       /**
4206        * Sets the value of the sequenceRef property.
4207        *
4208        * @param value
4209        *          allowed object is {@link String }
4210        *
4211        */
4212       public void setSequenceRef(String value)
4213       {
4214         this.sequenceRef = value;
4215       }
4216
4217       /**
4218        * Gets the value of the xPos property.
4219        *
4220        * @return possible object is {@link Float }
4221        *
4222        */
4223       public Float getXPos()
4224       {
4225         return xPos;
4226       }
4227
4228       /**
4229        * Sets the value of the xPos property.
4230        *
4231        * @param value
4232        *          allowed object is {@link Float }
4233        *
4234        */
4235       public void setXPos(Float value)
4236       {
4237         this.xPos = value;
4238       }
4239
4240       /**
4241        * Gets the value of the yPos property.
4242        *
4243        * @return possible object is {@link Float }
4244        *
4245        */
4246       public Float getYPos()
4247       {
4248         return yPos;
4249       }
4250
4251       /**
4252        * Sets the value of the yPos property.
4253        *
4254        * @param value
4255        *          allowed object is {@link Float }
4256        *
4257        */
4258       public void setYPos(Float value)
4259       {
4260         this.yPos = value;
4261       }
4262
4263       /**
4264        * Gets the value of the zPos property.
4265        *
4266        * @return possible object is {@link Float }
4267        *
4268        */
4269       public Float getZPos()
4270       {
4271         return zPos;
4272       }
4273
4274       /**
4275        * Sets the value of the zPos property.
4276        *
4277        * @param value
4278        *          allowed object is {@link Float }
4279        *
4280        */
4281       public void setZPos(Float value)
4282       {
4283         this.zPos = value;
4284       }
4285
4286     }
4287
4288   }
4289
4290   /**
4291    * <p>
4292    * Java class for anonymous complex type.
4293    *
4294    * <p>
4295    * The following schema fragment specifies the expected content contained
4296    * within this class.
4297    *
4298    * <pre>
4299    * &lt;complexType>
4300    *   &lt;complexContent>
4301    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4302    *       &lt;sequence minOccurs="0">
4303    *         &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
4304    *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
4305    *       &lt;/sequence>
4306    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
4307    *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4308    *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4309    *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4310    *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
4311    *       &lt;attribute name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4312    *       &lt;attribute name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4313    *       &lt;attribute name="markUnlinked" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4314    *       &lt;attribute name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4315    *       &lt;attribute name="currentTree" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4316    *       &lt;attribute name="columnWise" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
4317    *       &lt;attribute name="columnReference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4318    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
4319    *       &lt;attribute name="linkToAllViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
4320    *     &lt;/restriction>
4321    *   &lt;/complexContent>
4322    * &lt;/complexType>
4323    * </pre>
4324    *
4325    *
4326    */
4327   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4328   @XmlType(name = "", propOrder = { "title", "newick" })
4329   public static class Tree
4330   {
4331
4332     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4333     protected String title;
4334
4335     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4336     protected String newick;
4337
4338     @XmlAttribute(name = "fontName")
4339     protected String fontName;
4340
4341     @XmlAttribute(name = "fontSize")
4342     protected Integer fontSize;
4343
4344     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
4345     protected Integer fontStyle;
4346
4347     @XmlAttribute(name = "threshold")
4348     protected Float threshold;
4349
4350     @XmlAttribute(name = "showBootstrap")
4351     protected Boolean showBootstrap;
4352
4353     @XmlAttribute(name = "showDistances")
4354     protected Boolean showDistances;
4355
4356     @XmlAttribute(name = "markUnlinked")
4357     protected Boolean markUnlinked;
4358
4359     @XmlAttribute(name = "fitToWindow")
4360     protected Boolean fitToWindow;
4361
4362     @XmlAttribute(name = "currentTree")
4363     protected Boolean currentTree;
4364
4365     @XmlAttribute(name = "columnWise")
4366     protected Boolean columnWise;
4367
4368     @XmlAttribute(name = "columnReference")
4369     protected String columnReference;
4370
4371     @XmlAttribute(name = "id")
4372     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
4373     @XmlID
4374     @XmlSchemaType(name = "ID")
4375     protected String id;
4376
4377     @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
4378     protected Boolean linkToAllViews;
4379
4380     @XmlAttribute(name = "width")
4381     protected Integer width;
4382
4383     @XmlAttribute(name = "height")
4384     protected Integer height;
4385
4386     @XmlAttribute(name = "xpos")
4387     protected Integer xpos;
4388
4389     @XmlAttribute(name = "ypos")
4390     protected Integer ypos;
4391
4392     /**
4393      * Gets the value of the title property.
4394      *
4395      * @return possible object is {@link String }
4396      *
4397      */
4398     public String getTitle()
4399     {
4400       return title;
4401     }
4402
4403     /**
4404      * Sets the value of the title property.
4405      *
4406      * @param value
4407      *          allowed object is {@link String }
4408      *
4409      */
4410     public void setTitle(String value)
4411     {
4412       this.title = value;
4413     }
4414
4415     /**
4416      * Gets the value of the newick property.
4417      *
4418      * @return possible object is {@link String }
4419      *
4420      */
4421     public String getNewick()
4422     {
4423       return newick;
4424     }
4425
4426     /**
4427      * Sets the value of the newick property.
4428      *
4429      * @param value
4430      *          allowed object is {@link String }
4431      *
4432      */
4433     public void setNewick(String value)
4434     {
4435       this.newick = value;
4436     }
4437
4438     /**
4439      * Gets the value of the fontName property.
4440      *
4441      * @return possible object is {@link String }
4442      *
4443      */
4444     public String getFontName()
4445     {
4446       return fontName;
4447     }
4448
4449     /**
4450      * Sets the value of the fontName property.
4451      *
4452      * @param value
4453      *          allowed object is {@link String }
4454      *
4455      */
4456     public void setFontName(String value)
4457     {
4458       this.fontName = value;
4459     }
4460
4461     /**
4462      * Gets the value of the fontSize property.
4463      *
4464      * @return possible object is {@link Integer }
4465      *
4466      */
4467     public Integer getFontSize()
4468     {
4469       return fontSize;
4470     }
4471
4472     /**
4473      * Sets the value of the fontSize property.
4474      *
4475      * @param value
4476      *          allowed object is {@link Integer }
4477      *
4478      */
4479     public void setFontSize(Integer value)
4480     {
4481       this.fontSize = value;
4482     }
4483
4484     /**
4485      * Gets the value of the fontStyle property.
4486      *
4487      * @return possible object is {@link Integer }
4488      *
4489      */
4490     public Integer getFontStyle()
4491     {
4492       return fontStyle;
4493     }
4494
4495     /**
4496      * Sets the value of the fontStyle property.
4497      *
4498      * @param value
4499      *          allowed object is {@link Integer }
4500      *
4501      */
4502     public void setFontStyle(Integer value)
4503     {
4504       this.fontStyle = value;
4505     }
4506
4507     /**
4508      * Gets the value of the threshold property.
4509      *
4510      * @return possible object is {@link Float }
4511      *
4512      */
4513     public Float getThreshold()
4514     {
4515       return threshold;
4516     }
4517
4518     /**
4519      * Sets the value of the threshold property.
4520      *
4521      * @param value
4522      *          allowed object is {@link Float }
4523      *
4524      */
4525     public void setThreshold(Float value)
4526     {
4527       this.threshold = value;
4528     }
4529
4530     /**
4531      * Gets the value of the showBootstrap property.
4532      *
4533      * @return possible object is {@link Boolean }
4534      *
4535      */
4536     public Boolean isShowBootstrap()
4537     {
4538       return showBootstrap;
4539     }
4540
4541     /**
4542      * Sets the value of the showBootstrap property.
4543      *
4544      * @param value
4545      *          allowed object is {@link Boolean }
4546      *
4547      */
4548     public void setShowBootstrap(Boolean value)
4549     {
4550       this.showBootstrap = value;
4551     }
4552
4553     /**
4554      * Gets the value of the showDistances property.
4555      *
4556      * @return possible object is {@link Boolean }
4557      *
4558      */
4559     public Boolean isShowDistances()
4560     {
4561       return showDistances;
4562     }
4563
4564     /**
4565      * Sets the value of the showDistances property.
4566      *
4567      * @param value
4568      *          allowed object is {@link Boolean }
4569      *
4570      */
4571     public void setShowDistances(Boolean value)
4572     {
4573       this.showDistances = value;
4574     }
4575
4576     /**
4577      * Gets the value of the markUnlinked property.
4578      *
4579      * @return possible object is {@link Boolean }
4580      *
4581      */
4582     public Boolean isMarkUnlinked()
4583     {
4584       return markUnlinked;
4585     }
4586
4587     /**
4588      * Sets the value of the markUnlinked property.
4589      *
4590      * @param value
4591      *          allowed object is {@link Boolean }
4592      *
4593      */
4594     public void setMarkUnlinked(Boolean value)
4595     {
4596       this.markUnlinked = value;
4597     }
4598
4599     /**
4600      * Gets the value of the fitToWindow property.
4601      *
4602      * @return possible object is {@link Boolean }
4603      *
4604      */
4605     public Boolean isFitToWindow()
4606     {
4607       return fitToWindow;
4608     }
4609
4610     /**
4611      * Sets the value of the fitToWindow property.
4612      *
4613      * @param value
4614      *          allowed object is {@link Boolean }
4615      *
4616      */
4617     public void setFitToWindow(Boolean value)
4618     {
4619       this.fitToWindow = value;
4620     }
4621
4622     /**
4623      * Gets the value of the currentTree property.
4624      *
4625      * @return possible object is {@link Boolean }
4626      *
4627      */
4628     public Boolean isCurrentTree()
4629     {
4630       return currentTree;
4631     }
4632
4633     /**
4634      * Sets the value of the currentTree property.
4635      *
4636      * @param value
4637      *          allowed object is {@link Boolean }
4638      *
4639      */
4640     public void setCurrentTree(Boolean value)
4641     {
4642       this.currentTree = value;
4643     }
4644
4645     /**
4646      * Gets the value of the columnWise property.
4647      *
4648      * @return possible object is {@link Boolean }
4649      *
4650      */
4651     public boolean isColumnWise()
4652     {
4653       if (columnWise == null)
4654       {
4655         return false;
4656       }
4657       else
4658       {
4659         return columnWise;
4660       }
4661     }
4662
4663     /**
4664      * Sets the value of the columnWise property.
4665      *
4666      * @param value
4667      *          allowed object is {@link Boolean }
4668      *
4669      */
4670     public void setColumnWise(Boolean value)
4671     {
4672       this.columnWise = value;
4673     }
4674
4675     /**
4676      * Gets the value of the columnReference property.
4677      *
4678      * @return possible object is {@link String }
4679      *
4680      */
4681     public String getColumnReference()
4682     {
4683       return columnReference;
4684     }
4685
4686     /**
4687      * Sets the value of the columnReference property.
4688      *
4689      * @param value
4690      *          allowed object is {@link String }
4691      *
4692      */
4693     public void setColumnReference(String value)
4694     {
4695       this.columnReference = value;
4696     }
4697
4698     /**
4699      * Gets the value of the id property.
4700      *
4701      * @return possible object is {@link String }
4702      *
4703      */
4704     public String getId()
4705     {
4706       return id;
4707     }
4708
4709     /**
4710      * Sets the value of the id property.
4711      *
4712      * @param value
4713      *          allowed object is {@link String }
4714      *
4715      */
4716     public void setId(String value)
4717     {
4718       this.id = value;
4719     }
4720
4721     /**
4722      * Gets the value of the linkToAllViews property.
4723      *
4724      * @return possible object is {@link Boolean }
4725      *
4726      */
4727     public boolean isLinkToAllViews()
4728     {
4729       if (linkToAllViews == null)
4730       {
4731         return false;
4732       }
4733       else
4734       {
4735         return linkToAllViews;
4736       }
4737     }
4738
4739     /**
4740      * Sets the value of the linkToAllViews property.
4741      *
4742      * @param value
4743      *          allowed object is {@link Boolean }
4744      *
4745      */
4746     public void setLinkToAllViews(Boolean value)
4747     {
4748       this.linkToAllViews = value;
4749     }
4750
4751     /**
4752      * Gets the value of the width property.
4753      *
4754      * @return possible object is {@link Integer }
4755      *
4756      */
4757     public Integer getWidth()
4758     {
4759       return width;
4760     }
4761
4762     /**
4763      * Sets the value of the width property.
4764      *
4765      * @param value
4766      *          allowed object is {@link Integer }
4767      *
4768      */
4769     public void setWidth(Integer value)
4770     {
4771       this.width = value;
4772     }
4773
4774     /**
4775      * Gets the value of the height property.
4776      *
4777      * @return possible object is {@link Integer }
4778      *
4779      */
4780     public Integer getHeight()
4781     {
4782       return height;
4783     }
4784
4785     /**
4786      * Sets the value of the height property.
4787      *
4788      * @param value
4789      *          allowed object is {@link Integer }
4790      *
4791      */
4792     public void setHeight(Integer value)
4793     {
4794       this.height = value;
4795     }
4796
4797     /**
4798      * Gets the value of the xpos property.
4799      *
4800      * @return possible object is {@link Integer }
4801      *
4802      */
4803     public Integer getXpos()
4804     {
4805       return xpos;
4806     }
4807
4808     /**
4809      * Sets the value of the xpos property.
4810      *
4811      * @param value
4812      *          allowed object is {@link Integer }
4813      *
4814      */
4815     public void setXpos(Integer value)
4816     {
4817       this.xpos = value;
4818     }
4819
4820     /**
4821      * Gets the value of the ypos property.
4822      *
4823      * @return possible object is {@link Integer }
4824      *
4825      */
4826     public Integer getYpos()
4827     {
4828       return ypos;
4829     }
4830
4831     /**
4832      * Sets the value of the ypos property.
4833      *
4834      * @param value
4835      *          allowed object is {@link Integer }
4836      *
4837      */
4838     public void setYpos(Integer value)
4839     {
4840       this.ypos = value;
4841     }
4842
4843   }
4844
4845   /**
4846    * <p>
4847    * Java class for anonymous complex type.
4848    *
4849    * <p>
4850    * The following schema fragment specifies the expected content contained
4851    * within this class.
4852    *
4853    * <pre>
4854    * &lt;complexType>
4855    *   &lt;complexContent>
4856    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4857    *       &lt;sequence>
4858    *         &lt;element name="UserColourScheme" type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
4859    *       &lt;/sequence>
4860    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4861    *     &lt;/restriction>
4862    *   &lt;/complexContent>
4863    * &lt;/complexType>
4864    * </pre>
4865    *
4866    *
4867    */
4868   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4869   @XmlType(name = "", propOrder = { "userColourScheme" })
4870   public static class UserColours
4871   {
4872
4873     @XmlElement(
4874       name = "UserColourScheme",
4875       namespace = "www.jalview.org",
4876       required = true)
4877     protected JalviewUserColours userColourScheme;
4878
4879     @XmlAttribute(name = "id")
4880     protected String id;
4881
4882     /**
4883      * Gets the value of the userColourScheme property.
4884      *
4885      * @return possible object is {@link JalviewUserColours }
4886      *
4887      */
4888     public JalviewUserColours getUserColourScheme()
4889     {
4890       return userColourScheme;
4891     }
4892
4893     /**
4894      * Sets the value of the userColourScheme property.
4895      *
4896      * @param value
4897      *          allowed object is {@link JalviewUserColours }
4898      *
4899      */
4900     public void setUserColourScheme(JalviewUserColours value)
4901     {
4902       this.userColourScheme = value;
4903     }
4904
4905     /**
4906      * Gets the value of the id property.
4907      *
4908      * @return possible object is {@link String }
4909      *
4910      */
4911     public String getId()
4912     {
4913       return id;
4914     }
4915
4916     /**
4917      * Sets the value of the id property.
4918      *
4919      * @param value
4920      *          allowed object is {@link String }
4921      *
4922      */
4923     public void setId(String value)
4924     {
4925       this.id = value;
4926     }
4927
4928   }
4929
4930   /**
4931    * <p>
4932    * Java class for anonymous complex type.
4933    *
4934    * <p>
4935    * The following schema fragment specifies the expected content contained
4936    * within this class.
4937    *
4938    * <pre>
4939    * &lt;complexType>
4940    *   &lt;complexContent>
4941    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4942    *       &lt;sequence>
4943    *         &lt;element name="AnnotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
4944    *         &lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
4945    *           &lt;complexType>
4946    *             &lt;complexContent>
4947    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4948    *                 &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4949    *                 &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4950    *               &lt;/restriction>
4951    *             &lt;/complexContent>
4952    *           &lt;/complexType>
4953    *         &lt;/element>
4954    *         &lt;element name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
4955    *           &lt;complexType>
4956    *             &lt;complexContent>
4957    *               &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
4958    *                 &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4959    *                 &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
4960    *                 &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4961    *               &lt;/extension>
4962    *             &lt;/complexContent>
4963    *           &lt;/complexType>
4964    *         &lt;/element>
4965    *         &lt;element name="overview" minOccurs="0">
4966    *           &lt;complexType>
4967    *             &lt;complexContent>
4968    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
4969    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
4970    *                 &lt;attribute name="showHidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4971    *                 &lt;attribute name="residueColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4972    *                 &lt;attribute name="gapColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4973    *                 &lt;attribute name="hiddenColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4974    *                 &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4975    *               &lt;/restriction>
4976    *             &lt;/complexContent>
4977    *           &lt;/complexType>
4978    *         &lt;/element>
4979    *       &lt;/sequence>
4980    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
4981    *       &lt;attribute name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4982    *       &lt;attribute name="pidSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4983    *       &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4984    *       &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4985    *       &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
4986    *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
4987    *       &lt;attribute name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4988    *       &lt;attribute name="rightAlignIds" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4989    *       &lt;attribute name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4990    *       &lt;attribute name="showColourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4991    *       &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
4992    *       &lt;attribute name="showBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4993    *       &lt;attribute name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4994    *       &lt;attribute name="renderGaps" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4995    *       &lt;attribute name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4996    *       &lt;attribute name="showNPfeatureTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4997    *       &lt;attribute name="showDbRefTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
4998    *       &lt;attribute name="followHighlight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
4999    *       &lt;attribute name="followSelection" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
5000    *       &lt;attribute name="showAnnotation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
5001    *       &lt;attribute name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5002    *       &lt;attribute name="showGroupConservation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5003    *       &lt;attribute name="showGroupConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5004    *       &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
5005    *       &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5006    *       &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5007    *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
5008    *       &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5009    *       &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5010    *       &lt;attribute name="charWidth" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5011    *       &lt;attribute name="charHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5012    *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
5013    *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5014    *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5015    *       &lt;attribute name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
5016    *       &lt;attribute name="viewName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
5017    *       &lt;attribute name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
5018    *       &lt;attribute name="gatheredViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
5019    *       &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5020    *       &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5021    *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5022    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
5023    *       &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
5024    *       &lt;attribute name="showComplementFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5025    *       &lt;attribute name="showComplementFeaturesOnTop" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5026    *     &lt;/restriction>
5027    *   &lt;/complexContent>
5028    * &lt;/complexType>
5029    * </pre>
5030    *
5031    *
5032    */
5033   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
5034   @XmlType(
5035     name = "",
5036     propOrder =
5037     { "annotationColours", "hiddenColumns", "calcIdParam", "overview" })
5038   public static class Viewport
5039   {
5040
5041     @XmlElement(name = "AnnotationColours", namespace = "www.jalview.org")
5042     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
5043
5044     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
5045     protected List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> hiddenColumns;
5046
5047     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
5048     protected List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> calcIdParam;
5049
5050     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
5051     protected JalviewModel.Viewport.Overview overview;
5052
5053     @XmlAttribute(name = "conservationSelected")
5054     protected Boolean conservationSelected;
5055
5056     @XmlAttribute(name = "pidSelected")
5057     protected Boolean pidSelected;
5058
5059     @XmlAttribute(name = "bgColour")
5060     protected String bgColour;
5061
5062     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
5063     protected Integer consThreshold;
5064
5065     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
5066     protected Integer pidThreshold;
5067
5068     @XmlAttribute(name = "title")
5069     protected String title;
5070
5071     @XmlAttribute(name = "showFullId")
5072     protected Boolean showFullId;
5073
5074     @XmlAttribute(name = "rightAlignIds")
5075     protected Boolean rightAlignIds;
5076
5077     @XmlAttribute(name = "showText")
5078     protected Boolean showText;
5079
5080     @XmlAttribute(name = "showColourText")
5081     protected Boolean showColourText;
5082
5083     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
5084     protected Boolean showUnconserved;
5085
5086     @XmlAttribute(name = "showBoxes")
5087     protected Boolean showBoxes;
5088
5089     @XmlAttribute(name = "wrapAlignment")
5090     protected Boolean wrapAlignment;
5091
5092     @XmlAttribute(name = "renderGaps")
5093     protected Boolean renderGaps;
5094
5095     @XmlAttribute(name = "showSequenceFeatures")
5096     protected Boolean showSequenceFeatures;
5097
5098     @XmlAttribute(name = "showNPfeatureTooltip")
5099     protected Boolean showNPfeatureTooltip;
5100
5101     @XmlAttribute(name = "showDbRefTooltip")
5102     protected Boolean showDbRefTooltip;
5103
5104     @XmlAttribute(name = "followHighlight")
5105     protected Boolean followHighlight;
5106
5107     @XmlAttribute(name = "followSelection")
5108     protected Boolean followSelection;
5109
5110     @XmlAttribute(name = "showAnnotation")
5111     protected Boolean showAnnotation;
5112
5113     @XmlAttribute(name = "centreColumnLabels")
5114     protected Boolean centreColumnLabels;
5115
5116     @XmlAttribute(name = "showGroupConservation")
5117     protected Boolean showGroupConservation;
5118
5119     @XmlAttribute(name = "showGroupConsensus")
5120     protected Boolean showGroupConsensus;
5121
5122     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
5123     protected Boolean showConsensusHistogram;
5124
5125     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
5126     protected Boolean showSequenceLogo;
5127
5128     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
5129     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
5130
5131     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
5132     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
5133
5134     @XmlAttribute(name = "startRes")
5135     protected Integer startRes;
5136
5137     @XmlAttribute(name = "startSeq")
5138     protected Integer startSeq;
5139
5140     @XmlAttribute(name = "charWidth")
5141     protected Integer charWidth;
5142
5143     @XmlAttribute(name = "charHeight")
5144     protected Integer charHeight;
5145
5146     @XmlAttribute(name = "fontName")
5147     protected String fontName;
5148
5149     @XmlAttribute(name = "fontSize")
5150     protected Integer fontSize;
5151
5152     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
5153     protected Integer fontStyle;
5154
5155     @XmlAttribute(name = "scaleProteinAsCdna")
5156     protected Boolean scaleProteinAsCdna;
5157
5158     @XmlAttribute(name = "viewName")
5159     protected String viewName;
5160
5161     @XmlAttribute(name = "sequenceSetId")
5162     protected String sequenceSetId;
5163
5164     @XmlAttribute(name = "gatheredViews")
5165     protected Boolean gatheredViews;
5166
5167     @XmlAttribute(name = "textCol1")
5168     protected Integer textCol1;
5169
5170     @XmlAttribute(name = "textCol2")
5171     protected Integer textCol2;
5172
5173     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
5174     protected Integer textColThreshold;
5175
5176     @XmlAttribute(name = "id")
5177     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
5178     @XmlID
5179     @XmlSchemaType(name = "ID")
5180     protected String id;
5181
5182     @XmlAttribute(name = "complementId")
5183     protected String complementId;
5184
5185     @XmlAttribute(name = "showComplementFeatures")
5186     protected Boolean showComplementFeatures;
5187
5188     @XmlAttribute(name = "showComplementFeaturesOnTop")
5189     protected Boolean showComplementFeaturesOnTop;
5190
5191     @XmlAttribute(name = "width")
5192     protected Integer width;
5193
5194     @XmlAttribute(name = "height")
5195     protected Integer height;
5196
5197     @XmlAttribute(name = "xpos")
5198     protected Integer xpos;
5199
5200     @XmlAttribute(name = "ypos")
5201     protected Integer ypos;
5202
5203     /**
5204      * Gets the value of the annotationColours property.
5205      *
5206      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
5207      *
5208      */
5209     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
5210     {
5211       return annotationColours;
5212     }
5213
5214     /**
5215      * Sets the value of the annotationColours property.
5216      *
5217      * @param value
5218      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
5219      *
5220      */
5221     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
5222     {
5223       this.annotationColours = value;
5224     }
5225
5226     /**
5227      * Gets the value of the hiddenColumns property.
5228      *
5229      * <p>
5230      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
5231      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
5232      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
5233      * <CODE>set</CODE> method for the hiddenColumns property.
5234      *
5235      * <p>
5236      * For example, to add a new item, do as follows:
5237      *
5238      * <pre>
5239      * getHiddenColumns().add(newItem);
5240      * </pre>
5241      *
5242      *
5243      * <p>
5244      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
5245      * {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
5246      *
5247      *
5248      */
5249     public List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> getHiddenColumns()
5250     {
5251       if (hiddenColumns == null)
5252       {
5253         hiddenColumns = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns>();
5254       }
5255       return this.hiddenColumns;
5256     }
5257
5258     /**
5259      * Gets the value of the calcIdParam property.
5260      *
5261      * <p>
5262      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
5263      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
5264      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
5265      * <CODE>set</CODE> method for the calcIdParam property.
5266      *
5267      * <p>
5268      * For example, to add a new item, do as follows:
5269      *
5270      * <pre>
5271      * getCalcIdParam().add(newItem);
5272      * </pre>
5273      *
5274      *
5275      * <p>
5276      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
5277      * {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
5278      *
5279      *
5280      */
5281     public List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> getCalcIdParam()
5282     {
5283       if (calcIdParam == null)
5284       {
5285         calcIdParam = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam>();
5286       }
5287       return this.calcIdParam;
5288     }
5289
5290     /**
5291      * Gets the value of the overview property.
5292      *
5293      * @return possible object is {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
5294      *
5295      */
5296     public JalviewModel.Viewport.Overview getOverview()
5297     {
5298       return overview;
5299     }
5300
5301     /**
5302      * Sets the value of the overview property.
5303      *
5304      * @param value
5305      *          allowed object is {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
5306      *
5307      */
5308     public void setOverview(JalviewModel.Viewport.Overview value)
5309     {
5310       this.overview = value;
5311     }
5312
5313     /**
5314      * Gets the value of the conservationSelected property.
5315      *
5316      * @return possible object is {@link Boolean }
5317      *
5318      */
5319     public Boolean isConservationSelected()
5320     {
5321       return conservationSelected;
5322     }
5323
5324     /**
5325      * Sets the value of the conservationSelected property.
5326      *
5327      * @param value
5328      *          allowed object is {@link Boolean }
5329      *
5330      */
5331     public void setConservationSelected(Boolean value)
5332     {
5333       this.conservationSelected = value;
5334     }
5335
5336     /**
5337      * Gets the value of the pidSelected property.
5338      *
5339      * @return possible object is {@link Boolean }
5340      *
5341      */
5342     public Boolean isPidSelected()
5343     {
5344       return pidSelected;
5345     }
5346
5347     /**
5348      * Sets the value of the pidSelected property.
5349      *
5350      * @param value
5351      *          allowed object is {@link Boolean }
5352      *
5353      */
5354     public void setPidSelected(Boolean value)
5355     {
5356       this.pidSelected = value;
5357     }
5358
5359     /**
5360      * Gets the value of the bgColour property.
5361      *
5362      * @return possible object is {@link String }
5363      *
5364      */
5365     public String getBgColour()
5366     {
5367       return bgColour;
5368     }
5369
5370     /**
5371      * Sets the value of the bgColour property.
5372      *
5373      * @param value
5374      *          allowed object is {@link String }
5375      *
5376      */
5377     public void setBgColour(String value)
5378     {
5379       this.bgColour = value;
5380     }
5381
5382     /**
5383      * Gets the value of the consThreshold property.
5384      *
5385      * @return possible object is {@link Integer }
5386      *
5387      */
5388     public Integer getConsThreshold()
5389     {
5390       return consThreshold;
5391     }
5392
5393     /**
5394      * Sets the value of the consThreshold property.
5395      *
5396      * @param value
5397      *          allowed object is {@link Integer }
5398      *
5399      */
5400     public void setConsThreshold(Integer value)
5401     {
5402       this.consThreshold = value;
5403     }
5404
5405     /**
5406      * Gets the value of the pidThreshold property.
5407      *
5408      * @return possible object is {@link Integer }
5409      *
5410      */
5411     public Integer getPidThreshold()
5412     {
5413       return pidThreshold;
5414     }
5415
5416     /**
5417      * Sets the value of the pidThreshold property.
5418      *
5419      * @param value
5420      *          allowed object is {@link Integer }
5421      *
5422      */
5423     public void setPidThreshold(Integer value)
5424     {
5425       this.pidThreshold = value;
5426     }
5427
5428     /**
5429      * Gets the value of the title property.
5430      *
5431      * @return possible object is {@link String }
5432      *
5433      */
5434     public String getTitle()
5435     {
5436       return title;
5437     }
5438
5439     /**
5440      * Sets the value of the title property.
5441      *
5442      * @param value
5443      *          allowed object is {@link String }
5444      *
5445      */
5446     public void setTitle(String value)
5447     {
5448       this.title = value;
5449     }
5450
5451     /**
5452      * Gets the value of the showFullId property.
5453      *
5454      * @return possible object is {@link Boolean }
5455      *
5456      */
5457     public Boolean isShowFullId()
5458     {
5459       return showFullId;
5460     }
5461
5462     /**
5463      * Sets the value of the showFullId property.
5464      *
5465      * @param value
5466      *          allowed object is {@link Boolean }
5467      *
5468      */
5469     public void setShowFullId(Boolean value)
5470     {
5471       this.showFullId = value;
5472     }
5473
5474     /**
5475      * Gets the value of the rightAlignIds property.
5476      *
5477      * @return possible object is {@link Boolean }
5478      *
5479      */
5480     public Boolean isRightAlignIds()
5481     {
5482       return rightAlignIds;
5483     }
5484
5485     /**
5486      * Sets the value of the rightAlignIds property.
5487      *
5488      * @param value
5489      *          allowed object is {@link Boolean }
5490      *
5491      */
5492     public void setRightAlignIds(Boolean value)
5493     {
5494       this.rightAlignIds = value;
5495     }
5496
5497     /**
5498      * Gets the value of the showText property.
5499      *
5500      * @return possible object is {@link Boolean }
5501      *
5502      */
5503     public Boolean isShowText()
5504     {
5505       return showText;
5506     }
5507
5508     /**
5509      * Sets the value of the showText property.
5510      *
5511      * @param value
5512      *          allowed object is {@link Boolean }
5513      *
5514      */
5515     public void setShowText(Boolean value)
5516     {
5517       this.showText = value;
5518     }
5519
5520     /**
5521      * Gets the value of the showColourText property.
5522      *
5523      * @return possible object is {@link Boolean }
5524      *
5525      */
5526     public Boolean isShowColourText()
5527     {
5528       return showColourText;
5529     }
5530
5531     /**
5532      * Sets the value of the showColourText property.
5533      *
5534      * @param value
5535      *          allowed object is {@link Boolean }
5536      *
5537      */
5538     public void setShowColourText(Boolean value)
5539     {
5540       this.showColourText = value;
5541     }
5542
5543     /**
5544      * Gets the value of the showUnconserved property.
5545      *
5546      * @return possible object is {@link Boolean }
5547      *
5548      */
5549     public boolean isShowUnconserved()
5550     {
5551       if (showUnconserved == null)
5552       {
5553         return false;
5554       }
5555       else
5556       {
5557         return showUnconserved;
5558       }
5559     }
5560
5561     /**
5562      * Sets the value of the showUnconserved property.
5563      *
5564      * @param value
5565      *          allowed object is {@link Boolean }
5566      *
5567      */
5568     public void setShowUnconserved(Boolean value)
5569     {
5570       this.showUnconserved = value;
5571     }
5572
5573     /**
5574      * Gets the value of the showBoxes property.
5575      *
5576      * @return possible object is {@link Boolean }
5577      *
5578      */
5579     public Boolean isShowBoxes()
5580     {
5581       return showBoxes;
5582     }
5583
5584     /**
5585      * Sets the value of the showBoxes property.
5586      *
5587      * @param value
5588      *          allowed object is {@link Boolean }
5589      *
5590      */
5591     public void setShowBoxes(Boolean value)
5592     {
5593       this.showBoxes = value;
5594     }
5595
5596     /**
5597      * Gets the value of the wrapAlignment property.
5598      *
5599      * @return possible object is {@link Boolean }
5600      *
5601      */
5602     public Boolean isWrapAlignment()
5603     {
5604       return wrapAlignment;
5605     }
5606
5607     /**
5608      * Sets the value of the wrapAlignment property.
5609      *
5610      * @param value
5611      *          allowed object is {@link Boolean }
5612      *
5613      */
5614     public void setWrapAlignment(Boolean value)
5615     {
5616       this.wrapAlignment = value;
5617     }
5618
5619     /**
5620      * Gets the value of the renderGaps property.
5621      *
5622      * @return possible object is {@link Boolean }
5623      *
5624      */
5625     public Boolean isRenderGaps()
5626     {
5627       return renderGaps;
5628     }
5629
5630     /**
5631      * Sets the value of the renderGaps property.
5632      *
5633      * @param value
5634      *          allowed object is {@link Boolean }
5635      *
5636      */
5637     public void setRenderGaps(Boolean value)
5638     {
5639       this.renderGaps = value;
5640     }
5641
5642     /**
5643      * Gets the value of the showSequenceFeatures property.
5644      *
5645      * @return possible object is {@link Boolean }
5646      *
5647      */
5648     public Boolean isShowSequenceFeatures()
5649     {
5650       return showSequenceFeatures;
5651     }
5652
5653     /**
5654      * Sets the value of the showSequenceFeatures property.
5655      *
5656      * @param value
5657      *          allowed object is {@link Boolean }
5658      *
5659      */
5660     public void setShowSequenceFeatures(Boolean value)
5661     {
5662       this.showSequenceFeatures = value;
5663     }
5664
5665     /**
5666      * Gets the value of the showNPfeatureTooltip property.
5667      *
5668      * @return possible object is {@link Boolean }
5669      *
5670      */
5671     public Boolean isShowNPfeatureTooltip()
5672     {
5673       return showNPfeatureTooltip;
5674     }
5675
5676     /**
5677      * Sets the value of the showNPfeatureTooltip property.
5678      *
5679      * @param value
5680      *          allowed object is {@link Boolean }
5681      *
5682      */
5683     public void setShowNPfeatureTooltip(Boolean value)
5684     {
5685       this.showNPfeatureTooltip = value;
5686     }
5687
5688     /**
5689      * Gets the value of the showDbRefTooltip property.
5690      *
5691      * @return possible object is {@link Boolean }
5692      *
5693      */
5694     public Boolean isShowDbRefTooltip()
5695     {
5696       return showDbRefTooltip;
5697     }
5698
5699     /**
5700      * Sets the value of the showDbRefTooltip property.
5701      *
5702      * @param value
5703      *          allowed object is {@link Boolean }
5704      *
5705      */
5706     public void setShowDbRefTooltip(Boolean value)
5707     {
5708       this.showDbRefTooltip = value;
5709     }
5710
5711     /**
5712      * Gets the value of the followHighlight property.
5713      *
5714      * @return possible object is {@link Boolean }
5715      *
5716      */
5717     public boolean isFollowHighlight()
5718     {
5719       if (followHighlight == null)
5720       {
5721         return true;
5722       }
5723       else
5724       {
5725         return followHighlight;
5726       }
5727     }
5728
5729     /**
5730      * Sets the value of the followHighlight property.
5731      *
5732      * @param value
5733      *          allowed object is {@link Boolean }
5734      *
5735      */
5736     public void setFollowHighlight(Boolean value)
5737     {
5738       this.followHighlight = value;
5739     }
5740
5741     /**
5742      * Gets the value of the followSelection property.
5743      *
5744      * @return possible object is {@link Boolean }
5745      *
5746      */
5747     public boolean isFollowSelection()
5748     {
5749       if (followSelection == null)
5750       {
5751         return true;
5752       }
5753       else
5754       {
5755         return followSelection;
5756       }
5757     }
5758
5759     /**
5760      * Sets the value of the followSelection property.
5761      *
5762      * @param value
5763      *          allowed object is {@link Boolean }
5764      *
5765      */
5766     public void setFollowSelection(Boolean value)
5767     {
5768       this.followSelection = value;
5769     }
5770
5771     /**
5772      * Gets the value of the showAnnotation property.
5773      *
5774      * @return possible object is {@link Boolean }
5775      *
5776      */
5777     public Boolean isShowAnnotation()
5778     {
5779       return showAnnotation;
5780     }
5781
5782     /**
5783      * Sets the value of the showAnnotation property.
5784      *
5785      * @param value
5786      *          allowed object is {@link Boolean }
5787      *
5788      */
5789     public void setShowAnnotation(Boolean value)
5790     {
5791       this.showAnnotation = value;
5792     }
5793
5794     /**
5795      * Gets the value of the centreColumnLabels property.
5796      *
5797      * @return possible object is {@link Boolean }
5798      *
5799      */
5800     public boolean isCentreColumnLabels()
5801     {
5802       if (centreColumnLabels == null)
5803       {
5804         return false;
5805       }
5806       else
5807       {
5808         return centreColumnLabels;
5809       }
5810     }
5811
5812     /**
5813      * Sets the value of the centreColumnLabels property.
5814      *
5815      * @param value
5816      *          allowed object is {@link Boolean }
5817      *
5818      */
5819     public void setCentreColumnLabels(Boolean value)
5820     {
5821       this.centreColumnLabels = value;
5822     }
5823
5824     /**
5825      * Gets the value of the showGroupConservation property.
5826      *
5827      * @return possible object is {@link Boolean }
5828      *
5829      */
5830     public boolean isShowGroupConservation()
5831     {
5832       if (showGroupConservation == null)
5833       {
5834         return false;
5835       }
5836       else
5837       {
5838         return showGroupConservation;
5839       }
5840     }
5841
5842     /**
5843      * Sets the value of the showGroupConservation property.
5844      *
5845      * @param value
5846      *          allowed object is {@link Boolean }
5847      *
5848      */
5849     public void setShowGroupConservation(Boolean value)
5850     {
5851       this.showGroupConservation = value;
5852     }
5853
5854     /**
5855      * Gets the value of the showGroupConsensus property.
5856      *
5857      * @return possible object is {@link Boolean }
5858      *
5859      */
5860     public boolean isShowGroupConsensus()
5861     {
5862       if (showGroupConsensus == null)
5863       {
5864         return false;
5865       }
5866       else
5867       {
5868         return showGroupConsensus;
5869       }
5870     }
5871
5872     /**
5873      * Sets the value of the showGroupConsensus property.
5874      *
5875      * @param value
5876      *          allowed object is {@link Boolean }
5877      *
5878      */
5879     public void setShowGroupConsensus(Boolean value)
5880     {
5881       this.showGroupConsensus = value;
5882     }
5883
5884     /**
5885      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
5886      *
5887      * @return possible object is {@link Boolean }
5888      *
5889      */
5890     public boolean isShowConsensusHistogram()
5891     {
5892       if (showConsensusHistogram == null)
5893       {
5894         return true;
5895       }
5896       else
5897       {
5898         return showConsensusHistogram;
5899       }
5900     }
5901
5902     /**
5903      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
5904      *
5905      * @param value
5906      *          allowed object is {@link Boolean }
5907      *
5908      */
5909     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
5910     {
5911       this.showConsensusHistogram = value;
5912     }
5913
5914     /**
5915      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
5916      *
5917      * @return possible object is {@link Boolean }
5918      *
5919      */
5920     public boolean isShowSequenceLogo()
5921     {
5922       if (showSequenceLogo == null)
5923       {
5924         return false;
5925       }
5926       else
5927       {
5928         return showSequenceLogo;
5929       }
5930     }
5931
5932     /**
5933      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
5934      *
5935      * @param value
5936      *          allowed object is {@link Boolean }
5937      *
5938      */
5939     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
5940     {
5941       this.showSequenceLogo = value;
5942     }
5943
5944     /**
5945      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
5946      *
5947      * @return possible object is {@link Boolean }
5948      *
5949      */
5950     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
5951     {
5952       if (normaliseSequenceLogo == null)
5953       {
5954         return false;
5955       }
5956       else
5957       {
5958         return normaliseSequenceLogo;
5959       }
5960     }
5961
5962     /**
5963      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
5964      *
5965      * @param value
5966      *          allowed object is {@link Boolean }
5967      *
5968      */
5969     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
5970     {
5971       this.normaliseSequenceLogo = value;
5972     }
5973
5974     /**
5975      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
5976      *
5977      * @return possible object is {@link Boolean }
5978      *
5979      */
5980     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
5981     {
5982       if (ignoreGapsinConsensus == null)
5983       {
5984         return true;
5985       }
5986       else
5987       {
5988         return ignoreGapsinConsensus;
5989       }
5990     }
5991
5992     /**
5993      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
5994      *
5995      * @param value
5996      *          allowed object is {@link Boolean }
5997      *
5998      */
5999     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
6000     {
6001       this.ignoreGapsinConsensus = value;
6002     }
6003
6004     /**
6005      * Gets the value of the startRes property.
6006      *
6007      * @return possible object is {@link Integer }
6008      *
6009      */
6010     public Integer getStartRes()
6011     {
6012       return startRes;
6013     }
6014
6015     /**
6016      * Sets the value of the startRes property.
6017      *
6018      * @param value
6019      *          allowed object is {@link Integer }
6020      *
6021      */
6022     public void setStartRes(Integer value)
6023     {
6024       this.startRes = value;
6025     }
6026
6027     /**
6028      * Gets the value of the startSeq property.
6029      *
6030      * @return possible object is {@link Integer }
6031      *
6032      */
6033     public Integer getStartSeq()
6034     {
6035       return startSeq;
6036     }
6037
6038     /**
6039      * Sets the value of the startSeq property.
6040      *
6041      * @param value
6042      *          allowed object is {@link Integer }
6043      *
6044      */
6045     public void setStartSeq(Integer value)
6046     {
6047       this.startSeq = value;
6048     }
6049
6050     /**
6051      * Gets the value of the charWidth property.
6052      *
6053      * @return possible object is {@link Integer }
6054      *
6055      */
6056     public Integer getCharWidth()
6057     {
6058       return charWidth;
6059     }
6060
6061     /**
6062      * Sets the value of the charWidth property.
6063      *
6064      * @param value
6065      *          allowed object is {@link Integer }
6066      *
6067      */
6068     public void setCharWidth(Integer value)
6069     {
6070       this.charWidth = value;
6071     }
6072
6073     /**
6074      * Gets the value of the charHeight property.
6075      *
6076      * @return possible object is {@link Integer }
6077      *
6078      */
6079     public Integer getCharHeight()
6080     {
6081       return charHeight;
6082     }
6083
6084     /**
6085      * Sets the value of the charHeight property.
6086      *
6087      * @param value
6088      *          allowed object is {@link Integer }
6089      *
6090      */
6091     public void setCharHeight(Integer value)
6092     {
6093       this.charHeight = value;
6094     }
6095
6096     /**
6097      * Gets the value of the fontName property.
6098      *
6099      * @return possible object is {@link String }
6100      *
6101      */
6102     public String getFontName()
6103     {
6104       return fontName;
6105     }
6106
6107     /**
6108      * Sets the value of the fontName property.
6109      *
6110      * @param value
6111      *          allowed object is {@link String }
6112      *
6113      */
6114     public void setFontName(String value)
6115     {
6116       this.fontName = value;
6117     }
6118
6119     /**
6120      * Gets the value of the fontSize property.
6121      *
6122      * @return possible object is {@link Integer }
6123      *
6124      */
6125     public Integer getFontSize()
6126     {
6127       return fontSize;
6128     }
6129
6130     /**
6131      * Sets the value of the fontSize property.
6132      *
6133      * @param value
6134      *          allowed object is {@link Integer }
6135      *
6136      */
6137     public void setFontSize(Integer value)
6138     {
6139       this.fontSize = value;
6140     }
6141
6142     /**
6143      * Gets the value of the fontStyle property.
6144      *
6145      * @return possible object is {@link Integer }
6146      *
6147      */
6148     public Integer getFontStyle()
6149     {
6150       return fontStyle;
6151     }
6152
6153     /**
6154      * Sets the value of the fontStyle property.
6155      *
6156      * @param value
6157      *          allowed object is {@link Integer }
6158      *
6159      */
6160     public void setFontStyle(Integer value)
6161     {
6162       this.fontStyle = value;
6163     }
6164
6165     /**
6166      * Gets the value of the scaleProteinAsCdna property.
6167      *
6168      * @return possible object is {@link Boolean }
6169      *
6170      */
6171     public boolean isScaleProteinAsCdna()
6172     {
6173       if (scaleProteinAsCdna == null)
6174       {
6175         return true;
6176       }
6177       else
6178       {
6179         return scaleProteinAsCdna;
6180       }
6181     }
6182
6183     /**
6184      * Sets the value of the scaleProteinAsCdna property.
6185      *
6186      * @param value
6187      *          allowed object is {@link Boolean }
6188      *
6189      */
6190     public void setScaleProteinAsCdna(Boolean value)
6191     {
6192       this.scaleProteinAsCdna = value;
6193     }
6194
6195     /**
6196      * Gets the value of the viewName property.
6197      *
6198      * @return possible object is {@link String }
6199      *
6200      */
6201     public String getViewName()
6202     {
6203       return viewName;
6204     }
6205
6206     /**
6207      * Sets the value of the viewName property.
6208      *
6209      * @param value
6210      *          allowed object is {@link String }
6211      *
6212      */
6213     public void setViewName(String value)
6214     {
6215       this.viewName = value;
6216     }
6217
6218     /**
6219      * Gets the value of the sequenceSetId property.
6220      *
6221      * @return possible object is {@link String }
6222      *
6223      */
6224     public String getSequenceSetId()
6225     {
6226       return sequenceSetId;
6227     }
6228
6229     /**
6230      * Sets the value of the sequenceSetId property.
6231      *
6232      * @param value
6233      *          allowed object is {@link String }
6234      *
6235      */
6236     public void setSequenceSetId(String value)
6237     {
6238       this.sequenceSetId = value;
6239     }
6240
6241     /**
6242      * Gets the value of the gatheredViews property.
6243      *
6244      * @return possible object is {@link Boolean }
6245      *
6246      */
6247     public Boolean isGatheredViews()
6248     {
6249       return gatheredViews;
6250     }
6251
6252     /**
6253      * Sets the value of the gatheredViews property.
6254      *
6255      * @param value
6256      *          allowed object is {@link Boolean }
6257      *
6258      */
6259     public void setGatheredViews(Boolean value)
6260     {
6261       this.gatheredViews = value;
6262     }
6263
6264     /**
6265      * Gets the value of the textCol1 property.
6266      *
6267      * @return possible object is {@link Integer }
6268      *
6269      */
6270     public Integer getTextCol1()
6271     {
6272       return textCol1;
6273     }
6274
6275     /**
6276      * Sets the value of the textCol1 property.
6277      *
6278      * @param value
6279      *          allowed object is {@link Integer }
6280      *
6281      */
6282     public void setTextCol1(Integer value)
6283     {
6284       this.textCol1 = value;
6285     }
6286
6287     /**
6288      * Gets the value of the textCol2 property.
6289      *
6290      * @return possible object is {@link Integer }
6291      *
6292      */
6293     public Integer getTextCol2()
6294     {
6295       return textCol2;
6296     }
6297
6298     /**
6299      * Sets the value of the textCol2 property.
6300      *
6301      * @param value
6302      *          allowed object is {@link Integer }
6303      *
6304      */
6305     public void setTextCol2(Integer value)
6306     {
6307       this.textCol2 = value;
6308     }
6309
6310     /**
6311      * Gets the value of the textColThreshold property.
6312      *
6313      * @return possible object is {@link Integer }
6314      *
6315      */
6316     public Integer getTextColThreshold()
6317     {
6318       return textColThreshold;
6319     }
6320
6321     /**
6322      * Sets the value of the textColThreshold property.
6323      *
6324      * @param value
6325      *          allowed object is {@link Integer }
6326      *
6327      */
6328     public void setTextColThreshold(Integer value)
6329     {
6330       this.textColThreshold = value;
6331     }
6332
6333     /**
6334      * Gets the value of the id property.
6335      *
6336      * @return possible object is {@link String }
6337      *
6338      */
6339     public String getId()
6340     {
6341       return id;
6342     }
6343
6344     /**
6345      * Sets the value of the id property.
6346      *
6347      * @param value
6348      *          allowed object is {@link String }
6349      *
6350      */
6351     public void setId(String value)
6352     {
6353       this.id = value;
6354     }
6355
6356     /**
6357      * Gets the value of the complementId property.
6358      *
6359      * @return possible object is {@link String }
6360      *
6361      */
6362     public String getComplementId()
6363     {
6364       return complementId;
6365     }
6366
6367     /**
6368      * Sets the value of the complementId property.
6369      *
6370      * @param value
6371      *          allowed object is {@link String }
6372      *
6373      */
6374     public void setComplementId(String value)
6375     {
6376       this.complementId = value;
6377     }
6378
6379     /**
6380      * Gets the value of the showComplementFeatures property.
6381      *
6382      * @return possible object is {@link Boolean }
6383      *
6384      */
6385     public boolean isShowComplementFeatures()
6386     {
6387       if (showComplementFeatures == null)
6388       {
6389         return false;
6390       }
6391       else
6392       {
6393         return showComplementFeatures;
6394       }
6395     }
6396
6397     /**
6398      * Sets the value of the showComplementFeatures property.
6399      *
6400      * @param value
6401      *          allowed object is {@link Boolean }
6402      *
6403      */
6404     public void setShowComplementFeatures(Boolean value)
6405     {
6406       this.showComplementFeatures = value;
6407     }
6408
6409     /**
6410      * Gets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
6411      *
6412      * @return possible object is {@link Boolean }
6413      *
6414      */
6415     public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
6416     {
6417       if (showComplementFeaturesOnTop == null)
6418       {
6419         return false;
6420       }
6421       else
6422       {
6423         return showComplementFeaturesOnTop;
6424       }
6425     }
6426
6427     /**
6428      * Sets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
6429      *
6430      * @param value
6431      *          allowed object is {@link Boolean }
6432      *
6433      */
6434     public void setShowComplementFeaturesOnTop(Boolean value)
6435     {
6436       this.showComplementFeaturesOnTop = value;
6437     }
6438
6439     /**
6440      * Gets the value of the width property.
6441      *
6442      * @return possible object is {@link Integer }
6443      *
6444      */
6445     public Integer getWidth()
6446     {
6447       return width;
6448     }
6449
6450     /**
6451      * Sets the value of the width property.
6452      *
6453      * @param value
6454      *          allowed object is {@link Integer }
6455      *
6456      */
6457     public void setWidth(Integer value)
6458     {
6459       this.width = value;
6460     }
6461
6462     /**
6463      * Gets the value of the height property.
6464      *
6465      * @return possible object is {@link Integer }
6466      *
6467      */
6468     public Integer getHeight()
6469     {
6470       return height;
6471     }
6472
6473     /**
6474      * Sets the value of the height property.
6475      *
6476      * @param value
6477      *          allowed object is {@link Integer }
6478      *
6479      */
6480     public void setHeight(Integer value)
6481     {
6482       this.height = value;
6483     }
6484
6485     /**
6486      * Gets the value of the xpos property.
6487      *
6488      * @return possible object is {@link Integer }
6489      *
6490      */
6491     public Integer getXpos()
6492     {
6493       return xpos;
6494     }
6495
6496     /**
6497      * Sets the value of the xpos property.
6498      *
6499      * @param value
6500      *          allowed object is {@link Integer }
6501      *
6502      */
6503     public void setXpos(Integer value)
6504     {
6505       this.xpos = value;
6506     }
6507
6508     /**
6509      * Gets the value of the ypos property.
6510      *
6511      * @return possible object is {@link Integer }
6512      *
6513      */
6514     public Integer getYpos()
6515     {
6516       return ypos;
6517     }
6518
6519     /**
6520      * Sets the value of the ypos property.
6521      *
6522      * @param value
6523      *          allowed object is {@link Integer }
6524      *
6525      */
6526     public void setYpos(Integer value)
6527     {
6528       this.ypos = value;
6529     }
6530
6531     /**
6532      * <p>
6533      * Java class for anonymous complex type.
6534      *
6535      * <p>
6536      * The following schema fragment specifies the expected content contained
6537      * within this class.
6538      *
6539      * <pre>
6540      * &lt;complexType>
6541      *   &lt;complexContent>
6542      *     &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
6543      *       &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
6544      *       &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
6545      *       &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
6546      *     &lt;/extension>
6547      *   &lt;/complexContent>
6548      * &lt;/complexType>
6549      * </pre>
6550      *
6551      *
6552      */
6553     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6554     @XmlType(name = "")
6555     public static class CalcIdParam extends WebServiceParameterSet
6556     {
6557
6558       @XmlAttribute(name = "calcId", required = true)
6559       protected String calcId;
6560
6561       @XmlAttribute(name = "needsUpdate")
6562       protected Boolean needsUpdate;
6563
6564       @XmlAttribute(name = "autoUpdate", required = true)
6565       protected boolean autoUpdate;
6566
6567       /**
6568        * Gets the value of the calcId property.
6569        *
6570        * @return possible object is {@link String }
6571        *
6572        */
6573       public String getCalcId()
6574       {
6575         return calcId;
6576       }
6577
6578       /**
6579        * Sets the value of the calcId property.
6580        *
6581        * @param value
6582        *          allowed object is {@link String }
6583        *
6584        */
6585       public void setCalcId(String value)
6586       {
6587         this.calcId = value;
6588       }
6589
6590       /**
6591        * Gets the value of the needsUpdate property.
6592        *
6593        * @return possible object is {@link Boolean }
6594        *
6595        */
6596       public boolean isNeedsUpdate()
6597       {
6598         if (needsUpdate == null)
6599         {
6600           return false;
6601         }
6602         else
6603         {
6604           return needsUpdate;
6605         }
6606       }
6607
6608       /**
6609        * Sets the value of the needsUpdate property.
6610        *
6611        * @param value
6612        *          allowed object is {@link Boolean }
6613        *
6614        */
6615       public void setNeedsUpdate(Boolean value)
6616       {
6617         this.needsUpdate = value;
6618       }
6619
6620       /**
6621        * Gets the value of the autoUpdate property.
6622        *
6623        */
6624       public boolean isAutoUpdate()
6625       {
6626         return autoUpdate;
6627       }
6628
6629       /**
6630        * Sets the value of the autoUpdate property.
6631        *
6632        */
6633       public void setAutoUpdate(boolean value)
6634       {
6635         this.autoUpdate = value;
6636       }
6637
6638     }
6639
6640     /**
6641      * <p>
6642      * Java class for anonymous complex type.
6643      *
6644      * <p>
6645      * The following schema fragment specifies the expected content contained
6646      * within this class.
6647      *
6648      * <pre>
6649      * &lt;complexType>
6650      *   &lt;complexContent>
6651      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
6652      *       &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
6653      *       &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
6654      *     &lt;/restriction>
6655      *   &lt;/complexContent>
6656      * &lt;/complexType>
6657      * </pre>
6658      *
6659      *
6660      */
6661     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6662     @XmlType(name = "")
6663     public static class HiddenColumns
6664     {
6665
6666       @XmlAttribute(name = "start")
6667       protected Integer start;
6668
6669       @XmlAttribute(name = "end")
6670       protected Integer end;
6671
6672       /**
6673        * Gets the value of the start property.
6674        *
6675        * @return possible object is {@link Integer }
6676        *
6677        */
6678       public Integer getStart()
6679       {
6680         return start;
6681       }
6682
6683       /**
6684        * Sets the value of the start property.
6685        *
6686        * @param value
6687        *          allowed object is {@link Integer }
6688        *
6689        */
6690       public void setStart(Integer value)
6691       {
6692         this.start = value;
6693       }
6694
6695       /**
6696        * Gets the value of the end property.
6697        *
6698        * @return possible object is {@link Integer }
6699        *
6700        */
6701       public Integer getEnd()
6702       {
6703         return end;
6704       }
6705
6706       /**
6707        * Sets the value of the end property.
6708        *
6709        * @param value
6710        *          allowed object is {@link Integer }
6711        *
6712        */
6713       public void setEnd(Integer value)
6714       {
6715         this.end = value;
6716       }
6717
6718     }
6719
6720     /**
6721      * <p>
6722      * Java class for anonymous complex type.
6723      *
6724      * <p>
6725      * The following schema fragment specifies the expected content contained
6726      * within this class.
6727      *
6728      * <pre>
6729      * &lt;complexType>
6730      *   &lt;complexContent>
6731      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
6732      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
6733      *       &lt;attribute name="showHidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
6734      *       &lt;attribute name="residueColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
6735      *       &lt;attribute name="gapColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
6736      *       &lt;attribute name="hiddenColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
6737      *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
6738      *     &lt;/restriction>
6739      *   &lt;/complexContent>
6740      * &lt;/complexType>
6741      * </pre>
6742      *
6743      *
6744      */
6745     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6746     @XmlType(name = "")
6747     public static class Overview
6748     {
6749
6750       @XmlAttribute(name = "showHidden")
6751       protected Boolean showHidden;
6752
6753       @XmlAttribute(name = "residueColour")
6754       protected Integer residueColour;
6755
6756       @XmlAttribute(name = "gapColour")
6757       protected Integer gapColour;
6758
6759       @XmlAttribute(name = "hiddenColour")
6760       protected Integer hiddenColour;
6761
6762       @XmlAttribute(name = "title")
6763       protected String title;
6764
6765       @XmlAttribute(name = "width")
6766       protected Integer width;
6767
6768       @XmlAttribute(name = "height")
6769       protected Integer height;
6770
6771       @XmlAttribute(name = "xpos")
6772       protected Integer xpos;
6773
6774       @XmlAttribute(name = "ypos")
6775       protected Integer ypos;
6776
6777       /**
6778        * Gets the value of the showHidden property.
6779        *
6780        * @return possible object is {@link Boolean }
6781        *
6782        */
6783       public Boolean isShowHidden()
6784       {
6785         return showHidden;
6786       }
6787
6788       /**
6789        * Sets the value of the showHidden property.
6790        *
6791        * @param value
6792        *          allowed object is {@link Boolean }
6793        *
6794        */
6795       public void setShowHidden(Boolean value)
6796       {
6797         this.showHidden = value;
6798       }
6799
6800       /**
6801        * Gets the value of the residueColour property.
6802        *
6803        * @return possible object is {@link Integer }
6804        *
6805        */
6806       public Integer getResidueColour()
6807       {
6808         return residueColour;
6809       }
6810
6811       /**
6812        * Sets the value of the residueColour property.
6813        *
6814        * @param value
6815        *          allowed object is {@link Integer }
6816        *
6817        */
6818       public void setResidueColour(Integer value)
6819       {
6820         this.residueColour = value;
6821       }
6822
6823       /**
6824        * Gets the value of the gapColour property.
6825        *
6826        * @return possible object is {@link Integer }
6827        *
6828        */
6829       public Integer getGapColour()
6830       {
6831         return gapColour;
6832       }
6833
6834       /**
6835        * Sets the value of the gapColour property.
6836        *
6837        * @param value
6838        *          allowed object is {@link Integer }
6839        *
6840        */
6841       public void setGapColour(Integer value)
6842       {
6843         this.gapColour = value;
6844       }
6845
6846       /**
6847        * Gets the value of the hiddenColour property.
6848        *
6849        * @return possible object is {@link Integer }
6850        *
6851        */
6852       public Integer getHiddenColour()
6853       {
6854         return hiddenColour;
6855       }
6856
6857       /**
6858        * Sets the value of the hiddenColour property.
6859        *
6860        * @param value
6861        *          allowed object is {@link Integer }
6862        *
6863        */
6864       public void setHiddenColour(Integer value)
6865       {
6866         this.hiddenColour = value;
6867       }
6868
6869       /**
6870        * Gets the value of the title property.
6871        *
6872        * @return possible object is {@link String }
6873        *
6874        */
6875       public String getTitle()
6876       {
6877         return title;
6878       }
6879
6880       /**
6881        * Sets the value of the title property.
6882        *
6883        * @param value
6884        *          allowed object is {@link String }
6885        *
6886        */
6887       public void setTitle(String value)
6888       {
6889         this.title = value;
6890       }
6891
6892       /**
6893        * Gets the value of the width property.
6894        *
6895        * @return possible object is {@link Integer }
6896        *
6897        */
6898       public Integer getWidth()
6899       {
6900         return width;
6901       }
6902
6903       /**
6904        * Sets the value of the width property.
6905        *
6906        * @param value
6907        *          allowed object is {@link Integer }
6908        *
6909        */
6910       public void setWidth(Integer value)
6911       {
6912         this.width = value;
6913       }
6914
6915       /**
6916        * Gets the value of the height property.
6917        *
6918        * @return possible object is {@link Integer }
6919        *
6920        */
6921       public Integer getHeight()
6922       {
6923         return height;
6924       }
6925
6926       /**
6927        * Sets the value of the height property.
6928        *
6929        * @param value
6930        *          allowed object is {@link Integer }
6931        *
6932        */
6933       public void setHeight(Integer value)
6934       {
6935         this.height = value;
6936       }
6937
6938       /**
6939        * Gets the value of the xpos property.
6940        *
6941        * @return possible object is {@link Integer }
6942        *
6943        */
6944       public Integer getXpos()
6945       {
6946         return xpos;
6947       }
6948
6949       /**
6950        * Sets the value of the xpos property.
6951        *
6952        * @param value
6953        *          allowed object is {@link Integer }
6954        *
6955        */
6956       public void setXpos(Integer value)
6957       {
6958         this.xpos = value;
6959       }
6960
6961       /**
6962        * Gets the value of the ypos property.
6963        *
6964        * @return possible object is {@link Integer }
6965        *
6966        */
6967       public Integer getYpos()
6968       {
6969         return ypos;
6970       }
6971
6972       /**
6973        * Sets the value of the ypos property.
6974        *
6975        * @param value
6976        *          allowed object is {@link Integer }
6977        *
6978        */
6979       public void setYpos(Integer value)
6980       {
6981         this.ypos = value;
6982       }
6983
6984     }
6985
6986   }
6987
6988 }