src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java

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   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18
  19 /**
  20  *
  21  *                                      Represent the jalview.datamodel.Mapping object - it also provides
  22  *                                      a way of storing sequences that are mapped 'to' without adding them
  23  *                                      to the sequence set (which will mean they are then added to the alignment too).
  24  *
  25  *
  26  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  27  *
  28  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  29  *
  30  * &lt;pre&gt;
  31  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  32  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  33  *     &amp;lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType"&amp;gt;
  34  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  35  *         &amp;lt;choice minOccurs="0"&amp;gt;
  36  *           &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence"/&amp;gt;
  37  *           &amp;lt;element name="dseqFor"&amp;gt;
  38  *             &amp;lt;simpleType&amp;gt;
  39  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
  40  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  41  *             &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
  42  *           &amp;lt;/element&amp;gt;
  43  *         &amp;lt;/choice&amp;gt;
  44  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  45  *       &amp;lt;attribute name="mappingType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  46  *     &amp;lt;/extension&amp;gt;
  47  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  48  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  49  * &lt;/pre&gt;
  50  *
  51  *
  52  */
  53 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  54 @XmlType(name = "", propOrder = {
  55     "sequence",
  56     "dseqFor"
  57 })
  58 @XmlRootElement(name = "Mapping")
  59 public class Mapping
  60     extends MapListType
  61 {
  62
  63     @XmlElement(name = "Sequence")
  64     protected Sequence sequence;
  65     protected String dseqFor;
  66     @XmlAttribute(name = "mappingType")
  67     protected String mappingType;
  68
  69     /**
  70      * Gets the value of the sequence property.
  71      *
  72      * @return
  73      *     possible object is
  74      *     {@link Sequence }
  75      *
  76      */
  77     public Sequence getSequence() {
  78         return sequence;
  79     }
  80
  81     /**
  82      * Sets the value of the sequence property.
  83      *
  84      * @param value
  85      *     allowed object is
  86      *     {@link Sequence }
  87      *
  88      */
  89     public void setSequence(Sequence value) {
  90         this.sequence = value;
  91     }
  92
  93     /**
  94      * Gets the value of the dseqFor property.
  95      *
  96      * @return
  97      *     possible object is
  98      *     {@link String }
  99      *
 100      */
 101     public String getDseqFor() {
 102         return dseqFor;
 103     }
 104
 105     /**
 106      * Sets the value of the dseqFor property.
 107      *
 108      * @param value
 109      *     allowed object is
 110      *     {@link String }
 111      *
 112      */
 113     public void setDseqFor(String value) {
 114         this.dseqFor = value;
 115     }
 116
 117     /**
 118      * Gets the value of the mappingType property.
 119      *
 120      * @return
 121      *     possible object is
 122      *     {@link String }
 123      *
 124      */
 125     public String getMappingType() {
 126         return mappingType;
 127     }
 128
 129     /**
 130      * Sets the value of the mappingType property.
 131      *
 132      * @param value
 133      *     allowed object is
 134      *     {@link String }
 135      *
 136      */
 137     public void setMappingType(String value) {
 138         this.mappingType = value;
 139     }
 140
 141 }