src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.math.BigInteger;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * <p>
  21  * Java class for MatrixType complex type.
  22  *
  23  * <p>
  24  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  25  * this class.
  26  *
  27  * <pre>
  28  * &lt;complexType name="MatrixType">
  29  *   &lt;complexContent>
  30  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  31  *       &lt;sequence>
  32  *         &lt;element name="elements" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  33  *         &lt;element name="groups" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  35  *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  36  *       &lt;/sequence>
  37  *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  38  *       &lt;attribute name="rows" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  39  *       &lt;attribute name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  40  *       &lt;attribute name="treeMethod" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *       &lt;attribute name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  42  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  43  *     &lt;/restriction>
  44  *   &lt;/complexContent>
  45  * &lt;/complexType>
  46  * </pre>
  47  *
  48  *
  49  */
  50 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  51 @XmlType(
  52   name = "MatrixType",
  53   propOrder =
  54   { "elements", "groups", "newick", "property" })
  55 public class MatrixType
  56 {
  57
  58   @XmlElement(required = true)
  59   protected String elements;
  60
  61   protected List<String> groups;
  62
  63   protected List<String> newick;
  64
  65   protected List<Property> property;
  66
  67   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  68   protected String type;
  69
  70   @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
  71   protected BigInteger rows;
  72
  73   @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
  74   protected BigInteger cols;
  75
  76   @XmlAttribute(name = "treeMethod")
  77   protected String treeMethod;
  78
  79   @XmlAttribute(name = "cutHeight")
  80   protected Double cutHeight;
  81
  82   @XmlAttribute(name = "id")
  83   protected String id;
  84
  85   /**
  86    * Gets the value of the elements property.
  87    *
  88    * @return possible object is {@link String }
  89    *
  90    */
  91   public String getElements()
  92   {
  93     return elements;
  94   }
  95
  96   /**
  97    * Sets the value of the elements property.
  98    *
  99    * @param value
 100    *          allowed object is {@link String }
 101    *
 102    */
 103   public void setElements(String value)
 104   {
 105     this.elements = value;
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Gets the value of the groups property.
 110    *
 111    * <p>
 112    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 113    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 114    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 115    * for the groups property.
 116    *
 117    * <p>
 118    * For example, to add a new item, do as follows:
 119    *
 120    * <pre>
 121    * getGroups().add(newItem);
 122    * </pre>
 123    *
 124    *
 125    * <p>
 126    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 127    *
 128    *
 129    */
 130   public List<String> getGroups()
 131   {
 132     if (groups == null)
 133     {
 134       groups = new ArrayList<String>();
 135     }
 136     return this.groups;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Gets the value of the newick property.
 141    *
 142    * <p>
 143    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 144    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 145    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 146    * for the newick property.
 147    *
 148    * <p>
 149    * For example, to add a new item, do as follows:
 150    *
 151    * <pre>
 152    * getNewick().add(newItem);
 153    * </pre>
 154    *
 155    *
 156    * <p>
 157    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 158    *
 159    *
 160    */
 161   public List<String> getNewick()
 162   {
 163     if (newick == null)
 164     {
 165       newick = new ArrayList<String>();
 166     }
 167     return this.newick;
 168   }
 169
 170   /**
 171    * Gets the value of the property property.
 172    *
 173    * <p>
 174    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 175    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 176    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 177    * for the property property.
 178    *
 179    * <p>
 180    * For example, to add a new item, do as follows:
 181    *
 182    * <pre>
 183    * getProperty().add(newItem);
 184    * </pre>
 185    *
 186    *
 187    * <p>
 188    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
 189    *
 190    *
 191    */
 192   public List<Property> getProperty()
 193   {
 194     if (property == null)
 195     {
 196       property = new ArrayList<Property>();
 197     }
 198     return this.property;
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Gets the value of the type property.
 203    *
 204    * @return possible object is {@link String }
 205    *
 206    */
 207   public String getType()
 208   {
 209     return type;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Sets the value of the type property.
 214    *
 215    * @param value
 216    *          allowed object is {@link String }
 217    *
 218    */
 219   public void setType(String value)
 220   {
 221     this.type = value;
 222   }
 223
 224   /**
 225    * Gets the value of the rows property.
 226    *
 227    * @return possible object is {@link BigInteger }
 228    *
 229    */
 230   public BigInteger getRows()
 231   {
 232     return rows;
 233   }
 234
 235   /**
 236    * Sets the value of the rows property.
 237    *
 238    * @param value
 239    *          allowed object is {@link BigInteger }
 240    *
 241    */
 242   public void setRows(BigInteger value)
 243   {
 244     this.rows = value;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Gets the value of the cols property.
 249    *
 250    * @return possible object is {@link BigInteger }
 251    *
 252    */
 253   public BigInteger getCols()
 254   {
 255     return cols;
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Sets the value of the cols property.
 260    *
 261    * @param value
 262    *          allowed object is {@link BigInteger }
 263    *
 264    */
 265   public void setCols(BigInteger value)
 266   {
 267     this.cols = value;
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Gets the value of the treeMethod property.
 272    *
 273    * @return possible object is {@link String }
 274    *
 275    */
 276   public String getTreeMethod()
 277   {
 278     return treeMethod;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * Sets the value of the treeMethod property.
 283    *
 284    * @param value
 285    *          allowed object is {@link String }
 286    *
 287    */
 288   public void setTreeMethod(String value)
 289   {
 290     this.treeMethod = value;
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Gets the value of the cutHeight property.
 295    *
 296    * @return possible object is {@link Double }
 297    *
 298    */
 299   public Double getCutHeight()
 300   {
 301     return cutHeight;
 302   }
 303
 304   /**
 305    * Sets the value of the cutHeight property.
 306    *
 307    * @param value
 308    *          allowed object is {@link Double }
 309    *
 310    */
 311   public void setCutHeight(Double value)
 312   {
 313     this.cutHeight = value;
 314   }
 315
 316   /**
 317    * Gets the value of the id property.
 318    *
 319    * @return possible object is {@link String }
 320    *
 321    */
 322   public String getId()
 323   {
 324     return id;
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Sets the value of the id property.
 329    *
 330    * @param value
 331    *          allowed object is {@link String }
 332    *
 333    */
 334   public void setId(String value)
 335   {
 336     this.id = value;
 337   }
 338
 339 }