src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.math.BigInteger;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * Represents matrix data imported to Jalview, and the
  23  *                              results of any derived calculations (independent of a particular
  24  *                              view
  25  *                              on the matrix).
  26  *
  27  *
  28  * &lt;p&gt;Java class for MatrixType complex type.
  29  *
  30  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  31  *
  32  * &lt;pre&gt;
  33  * &amp;lt;complexType name="MatrixType"&amp;gt;
  34  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  35  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  36  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  37  *         &amp;lt;element name="elements" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt;
  38  *         &amp;lt;element name="groups" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  39  *         &amp;lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  40  *         &amp;lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  41  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  42  *       &amp;lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  43  *       &amp;lt;attribute name="rows" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  44  *       &amp;lt;attribute name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  45  *       &amp;lt;attribute name="treeMethod" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  46  *       &amp;lt;attribute name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" /&amp;gt;
  47  *       &amp;lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  48  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  49  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  50  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  51  * &lt;/pre&gt;
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(name = "MatrixType", propOrder = {
  57     "elements",
  58     "groups",
  59     "newick",
  60     "property"
  61 })
  62 public class MatrixType {
  63
  64     @XmlElement(required = true)
  65     protected String elements;
  66     protected List<String> groups;
  67     protected List<String> newick;
  68     protected List<Property> property;
  69     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  70     protected String type;
  71     @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
  72     protected BigInteger rows;
  73     @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
  74     protected BigInteger cols;
  75     @XmlAttribute(name = "treeMethod")
  76     protected String treeMethod;
  77     @XmlAttribute(name = "cutHeight")
  78     protected Double cutHeight;
  79     @XmlAttribute(name = "id", required = true)
  80     protected String id;
  81
  82     /**
  83      * Gets the value of the elements property.
  84      *
  85      * @return
  86      *     possible object is
  87      *     {@link String }
  88      *
  89      */
  90     public String getElements() {
  91         return elements;
  92     }
  93
  94     /**
  95      * Sets the value of the elements property.
  96      *
  97      * @param value
  98      *     allowed object is
  99      *     {@link String }
 100      *
 101      */
 102     public void setElements(String value) {
 103         this.elements = value;
 104     }
 105
 106     /**
 107      * Gets the value of the groups property.
 108      *
 109      * &lt;p&gt;
 110      * This accessor method returns a reference to the live list,
 111      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 112      * returned list will be present inside the JAXB object.
 113      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the groups property.
 114      *
 115      * &lt;p&gt;
 116      * For example, to add a new item, do as follows:
 117      * &lt;pre&gt;
 118      *    getGroups().add(newItem);
 119      * &lt;/pre&gt;
 120      *
 121      *
 122      * &lt;p&gt;
 123      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 124      * {@link String }
 125      *
 126      *
 127      */
 128     public List<String> getGroups() {
 129         if (groups == null) {
 130             groups = new ArrayList<String>();
 131         }
 132         return this.groups;
 133     }
 134
 135     /**
 136      * Gets the value of the newick property.
 137      *
 138      * &lt;p&gt;
 139      * This accessor method returns a reference to the live list,
 140      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 141      * returned list will be present inside the JAXB object.
 142      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the newick property.
 143      *
 144      * &lt;p&gt;
 145      * For example, to add a new item, do as follows:
 146      * &lt;pre&gt;
 147      *    getNewick().add(newItem);
 148      * &lt;/pre&gt;
 149      *
 150      *
 151      * &lt;p&gt;
 152      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 153      * {@link String }
 154      *
 155      *
 156      */
 157     public List<String> getNewick() {
 158         if (newick == null) {
 159             newick = new ArrayList<String>();
 160         }
 161         return this.newick;
 162     }
 163
 164     /**
 165      * Gets the value of the property property.
 166      *
 167      * &lt;p&gt;
 168      * This accessor method returns a reference to the live list,
 169      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 170      * returned list will be present inside the JAXB object.
 171      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the property property.
 172      *
 173      * &lt;p&gt;
 174      * For example, to add a new item, do as follows:
 175      * &lt;pre&gt;
 176      *    getProperty().add(newItem);
 177      * &lt;/pre&gt;
 178      *
 179      *
 180      * &lt;p&gt;
 181      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 182      * {@link Property }
 183      *
 184      *
 185      */
 186     public List<Property> getProperty() {
 187         if (property == null) {
 188             property = new ArrayList<Property>();
 189         }
 190         return this.property;
 191     }
 192
 193     /**
 194      * Gets the value of the type property.
 195      *
 196      * @return
 197      *     possible object is
 198      *     {@link String }
 199      *
 200      */
 201     public String getType() {
 202         return type;
 203     }
 204
 205     /**
 206      * Sets the value of the type property.
 207      *
 208      * @param value
 209      *     allowed object is
 210      *     {@link String }
 211      *
 212      */
 213     public void setType(String value) {
 214         this.type = value;
 215     }
 216
 217     /**
 218      * Gets the value of the rows property.
 219      *
 220      * @return
 221      *     possible object is
 222      *     {@link BigInteger }
 223      *
 224      */
 225     public BigInteger getRows() {
 226         return rows;
 227     }
 228
 229     /**
 230      * Sets the value of the rows property.
 231      *
 232      * @param value
 233      *     allowed object is
 234      *     {@link BigInteger }
 235      *
 236      */
 237     public void setRows(BigInteger value) {
 238         this.rows = value;
 239     }
 240
 241     /**
 242      * Gets the value of the cols property.
 243      *
 244      * @return
 245      *     possible object is
 246      *     {@link BigInteger }
 247      *
 248      */
 249     public BigInteger getCols() {
 250         return cols;
 251     }
 252
 253     /**
 254      * Sets the value of the cols property.
 255      *
 256      * @param value
 257      *     allowed object is
 258      *     {@link BigInteger }
 259      *
 260      */
 261     public void setCols(BigInteger value) {
 262         this.cols = value;
 263     }
 264
 265     /**
 266      * Gets the value of the treeMethod property.
 267      *
 268      * @return
 269      *     possible object is
 270      *     {@link String }
 271      *
 272      */
 273     public String getTreeMethod() {
 274         return treeMethod;
 275     }
 276
 277     /**
 278      * Sets the value of the treeMethod property.
 279      *
 280      * @param value
 281      *     allowed object is
 282      *     {@link String }
 283      *
 284      */
 285     public void setTreeMethod(String value) {
 286         this.treeMethod = value;
 287     }
 288
 289     /**
 290      * Gets the value of the cutHeight property.
 291      *
 292      * @return
 293      *     possible object is
 294      *     {@link Double }
 295      *
 296      */
 297     public Double getCutHeight() {
 298         return cutHeight;
 299     }
 300
 301     /**
 302      * Sets the value of the cutHeight property.
 303      *
 304      * @param value
 305      *     allowed object is
 306      *     {@link Double }
 307      *
 308      */
 309     public void setCutHeight(Double value) {
 310         this.cutHeight = value;
 311     }
 312
 313     /**
 314      * Gets the value of the id property.
 315      *
 316      * @return
 317      *     possible object is
 318      *     {@link String }
 319      *
 320      */
 321     public String getId() {
 322         return id;
 323     }
 324
 325     /**
 326      * Sets the value of the id property.
 327      *
 328      * @param value
 329      *     allowed object is
 330      *     {@link String }
 331      *
 332      */
 333     public void setId(String value) {
 334         this.id = value;
 335     }
 336
 337 }